seq1 = pF1KA0391.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KA0391/gi568815584f_35023246.tfa (gi568815584f:35023246_35373563), 350318 bp

>pF1KA0391 1701
>gi568815584f:35023246_35373563 (Chr14)

1-986  (100001-100986)   100% ->
987-1119  (104234-104366)   100% ->
1120-1227  (157425-157532)   100% ->
1228-1376  (243482-243630)   100% ->
1377-1572  (247156-247351)   100% ->
1573-1701  (250190-250318)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTTCTATTTGTTTGGTATTCGAAGCTTTCCGAAGCTTTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTTCTATTTGTTTGGTATTCGAAGCTTTCCGAAGCTTTGGAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCATACCTTGGGCTAGGCCCAGGGCACTCTTATGTCTCGCTGTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCATACCTTGGGCTAGGCCCAGGGCACTCTTATGTCTCGCTGTTTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGACCGCTGTGGCATCAGGAACCAGCAGAGGTTGTTTTCTCTTAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGACCGCTGTGGCATCAGGAACCAGCAGAGGTTGTTTTCTCTTAAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTCTCCACAGAATACCAAAGCAACGAATCTGATTGCCAAGGCCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTCTCCACAGAATACCAAAGCAACGAATCTGATTGCCAAGGCCAGATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCAGGAAAGATGAGGGCAGTAATAAGCAAGTTTATTCTGTTCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCAGGAAAGATGAGGGCAGTAATAAGCAAGTTTATTCTGTTCCTCATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTTTTAGCTGGAGCAGCTAAGGAGAGATCACAGATGAATTCTCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTTTTAGCTGGAGCAGCTAAGGAGAGATCACAGATGAATTCTCAAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGATCATGCCTTGGCACCTGTGAGGAACACTATTCAACTCCCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGATCATGCCTTGGCACCTGTGAGGAACACTATTCAACTCCCAACACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTTTGAATTCAGAGGAGTGGGATAAACTTAAGGAAGATTTAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTTTGAATTCAGAGGAGTGGGATAAACTTAAGGAAGATTTAAAAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACCGGAAAGACCAGTTTCGAAAGTTGGATCATTTCACAGATGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACCGGAAAGACCAGTTTCGAAAGTTGGATCATTTCACAGATGGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTCATAGCTCTATAGATGTGGCTAAATCTCTGCTGGCATGGGTAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGTCATAGCTCTATAGATGTGGCTAAATCTCTGCTGGCATGGGTAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAAAATAATGGTATTGTAAGTTACGATTTACTGGTCAAGTATTTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAAAATAATGGTATTGTAAGTTACGATTTACTGGTCAAGTATTTGTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTGTGTCTTTCATATGCAGACATCTGAAGTTATTGATGTCTTTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTGTGTCTTTCATATGCAGACATCTGAAGTTATTGATGTCTTTGAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGAAAGCCAGATATAAGACTTTAGAACCTAGAGGTTACAGTCTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGAAAGCCAGATATAAGACTTTAGAACCTAGAGGTTACAGTCTTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGGGGATTGATCCATTCAGACAGATGGAGAGAAGCATTGTTGCTGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGGGGATTGATCCATTCAGACAGATGGAGAGAAGCATTGTTGCTGTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGACATCAAAAAAGTTATAACTCCTTCAAAAAAGAACTATAATGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGACATCAAAAAAGTTATAACTCCTTCAAAAAAGAACTATAATGACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCCAGGGAGCTCTCCTTCATCAAGATGTAAACACAGCTTGGAATTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCCAGGGAGCTCTCCTTCATCAAGATGTAAACACAGCTTGGAATTTATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAGGAATTGCTAGGTCATGATATTGTTCCTATGTTGGAAACTTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAGGAATTGCTAGGTCATGATATTGTTCCTATGTTGGAAACTTTAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTTCTTTGATTTTGGAAAAGACATAAAGGATGATAACTATTCAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTTCTTTGATTTTGGAAAAGACATAAAGGATGATAACTATTCAAATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTACTAGATATTCTTTCATATCTAAGAAATAATCAGCTGTATCCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTACTAGATATTCTTTCATATCTAAGAAATAATCAGCTGTATCCAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTCATTTGCACACAGTATAAAAACATGGTTTGAGAG         TGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100951 GTCATTTGCACACAGTATAAAAACATGGTTTGAGAGGTA...CAGTGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGTGTTCGGGCTGTGGAAAAACCATAGAGTCTATTCAGCTGAGTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104239 AGTGTTCGGGCTGTGGAAAAACCATAGAGTCTATTCAGCTGAGTCCAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAATATGAATGTCTTAAGGGAAAAATCATGAGGGATGTGATAGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104289 GAATATGAATGTCTTAAGGGAAAAATCATGAGGGATGTGATAGATGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGACCAGTACAGAAAGACAACACCTCAG         GAACTTAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104339 TGACCAGTACAGAAAGACAACACCTCAGGTG...TAGGAACTTAAGAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTGAGAACTTCATAAAATCTCGTCCTCCTTTTGATGTTGTCATTGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157438 TTGAGAACTTCATAAAATCTCGTCCTCCTTTTGATGTTGTCATTGATGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTCAATGTTGCCAAAATGTTTCCTAAAGTTCGTGAATCTCAACTT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 157488 CTCAATGTTGCCAAAATGTTTCCTAAAGTTCGTGAATCTCAACTTGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228     CTCTTGAATGTCGTCTCTCAACTAGCCAAACGGAATCTGCGACTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157538 .TAGCTCTTGAATGTCGTCTCTCAACTAGCCAAACGGAATCTGCGACTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGGTCCTAGGCCGGAAGCACATGCTAAGACGGAGTTCCCAGTGGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243528 TGGTCCTAGGCCGGAAGCACATGCTAAGACGGAGTTCCCAGTGGAGTCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GATGAGATGGAAGAGGTGCAAAAGCAAGCCAGCTGTTTTTTTGCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243578 GATGAGATGGAAGAGGTGCAAAAGCAAGCCAGCTGTTTTTTTGCTGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CAT         CTCGGAGGATGATCCATTCCTTCTGTATGCCACACTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243628 CATGTA...CAGCTCGGAGGATGATCCATTCCTTCTGTATGCCACACTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACTCCGGGAATCACTGCAGGTTTATCACAAGAGACCTGATGCGGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247194 ACTCCGGGAATCACTGCAGGTTTATCACAAGAGACCTGATGCGGGACCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAGGCCTGTCTGCCTGATGCCAAGACCCAACGCCTGTTTTTTAAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247244 AAGGCCTGTCTGCCTGATGCCAAGACCCAACGCCTGTTTTTTAAGTGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCAGGGACATCAGCTGGCAATTGTAAATAGGTTTCCAGGATCAAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247294 GCAGGGACATCAGCTGGCAATTGTAAATAGGTTTCCAGGATCAAAACTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCTTTCAG         CGTATTCTCAGCTATGACACAGTGGTGCAAACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 247344 CCTTTCAGGTA...CAGCGTATTCTCAGCTATGACACAGTGGTGCAAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ACTGGAGACTCGTGGCACATACCATATGATGAAGACTTGGTAGAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250223 ACTGGAGACTCGTGGCACATACCATATGATGAAGACTTGGTAGAAAGATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1656 TTCCTGTGAAGTACCAACCAAATGGCTTTGCCTCCACCAAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250273 TTCCTGTGAAGTACCAACCAAATGGCTTTGCCTCCACCAAAAGACA