seq1 = pF1KA0384.tfa, 2817 bp
seq2 = pF1KA0384/gi568815587f_57691479.tfa (gi568815587f:57691479_57915500), 224022 bp

>pF1KA0384 2817
>gi568815587f:57691479_57915500 (Chr11)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-267  (102532-102603)   100% ->
268-420  (104099-104251)   100% ->
421-956  (104979-105514)   99% ->
957-1420  (110255-110718)   100% ->
1421-1604  (112143-112326)   99% ->
1605-1722  (113185-113302)   100% ->
1723-1876  (114404-114557)   100% ->
1877-1894  (114983-115000)   100% ->
1895-1963  (115437-115505)   100% ->
1964-2091  (116687-116814)   100% ->
2092-2242  (116912-117062)   100% ->
2243-2435  (117796-117988)   100% ->
2436-2550  (118631-118745)   100% ->
2551-2638  (119921-120008)   100% ->
2639-2701  (122833-122895)   100% ->
2702-2817  (123916-124029)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGACTCAGAGGTGGAGTCGACCGCCAGCATCTTGGCCTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGACTCAGAGGTGGAGTCGACCGCCAGCATCTTGGCCTCTGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAACAAGAGGCCCAGTTTGAGAAGCTGACCCGGGCGCTGGAGGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAACAAGAGGCCCAGTTTGAGAAGCTGACCCGGGCGCTGGAGGAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGCCACGTCTCGGCGCAGCTGGAACGCGTCCGGGTCTCACCACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGCCACGTCTCGGCGCAGCTGGAACGCGTCCGGGTCTCACCACAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAACCCACTCATGGCCAACGGCACACTCACCCGCCGGCATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GCCAACCCACTCATGGCCAACGGCACACTCACCCGCCGGCATCAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     AACGGCCGGTTTGTGGGCGATGCTGACCTTGAAAGACAGAAATTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGAACGGCCGGTTTGTGGGCGATGCTGACCTTGAAAGACAGAAATTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGATTTGAAACTCAACGGACCCCAG         GATCACAGTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102578 CAGATTTGAAACTCAACGGACCCCAGGTA...TAGGATCACAGTCACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTATATAGCACCATCCCCAGGATGCAGGAGCCGGGGCAGATTGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104114 CTATATAGCACCATCCCCAGGATGCAGGAGCCGGGGCAGATTGTGGAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACACGGAGGAGGATCCTGAGGGAGCCATGTCTGTAGTCTCTGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104164 CTACACGGAGGAGGATCCTGAGGGAGCCATGTCTGTAGTCTCTGTGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCAGATGATGGGACCACTCGGCGCACAGAGACCACG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104214 CCTCAGATGATGGGACCACTCGGCGCACAGAGACCACGGTA...CAGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAAAGTAGTGAAGACTGTGACAACACGGACAGTACAGCCAGTCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104982 AAGAAAGTAGTGAAGACTGTGACAACACGGACAGTACAGCCAGTCGCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGACCAGACGGGTTGCCTGTGGATGCTTCATCAGTTTCTAACAACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105032 GGGACCAGACGGGTTGCCTGTGGATGCTTCATCAGTTTCTAACAACTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGACTTTGGGTCGTGATTTCCGCAAGAATGGCAATGGGGGACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105082 TCCAGACTTTGGGTCGTGATTTCCGCAAGAATGGCAATGGGGGACCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCTATGTGGGGCAAGCTGGCACTGCTACCCTTCCTAGGAACTTCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105132 CCCTATGTGGGGCAAGCTGGCACTGCTACCCTTCCTAGGAACTTCCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCTCCTGATGGTTATAGTCGCCACTATGAAGATGGTTATCCAGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105182 CCCTCCTGATGGTTATAGTCGCCACTATGAAGATGGTTATCCAGGTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGATAACTATGGCAGTCTGTCCCGGGTGACCCGCATTGAGGAGCGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105232 GTGATAACTATGGCAGTCTGTCCCGGGTGACCCGCATTGAGGAGCGGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGGCCCAGCATGGAAGGCTACCGGGCACCTAGTAGACAGGATGTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105282 AGGCCCAGCATGGAAGGCTACCGGGCACCTAGTAGACAGGATGTGTATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCCCAACCCCAGGTTCGGGTAGGTGGGAGCAGCGTGGATCTGCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105332 GCCCCAACCCCAGGTTCGGGTAGGTGGGAGCAGCGTGGATCTGCATCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCATCCAGAGCCTTATGGGCTAGAGGATGACCAGCGTAGTATGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105382 TTCATCCAGAGCCTTATGGGCTAGAGGATGACCAGCGTAGTATGGGCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATGACCTGGATTATGGTATGATGTCTGATTATGGCACTGCCCGTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105432 GATGACCTGGATTATGGTATGATGTCTGATTATGGCACTGCCCGTCGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGGACACCCTCTGACCCTCGTCGGCGCCTCAT         GAGCTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>>>||||||||
 105482 TGGGACACCCTCTGACCCTCGTCGGCGCCTCAGGTA...CAGGAGCTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAGACATGATTGGTGAGGAGGTGCCATCGGATCAATACTACTGGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110263 AAGACATGATTGGTGAGGAGGTGCCATCGGATCAATACTACTGGGCTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGGCCCAGCATGAGCGAGGAAGTTTAGCAAGCTTGGATAGCCTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110313 TTGGCCCAGCATGAGCGAGGAAGTTTAGCAAGCTTGGATAGCCTGCGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGGAGGGCCTCCACCTCCTAATTGGAGACAGCCAGAGCTGCCAGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110363 AGGAGGGCCTCCACCTCCTAATTGGAGACAGCCAGAGCTGCCAGAGGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TCGCCATGCTTGGATTCCGCTTGGATGCTGTCAAGTCCAATGCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110413 TCGCCATGCTTGGATTCCGCTTGGATGCTGTCAAGTCCAATGCAGCTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TACCTGCAACACTTATGCTACCGCAATGACAAGGTGAAGACTGACGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110463 TACCTGCAACACTTATGCTACCGCAATGACAAGGTGAAGACTGACGTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAAGCTCAAGGGCATCCCAGTACTGGTGGGATTGTTAGACCATCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110513 GAAGCTCAAGGGCATCCCAGTACTGGTGGGATTGTTAGACCATCCCAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AGGAAGTGCACCTTGGAGCCTGTGGAGCTCTCAAGAATATCTCTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110563 AGGAAGTGCACCTTGGAGCCTGTGGAGCTCTCAAGAATATCTCTTTTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CGTGACCAGGATAACAAGATTGCCATAAAAAACTGTGATGGTGTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110613 CGTGACCAGGATAACAAGATTGCCATAAAAAACTGTGATGGTGTGCCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCTTGTGCGATTGCTTCGAAAGGCTCGTGATATGGACCTTACTGAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110663 CCTTGTGCGATTGCTTCGAAAGGCTCGTGATATGGACCTTACTGAAGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTACCG         GAACCCTGTGGAATCTTTCATCCCATGACTCAATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110713 TTACCGGTG...CAGGAACCCTGTGGAATCTTTCATCCCATGACTCAATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAAATGGAGATTGTGGACCATGCACTGCATGCCTTGACAGATGAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112178 AAAATGGAGATTGTGGACCATGCACTGCATGCCTTGACAGATGAAGTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CATTCCTCATTCTGGTTGGGAGCGGGAACCTAATGAAGACTGTAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 CATTCCTCATTCTGGTTGGGAGCGGGAACCTAATGAAGACTGTAAGCCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GCCATATTGAGTGGGAATCGGTGCTCACCAACACAGCTGGCTGCCTTAG 
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112278 GCCACATTGAGTGGGAATCGGTGCTCACCAACACAGCTGGCTGCCTTAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1605         GAATGTAAGCTCAGAGAGGAGTGAAGCTCGCCGGAAACTTCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112328 TA...CAGGAATGTAAGCTCAGAGAGGAGTGAAGCTCGCCGGAAACTTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GGAATGTGATGGTTTAGTTGATGCCCTCATTTTCATTGTTCAGGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113227 GGAATGTGATGGTTTAGTTGATGCCCTCATTTTCATTGTTCAGGCTGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TTGGGCAGAAGGATTCAGACAGCAAG         CTTGTAGAGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113277 TTGGGCAGAAGGATTCAGACAGCAAGGTA...AAGCTTGTAGAGAACTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GTTTGCCTTCTTCGGAACTTATCATATCAAGTTCACCGGGAGATCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114419 GTTTGCCTTCTTCGGAACTTATCATATCAAGTTCACCGGGAGATCCCACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GGCAGAGCGTTACCAAGAGGCAGCTCCCAATGTTGCCAACAATACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114469 GGCAGAGCGTTACCAAGAGGCAGCTCCCAATGTTGCCAACAATACTGGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CACATGCTGCCAGTTGCTTTGGGGCCAAGAAGGGCAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114519 CACATGCTGCCAGTTGCTTTGGGGCCAAGAAGGGCAAAGGTG...AAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GAGTGGTTCTCCAGAG         GGAAAAAACCTATAGAGGATCCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114985 GAGTGGTTCTCCAGAGGTG...TAGGGAAAAAACCTATAGAGGATCCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 AAACGATACAGTGGATTTCCCTAAAAGAACGAGTCCAGCTCGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115462 AAACGATACAGTGGATTTCCCTAAAAGAACGAGTCCAGCTCGAGGTA...

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1964    GCTATGAGCTCTTATTTCAGCCAGAGGTGGTTCGGATATACATCTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116684 CAGGCTATGAGCTCTTATTTCAGCCAGAGGTGGTTCGGATATACATCTCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CTTCTTAAGGAGAGCAAGACTCCTGCCATCCTAGAAGCCTCAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116734 CTTCTTAAGGAGAGCAAGACTCCTGCCATCCTAGAAGCCTCAGCTGGAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TATCCAGAACTTGTGTGCTGGGCGCTGGACG         TATGGTCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116784 TATCCAGAACTTGTGTGCTGGGCGCTGGACGGTA...TAGTATGGTCGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 ACATCCGCTCTGCTCTGCGTCAAGAGAAGGCTCTTTCTGCCATAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116922 ACATCCGCTCTGCTCTGCGTCAAGAGAAGGCTCTTTCTGCCATAGCTGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CTCCTGACTAATGAACATGAACGGGTGGTGAAAGCTGCATCTGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116972 CTCCTGACTAATGAACATGAACGGGTGGTGAAAGCTGCATCTGGAGCACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GAGAAACCTGGCTGTGGATGCTCGCAACAAAGAATTAATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117022 GAGAAACCTGGCTGTGGATGCTCGCAACAAAGAATTAATTGGTG...TAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 GTAAACATGCTATTCCTAACTTGGTAAAGAATCTGCCAGGAGGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117796 GTAAACATGCTATTCCTAACTTGGTAAAGAATCTGCCAGGAGGACAGCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 AACTCCTCTTGGAATTTCTCTGAGGACACTGTCATCTCTATTTTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117846 AACTCCTCTTGGAATTTCTCTGAGGACACTGTCATCTCTATTTTGAACAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 TATCAACGAGGTTATCGCTGAGAACTTGGAGGCTGCCAAAAAGCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117896 TATCAACGAGGTTATCGCTGAGAACTTGGAGGCTGCCAAAAAGCTTCGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 AGACACAGGGTATTGAGAAGCTGGTGTTGATCAACAAATCAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117946 AGACACAGGGTATTGAGAAGCTGGTGTTGATCAACAAATCAGGGTG...A

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2436   GAACCGCTCAGAAAAAGAAGTTCGAGCAGCAGCACTTGTATTACAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118629 AGGAACCGCTCAGAAAAAGAAGTTCGAGCAGCAGCACTTGTATTACAGAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 AATCTGGGGATATAAGGAACTGCGGAAGCCACTGGAAAAAGAAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118679 AATCTGGGGATATAAGGAACTGCGGAAGCCACTGGAAAAAGAAGGATGGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 AGAAATCAGACTTTCAG         GTGAATCTAAACAATGCTTCCCGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118729 AGAAATCAGACTTTCAGGTA...TAGGTGAATCTAAACAATGCTTCCCGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 AGCCAGAGCAGTCATTCATATGATGATAGTACTCTCCCTCTCATTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119945 AGCCAGAGCAGTCATTCATATGATGATAGTACTCTCCCTCTCATTGACCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 GAACCAAAAATCAG         ATAAGAAACCTGATCGGGAAGAAATTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119995 GAACCAAAAATCAGGTG...CAGATAAGAAACCTGATCGGGAAGAAATTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 AGATGAGCAATATGGGATCAAACACAAAATCACTAG         ATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122860 AGATGAGCAATATGGGATCAAACACAAAATCACTAGGTA...CAGATAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AACTATTCCACACCAAATGAGAGAGGAGACCACAATAGAACACTGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123921 AACTATTCCACACCAAATGAGAGAGGAGACCACAATAGAACACTGGATCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 ATCGGGGGATCTAGGCGACATGGAGCCATTGAAGGGAACAACACCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123971 ATCGGGGGATCTAGGCGACATGGAGCCATTGAAGGGAACAACACCCTTGA

   2950     .    :
   2807 TGCAGAAGATT
        ||  -||-|||
 124021 TGGT AA ATT