seq1 = pF1KA0374.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KA0374/gi568815578f_1196240.tfa (gi568815578f:1196240_1406051), 209812 bp

>pF1KA0374 1614
>gi568815578f:1196240_1406051 (Chr20)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-290  (100906-101013)   100% ->
291-440  (104323-104472)   100% ->
441-1614  (108639-109812)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGCAGCGGCCCCAGCGAGAGGATGACGTGGCCTGGCCCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGCAGCGGCCCCAGCGAGAGGATGACGTGGCCTGGCCCGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTGCGGGCCCCCCAACCCGCCCTCTCTCCTCAGCCCCCGGGATACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTGCGGGCCCCCCAACCCGCCCTCTCTCCTCAGCCCCCGGGATACCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCCCACCCCTTACTCGGACCCACAGCCTCATGGCCATGTCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATCCCACCCCTTACTCGGACCCACAGCCTCATGGCCATGTCCCTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAAGTAGACGGACCTCTGCTGGATCACGCAG         GCGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 GGAAGTAGACGGACCTCTGCTGGATCACGCAGGTG...CAGGCGCACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCACCTGTGAGCGTGCGGGATGCCTACGGCACCTCTTCGCTCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 TCCACCTGTGAGCGTGCGGGATGCCTACGGCACCTCTTCGCTCAGCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGCAATTCTGGCTCCTACAAGGGCAGTGACAGCAGTCCCACGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100965 GCAGCAATTCTGGCTCCTACAAGGGCAGTGACAGCAGTCCCACGCCAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         GCGCTCCATGAAATACACGCTGTGCAGTGACAACCATGGCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 TA...CAGGCGCTCCATGAAATACACGCTGTGCAGTGACAACCATGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGCCCCCGACCCCGGAGCAGTACCTGACCCCCCTGCAGCAGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104365 CAAGCCCCCGACCCCGGAGCAGTACCTGACCCCCCTGCAGCAGAAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTGCATCCGGCACCTGAAAGCCCGGCTGAAGGACACACAGGACCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 TGTGCATCCGGCACCTGAAAGCCCGGCTGAAGGACACACAGGACCGGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGACCG         GGACACAGAGATTGATGACCTGAAGACGCAGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104465 CAGGACCGGTG...CAGGGACACAGAGATTGATGACCTGAAGACGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCACGCATGCAGGAGGACTGGATTGAGGAGGAGTGCCACCGCGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 GTCACGCATGCAGGAGGACTGGATTGAGGAGGAGTGCCACCGCGTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCAGCTGGCCCTGAAGGAGGCCCGAAAGGAGATCAAGCAGCTCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108722 CCCAGCTGGCCCTGAAGGAGGCCCGAAAGGAGATCAAGCAGCTCAAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCATCGACACTGTCAAGAACAACCTGATTGACAAGGACAAGGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108772 GTCATCGACACTGTCAAGAACAACCTGATTGACAAGGACAAGGGGCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGTACTTCGTGGACATCAACATCCAGAACAAGAAGCTGGAGACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108822 GAAGTACTTCGTGGACATCAACATCCAGAACAAGAAGCTGGAGACGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCACAGCATGGAGGTGGCCCAGAATGGCATGGCCAAGGAGGATGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108872 TGCACAGCATGGAGGTGGCCCAGAATGGCATGGCCAAGGAGGATGGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGGGAGTCAGCCGGTGGGTCCCCTGCCCGCTCCCTCACCCGCAGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108922 GGGGAGTCAGCCGGTGGGTCCCCTGCCCGCTCCCTCACCCGCAGCTCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTACACCAAGCTGAGTGACCCGGCTGTCTGTGGTGACCGCCAGCCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108972 CTACACCAAGCTGAGTGACCCGGCTGTCTGTGGTGACCGCCAGCCGGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATCCCTCCAGCGGCTCTGCTGAGGATGGGGCAGACAGTGGCTTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109022 ATCCCTCCAGCGGCTCTGCTGAGGATGGGGCAGACAGTGGCTTTGCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCCGATGACACACTGAGCCGGACGGACGCGCTGGAAGCCAGCAGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109072 GCCGATGACACACTGAGCCGGACGGACGCGCTGGAAGCCAGCAGCCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GTCGTCGGGGGTGGACTGTGGCACCGAGGAGACCTCGCTGCACAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109122 GTCGTCGGGGGTGGACTGTGGCACCGAGGAGACCTCGCTGCACAGCTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCGGCCTGGGCCCCCGCTTCCCTGCCAGCAACACCTATGAGAAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109172 TCGGCCTGGGCCCCCGCTTCCCTGCCAGCAACACCTATGAGAAGCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TGTGGCATGGAGGCTGGTGTGCAGGCCAGCTGCATGCAGGAGCGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109222 TGTGGCATGGAGGCTGGTGTGCAGGCCAGCTGCATGCAGGAGCGTGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCAGACAGACTTCGTGCAGTACCAGCCTGACCTTGACACCATCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109272 CCAGACAGACTTCGTGCAGTACCAGCCTGACCTTGACACCATCCTGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AAGTGACCCAGGCCCAGGTCTGTGGGACAGACCCTGAGTCAGGGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109322 AAGTGACCCAGGCCCAGGTCTGTGGGACAGACCCTGAGTCAGGGGACAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TGCCCAGAGCTGGATGCCCACCCTTCAGGGCCCAGAGACCCCAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109372 TGCCCAGAGCTGGATGCCCACCCTTCAGGGCCCAGAGACCCCAACTCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGTGGTGGTGACAGTGGGTGATGAGCTAGAGGCCCCAGAGCCCATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109422 AGTGGTGGTGACAGTGGGTGATGAGCTAGAGGCCCCAGAGCCCATCACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GTGGACCCACCCCACAGCGGCCTGGTGCCAACCCCAACCCTGGCCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109472 GTGGACCCACCCCACAGCGGCCTGGTGCCAACCCCAACCCTGGCCAGTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GTGAGCGTGGTGTGCCCCATGGAAGAGGAGGAGGAGGCTGCCGTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109522 GTGAGCGTGGTGTGCCCCATGGAAGAGGAGGAGGAGGCTGCCGTGGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAAGGAGCCCAAGAGCTACTGGAGCCGCCACTACATCGTGGATCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109572 GAAGGAGCCCAAGAGCTACTGGAGCCGCCACTACATCGTGGATCTGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CTGTGGTGGTGCCGGCCGTGCCCACGGTGGCCTGGCTTTGCCGCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109622 CTGTGGTGGTGCCGGCCGTGCCCACGGTGGCCTGGCTTTGCCGCTCCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CGGCGCCAGGGCCAGCCCATCTACAACATCAGCTCCCTGCTGCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109672 CGGCGCCAGGGCCAGCCCATCTACAACATCAGCTCCCTGCTGCGGGGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CTGCACTGTGGCCTTGCACTCCATCCGCAGGATCAGCTGCCGCTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109722 CTGCACTGTGGCCTTGCACTCCATCCGCAGGATCAGCTGCCGCTCGCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GCCAGCCGAGTCCCAGCCCAGCGGGCGGCGGCTCCCAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109772 GCCAGCCGAGTCCCAGCCCAGCGGGCGGCGGCTCCCAGCTC