seq1 = pF1KA0351.tfa, 1671 bp
seq2 = pF1KA0351/gi568815589f_126862290.tfa (gi568815589f:126862290_127314845), 452556 bp

>pF1KA0351 1671
>gi568815589f:126862290_127314845 (Chr9)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-165  (103555-103662)   100% ->
166-216  (115406-115456)   100% ->
217-300  (172142-172225)   100% ->
301-390  (187754-187843)   100% ->
391-483  (190558-190650)   100% ->
484-610  (206941-207067)   100% ->
611-748  (303780-303917)   100% ->
749-842  (306390-306483)   100% ->
843-910  (312426-312493)   100% ->
911-1037  (332802-332928)   100% ->
1038-1195  (334185-334342)   100% ->
1196-1247  (336726-336777)   100% ->
1248-1353  (349842-349947)   100% ->
1354-1446  (350338-350430)   100% ->
1447-1552  (350655-350760)   100% ->
1553-1644  (352462-352553)   100% ->
1645-1671  (356451-356477)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAAGAGGAATGGTCTGATGGCTAGCGTGTTGGTCACCTCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAAGAGGAATGGTCTGATGGCTAGCGTGTTGGTCACCTCTGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCACAG         GGCAGCAGCAGCTCGGACTCTCTGGAGGGCCAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCACAGGTA...CAGGGCAGCAGCAGCTCGGACTCTCTGGAGGGCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTGCGACTATGCCAGCAAGAGCTATGATGCCGTTGTCTTCGATGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103589 GCTGCGACTATGCCAGCAAGAGCTATGATGCCGTTGTCTTCGATGTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGTGACCCCAGAGGAGTTTGCT         AGCCAGATTACATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103639 AAAGTGACCCCAGAGGAGTTTGCTGTA...CAGAGCCAGATTACATTAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGATATACCTGTGTTTAAAGCTATCCAGCCGGAG         GAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115423 GGATATACCTGTGTTTAAAGCTATCCAGCCGGAGGTC...TAGGAACTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAGCTGTGGATGGAGTAAGAAGGAGAAACACAGTCTTGCCCCTAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172149 CCAGCTGTGGATGGAGTAAGAAGGAGAAACACAGTCTTGCCCCTAACGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGGCCTTTACCCGGAGGTTTAACCAG         GTCAGTTTTTGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172199 GTGGCCTTTACCCGGAGGTTTAACCAGGTA...CAGGTCAGTTTTTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGTACGAGAAATTCTAACAGCACAGACTTTAAAAATAAGGGCAGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187768 TGTACGAGAAATTCTAACAGCACAGACTTTAAAAATAAGGGCAGAAATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAGCCATTTTGTGAAAATAGCCAAG         AAACTTCTAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 187818 TCAGCCATTTTGTGAAAATAGCCAAGGTA...CAGAAACTTCTAGAACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AACAACCTTCATTCTCTCATGTCTGTGGTATCAGCATTACAAAGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190573 AACAACCTTCATTCTCTCATGTCTGTGGTATCAGCATTACAAAGTGCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATCTTCAGGCTGACAAAAACCTGGGCT         CTTTTAAATCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 190623 CATCTTCAGGCTGACAAAAACCTGGGCTGTA...TAGCTTTTAAATCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGACAAGACTACCTTTGAGAAATTGGACTACCTGATGTCGAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206954 AAGACAAGACTACCTTTGAGAAATTGGACTACCTGATGTCGAAAGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AATTACAAGCGGACACGGGAATATATCCGAAGCCTGAAGATGGTTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207004 AATTACAAGCGGACACGGGAATATATCCGAAGCCTGAAGATGGTTCCAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TATTCCCTATCTAG         GAATCTATCTTCTGGATTTAATCTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 207054 TATTCCCTATCTAGGTA...TAGGAATCTATCTTCTGGATTTAATCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGATTCTGCATATCCTGCCTCAGGCAGTATCATGGAAAATGAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303807 TTGATTCTGCATATCCTGCCTCAGGCAGTATCATGGAAAATGAACAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCAATCAGATGAACAATATTCTTCGAATAATTGCTGATTTACAAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303857 TCCAATCAGATGAACAATATTCTTCGAATAATTGCTGATTTACAAGTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGCAGCTATG         ATCACCTCACCACCCTGCCCCATGTGCAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 303907 CTGCAGCTATGGTT...CAGATCACCTCACCACCCTGCCCCATGTGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTACCTGAAGTCCGTACGCTACATTGAAGAGCTCCAGAAGTTTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306420 AGTACCTGAAGTCCGTACGCTACATTGAAGAGCTCCAGAAGTTTGTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACGACAACTACAA         ACTGTCGCTCAGAATCGAACCAGGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 306470 GACGACAACTACAAGTA...CAGACTGTCGCTCAGAATCGAACCAGGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAGCTCTCCAAGACTAGTCTCTTCCAAGGAAGATCTTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 312453 CAGCTCTCCAAGACTAGTCTCTTCCAAGGAAGATCTTGCAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GTCCCTCTGCTGGCTCCGGTTCTGCGAGGTTCAGCCGGAGGCCCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332802 GTCCCTCTGCTGGCTCCGGTTCTGCGAGGTTCAGCCGGAGGCCCACCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CCTGACACATCTGTTGCTGGCAGCCTCCCCACACCTCCAGTCCCCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332852 CCTGACACATCTGTTGCTGGCAGCCTCCCCACACCTCCAGTCCCCAGACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAGGAAGAGCCACAGCCTAGGCAACAA         TATGATGTGTCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 332902 CAGGAAGAGCCACAGCCTAGGCAACAAGTG...CAGTATGATGTGTCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGAGTGTAGTTGAGAGTAAAAGTGCGACATTCCCATCGGAGAAAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334199 TGAGTGTAGTTGAGAGTAAAAGTGCGACATTCCCATCGGAGAAAGCAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CACCTACTGGACGACAGTGTCCTAGAGTCCCGCAGCCCCCGAAGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334249 CACCTACTGGACGACAGTGTCCTAGAGTCCCGCAGCCCCCGAAGGGGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGCTCTGACCTCCTCCTCTGCTGTCACCAATGGACTCTCCCTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 334299 GGCTCTGACCTCCTCCTCTGCTGTCACCAATGGACTCTCCCTAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196    GCAGTAGTGAGAGCTCAGAGTTTAGTGAAGAGATGTCTTCAGGGCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336723 CAGGCAGTAGTGAGAGCTCAGAGTTTAGTGAAGAGATGTCTTCAGGGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAAAG         CCCCACCGGCCCGTGCATCTGTTCTCTGGGGAACTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336773 GAAAGGTG...CAGCCCCACCGGCCCGTGCATCTGTTCTCTGGGGAACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CGCAGCTGTGCCCACCATGGAGGGGCCTCTGAGAAGAAAAACCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349878 CGCAGCTGTGCCCACCATGGAGGGGCCTCTGAGAAGAAAAACCCTGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGGAAGGGCGGAAGCCTGCG         CTGTCCTCGTGGACCAGGTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 349928 AGGAAGGGCGGAAGCCTGCGGTA...TAGCTGTCCTCGTGGACCAGGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TGGGTCATACTCTCAGGATCCACCCTCCTGTACTACGGAGCCAAGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350359 TGGGTCATACTCTCAGGATCCACCCTCCTGTACTACGGAGCCAAGTCCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCGGGGCACAGACAGAAAACAC         TATAAATCCACACCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 350409 GCGGGGCACAGACAGAAAACACGTA...CAGTATAAATCCACACCTGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AAAAGGTTTCCATCGTGGGCTGGATGGTGCAGCTGCCCGATGACCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 350674 AAAAGGTTTCCATCGTGGGCTGGATGGTGCAGCTGCCCGATGACCCCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CACCCAGATATCTTCCAGCTGAACAACCCTGACAAAG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 350724 CACCCAGATATCTTCCAGCTGAACAACCCTGACAAAGGTA...CAGGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 TGTTTACAAGTTTCAGACTGGTTCCCGATTTCATGCAATACTGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352466 TGTTTACAAGTTTCAGACTGGTTCCCGATTTCATGCAATACTGTGGCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGCATTTGGATGATGCATGTAAAAGCAACAGGCCTCAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 352516 AGCATTTGGATGATGCATGTAAAAGCAACAGGCCTCAGGTA...TAGGTA

   1800     .    :    .    :
   1648 CCTGCAAACCTTATGTCATTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||
 356454 CCTGCAAACCTTATGTCATTTGAG