seq1 = pF1KA0338.tfa, 2643 bp
seq2 = pF1KA0338/gi568815578f_36073778.tfa (gi568815578f:36073778_36322395), 248618 bp

>pF1KA0338 2643
>gi568815578f:36073778_36322395 (Chr20)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-342  (101774-101938)   100% ->
343-447  (104175-104279)   100% ->
448-490  (104853-104895)   100% ->
491-566  (108495-108570)   100% ->
567-785  (111340-111558)   100% ->
786-873  (113899-113986)   100% ->
874-1026  (114570-114722)   100% ->
1027-1124  (116500-116597)   100% ->
1125-1300  (116845-117020)   100% ->
1301-1449  (120435-120583)   100% ->
1450-1485  (121552-121587)   100% ->
1486-1668  (124082-124264)   100% ->
1669-2079  (135711-136121)   100% ->
2080-2184  (138495-138599)   100% ->
2185-2268  (140580-140663)   100% ->
2269-2355  (145099-145185)   100% ->
2356-2439  (145984-146067)   100% ->
2440-2520  (148087-148167)   100% ->
2521-2643  (148501-148624)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAACAGAGACAGGCCCCGACTCTGAGGTGAAGAAAGCTCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAACAGAGACAGGCCCCGACTCTGAGGTGAAGAAAGCTCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCCGCAGCAGCCCGAGGCTGCTGCCGCTGTGACCACCCCTGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCCGCAGCAGCCCGAGGCTGCTGCCGCTGTGACCACCCCTGTGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCAGGCCACGGCCACCCAGAGGCCAACTCCAATGAGAAGCATCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCAGGCCACGGCCACCCAGAGGCCAACTCCAATGAGAAGCATCCATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGGACACGCGGCCTGCTGAACAG         AGCCTAGACATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 CAGCAGGACACGCGGCCTGCTGAACAGGTG...CAGAGCCTAGACATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAAGGACTACAGTGAGGCCGATGGCCTTTCGGAGAGGACCACGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101788 GGAGAAGGACTACAGTGAGGCCGATGGCCTTTCGGAGAGGACCACGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAGGCCCAGAAATCGCCCCAGAAGATTGCCAAGAAATACAAGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101838 GCAAGGCCCAGAAATCGCCCCAGAAGATTGCCAAGAAATACAAGAGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTGCCGGGTCACTCTGCTTGATGCCTCGGAGTATGAGTGTGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101888 ATCTGCCGGGTCACTCTGCTTGATGCCTCGGAGTATGAGTGTGAGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         AAACATGGCCGGGGCCAGGTGCTGTTTGACCTGGTCTGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101938 GGTA...TAGAAACATGGCCGGGGCCAGGTGCTGTTTGACCTGGTCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACACCTCAACCTCCTAGAGAAGGACTACTTCGGCCTGACCTTCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104215 AACACCTCAACCTCCTAGAGAAGGACTACTTCGGCCTGACCTTCTGTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGACAGCCAGAAG         AACTGGCTGGACCCCTCCAAGGAGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104265 GCTGACAGCCAGAAGGTA...TAGAACTGGCTGGACCCCTCCAAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGAAGCAGATCCGGA         GTAGCCCCTGGAATTTTGCCTTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104879 CAAGAAGCAGATCCGGAGTG...CAGGTAGCCCCTGGAATTTTGCCTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTCAAGTTCTACCCGCCTGATCCTGCCCAGCTGACAGAAGACATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108519 CAGTCAAGTTCTACCCGCCTGATCCTGCCCAGCTGACAGAAGACATCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AG         ATACTACCTGTGCCTGCAGCTGCGGGCAGACATCATCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108569 AGGTG...CAGATACTACCTGTGCCTGCAGCTGCGGGCAGACATCATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCCGGCTGCCATGCTCCTTTGTCACGCATGCCCTACTGGGCTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111379 GGGCCGGCTGCCATGCTCCTTTGTCACGCATGCCCTACTGGGCTCCTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGTGCAGGCTGAGCTGGGTGACTATGATGCTGAGGAGCATGTGGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111429 CTGTGCAGGCTGAGCTGGGTGACTATGATGCTGAGGAGCATGTGGGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGTCAGCGAGCTCCGCTTCGCCCCTAACCAGACCCGGGAGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111479 TATGTCAGCGAGCTCCGCTTCGCCCCTAACCAGACCCGGGAGCTGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGGATCATGGAGCTGCATAAGACATATAG         GGGGATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111529 GAGGATCATGGAGCTGCATAAGACATATAGGTA...CAGGGGGATGACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGGGAGAAGCAGAAATCCACTTCTTAGAGAATGCCAAGAAGCTTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113910 CGGGAGAAGCAGAAATCCACTTCTTAGAGAATGCCAAGAAGCTTTCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACGGAGTAGACCTGCACCATGCCAAG         GACTCTGAGGGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113960 TACGGAGTAGACCTGCACCATGCCAAGGTA...CAGGACTCTGAGGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGACATCATGTTAGGCGTTTGTGCCAATGGCCTGCTCATCTACCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114584 CGACATCATGTTAGGCGTTTGTGCCAATGGCCTGCTCATCTACCGGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGCTGAGAATCAACCGCTTTGCCTGGCCCAAGATCCTCAAGATCTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114634 GGCTGAGAATCAACCGCTTTGCCTGGCCCAAGATCCTCAAGATCTCCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGAGGAGTAACTTCTATATCAAGATCCGGCCTGGGGAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114684 AAGAGGAGTAACTTCTATATCAAGATCCGGCCTGGGGAGGTG...CAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAGCAATTTGAGAGCACAATTGGCTTTAAGCTCCCAAACCACCGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116502 TGAGCAATTTGAGAGCACAATTGGCTTTAAGCTCCCAAACCACCGGTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAAGAGACTGTGGAAGGTCTGCATCGAGCATCATACATTCTTCCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116552 CCAAGAGACTGTGGAAGGTCTGCATCGAGCATCATACATTCTTCCGGTG.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125      GCTGGTGTCCCCTGAGCCCCCACCCAAGGGCTTCCTGGTGATGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116602 ..CAGGCTGGTGTCCCCTGAGCCCCCACCCAAGGGCTTCCTGGTGATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCCAAGTTCCGGTACAGTGGGAGGACCCAGGCACAGACTCGCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116890 CTCCAAGTTCCGGTACAGTGGGAGGACCCAGGCACAGACTCGCCAGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCGCCCTCATTGACCGGCCTGCACCCTTCTTTGAGCGTTCTTCCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116940 GCGCCCTCATTGACCGGCCTGCACCCTTCTTTGAGCGTTCTTCCAGCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGGTACACCATGTCCCGCAGCCTTGATGGAG         CAGAGTTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116990 CGGTACACCATGTCCCGCAGCCTTGATGGAGGTA...CAGCAGAGTTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCGCCCAGCCTCGGTCAGCGAGAACCATGATGCAGGGCCTGACGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120445 CCGCCCAGCCTCGGTCAGCGAGAACCATGATGCAGGGCCTGACGGTGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCGGGATGAGGATGGCGAGTCTGGGGGGCAACGGTCAGAGGCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120495 AGCGGGATGAGGATGGCGAGTCTGGGGGGCAACGGTCAGAGGCTGAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGAGAGGTCAGGACTCCAACCAAGATCAAGGAGCTAAAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120545 GGAGAGGTCAGGACTCCAACCAAGATCAAGGAGCTAAAGGTA...TAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGAGCAGGAAACCACGCCGAGACACAAGCAGGAG         TTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121554 GGAGCAGGAAACCACGCCGAGACACAAGCAGGAGGTA...TAGTTCTTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAAGCCAGAAGATGTCTTGCTGAAGCACCAGGCCAGCATCAATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124089 ACAAGCCAGAAGATGTCTTGCTGAAGCACCAGGCCAGCATCAATGAGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAAAGGACCCTGAAGGAGCCCAACAGCAAACTCATCCACCGGGATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124139 AAAAGGACCCTGAAGGAGCCCAACAGCAAACTCATCCACCGGGATCGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTGGGAACGGGAGCGCAGGCTGCCCTCCTCCCCCGCCTCCCCCTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124189 CTGGGAACGGGAGCGCAGGCTGCCCTCCTCCCCCGCCTCCCCCTCCCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGGGCACCCCTGAGAAAGCCAATGAG         AGAGCAGGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124239 AGGGCACCCCTGAGAAAGCCAATGAGGTA...TAGAGAGCAGGGCTGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGGGCTCCGAGGAGAAAGTCAAACCACCACGTCCCCGGGCCCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135726 GAGGGCTCCGAGGAGAAAGTCAAACCACCACGTCCCCGGGCCCCAGAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGACACAGGCGATGAGGACCAGGACCAGGAGAGGGACACGGTGTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135776 TGACACAGGCGATGAGGACCAGGACCAGGAGAGGGACACGGTGTTCCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGACAACCACCTGGCCATTGAGCGCAAGTGCTCCAGCATCACGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135826 AGGACAACCACCTGGCCATTGAGCGCAAGTGCTCCAGCATCACGGTCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCTACGTCTAGCCTGGAGGCTGAGGTGGACTTCACGGTCATTGGTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135876 TCTACGTCTAGCCTGGAGGCTGAGGTGGACTTCACGGTCATTGGTGACTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCATGGCAGCGCCTTCGAAGACTTCTCCCGCAGCCTGCCTGAGCTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135926 CCATGGCAGCGCCTTCGAAGACTTCTCCCGCAGCCTGCCTGAGCTCGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GGGACAAAAGCGACTCGGACACTGAGGGCCTGCTGTTCTCCCGGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135976 GGGACAAAAGCGACTCGGACACTGAGGGCCTGCTGTTCTCCCGGGATCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AACAAGGGGGCCCCCAGCCAGGATGATGAGTCTGGGGGCATTGAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136026 AACAAGGGGGCCCCCAGCCAGGATGATGAGTCTGGGGGCATTGAGGACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CCCGGATCGAGGGGCCTGCTCCACCCCGGATATGCCCCAGTTTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 136076 CCCGGATCGAGGGGCCTGCTCCACCCCGGATATGCCCCAGTTTGAGGTA.

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080      CCCGTGAAAACAGAAACCATGACTGTCAGCAGTCTGGCCATTAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136126 ..CAGCCCGTGAAAACAGAAACCATGACTGTCAGCAGTCTGGCCATTAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AAGAAGATTGAGCCGGAGGCCGTACTGCAGACCAGAGTCTCCGCTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138540 AAGAAGATTGAGCCGGAGGCCGTACTGCAGACCAGAGTCTCCGCTATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TAACACCCAG         CAGGTTGATGGGAGTGCCTCAGTGGGGAGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 138590 TAACACCCAGGTA...CAGCAGGTTGATGGGAGTGCCTCAGTGGGGAGGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AGTTCATAGCAACCACTCCCTCCATCACCACGGAGACCATATCGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140611 AGTTCATAGCAACCACTCCCTCCATCACCACGGAGACCATATCGACCACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATG         GAGAACAGTCTCAAGTCCGGGAAGGGGGCAGCTGCCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140661 ATGGTA...CAGGAGAACAGTCTCAAGTCCGGGAAGGGGGCAGCTGCCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GATCCCAGGCCCACAGACGGTGGCCACGGAAATCCGTTCTCTTTCTCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 145137 GATCCCAGGCCCACAGACGGTGGCCACGGAAATCCGTTCTCTTTCTCCGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356         ATCATCGGGAAAGATGTCCTCACCAGCACCTACGGCGCCACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145187 TA...CAGATCATCGGGAAAGATGTCCTCACCAGCACCTACGGCGCCACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GCGGAAACCCTCTCAACCTCCACCACCACCCATGTCACCAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 146026 GCGGAAACCCTCTCAACCTCCACCACCACCCATGTCACCAAAGTG...CA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2440  ACTGTGAAAGGAGGGTTTTCTGAGACAAGGATCGAGAAGCGAATCATCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148086 GACTGTGAAAGGAGGGTTTTCTGAGACAAGGATCGAGAAGCGAATCATCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TTACTGGGGATGAAGATGTCGATCAAGACCAG         GCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 148136 TTACTGGGGATGAAGATGTCGATCAAGACCAGGTA...CAGGCCCTGGCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 TTGGCCATCAAGGAGGCCAAACTGCAGCATCCTGATATGCTGGTAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148510 TTGGCCATCAAGGAGGCCAAACTGCAGCATCCTGATATGCTGGTAACCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 AGCTGTCGTATACAGAGAAACAGACCCATCCCCAGAGGAGAGGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148560 AGCTGTCGTATACAGAGAAACAGACCCATCCCCAGAGGAGAGGGACAAGA

   2800     .    :    .
   2630 AGCCACAGG AATCC
        |||||||||-||  |
 148610 AGCCACAGGTAAGGC