seq1 = pF1KA0327.tfa, 2460 bp
seq2 = pF1KA0327/gi568815593f_141292814.tfa (gi568815593f:141292814_141495273), 202460 bp

>pF1KA0327 2460
>gi568815593f:141292814_141495273 (Chr5)

1-2460  (100001-102460)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTCCACAGAGTCGCCCCAGACGCGGCGAGCTGATCCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTCCACAGAGTCGCCCCAGACGCGGCGAGCTGATCCTGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTGCTGGGAACGCTGTGGGAAATCGGGAGGGGACAGATTCGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTGCTGGGAACGCTGTGGGAAATCGGGAGGGGACAGATTCGCTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGCCAGAAGAGACGGACAAAGGCTCCTTCGTGGGTAATATCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGCCAGAAGAGACGGACAAAGGCTCCTTCGTGGGTAATATCTCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGGGGCTGGACCCCCGGAAGCTGGCGAAGCACGGAGTCCGTATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTGGGGCTGGACCCCCGGAAGCTGGCGAAGCACGGAGTCCGTATCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCAGAGGTAGGACGCAGCTCTTTGCTCTGAACCCGCGCAGCGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCAGAGGTAGGACGCAGCTCTTTGCTCTGAACCCGCGCAGCGGCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGATCACCGCGGGCAGGATAGATCGGGAGGAGCTCTGCGCTCAGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGATCACCGCGGGCAGGATAGATCGGGAGGAGCTCTGCGCTCAGAGCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGTGTCTGATAAATATTAACACCCTGGTTGAGGATAAAGGAAAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGTGTCTGATAAATATTAACACCCTGGTTGAGGATAAAGGAAAACTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGGTAGAAATAGAAATAATTGATATTAACGATAATAACCCAAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGGTAGAAATAGAAATAATTGATATTAACGATAATAACCCAAAATTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGTCGAAGATCTAGAAGTAAAAATTAACGAAATCGCGGTTCCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTCGAAGATCTAGAAGTAAAAATTAACGAAATCGCGGTTCCTGGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTTATCCACTCCCAGAAGCTGTTGACCCGGATGTGGGCGTGAACTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTTATCCACTCCCAGAAGCTGTTGACCCGGATGTGGGCGTGAACTCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGAGCTACCAGCTCAGCCCCAATCACCACTTCTCCCTGGACGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAGAGCTACCAGCTCAGCCCCAATCACCACTTCTCCCTGGACGTGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGGAGACAATGGAGCCATAAACCCAGAGCTGGTGCTGGAGCGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGGAGACAATGGAGCCATAAACCCAGAGCTGGTGCTGGAGCGCGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACAGGGAGGAAGAGGCTGCTCACCACCTGGTCCTCACGGCCTCGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACAGGGAGGAAGAGGCTGCTCACCACCTGGTCCTCACGGCCTCGGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGGCAAGCCGCCTCGCTCTAGCACAGTGCGCATCCACGTGACAGTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGGCAAGCCGCCTCGCTCTAGCACAGTGCGCATCCACGTGACAGTGTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATACAAATGACAATGCCCCGGTTTTTCCTCACCCGATTTACCGAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATACAAATGACAATGCCCCGGTTTTTCCTCACCCGATTTACCGAGTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCCTTGAGAACATGCCCCCAGGCACGCGGCTGCTTACTGTAACAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCCTTGAGAACATGCCCCCAGGCACGCGGCTGCTTACTGTAACAGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGACCCGGATGAGGGAATCAACGGAAAAGTGGCATACAAATTCCGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGACCCGGATGAGGGAATCAACGGAAAAGTGGCATACAAATTCCGGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTAATGAAAAACAAACTCCGTTATTCCAGCTTAATGAAAATACTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTAATGAAAAACAAACTCCGTTATTCCAGCTTAATGAAAATACTGGGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATATCAATAGCAAAAAGTCTAGATTATGAAGAATGTTCATTTTATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATATCAATAGCAAAAAGTCTAGATTATGAAGAATGTTCATTTTATGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAAATACAAGCCGAAGATGTGGGGGCACTTCTGGGGAGGACCAAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAAATACAAGCCGAAGATGTGGGGGCACTTCTGGGGAGGACCAAATTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCATTTCGGTGGAAGATGTAAATGACAATAGACCAGAAGTGATCATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCATTTCGGTGGAAGATGTAAATGACAATAGACCAGAAGTGATCATTACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTTTGTTTAGCCCAGTGTTAGAAAATTCTCTTCCCGGGACAGTAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTTTGTTTAGCCCAGTGTTAGAAAATTCTCTTCCCGGGACAGTAATTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTCTTGAGTGTGCATGACCAAGACTCTGGAAAGAATGGTCAAGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTCTTGAGTGTGCATGACCAAGACTCTGGAAAGAATGGTCAAGTTGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GTTACACACGTGATAATTTACCTTTTAAATTAGAAAAGTCAATAGGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GTTACACACGTGATAATTTACCTTTTAAATTAGAAAAGTCAATAGGTAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TATTATAGATTAGTAACAAGGAAATATTTGGACCGAGAAAATGTCTCTAT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TATTATAGATTAGTGACAAGGAAATATTTGGACCGAGAAAATGTCTCTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTACAATATCACAGTGATGGCCTCAGATCTAGGAACACCACCTCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTACAATATCACAGTGATGGCCTCAGATCTAGGAACACCACCTCTGTCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTGAAACTCAAATCGCTCTGCACGTGGCAGACATTAACGACAACCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGAAACTCAAATCGCTCTGCACGTGGCAGACATTAACGACAACCCTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACTTTCCCTCATGCCTCCTACTCAGCGTATATCCTAGAGAACAACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACTTTCCCTCATGCCTCCTACTCAGCGTATATCCTAGAGAACAACCTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGGAGCCTCCATCTTTTCCTTGACTGCACACGACCCCGACAGCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AGGAGCCTCCATCTTTTCCTTGACTGCACACGACCCCGACAGCCAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATGCCCAGGTCACTTACTCTGTGACCGAGGACACGCTGCAGGGGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ATGCCCAGGTCACTTACTCTGTGACCGAGGACACGCTGCAGGGGGCGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CTGTCCTCGTATATCTCCATCAACTCTGACACCGGTGTCCTGTATGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CTGTCCTCGTATATCTCCATCAACTCTGACACCGGTGTCCTGTATGCGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCAATCTTTCGACTATGAGCAGATCCGAGACCTGCAGCTACTGGTAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCAATCTTTCGACTATGAGCAGATCCGAGACCTGCAGCTACTGGTAACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CCAGCGACAGCGGGGACCCGCCCCTCAGCAGCAACATGTCACTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CCAGCGACAGCGGGGACCCGCCCCTCAGCAGCAACATGTCACTGAGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TTCGTGCTGGACCAGAATGACAACGCGCCCGAGATCCTGTACCCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TTCGTGCTGGACCAGAATGACAACGCGCCCGAGATCCTGTACCCCGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCCCACAGACGGTTCCACTGGCGTGGAGCTGGCGCCCCGCTCCGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 CCCCACAGACGGTTCCACTGGCGTGGAGCTGGCGCCCCGCTCCGCAGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GTGGCTACCTGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACAGAGACTCGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 GTGGCTACCTGGTGACCAAGGTGGTGGCGGTGGACAGAGACTCGGGCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 AACGCCTGGCTGTCCTACCGCCTGCTCAAGGCCAGCGAGCCGGGACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 AACGCCTGGCTGTCCTACCGCCTGCTCAAGGCCAGCGAGCCGGGACTCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CTCGGTGGGTCTGCACACGGGCGAGGTGCGCACGGCGCGAGCCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CTCGGTGGGTCTGCACACGGGCGAGGTGCGCACGGCGCGAGCCCTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ACAGAGACGCGCTCAAGCAGAGCCTCGTGGTGGCCGTCCAGGACCATGGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ACAGAGATGCGCTCAAGCAGAGCCTCGTGGTGGCCGTCCAGGACCATGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CAGCCCCCTCTCTCCGCCACTGTCACGCTCACCGTAGCCGTGGCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CAGCCCCCTCTCTCCGCCACTGTCACGCTCACCGTAGCCGTGGCTGACAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CATCCCCGAAGTCCTGACCGAGTTGGGCAGTCTGAAGCCTTCGGTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CATCCCCGAAGTCCTGACCGAGTTGGGCAGTCTGAAGCCTTCGGTCGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CGAACGATTCGAGCCTTACACTCTATCTCGTGGTGGCAGTGGCTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CGAACGATTCGAGCCTTACACTCTATCTCGTGGTGGCAGTGGCTGCCATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TCCTGTGTCTTCCTCGCCTTTGTCGCTGTGCTTCTGGGGCTCAGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TCCTGTGTCTTCCTCGCCTTTGTCGCTGTGCTTCTGGGGCTCAGGCTGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GCGCTGGCACAAGTCACGCCTGCTCCAGGATTCCGGTGGCAGATTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GCGCTGGCACAAGTCACGCCTGCTCCAGGATTCCGGTGGCAGATTGGTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 GCGTGCCTGCCTCACATTTTGTGGGTGTTGAGGAGGTACAGGCTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GCGTGCCTGCCTCACATTTTGTGGGTGTTGAGGAGGTACAGGCTTTCCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 CAGACCTATTCCCAGGAAGTCTCCCTCACCGCCGACTCGCGGAAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CAGACCTATTCCCAGGAAGTCTCCCTCACCGCCGACTCGCGGAAGAGTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACATGCTCATCAGTCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CCTGATCTTTCCCCAGCCCAACTACGCAGACATGCTCATCAGTCAGGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 GCTGTGAGAAAAATGATTCTTTGTTAACATCCGTAGATTTTCATGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 GCTGTGAGAAAAATGATTCTTTGTTAACATCCGTAGATTTTCATGAATAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 AAGAATGAAGCTGATCATGGTCAGGTGAGTTTAGTTCTTTGCTTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 AAGAATGAAGCTGATCATGGTCAGGTGAGTTTAGTTCTTTGCTTGCTTTT

   2450     .    :
   2451 AATTTCCAGA
        ||||||||||
 102451 AATTTCCAGA