seq1 = pF1KA0260.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KA0260/gi568815597r_66904343.tfa (gi568815597r:66904343_67154013), 249671 bp

>pF1KA0260 1065
>gi568815597r:66904343_67154013 (Chr1)

(complement)

1-203  (100001-100203)   100% ->
204-237  (101025-101058)   100% ->
238-324  (101157-101243)   100% ->
325-392  (101935-102002)   100% ->
393-464  (103510-103581)   100% ->
465-533  (104164-104232)   100% ->
534-636  (106647-106749)   100% ->
637-729  (111686-111778)   100% ->
730-797  (132412-132479)   100% ->
798-876  (133567-133645)   100% ->
877-959  (144847-144929)   100% ->
960-1065  (149566-149671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAAGTTCATAGACGTCAGCATGCTCGGGTTAAAGGAGAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAAGTTCATAGACGTCAGCATGCTCGGGTTAAAGGAGAAGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGAAATCCTCCACACTCCGAGATGAGGAGGAGCTGGGGATGGCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGAAATCCTCCACACTCCGAGATGAGGAGGAGCTGGGGATGGCGTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAAACGCTGACCGTGTTTCTGAAGCTGCTGGCCGCCGGCTTTTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGAAACGCTGACCGTGTTTCTGAAGCTGCTGGCCGCCGGCTTTTACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAGCTCCTTCCTGATCGTGGTGGTGAATAAGAGCGTGCTCACCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAGCTCCTTCCTGATCGTGGTGGTGAATAAGAGCGTGCTCACCAATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAG         ATTTCCCTCCTCACTATGTGTTGGACTTGGCCAG    
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100201 CAGGTA...TAGATTTCCCTCCTCACTATGTGTTGGACTTGGCCAGGTT.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      ATGGTGGCCACAGTGGCAGTTCTCTGGGTGGGAAAGGCGCTCAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101063 ..CAGATGGTGGCCACAGTGGCAGTTCTCTGGGTGGGAAAGGCGCTCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTAGTCAAGTTTCCTGACCTTGACAGAAATGTACCTCGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101202 GTAGTCAAGTTTCCTGACCTTGACAGAAATGTACCTCGAAAGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  ACGTTTCCACTACCTCTACTATATTTTGGGAACCAAATCACGGGACTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 GACGTTTCCACTACCTCTACTATATTTTGGGAACCAAATCACGGGACTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGCACAAAGAAACTGAA         CTTGCCAATGTTTACAGTTCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101984 TCAGCACAAAGAAACTGAAGTA...CAGCTTGCCAATGTTTACAGTTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAAGGTTCTCCATCCTGTTTACAATGTTTGCTGAAGGAGTTTTACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 AGAAGGTTCTCCATCCTGTTTACAATGTTTGCTGAAGGAGTTTTACTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465          GAAGACTTTTTCTTGGGGTATTAAAATGACTGTATTTGCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103582 GTG...TAGGAAGACTTTTTCTTGGGGTATTAAAATGACTGTATTTGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATTATTGGAGCCTTTGTAGCTGCCAG         CTCTGACTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104205 TGATTATTGGAGCCTTTGTAGCTGCCAGGTA...CAGCTCTGACTTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGATCTGGAAGGATATGCTTTTATTCTGATAAACGATGTCCTAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106660 TTTGATCTGGAAGGATATGCTTTTATTCTGATAAACGATGTCCTAACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCAAATGGTGCATACGTAAAACAAAAATTAGATTCAAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106710 AGCAAATGGTGCATACGTAAAACAAAAATTAGATTCAAAAGTA...TAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGCTGGGAAAATATGGACTGCTCTATTACAATGCACTGTTCATGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111687 AGCTGGGAAAATATGGACTGCTCTATTACAATGCACTGTTCATGATTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCCACCCTGGCCATTGCGTATTTCACAGGAGATGCACAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111737 CCCACCCTGGCCATTGCGTATTTCACAGGAGATGCACAAAAGGTA...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730  GCTGTGGAGTTTGAAGGCTGGGCTGACACCCTCTTTCTTCTGCAGTTCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132411 GGCTGTGGAGTTTGAAGGCTGGGCTGACACCCTCTTTCTTCTGCAGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCCTCTCCTGTGTGATGGG         GTTTATCTTAATGTACGCCACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 132461 CCCTCTCCTGTGTGATGGGGTA...TAGGTTTATCTTAATGTACGCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GTACTCTGCACGCAGTATAATTCTGCTCTTACAACTACAATAGTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133589 GTACTCTGCACGCAGTATAATTCTGCTCTTACAACTACAATAGTTGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TATTAAG         AATATATTAATAACTTATATTGGAATGGTCTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133639 TATTAAGGTA...TAGAATATATTAATAACTTATATTGGAATGGTCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GTGGAGATTATATTTTCACGTGGACAAACTTCATTGGTTTAAATATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 144881 GTGGAGATTATATTTTCACGTGGACAAACTTCATTGGTTTAAATATCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960         CATTGCTGGGAGCCTGGTATATTCCTATATCACTTTCACTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144931 TA...CAGCATTGCTGGGAGCCTGGTATATTCCTATATCACTTTCACTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 AGAGCAGCTGAGCAAACAGTCAGAGGCTAATAACAAGCTGGACATTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149608 AGAGCAGCTGAGCAAACAGTCAGAGGCTAATAACAAGCTGGACATTAAGG

   1150     .    :
   1052 GGAAAGGAGCAGTG
        ||||||||||||||
 149658 GGAAAGGAGCAGTG