seq1 = pF1KA0255.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KA0255/gi568815578f_32033049.tfa (gi568815578f:32033049_32265441), 232393 bp

>pF1KA0255 1875
>gi568815578f:32033049_32265441 (Chr20)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-178  (103026-103125)   100% ->
179-347  (108449-108617)   100% ->
348-477  (108718-108847)   100% ->
478-601  (109934-110057)   100% ->
602-720  (112043-112161)   100% ->
721-832  (112264-112375)   100% ->
833-903  (113737-113807)   100% ->
904-1036  (116586-116718)   100% ->
1037-1118  (117574-117655)   100% ->
1119-1194  (117752-117827)   100% ->
1195-1278  (122055-122138)   100% ->
1279-1454  (124746-124921)   100% ->
1455-1518  (125403-125466)   100% ->
1519-1638  (126944-127063)   100% ->
1639-1728  (128228-128317)   100% ->
1729-1875  (132247-132393)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGAAACAAGCGCCTTCTATGTGCCTGGGGTCGCGCCTATCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGAAACAAGCGCCTTCTATGTGCCTGGGGTCGCGCCTATCAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACCAGAACGATCCCGTAGAAATCAAG         GCTGTGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CCACCAGAACGATCCCGTAGAAATCAAGGTA...CAGGCTGTGAAGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGCTCTCGAACCCAGCTACCTTATGAATACTATTCACTGCCCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103039 CCAGCTCTCGAACCCAGCTACCTTATGAATACTATTCACTGCCCTTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCCCAGCAAGATAACCTACAAGGCAGAGAATCTGG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103089 CAGCCCAGCAAGATAACCTACAAGGCAGAGAATCTGGGTA...CAGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGCTGAGAGGGGACCGGATTGTCAACACCCCTTTCCAGGTTCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108453 GGTGCTGAGAGGGGACCGGATTGTCAACACCCCTTTCCAGGTTCTCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGCGAGAAGAAGTGTGAAGTTCTGTGCAGCCAGTCCAACAAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108503 ACAGCGAGAAGAAGTGTGAAGTTCTGTGCAGCCAGTCCAACAAGCCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCTGACAGTGGAGCAGAGCCGACTCGTGGCCGAGCGGATCACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108553 ACCCTGACAGTGGAGCAGAGCCGACTCGTGGCCGAGCGGATCACAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACTACGTCCACCT         CATTGCTGACAACCTGCCTGTGGCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108603 CTACTACGTCCACCTGTA...CAGCATTGCTGACAACCTGCCTGTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCGGCTGGAGCTCTACTCCAACCGAGACAGCGATGACAAGAAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108744 CCCGGCTGGAGCTCTACTCCAACCGAGACAGCGATGACAAGAAGAAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGATGTGCAGTTTGAACACGGCTACCGGCTCGGCTTCACAGATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 AAAGATGTGCAGTTTGAACACGGCTACCGGCTCGGCTTCACAGATGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAG         ATCTACCTGCACAACCACCTCTCATTCATCCTTTACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108844 CAAGGTA...CAGATCTACCTGCACAACCACCTCTCATTCATCCTTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCATCGGGAGGACATGGAAGAGGACCAGGAGCACACGTACCGTGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109971 ATCATCGGGAGGACATGGAAGAGGACCAGGAGCACACGTACCGTGTCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGCTTCGAGGTGATTCCCCAGAGCATCAGGCTGGAGG         ACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110021 CGCTTCGAGGTGATTCCCCAGAGCATCAGGCTGGAGGGTG...CAGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAAGCAGATGAGAAGAGTTCGTGCACTCTGCCTGAGGGTACCAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112047 CAAAGCAGATGAGAAGAGTTCGTGCACTCTGCCTGAGGGTACCAACTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCCCCAAGAAATTGACCCCACCAAGGAGAATCAGCTGTACTTCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112097 CGCCCCAAGAAATTGACCCCACCAAGGAGAATCAGCTGTACTTCACCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGTCCACTGGGAG         GAAAGTGATATCAAATGGGCCTCTCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112147 TCTGTCCACTGGGAGGTG...CAGGAAAGTGATATCAAATGGGCCTCTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGGGACACTTACCTGACCATGAGTGACGTCCAGATCCACTGGTTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112290 CTGGGACACTTACCTGACCATGAGTGACGTCCAGATCCACTGGTTTTCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCATTAACTCCGTTGTTGTGGTCTTCTTCCTGTCAG         GTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112340 TCATTAACTCCGTTGTTGTGGTCTTCTTCCTGTCAGGTG...CAGGTATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGAGCATGATTATCATTCGGACCCTCCGGAAGGACATTGCCAACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113742 CTGAGCATGATTATCATTCGGACCCTCCGGAAGGACATTGCCAACTACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGGAGGATGACATT         GAAGACACCATGGAGGAGTCTGGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113792 CAAGGAGGATGACATTGTA...CAGGAAGACACCATGGAGGAGTCTGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGAAGTTGGTGCACGGCGACGTCTTCAGGCCCCCCCAGTACCCCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116611 GGAAGTTGGTGCACGGCGACGTCTTCAGGCCCCCCCAGTACCCCATGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCAGCTCCCTGCTGGGCTCAGGCATTCAGCTGTTCTGTATGATCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116661 CTCAGCTCCCTGCTGGGCTCAGGCATTCAGCTGTTCTGTATGATCCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGTCATCT         TTGTAGCCATGCTTGGGATGCTGTCGCCCTCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116711 CGTCATCTGTG...CAGTTGTAGCCATGCTTGGGATGCTGTCGCCCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCCGGGGAGCTCTCATGACCACAGCCTGCTTCCTCTTCATGTTCATGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117607 GCCGGGGAGCTCTCATGACCACAGCCTGCTTCCTCTTCATGTTCATGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119         GGTGTTTGGCGGATTTTCTGCTGGCCGTCTGTACCGCACTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117657 TA...CAGGGTGTTTGGCGGATTTTCTGCTGGCCGTCTGTACCGCACTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAAAGGCCATCGGTGGAAGAAAGGAGCCTTCTGT         ACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117794 AAAAGGCCATCGGTGGAAGAAAGGAGCCTTCTGTGTG...CAGACGGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CTCTGTACCCTGGTGTGGTTTTTGGCATCTGCTTCGTATTGAATTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122062 CTCTGTACCCTGGTGTGGTTTTTGGCATCTGCTTCGTATTGAATTGCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATTTGGGGAAAGCACTCATCAGGAGCG         GTGCCCTTTCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122112 ATTTGGGGAAAGCACTCATCAGGAGCGGTA...CAGGTGCCCTTTCCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CATGGTGGCTCTGCTGTGCATGTGGTTCGGGATCTCCCTGCCCCTCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124760 CATGGTGGCTCTGCTGTGCATGTGGTTCGGGATCTCCCTGCCCCTCGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACTTGGGCTACTACTTCGGCTTCCGAAAGCAGCCATATGACAACCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124810 ACTTGGGCTACTACTTCGGCTTCCGAAAGCAGCCATATGACAACCCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CGCACCAACCAGATTCCCCGGCAGATCCCCGAGCAGCGGTGGTACATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124860 CGCACCAACCAGATTCCCCGGCAGATCCCCGAGCAGCGGTGGTACATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCGATTTGTGGG         CATCCTCATGGCTGGGATCTTGCCCTTCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124910 CCGATTTGTGGGGTG...CAGCATCCTCATGGCTGGGATCTTGCCCTTCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCGCCATGTTCATCGAGCTCTTCTTCATCTTCAGT         GCTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125432 GCGCCATGTTCATCGAGCTCTTCTTCATCTTCAGTGTG...CAGGCTATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TGGGAGAATCAGTTCTATTACCTCTTTGGCTTCCTGTTCCTTGTTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126950 TGGGAGAATCAGTTCTATTACCTCTTTGGCTTCCTGTTCCTTGTTTTCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CATCCTGGTGGTATCCTGTTCACAAATCAGCATCGTCATGGTGTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127000 CATCCTGGTGGTATCCTGTTCACAAATCAGCATCGTCATGGTGTACTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGCTGTGTGCAGAG         GATTACCGCTGGTGGTGGAGAAATTTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127050 AGCTGTGTGCAGAGGTG...CAGGATTACCGCTGGTGGTGGAGAAATTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CTAGTCTCCGGGGGCTCTGCATTCTACGTCCTGGTTTATGCCATCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128255 CTAGTCTCCGGGGGCTCTGCATTCTACGTCCTGGTTTATGCCATCTTTTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TTTCGTTAACAAG         CTGGACATCGTGGAGTTCATCCCCTCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128305 TTTCGTTAACAAGGTA...CAGCTGGACATCGTGGAGTTCATCCCCTCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TCCTCTACTTTGGCTACACGGCCCTCATGGTCTTGTCCTTCTGGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132275 TCCTCTACTTTGGCTACACGGCCCTCATGGTCTTGTCCTTCTGGCTGCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 ACGGGTACCATCGGCTTCTATGCAGCCTACATGTTTGTTCGCAAGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132325 ACGGGTACCATCGGCTTCTATGCAGCCTACATGTTTGTTCGCAAGATCTA

   2000     .    :    .
   1857 TGCTGCTGTGAAGATAGAC
        |||||||||||||||||||
 132375 TGCTGCTGTGAAGATAGAC