seq1 = pF1KA0254.tfa, 2976 bp
seq2 = pF1KA0254/gi568815587r_130778425.tfa (gi568815587r:130778425_131015939), 237515 bp

>pF1KA0254 2976
>gi568815587r:130778425_131015939 (Chr11)

(complement)

1-1674  (100001-101674)   99% ->
1675-1813  (104169-104307)   100% ->
1814-1914  (105570-105670)   99% ->
1915-2034  (105803-105922)   99% ->
2035-2165  (107857-107987)   100% ->
2166-2262  (109219-109315)   97% ->
2263-2443  (109807-109987)   100% ->
2444-2573  (112556-112685)   100% ->
2574-2758  (135134-135318)   99% ->
2759-2846  (136229-136316)   100% ->
2847-2976  (137386-137515)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGACAGAAACAGTGCCACCGTTCCAGGAAACTCCAGCTGGATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGACAGAAACAGTGCCACCGTTCCAGGAAACTCCAGCTGGATCGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTCACCTCAATAACCTGTTGAGTAGCCGGAAGCTGATGGCTGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTCACCTCAATAACCTGTTGAGTAGCCGGAAGCTGATGGCTGTGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGCTTGGCTGGCTCCTGGTCATACACCTTCTGGTCAACGTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGCTTGGCTGGCTCCTGGTCATACACCTTCTGGTCAACGTGTGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGTGCCTTCTGTCGGCATTGCTAGTGGTGCTGGGAGGATGGCTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGTGCCTTCTGTCGGCATTGCTAGTGGTGCTGGGAGGATGGCTGGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTCGCTGGAGTGGCTTCAGGTCGACTGCATCTGGAACGCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTCGCTGGAGTGGCTTCAGGTCGACTGCATCTGGAACGCTTCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGTTGGCCACCTGTCCTCCATGCCCTGAGGCAGAAAGGCAGCTGGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGTTGGCCACCTGTCCTCCATGCCCTGAGGCAGAAAGGCAGCTGGAACGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGATCAACCGCACCATCCAGATGATTATTCGAGATTTTGTGTTATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGATCAACCGCACCATCCAGATGATTATTCGAGATTTTGTGTTATCTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACCGTTCCGTGAGCCAGGAGCCAGCCTTTGAGGAAGAAATGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACCGTTCCGTGAGCCAGGAGCCAGCCTTTGAGGAAGAAATGGAGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATGAAAGGGTTGGTCCAGGAGCTTCGGAGAAGGATGAGCGTGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATGAAAGGGTTGGTCCAGGAGCTTCGGAGAAGGATGAGCGTGATGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTCATGCTGTTGCCCAGAGTGTTCTGACTCTCTGCGGTTGTCACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTCATGCTGTTGCCCAGAGTGTTCTGACTCTCTGCGGTTGTCACCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAGCTACATTCAGGCAAAGGAGGCCACTGCAGGGAAGAATGGTCCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAGCTACATTCAGGCAAAGGAGGCCACTGCAGGGAAGAATGGTCCAGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCCTTCCCACCTCTGGGAGGCTTACTGCCGGGCGACTGCCCCACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCCTTCCCACCTCTGGGAGGCTTACTGCCGGGCGACTGCCCCACATCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGTGCACAGCCCCAGTGCTGAAGTCACCTATACGCGTGGCGTTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGTGCACAGCCCCAGTGCTGAAGTCACCTATACGCGTGGCGTTGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTGTTGCTTCAAGGGCTGGTGCCCAAGCCCCACTTGGAGACTCGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTGTTGCTTCAAGGGCTGGTGCCCAAGCCCCACTTGGAGACTCGTACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACGCCATGTAGTGGTCGAACTCATCACATGCAATGTAATCTTACCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACGCCATGTAGTGGTCGAACTCATCACATGCAATGTAATCTTACCACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCAGCAGGCTGTCAGATCCTGACTGGATCCACCTTGTACTCGTGGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCAGCAGGCTGTCAGATCCTGACTGGATCCACCTTGTACTCGTGGGTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTTTCCAAGGCCAGAGATCCAGCACCCTGCCCAGCCAGTGCCCCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTTTCCAAGGCCAGAGATCCAGCACCCTGCCCAGCCAGTGCCCCCGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCCCTCAGTGCCCACATCTCTGCCACTGATTGCTGAGGTAGAGCAGCTT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCCCTCAGTGCCGACATCTCTGCCACTGATTGCTGAGGTAGAGCAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCAGAAGGGAGAGCTTCTCCAGTAGCAGCCCCAGTATTCCTAAGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCAGAAGGGAGAGCTTCTCCAGTAGCAGCCCCAGTATTCCTAAGTTACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGAGCCAGAGGGTTCTGCAGGCCCCTCTCCAGAGGTTGAAGAAGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGAGCCAGAGGGTTCTGCAGGCCCCTCTCCAGAGGTTGAAGAAGGCCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAGCTGTAGAGGGAGATTTGGGTGGGATGTGTGAAGAAAGAAAAGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAGCTGTAGAGGGAGATTTGGGTGGGATGTGTGAAGAAAGAAAAGTAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AACAACTCATCTCATTTCCTACAGCCAAATCTTCGAGGTCCCCTGTTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 101051 AACAACTCATCTCATTTCCTACAGCCAAATGTTCGAGGTCCCCTGTTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ATGTGAAGACTCAGAGCTGGAGTCTCCGCTGTCTGAACTGGGCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ATGTGAAGACTCAGAGCTGGAGTCTCCGCTGTCTGAACTGGGCAAAGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCATCATGCTCATGACTCCAGGCAGCTTTCTCTCTGACAGGATTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCATCATGCTCATGACTCCAGGCAGCTTTCTCTCTGACAGGATTCAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCCCTGTGTGCCCTAGAGAGTTCCCAGGCTCTGGAACCCAAAGATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCCCTGTGTGCCCTAGAGAGTTCCCAGGCTCTGGAACCCAAAGATGGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGCATCTGAAGGAGCAGAGGCTGAGGAGGGTCCAGGGACAGAAACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGCATCTGAAGGAGCAGAGGCTGAGGAGGGTCCAGGGACAGAAACAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAGGCCTGCCGGTCTCCACACTGAATTCCTGCCCAGAGATCCATATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CAGGCCTGCCGGTCTCCACACTGAATTCCTGCCCAGAGATCCATATTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACAGCAGACAAGGAGATAGAACAAGGAGATGTTACCGCCTCTGTTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACAGCAGACAAGGAGATAGAACAAGGAGATGTTACCGCCTCTGTTACAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TTTGCTGGAGGGGCCAGAAAAGACCTGCCCCTCACGGCCGTCATGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TTTGCTGGAGGGGCCAGAAAAGACCTGCCCCTCACGGCCGTCATGCTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGAAGGATCTCACCAATGATGTGAGCTCCCTTGATCCTACTCTGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGAAGGATCTCACCAATGATGTGAGCTCCCTTGATCCTACTCTGCCACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GTTCTGCTTTCCTCCTCTCCACCTGGTCCTCTCAGCTCAGCCACCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTTCTGCTTTCCTCCTCTCCACCTGGTCCTCTCAGCTCAGCCACCTTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CTTTGAGCCCCTAAGCAGTCCCGATGGTCCAGTTATCATCCAGAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CTTTGAGCCCCTAAGCAGTCCCGATGGTCCAGTTATCATCCAGAACCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GTATCACTGGCACCATTACAGCCCGAGAGCACAGTGGCACTGGATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GTATCACTGGCACCATTACAGCCCGAGAGCACAGTGGCACTGGATTCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CCATACACACTCTATACTGTGAAG         TACGAGACAGCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101651 CCATACACACTCTATACTGTGAAGGTA...CAGTACGAGACAGCCCTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CGGTGAAAACAGCAGCGGCCTGCAGCAGCTGGCCTACCACACTGTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104186 CGGTGAAAACAGCAGCGGCCTGCAGCAGCTGGCCTACCACACTGTGAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GTCGCTATCGGGAGTTCTTGAATCTGCAGACCCGTCTGGAGGAGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 GTCGCTATCGGGAGTTCTTGAATCTGCAGACCCGTCTGGAGGAGAAACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GATCTACGAAAGTTCATCAAAA         ATGTGAAGGGTCCTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104286 GATCTACGAAAGTTCATCAAAAGTC...AAGATGTGAAGGGTCCTAAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GCTCTTTCCAGATCTTCCATTTGGAAACATGGACAGTGACAGAGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 105589 GCTCTTTCCAGATCTTCCATTGGGAAACATGGACAGTGACAGAGTAGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CCCGTAAGAGCCTCCTAGAATCATTCCTAAAG         CAACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105639 CCCGTAAGAGCCTCCTAGAATCATTCCTAAAGGTC...CAGCAACTCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GCCATTCCAGAGATCGCTAACAGTGAGGAGGTGCAGGAGTTCCTTGCTCT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 GCCATTCCGGAGATCGCTAACAGTGAGGAGGTGCAGGAGTTCCTTGCTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GAACACAGATGCTCGTATTGCCTTTGTCAAGAAACCATTTATGGTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 GAACACAGATGCTCGTATTGCCTTTGTCAAGAAACCATTTATGGTCTCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 GAATAGACAAG         ATGGTGGTGAGTGCCATTGTGGACACCTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 GAATAGACAAGGTA...CAGATGGTGGTGAGTGCCATTGTGGACACCTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 AAGACAGCGTTTCCTCGCTCTGAACCCCAGAGCCCCACAGAGGAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107887 AAGACAGCGTTTCCTCGCTCTGAACCCCAGAGCCCCACAGAGGAGCTGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 TGAGGCCGAGACCGAAAGCAAGCCCCAGACAGAAGGCAAGAAGGCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107937 TGAGGCCGAGACCGAAAGCAAGCCCCAGACAGAAGGCAAGAAGGCTAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 A         GTCCAGGCTGAGGTTCTCATCCAGTAAAATTTCTCCAGCA
        |>>>...>>>||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107987 AGTG...CAGGTCTAGGCTGAGGTTCTCATCCAGTAAAATTTCTCCAGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 CTAAGTGTGACTGAAGCACAAGACAAGATTCTTTATTGTCTCCAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109259 CTAAGTGTGACTGAAGCACAAGACAAGATTCTTTATTGTCTCCAGGAAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 CAGTGTG         GAGTCTGAGACTCTATCCATGTCTGCGATGGAAT
        || ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109309 CAATGTGGTA...TAGGAGTCTGAGACTCTATCCATGTCTGCGATGGAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 CTTTTATTGAAAAACAGACAAAGTTACTGGAAATGCAGCCAACAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109841 CTTTTATTGAAAAACAGACAAAGTTACTGGAAATGCAGCCAACAAAAGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 CCAGAAAAAGATCCTGAACAACCTCCCAAAGGACGTGTGGACAGTTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109891 CCAGAAAAAGATCCTGAACAACCTCCCAAAGGACGTGTGGACAGTTGCGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 GTCAGATGCAGCCGTGCCAGCCCAAGACCCCAGCAACAGCGATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109941 GTCAGATGCAGCCGTGCCAGCCCAAGACCCCAGCAACAGCGATCCAGGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444       GAACAGAGACAGAGTTAGCTGACACAGCCCTGGATCTGCTCCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109991 ...CAGGAACAGAGACAGAGTTAGCTGACACAGCCCTGGATCTGCTCCTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 TTGCTACTAACAGAACAGTGGAAATGGCTATGTACCGAAAACATGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112600 TTGCTACTAACAGAACAGTGGAAATGGCTATGTACCGAAAACATGCAAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 GTTTCTTCGTCTTATCTTTGGGACCCTAGTTCAAAG         GTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112650 GTTTCTTCGTCTTATCTTTGGGACCCTAGTTCAAAGGTA...CAGGTGGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 TAGAGGTGCAGGTAGCTAATTTAACAAGTCCACAGCGCTGGGTGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135139 TAGAGGTGCAGGTAGCTAATTTAACAAGTCCACAGCGCTGGGTGCAGTAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 CTCCGGCTTCTTCAGGAGTCCATCTGGCCTGGTGGAGTTTTGCCTAAGTT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135189 CTCCTGCTTCTTCAGGAGTCCATCTGGCCTGGTGGAGTTTTGCCTAAGTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 TCCACGGCCCGTAAGGACCCAAGAGCAGAAACTGGCTGCTGAGAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135239 TCCACGGCCCGTAAGGACCCAAGAGCAGAAACTGGCTGCTGAGAAACAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2729 CTTTGCAGAGCCTGATGGGAGTCCTCCCAG         ATCTCGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 135289 CTTTGCAGAGCCTGATGGGAGTCCTCCCAGGTA...CAGATCTCGTAGTA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 GAAATTCTTGGGGTGAACAAATGCCGGCTGAGCTGGGGTCTAGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136240 GAAATTCTTGGGGTGAACAAATGCCGGCTGAGCTGGGGTCTAGTCCTGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 GTCACTACAACAACCCCTCATCAACAG         GCATTTGATTTACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 136290 GTCACTACAACAACCCCTCATCAACAGGTA...CAGGCATTTGATTTACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2861 GCCTTGGGGACATCATCCTGGAATTCTTGGATCTCAGTGCCTCTGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137400 GCCTTGGGGACATCATCCTGGAATTCTTGGATCTCAGTGCCTCTGTTGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2911 GAGTCTGCTGCTACCACCTCTGCCTCAGATACCCCAGGCAACTCTAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137450 GAGTCTGCTGCTACCACCTCTGCCTCAGATACCCCAGGCAACTCTAAGAG

   3050     .    :    .
   2961 GATGGGTGTCTCCTCT
        ||||||||||||||||
 137500 GATGGGTGTCTCCTCT