seq1 = pF1KA0247.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KA0247/gi568815584f_69558593.tfa (gi568815584f:69558593_69809104), 250512 bp

>pF1KA0247 909
>gi568815584f:69558593_69809104 (Chr14)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-319  (144803-145000)   100% ->
320-458  (146012-146150)   100% ->
459-886  (150085-150512)   100% ->
887-909  (152362-152384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCCATGGCAGGATAGCACCAAAGAGCACCTCAGTGTTTGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCCATGGCAGGATAGCACCAAAGAGCACCTCAGTGTTTGCCGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCGTGGGACATGGAGTGTTCCTTCCGCTAGTGATCCTTTGCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCGTGGGACATGGAGTGTTCCTTCCGCTAGTGATCCTTTGCACCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGAGACGGACTTGCTTCCG         TGTGCCCCCTACCACCGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 TTGGAGACGGACTTGCTTCCGGTA...CAGTGTGCCCCCTACCACCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAGAATGGTGGCTACATCTGCCACCCCCGGCCCTGCAGAGACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144823 CCAGAGAATGGTGGCTACATCTGCCACCCCCGGCCCTGCAGAGACCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGCAGGCAGTGTCATCGAATACCTGTGTGCTGAAGGCTACATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144873 GACAGCAGGCAGTGTCATCGAATACCTGTGTGCTGAAGGCTACATGTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCGATTACAAATACCTGACGTGTAAGAATGGCGAGTGGAAACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144923 AGGGCGATTACAAATACCTGACGTGTAAGAATGGCGAGTGGAAACCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGAGATTAGCTGCCGTCTCAACGAGG         ATAAAGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 144973 ATGGAGATTAGCTGCCGTCTCAACGAGGGTC...TAGATAAAGACACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACATCACTTGGGGTCCCCACGCTGTCTATAGTGGCTTCTACTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146025 CACATCACTTGGGGTCCCCACGCTGTCTATAGTGGCTTCTACTGCCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGTGGCGCTCATTCTCCTCCTCGTGGTGCTGTTTGTGCTGCTGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146075 CCGTGGCGCTCATTCTCCTCCTCGTGGTGCTGTTTGTGCTGCTGCAGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCTGAAGTCTTTCCATCATAGCAG         GCGTGACCAGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 146125 AAGCTGAAGTCTTTCCATCATAGCAGGTG...CAGGCGTGACCAGGGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCTGGGGACCAGGTCTCCATCATGGTGGATGGAGTCCAGGTTGCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150100 ATCTGGGGACCAGGTCTCCATCATGGTGGATGGAGTCCAGGTTGCACTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CATCATACGAGGAGGCTGTATATGGCAGTTCTGGTCACTGTGTGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150150 CATCATACGAGGAGGCTGTATATGGCAGTTCTGGTCACTGTGTGCCACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGACCCCAGAGTACAGATTGTGCTGTCAGAAGGGTCTGGGCCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150200 GCTGACCCCAGAGTACAGATTGTGCTGTCAGAAGGGTCTGGGCCCAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGGAGCGTGCCAAGGGAGCAACAGCTGCCGGACCAAGGGGCCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150250 GAGGAGCGTGCCAAGGGAGCAACAGCTGCCGGACCAAGGGGCCTGCTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGCAGGTGGAGAAGATGAGGCCCCAGGCCAGTCTGGACTATGTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150300 CTGCAGGTGGAGAAGATGAGGCCCCAGGCCAGTCTGGACTATGTGAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGGGCTCTCGGGCCTCAGAGACTGTGATGGTGCATCAGGCAACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150350 TGGGGCTCTCGGGCCTCAGAGACTGTGATGGTGCATCAGGCAACCACCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTCCTGGGTGGCCGGCTCAGGGAACCGCCAACTGGCACACAAAGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150400 TTCCTGGGTGGCCGGCTCAGGGAACCGCCAACTGGCACACAAAGAAACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGATTCAGAGAACAGTGACATACAAAGCCTTTTATCCCTCACGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150450 CAGATTCAGAGAACAGTGACATACAAAGCCTTTTATCCCTCACGTCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    874 GAGTACACAGATG         ATATTCCACTGTTGAAAGAAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 150500 GAGTACACAGATGGTG...CAGATATTCCACTGTTGAAAGAAGCA