seq1 = pF1KA0228.tfa, 1755 bp
seq2 = pF1KA0228/gi568815581r_60347584.tfa (gi568815581r:60347584_60625931), 278348 bp

>pF1KA0228 1755
>gi568815581r:60347584_60625931 (Chr17)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-227  (125445-125533)   100% ->
228-379  (131315-131466)   100% ->
380-503  (146661-146784)   100% ->
504-672  (159473-159641)   100% ->
673-762  (161822-161911)   100% ->
763-830  (163871-163938)   100% ->
831-936  (164017-164122)   100% ->
937-1061  (165145-165269)   100% ->
1062-1147  (169551-169636)   100% ->
1148-1338  (171440-171630)   100% ->
1339-1504  (173887-174052)   100% ->
1505-1755  (178098-178348)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGTGGAACTAGAGTGGATCCCAGAGACTCTCTATAACACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCGTGGAACTAGAGTGGATCCCAGAGACTCTCTATAACACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTCCGCTGTCGTGGACAACTACATCCGCTCCCGCCGAGACATCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTCCGCTGTCGTGGACAACTACATCCGCTCCCGCCGAGACATCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTGCCCGAGAACATCCAGTTTGATGTTTACTACAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CCTTGCCCGAGAACATCCAGTTTGATGTTTACTACAAGGTA...CAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCAACAGGGACGCTTATGTCAACTGGGCAGTGAATTTTGTGAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125448 TACCAACAGGGACGCTTATGTCAACTGGGCAGTGAATTTTGTGAATTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTTTTGCTAAAGTACTGAGAGCTTTGGATAAAAG         ACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125498 AGTTTTTGCTAAAGTACTGAGAGCTTTGGATAAAAGGTA...CAGACATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTTCATCATTGTTTTCAGGCTTTGATGGATCATGGTGTTAAAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131320 TGCTTCATCATTGTTTTCAGGCTTTGATGGATCATGGTGTTAAAGTTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGTCTTGGCCTACTCATTCAGTAGGCGGTGCTCTTATATAGCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131370 TCAGTCTTGGCCTACTCATTCAGTAGGCGGTGCTCTTATATAGCAGAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATGCTGCAGTAAAGGAAAAAGCCATTCAGGTTGGCTTTGTTTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 131420 AGATGCTGCAGTAAAGGAAAAAGCCATTCAGGTTGGCTTTGTTTTAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       GTGGCTTTCTTTCAGATGCAGGCTGGTACAGTGATGCTGAGAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131470 ...TAGGTGGCTTTCTTTCAGATGCAGGCTGGTACAGTGATGCTGAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTTTTCTGTCCTGCCTTCAGTTGTGTACTCTACACGATGAGATGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146705 GTTTTTCTGTCCTGCCTTCAGTTGTGTACTCTACACGATGAGATGCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGGTTTCGTGCAGTAGAATGTTGTGTGAG         GTTGCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 146755 TTGGTTTCGTGCAGTAGAATGTTGTGTGAGGTA...TAGGTTGCTTCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCGAAATGGAAACTGCAAATATCATTTGGGTGAAGAAACATTTAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159484 TGCGAAATGGAAACTGCAAATATCATTTGGGTGAAGAAACATTTAAATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTCAGACATATATGGATAAACTATCAAAACATGGCCAGCAAGCAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159534 GCTCAGACATATATGGATAAACTATCAAAACATGGCCAGCAAGCAAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCTGCACTCTATGGAGAACTGTGTGCACTCCTATTTGCAAAAAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159584 AGCTGCACTCTATGGAGAACTGTGTGCACTCCTATTTGCAAAAAGTCACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGATGAG         GCATACAAATGGTGCATCGAGGCAATGAAAGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 159634 ATGATGAGGTA...TAGGCATACAAATGGTGCATCGAGGCAATGAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTACAGCAGGCTTACCAGTGAAAGTTGTGGTGGATGTCTTAAGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161855 ATTACAGCAGGCTTACCAGTGAAAGTTGTGGTGGATGTCTTAAGACAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCTAAG         GCTTGTGTAGTAAAACGTGAATTTAAGAAGGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161905 TTCTAAGGTA...TAGGCTTGTGTAGTAAAACGTGAATTTAAGAAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACAGTTAATTAAACATGCAGTGTATTTGGCACG         GGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 163905 AACAGTTAATTAAACATGCAGTGTATTTGGCACGGTA...TAGGGATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGGATCCAAACACCCAAAATATTCTGATACACTGCTAGATTATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164024 TTTGGATCCAAACACCCAAAATATTCTGATACACTGCTAGATTATGGGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACTTACTCAATGTAGATAATATCTGTCAGTCTGTTGCAATTTATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 164074 CTACTTACTCAATGTAGATAATATCTGTCAGTCTGTTGCAATTTATCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GCAGCCCTTGACATTAGACAGTCAGTGTTTGGTGGCAAAAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164124 TA...CAGGCAGCCCTTGACATTAGACAGTCAGTGTTTGGTGGCAAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCCACGTAGCAACAGCTCATGAAGATTTGGCCTACTCTTCTTATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165187 ATCCACGTAGCAACAGCTCATGAAGATTTGGCCTACTCTTCTTATGTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGTATAGCTCTGGGAAATTTGACAATGCACT         ATTTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 165237 CCAGTATAGCTCTGGGAAATTTGACAATGCACTGTA...CAGATTTCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAGAAAGAGCTATTGGTATCATTACCCACATCCTACCTGAAGATCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169559 CAGAAAGAGCTATTGGTATCATTACCCACATCCTACCTGAAGATCATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTTTTGGCTTCTTCAAAGAGGGTGAAAG         CACTTATTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 169609 CTTTTGGCTTCTTCAAAGAGGGTGAAAGGTA...TAGCACTTATTTTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAGATTGCAATTGATTGTCATAATAAGGAAACTGAACAGAGGCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171453 GGAGATTGCAATTGATTGTCATAATAAGGAAACTGAACAGAGGCTGCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGAAGCTCATGATTTGCACCTGTCTTCACTCCAACTAGCTAAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171503 AAGAAGCTCATGATTTGCACCTGTCTTCACTCCAACTAGCTAAAAAAGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTTGGGGAATTTAATGTACAGACTGCAAAACACTATGGAAACCTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171553 TTTGGGGAATTTAATGTACAGACTGCAAAACACTATGGAAACCTTGGAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTTTATCAGTCAATGAGAAAATTTAAG         GAAGCTGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 171603 ACTTTATCAGTCAATGAGAAAATTTAAGGTA...CAGGAAGCTGAAGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGCACATCAAAGCAATTCAGATTAAAGAACAACTTCTTGGTCAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173900 TGCACATCAAAGCAATTCAGATTAAAGAACAACTTCTTGGTCAAGAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TATGAAGTAGCCCTTTCAGTGGGACATCTGGCTTCTTTATATAATTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173950 TATGAAGTAGCCCTTTCAGTGGGACATCTGGCTTCTTTATATAATTATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATGAATCAGTATGAAAATGCTGAGAAACTTTATTTGCGATCTATAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174000 CATGAATCAGTATGAAAATGCTGAGAAACTTTATTTGCGATCTATAGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTG         GGAAGAAACTTTTTGGTGAGGGCTACAGTGGACTAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174050 TTGGTA...CAGGGAAGAAACTTTTTGGTGAGGGCTACAGTGGACTAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TATGATTATCGAGGTCTCATTAAACTTTACAACTCCATTGGAAATTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178136 TATGATTATCGAGGTCTCATTAAACTTTACAACTCCATTGGAAATTACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GAAAGTGTTTGAATATCACAATGTTCTGTCTAACTGGAACCGGTTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178186 GAAAGTGTTTGAATATCACAATGTTCTGTCTAACTGGAACCGGTTGCGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATCGGCAATATTCAGTGACAGATGCTCTTGAAGATGTCAGCACCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178236 ATCGGCAATATTCAGTGACAGATGCTCTTGAAGATGTCAGCACCAGCCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CAGTCCACTGAAGAAGTGGTGCAGTCCTTCCTGATTTCTCAGAATGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178286 CAGTCCACTGAAGAAGTGGTGCAGTCCTTCCTGATTTCTCAGAATGTCGA

   1850     .    :
   1743 GGGACCGAGCTGC
        |||||||||||||
 178336 GGGACCGAGCTGC