seq1 = pF1KA0227.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KA0227/gi568815584f_70542130.tfa (gi568815584f:70542130_70771152), 229023 bp

>pF1KA0227 666
>gi568815584f:70542130_70771152 (Chr14)

1-406  (100001-100406)   99% ->
407-589  (125435-125617)   100% ->
590-666  (128947-129023)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGAAAGGGCTCGGCGGCCGGGGCCAAGGGGAACCCGAGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGAAAGGGCTCGGCGGCCGGGGCCAAGGGGAACCCGAGCCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCGGAGAGGGGCAGCGGCCACCGCCGCCGCTGTGCGTCCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGCCGGAGAGGGGCAGCGGCCACCGCCGCCGCTGTGCGTCCCGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCGGAGGAGCCCCAGCGAGGGGCCAGGTCGGGGCGGCGGCCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCGGAGGAGCCCCAGCGAGGGGCCAGGTCGGGGCGGCGGCCGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGAGCTCATCCGACGAGCGCACGAGTTCAAAAGCCAAGGGGCGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGAGCTCATCCGACGAGCGCACGAGTTCAAAAGCCAAGGGGCGCAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACAAGGACAAGAAATTCCGTGAAGCCATAGGCAAATACCACCGGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACAAGGACAAGAAATTCCGTGAAGCCATAGGCAAATACCACCGGGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGGAGCTGAAGGGGCTGCTGCCGCCCCCCGGGGAACGGGAGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTGGAGCTGAAGGGGCTGCTGCCGCCCCCCGGGGAACGGGAGCGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCGCGCGCGGCCTCCCCGGCTGGGGCCCTGAAGCCCGGCCGCCTCTCGGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCGCGCCCGGCCTCCCCGGCTGGGGCCCTGAAGCCCGGCCGCCTCTCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCAGAGCAAGACGGTGGAAGCCATCGAGATCGACTGTTACAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGCAGAGCAAGACGGTGGAAGCCATCGAGATCGACTGTTACAACAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCAG         CCTGCCTGCTCCAGGCTGAGCTGGTAAACTATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCAGGTG...TAGCCTGCCTGCTCCAGGCTGAGCTGGTAAACTATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGAGTCAAGGAATATTGCCTCAAAGTCTTGAAGAAGGAAGGGGAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125470 CGAGTCAAGGAATATTGCCTCAAAGTCTTGAAGAAGGAAGGGGAGAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAGGCCCTTTACCGGTCTGGTGTGGCCTTCTACCACCTTGGGGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125520 CAAGGCCCTTTACCGGTCTGGTGTGGCCTTCTACCACCTTGGGGACTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACAAAGCACTCTACTACCTGAAAGAAGCAAGGACCCAACAACCAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125570 ACAAAGCACTCTACTACCTGAAAGAAGCAAGGACCCAACAACCAACAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590        ACACCAACGTGATTCGGTATATCCAGCTGACGGAGATGAAACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125620 A...CAGACACCAACGTGATTCGGTATATCCAGCTGACGGAGATGAAACT

    650     .    :    .    :    .    :
    633 CAGCCGATGCTCCCAGAGAGAAAAAGAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128990 CAGCCGATGCTCCCAGAGAGAAAAAGAAGCCATG