seq1 = pF1KA0189.tfa, 3069 bp
seq2 = pF1KA0189/gi568815575f_68616375.tfa (gi568815575f:68616375_68824419), 208045 bp

>pF1KA0189 3069
>gi568815575f:68616375_68824419 (ChrX)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-1475  (100838-102255)   99% ->
1476-1649  (102851-103024)   100% ->
1650-1809  (103890-104049)   100% ->
1810-2008  (104550-104748)   100% ->
2009-2219  (105162-105372)   100% ->
2220-2334  (105673-105787)   100% ->
2335-2559  (106048-106272)   100% ->
2560-2777  (107252-107469)   100% ->
2778-2954  (107571-107747)   100% ->
2955-3069  (107931-108045)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTTGAATAATTGTGCCTCGATGAAACTGGAGGTTCATTTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTTGAATAATTGTGCCTCGATGAAACTGGAGGTTCATTTTCAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCAG         AATGAAGACTCAGAAGAGGAAGAGCAGTGTACCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCAGGTG...CAGAATGAAGACTCAGAAGAGGAAGAGCAGTGTACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGTAGCCACTGGGCCTTCCAGCAGGAAAGTAAGTGCTGGTCTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 TCAGTAGCCACTGGGCCTTCCAGCAGGAAAGTAAGTGCTGGTCTCCTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGTCCTCTGATCTGTTGGCCCCACCGAGCCCTGGCCTGCCAGCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100922 GGGTCCTCTGATCTGTTGGCCCCACCGAGCCCTGGCCTGCCAGCGACCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGCTGTGAGAGCGTCCTCACCGAGCTTAGTGCCACCTCTCTGCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 AAGCTGTGAGAGCGTCCTCACCGAGCTTAGTGCCACCTCTCTGCCAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACCGTGAGCCTACCACCCGAGCCAGCAGACTTGCCCTTGCCAGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101022 TCACCGTGAGCCTACCACCCGAGCCAGCAGACTTGCCCTTGCCAGGCCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCCCAGCTCGAGTGACCGGCCCCTCCTCAGCCCCACCCAGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101072 GCCCCCAGCTCGAGTGACCGGCCCCTCCTCAGCCCCACCCAGGGCCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGTCCCCAGGACAAAGCCAAGAAGCGCCATCGTAACCGTAGCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101122 GGGTCCCCAGGACAAAGCCAAGAAGCGCCATCGTAACCGTAGCTTCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCACCTTGAATCTCTGAGGCGGAAGGAAAAGAGTGGCAGCCAGCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101172 AGCACCTTGAATCTCTGAGGCGGAAGGAAAAGAGTGGCAGCCAGCAAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCCCAAGCATAGTCCAGCCACCTCAGAGAAGGTCTCCAAAGCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101222 GAGCCCAAGCATAGTCCAGCCACCTCAGAGAAGGTCTCCAAAGCCTCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTCCGCAGTTGTCGTGGCTTCCTCTCAGCTGGATTTTACAGGGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101272 TTTCCGCAGTTGTCGTGGCTTCCTCTCAGCTGGATTTTACAGGGCCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTGGGCCGCCACCTCAGCCGGTGGCAGTGGTGCCAATACTCGGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 ACTGGGCCGCCACCTCAGCCGGTGGCAGTGGTGCCAATACTCGGAAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGGGAGGCCTGGCCTGTGGCCTCGTTCCGGCATCCTCAGTGGACACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101372 TGGGAGGCCTGGCCTGTGGCCTCGTTCCGGCATCCTCAGTGGACACACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGTGATTGCCTGGTGCACGTTCCTGGGGACCACAAACCAGGCACATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 GGGTGATTGCCTGGTGCACGTTCCTGGGGACCACAAACCAGGCACATTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTCGCTCCCTGTCCATTGAGAGCCTGTGTCCTGAGGATGGACACCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 CTCGCTCCCTGTCCATTGAGAGCCTGTGTCCTGAGGATGGACACCGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCAGACTGGCAGCCAGGTAGGCGGTGGGGCTGTGAGGGGCGCCGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 GCAGACTGGCAGCCAGGTAGGCGGTGGGGCTGTGAGGGGCGCCGGGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGTGGCTCAACGGGCAGCCATGCCAGCACGTATGACAACTTGCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 CTGTGGCTCAACGGGCAGCCATGCCAGCACGTATGACAACTTGCCTGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGTACCCAGCTGAGCCTGTAATGGTTGGGGCTGAGGCTGAAGATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 TGTACCCAGCTGAGCCTGTAATGGTTGGGGCTGAGGCTGAAGATGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GATGAGGAGAGTGGGGGCAGCTATGCTCACCTAGACGACATCCTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 GATGAGGAGAGTGGGGGCAGCTATGCTCACCTAGACGACATCCTCCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGTGTGGGGGCTACAGCAACGAGTAGAGCTGTGGTCTCGGGCCATGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 CGTGTGGGGGCTACAGCAACGAGTAGAGCTGTGGTCTCGGGCCATGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAGACCTGGGGCCTGGAGATGAGGAAGAGGAGGAGGCCACTTCATCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 CAGACCTGGGGCCTGGAGATGAGGAAGAGGAGGAGGCCACTTCATCAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAAATAGCCACAGTTGAGGTCAAATGCCAAGCTGAGGCTCTCAGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 GAAATAGCCACAGTTGAGGTCAAATGCCAAGCTGAGGCTCTCAGCCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGAGGTTCCGGCCCATGGAGAGTCCCCAGCCTGGGCCCAGGCTGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 GGAGGTTCCGGCCCATGGAGAGTCCCCAGCCTGGGCCCAGGCTGAAGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGCCAGCAGTCCTGGCTCCGGCTCAGGCTCCAGCTGAGGCTGAACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 AGCCAGCAGTCCTGGCTCCGGCTCAGGCTCCAGCTGAGGCTGAACCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCACAGGAAGAGGCTGAGGCCCCGGCCCCAGCCCCGGCCCCGGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 GCACAGGAAGAGGCTGAGGCCCCGGCCCCAGCCCCGGCCCCGGCCCCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCAGGACAGTGAGCAGGAGGCACATTCAGGCGGGGAACCCACCTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 CCAGGACAGTGAGCAGGAGGCACATTCAGGCGGGGAACCCACCTTTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTAGCCTGTCTGTGGAAGAAGGACACTCCATTTCTGACACTGTGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 CTAGCCTGTCTGTGGAAGAAGGACACTCCATTTCTGACACTGTGGCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCCAGCGAACTTGACAGTAGTGGGAACTCCATGAATGAGGCTGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 TCCAGCGAACTTGACAGTAGTGGGAACTCCATGAATGAGGCTGAGGCTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGGGTCCCTGGCTGGACTCCAGGCATCAATGCCCCGTGAACGGCGCGATT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 GGGGCCCCTGGCTGGACTCCAGGCATCAATGCCCCGTGAACGGCGCGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CAGGTGTTGGGGCCTCACTTACCAGACCCTGCAG         GAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102222 CAGGTGTTGGGGCCTCACTTACCAGACCCTGCAGGTG...CAGGAAGCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CGTTGGCATAGCTTCCAGAACTCCCATCGTCCCAGCCTCAACTCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 CGTTGGCATAGCTTCCAGAACTCCCATCGTCCCAGCCTCAACTCAGAGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GCTGGAGATCAACCGGCAGTTTGCAGGCCAGATCAACCTCCTGCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102908 GCTGGAGATCAACCGGCAGTTTGCAGGCCAGATCAACCTCCTGCACAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GCTCACTGCTGCGGCTTACCGCGTTCATGGAGAAGTACACTGTGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 GCTCACTGCTGCGGCTTACCGCGTTCATGGAGAAGTACACTGTGCCCCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AAGCAGGGCTGGGTCTG         GTCAATGCCCAAGTTCATGAGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103008 AAGCAGGGCTGGGTCTGGTG...CAGGTCAATGCCCAAGTTCATGAGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GAACAAGACCCCAGATTACCGGGGACAGCACGTATTTGGGGTGCCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103914 GAACAAGACCCCAGATTACCGGGGACAGCACGTATTTGGGGTGCCACCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TCATCCACGTGCAGCGCACGGGCCAGCCACTGCCACAGAGCATTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 TCATCCACGTGCAGCGCACGGGCCAGCCACTGCCACAGAGCATTCAGCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GCCATGCGCTACTTGCGCAGCCAGTGCCTGGACCAA         GTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104014 GCCATGCGCTACTTGCGCAGCCAGTGCCTGGACCAAGTG...TAGGTAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 CATCTTCCGCAAGTCTGGGGTCAAGTCCAGGATCCAGAACCTGCGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104555 CATCTTCCGCAAGTCTGGGGTCAAGTCCAGGATCCAGAACCTGCGTCAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TGAATGAGACCTCGCCTGACAATGTCTGCTACGAGGGCCAGTCAGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104605 TGAATGAGACCTCGCCTGACAATGTCTGCTACGAGGGCCAGTCAGCCTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GACGTGGCTGACCTGCTAAAGCAGTATTTCCGGGACCTGCCTGAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104655 GACGTGGCTGACCTGCTAAAGCAGTATTTCCGGGACCTGCCTGAGCCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CTTCACCAGCAAGCTCACCACCACTTTCCTCCAGATCTACCAGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104705 CTTCACCAGCAAGCTCACCACCACTTTCCTCCAGATCTACCAGCGTG...

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2009    TCCTCCCCAAGGATCAGTGGTTGGCAGCAGCACAAGCCGCCACCTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 CAGTCCTCCCCAAGGATCAGTGGTTGGCAGCAGCACAAGCCGCCACCTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 CTGCTCCCCGATGAGAACCGAGAGGTGCTACAGACCCTGCTCTACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105209 CTGCTCCCCGATGAGAACCGAGAGGTGCTACAGACCCTGCTCTACTTCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 AAGTGACATTGCCTCTGCCGAGGAAAACCAGATGACAGCAGGCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105259 AAGTGACATTGCCTCTGCCGAGGAAAACCAGATGACAGCAGGCAACCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CAGTGTGCCTGGCGCCCTCCATCTTCCACCTCAATGTCTCTAAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105309 CAGTGTGCCTGGCGCCCTCCATCTTCCACCTCAATGTCTCTAAGAAGGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 AGCCCCTCTCCCAG         GATCAAGAGCAAACGCAGCCTCATTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105359 AGCCCCTCTCCCAGGTG...TAGGATCAAGAGCAAACGCAGCCTCATTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 CAGGCCAGGCCCTAGGGACCTGAGTGACAACATGGCAGCCACCCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105700 CAGGCCAGGCCCTAGGGACCTGAGTGACAACATGGCAGCCACCCAGGGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 TGTCGCACATGATCAGTGACTGCAAGAAACTTTTCCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105750 TGTCGCACATGATCAGTGACTGCAAGAAACTTTTCCAGGTG...CAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 CCCCAGGACATGGTGCTGCAGCTGTGCAGCTCCTACAGCGCAGCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106051 CCCCAGGACATGGTGCTGCAGCTGTGCAGCTCCTACAGCGCAGCTGAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 CAGCCCTCCCGGCCCAGCCCTGGCTGAGCTGCGTCAGGCCCAAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106101 CAGCCCTCCCGGCCCAGCCCTGGCTGAGCTGCGTCAGGCCCAAGCTGCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 GGGTAAGCCTGAGCCTCTACATGGAAGAGAATATCCAGGACCTGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106151 GGGTAAGCCTGAGCCTCTACATGGAAGAGAATATCCAGGACCTGCTGCGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 GATGCTGCTGAGCGCTTCAAGGGCTGGATGAGCGTGCCAGGGCCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106201 GATGCTGCTGAGCGCTTCAAGGGCTGGATGAGCGTGCCAGGGCCCCAGCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 CACGGAGCTGGCTTGCAGGAAG         GCACCGGATGGGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106251 CACGGAGCTGGCTTGCAGGAAGGTG...CAGGCACCGGATGGGCACCCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 TGCGGCTATGGAAGGCATCCACAGAGGTGGCAGCCCCCCCAGCTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107271 TGCGGCTATGGAAGGCATCCACAGAGGTGGCAGCCCCCCCAGCTGTGGTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 CTGCATCGTGTTCTCCGGGAGCGGGCCCTCTGGGATGAGGATCTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 CTGCATCGTGTTCTCCGGGAGCGGGCCCTCTGGGATGAGGATCTGCTGCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2679 GGCCCAGGTGCTGGAAGCCCTGATGCCGGGTGTGGAGCTGTACCACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 GGCCCAGGTGCTGGAAGCCCTGATGCCGGGTGTGGAGCTGTACCACTATG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2729 TCACCGACAGCATGGCACCCCATCCCTGCCGCGACTTTGTGGTGCTTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107421 TCACCGACAGCATGGCACCCCATCCCTGCCGCGACTTTGTGGTGCTTCGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2778         GATGTGGCGCTCTGACCTGCCTCGTGGGGGTTGCCTGCTTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107471 TG...TAGGATGTGGCGCTCTGACCTGCCTCGTGGGGGTTGCCTGCTTGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 CTCCCAGTCCCTGGATCCGGAACAACCTGTGCCAGAGTCGGGTGTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 CTCCCAGTCCCTGGATCCGGAACAACCTGTGCCAGAGTCGGGTGTGCGAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2870 CCCTCATGCTCACATCCCAGTACCTCATGGAGCCTTGCGGCTTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 CCCTCATGCTCACATCCCAGTACCTCATGGAGCCTTGCGGCTTGGGCCGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2920 TCTCGGCTCACACACATCTGCCGGGCTGACCTCAG         GGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107713 TCTCGGCTCACACACATCTGCCGGGCTGACCTCAGGTA...TAGGGGCCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2961 TTCTCCTGACTGGTACAACAAAGTCTTTGGACACCTGTGTGCCATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107937 TTCTCCTGACTGGTACAACAAAGTCTTTGGACACCTGTGTGCCATGGAAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3011 TGGCAAAGATCCGGGACTCCTTCCCCACCCTGCAGGCAGCGGGCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107987 TGGCAAAGATCCGGGACTCCTTCCCCACCCTGCAGGCAGCGGGCCCTGAG

   3150     .
   3061 ACAAAGCTG
        |||||||||
 108037 ACAAAGCTG