seq1 = pF1KA0179.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KA0179/gi568815577f_43559665.tfa (gi568815577f:43559665_43793380), 233716 bp

>pF1KA0179 2220
>gi568815577f:43559665_43793380 (Chr21)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-159  (110220-110248)   90% ->
160-217  (112644-112701)   100% ->
218-303  (114206-114291)   100% ->
304-365  (114972-115033)   100% ->
366-495  (115370-115499)   100% ->
496-560  (116608-116672)   98% ->
561-742  (117069-117250)   100% ->
743-837  (123615-123709)   100% ->
838-935  (124889-124986)   100% ->
936-955  (126106-126125)   100% ->
956-1087  (127140-127271)   100% ->
1088-1812  (127852-128576)   99% ->
1813-1965  (130624-130776)   100% ->
1966-2029  (131775-131838)   100% ->
2030-2220  (133526-133716)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCCGCCATGCAGCCGGCCGAGATCCAATTTGCCCAGCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCCGCCATGCAGCCGGCCGAGATCCAATTTGCCCAGCGGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCAGCGAGAAGGGCATCCGGGACCGAGCGGTGAAGAAGCTGCGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCAGCGAGAAGGGCATCCGGGACCGAGCGGTGAAGAAGCTGCGCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATCAGCGTGAAGACGCAGAGGGAGACAG         GAGGTTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 ACATCAGCGTGAAGACGCAGAGGGAGACAGGTG...CAGGAGGTTTCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAAGAACTTCT ACAG         GAAGAGCTCGCCAACACCATTG
        ||||||||||||||-| |->>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110231 CAGGAAGAACTTCTGAAA ATC...CAGGAAGAGCTCGCCAACACCATTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 CACAGCTAGTCCATGCTGTTAACAACTCAGCGGCTC         AACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112666 CACAGCTAGTCCATGCTGTTAACAACTCAGCGGCTCGTA...CAGAACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 CTGTTCATTCAGACCTTTTGGCAAACCATGAATCGAGAATGGAAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114211 CTGTTCATTCAGACCTTTTGGCAAACCATGAATCGAGAATGGAAAGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 AGACAGGCTACGCCTGGACAAATACTATATG         CTGATTCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114261 AGACAGGCTACGCCTGGACAAATACTATATGGTA...TAGCTGATTCGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    314 TGGTCCTGAGGCAGTCCTTTGAAGTCTTGAAGCGAAATGGCTGGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114982 TGGTCCTGAGGCAGTCCTTTGAAGTCTTGAAGCGAAATGGCTGGGAAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 AG         CCGAATCAAGGTTTTCTTGGATGTCCTGATGAAGGAGGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115032 AGGTC...TAGCCGAATCAAGGTTTTCTTGGATGTCCTGATGAAGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 CCTGTGTCCTGAGAGTCAGTCTCCTAATGGAGTGAGATTCCACTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115409 CCTGTGTCCTGAGAGTCAGTCTCCTAATGGAGTGAGATTCCACTTCATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 ATATTTACCTGGATGAACTCTCCAAAGTCGGGGGGAAGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115459 ATATTTACCTGGATGAACTCTCCAAAGTCGGGGGGAAGGAGGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 CTTTTAGCAGATCAGAATCTCAAGTTTATCGATCCATTCTGCAAAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116608 CTTTTAGCAGATCAGAATCTCAAGTTTATCGATCCATTCTGCAAAATTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 TGCAAAGACGAAGGA         CCACACCCTGGTACAGACCATAGCTC
        ||| |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116658 TGCGAAGACGAAGGAGTA...CAGCCACACCCTGGTACAGACCATAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 GGGGTGTCTTCGAAGCTATCGTAGATCAGTCTCCTTTTGTGCCTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117095 GGGGTGTCTTCGAAGCTATCGTAGATCAGTCTCCTTTTGTGCCTGAAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 ACGATGGAGGAACAGAAGACAAAAGTGGGTGATGGTGACCTCTCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117145 ACGATGGAGGAACAGAAGACAAAAGTGGGTGATGGTGACCTCTCTGCTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 GGAGATACCTGAAAATGAGGTATCCTTGAGAAGAGCTGTCAGTAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117195 GGAGATACCTGAAAATGAGGTATCCTTGAGAAGAGCTGTCAGTAAAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 AGACAG         CACTGGGCAAAAACCATTCCAGAAAAGATGGACTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117245 AGACAGGTA...CAGCACTGGGCAAAAACCATTCCAGAAAAGATGGACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 AGTGATGAAAGAGGAAGAGATGACTGTGGAACCTTTGAGGACACAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123650 AGTGATGAAAGAGGAAGAGATGACTGTGGAACCTTTGAGGACACAGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 CCTTCTCCAG         TTTGACTATAAGGCTGTTGCTGATCGACTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123700 CCTTCTCCAGGTG...TAGTTTGACTATAAGGCTGTTGCTGATCGACTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 TGGAAATGACCAGCAGGAAGAACACGCCCCACTTCAACAGGAAGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124920 TGGAAATGACCAGCAGGAAGAACACGCCCCACTTCAACAGGAAGCGCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 TCCAAACTCATCAAGAA         ATTCCAAGACCTTTCTGAAG    
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>>>.
 124970 TCCAAACTCATCAAGAAGTC...TAGATTCCAAGACCTTTCTGAAGGTG.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956      GAAGCAGTATATCTCAACTCAGTTTTGCGGAGGACATTTCTGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126130 ..TAGGAAGCAGTATATCTCAACTCAGTTTTGCGGAGGACATTTCTGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGAAGATGACCAAATCCTCAGTCAAGGAAAGCATAAGAAGAAAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127185 ATGAAGATGACCAAATCCTCAGTCAAGGAAAGCATAAGAAGAAAGGAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAACTTTTAGAGAAAACTAACTTGGAAAAGGAGAAAG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 127235 AAACTTTTAGAGAAAACTAACTTGGAAAAGGAGAAAGGTA...TAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAGAGTCTTTTGTGTAGAGGAAGAGGACAGTGAAAGCAGTCTTCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127856 CAGAGTCTTTTGTGTAGAGGAAGAGGACAGTGAAAGCAGTCTTCAAAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAAGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCTGCAGCCTGAAAATCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127906 GAAGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGCACCACCTGCAGCCTGAAAATCCAGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCAGGGGGTGCAGCCCCGTCCCTGGAACAGAACCGGGGCAGGGAGCCCGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 127956 CCAGGGGGTGCAGCCCCATCCCTGGAACAGAACCGGGGCAGGGAGCCCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGCCTCTGGGCCGAAAGCCCTGAAGGCACGTGTGGCCGAGCCAGGTGCAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128006 GGCCTCTGGGCTGAAAGCCCTGAAGGCACGTGTGGCCGAGCCAGGTGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AGGCCACGTCCAGCACTGGGGAGGAGAGTGGCTCCGAGCATCCTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128056 AGGCCACGTCCAGCACTGGGGAGGAGAGTGGCTCCGAGCATCCTCCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GTCCCCATGCACAATAAAAGGAAACGGCCACGGAAGAAGAGCCCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128106 GTCCCCATGCACAATAAAAGGAAACGGCCACGGAAGAAGAGCCCGAGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCACAGGGAAATGTTGGAATCAGCAGTGTTGCCCCCAGAGGACATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128156 CCACAGGGAAATGTTGGAATCAGCAGTGTTGCCCCCAGAGGACATGTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGAGTGGCCCGAGTGGCAGTCATCCTCAGGGACCTAGAGGGTCCCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128206 AGAGTGGCCCGAGTGGCAGTCATCCTCAGGGACCTAGAGGGTCCCCGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GGTGGAGCCCAACTCCTAAAAAGGAAGCGGAAACTTGGAGTTGTGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128256 GGTGGAGCCCAACTCCTAAAAAGGAAGCGGAAACTTGGAGTTGTGCCCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CAATGGCAGTGGCCTGTCCACGCCGGCCTGGCCTCCATTGCAGCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128306 CAATGGCAGTGGCCTGTCCACGCCGGCCTGGCCTCCATTGCAGCAGGAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GCCCTCCCACAGGCCCCGCAGAGGGGGCGAACAGCCACACCACGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128356 GCCCTCCCACAGGCCCCGCAGAGGGGGCGAACAGCCACACCACGCTGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CAGCGCAGGAGGCTGCAGAAAAAGAAGGCAGGGCCCGGCAGCCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128406 CAGCGCAGGAGGCTGCAGAAAAAGAAGGCAGGGCCCGGCAGCCTGGAGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CTGTGGCCTGCCCAGCCAGAAAACAGCAAGTTTGAAAAAGAGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128456 CTGTGGCCTGCCCAGCCAGAAAACAGCAAGTTTGAAAAAGAGGAAGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TGAGAGTGATGTCAAACTTGGTGGAGCACAACGGGGTGCTGGAGTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128506 TGAGAGTGATGTCAAACTTGGTGGAGCACAACGGGGTGCTGGAGTCCGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GCTGGGCAACCCCAGGCTCTG         GGAAGCAGTGGGACTTGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128556 GCTGGGCAACCCCAGGCTCTGGTA...TAGGGAAGCAGTGGGACTTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TTCCCTGAAGAAGCAGAAGCTGAGGGCAGAGAGCGACTTTGTGAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130644 TTCCCTGAAGAAGCAGAAGCTGAGGGCAGAGAGCGACTTTGTGAAGTTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 ACACCCCCTTCTTACCAAAGCCCCTGTTCTTCAGAAGAGCCAAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130694 ACACCCCCTTCTTACCAAAGCCCCTGTTCTTCAGAAGAGCCAAGAGCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 ACTGCCACCCACCCTCCAGGCCCTGCCGTCCAG         CTAAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 130744 ACTGCCACCCACCCTCCAGGCCCTGCCGTCCAGGTA...CAGCTAAACAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GACACCATCCAGCTCCAAGAAAGTCACCTTTGGGCTGAACAGAAACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131783 GACACCATCCAGCTCCAAGAAAGTCACCTTTGGGCTGAACAGAAACATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 CTGCCG         AATTCAAGAAGACAGACAAGAGTATCTTGGTCAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131833 CTGCCGGTA...CAGAATTCAAGAAGACAGACAAGAGTATCTTGGTCAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CCCACGGGCCCTTCTCGAGTGGCCTTCGACCCTGAACAGAAGCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133561 CCCACGGGCCCTTCTCGAGTGGCCTTCGACCCTGAACAGAAGCCCCTCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CGGGGTGCTGAAGACCCCCACCAGCTCACCTGCCAGCTCACCCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133611 CGGGGTGCTGAAGACCCCCACCAGCTCACCTGCCAGCTCACCCCTGGTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 CCAAGAAGCCCCTGACCACCACACCAAGGAGAAGGCCCAGGGCTATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133661 CCAAGAAGCCCCTGACCACCACACCAAGGAGAAGGCCCAGGGCTATGGAT

   2350     .
   2215 TTCTTC
        ||||||
 133711 TTCTTC