seq1 = pF1KA0175.tfa, 1953 bp
seq2 = pF1KA0175/gi568815589f_36481682.tfa (gi568815589f:36481682_36777334), 295653 bp

>pF1KA0175 1953
>gi568815589f:36481682_36777334 (Chr9)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-144  (101946-102031)   100% ->
145-261  (107855-107971)   100% ->
262-405  (112947-113090)   100% ->
406-474  (115541-115609)   100% ->
475-567  (117713-117805)   100% ->
568-666  (125894-125992)   100% ->
667-735  (148618-148686)   100% ->
736-834  (151421-151519)   100% ->
835-921  (161316-161402)   100% ->
922-1053  (170065-170196)   100% ->
1054-1176  (175560-175682)   100% ->
1177-1408  (183669-183900)   100% ->
1409-1505  (187629-187725)   100% ->
1506-1674  (189317-189485)   100% ->
1675-1778  (193153-193256)   99% ->
1779-1953  (195479-195653)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGATTATGATGAACTTCTCAAATATTATGAATTACATGAAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGATTATGATGAACTTCTCAAATATTATGAATTACATGAAACTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGACAG         GTGGCTTTGCAAAGGTCAAACTTGCCTGCCATA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGACAGGTA...TAGGTGGCTTTGCAAAGGTCAAACTTGCCTGCCATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTTACTGGAGAGATGGTAGCTATAAAAATCATGGATAAAAACACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 TCCTTACTGGAGAGATGGTAGCTATAAAAATCATGGATAAAAACACACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGG         AGTGATTTGCCCCGGATCAAAACGGAGATTGAGGCCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 GGGGTA...CAGAGTGATTTGCCCCGGATCAAAACGGAGATTGAGGCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGAACCTGAGACATCAGCATATATGTCAACTCTACCATGTGCTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 GAAGAACCTGAGACATCAGCATATATGTCAACTCTACCATGTGCTAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGCCAACAAAATATTCATGGTTCTTGAG         TACTGCCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107943 CAGCCAACAAAATATTCATGGTTCTTGAGGTT...AAGTACTGCCCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGAGAGCTGTTTGACTATATAATTTCCCAGGATCGCCTGTCAGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112959 GGAGAGCTGTTTGACTATATAATTTCCCAGGATCGCCTGTCAGAAGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GACCCGGGTTGTCTTCCGTCAGATAGTATCTGCTGTTGCTTATGTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113009 GACCCGGGTTGTCTTCCGTCAGATAGTATCTGCTGTTGCTTATGTGCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCAGGGCTATGCTCACAGGGACCTCAAGCCA         GAAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113059 GCCAGGGCTATGCTCACAGGGACCTCAAGCCAGTA...CAGGAAAATTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGTTTGATGAATATCATAAATTAAAGCTGATTGACTTTGGTCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115550 CTGTTTGATGAATATCATAAATTAAAGCTGATTGACTTTGGTCTCTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAACCCAAG         GGTAACAAGGATTACCATCTACAGACATGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115600 AAAACCCAAGGTA...CAGGGTAACAAGGATTACCATCTACAGACATGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGGGAGTCTGGCTTATGCAGCACCTGAGTTAATACAAGGCAAATCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117744 GTGGGAGTCTGGCTTATGCAGCACCTGAGTTAATACAAGGCAAATCATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTTGGATCAGAG         GCAGATGTTTGGAGCATGGGCATACTGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117794 CTTGGATCAGAGGTA...CAGGCAGATGTTTGGAGCATGGGCATACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATATGTTCTTATGTGTGGATTTCTACCATTTGATGATGATAATGTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125923 ATATGTTCTTATGTGTGGATTTCTACCATTTGATGATGATAATGTAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTTTATACAAGAAGATTATG         AGAGGAAAATATGATGTTCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125973 CTTTATACAAGAAGATTATGGTG...TAGAGAGGAAAATATGATGTTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGTGGCTCTCTCCCAGTAGCATTCTGCTTCTTCAACAAATGCTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 148639 AAGTGGCTCTCTCCCAGTAGCATTCTGCTTCTTCAACAAATGCTGCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736        GTGGACCCAAAGAAACGGATTTCTATGAAAAATCTATTGAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148689 A...TAGGTGGACCCAAAGAAACGGATTTCTATGAAAAATCTATTGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATCCCTGGATCATGCAAGATTACAACTATCCTGTTGAGTGGCAAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151464 ATCCCTGGATCATGCAAGATTACAACTATCCTGTTGAGTGGCAAAGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATCCT         TTTATTCACCTCGATGATGATTGCGTAACAGAACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151514 AATCCTGTA...TAGTTTATTCACCTCGATGATGATTGCGTAACAGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TTCTGTACATCACAGAAACAACAGGCAAACAATGGAGGATTTAATTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161351 TTCTGTACATCACAGAAACAACAGGCAAACAATGGAGGATTTAATTTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TG         TGGCAGTATGATCACCTCACGGCTACCTATCTTCTGCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161401 TGGTA...TAGTGGCAGTATGATCACCTCACGGCTACCTATCTTCTGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTAGCCAAGAAGGCTCGGGGAAAACCAGTTCGTTTAAGGCTTTCTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170104 CTAGCCAAGAAGGCTCGGGGAAAACCAGTTCGTTTAAGGCTTTCTTCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTCCTGTGGACAAGCCAGTGCTACCCCATTCACAGACATCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 170154 CTCCTGTGGACAAGCCAGTGCTACCCCATTCACAGACATCAAGGTA...T

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1054   TCAAATAATTGGAGTCTGGAAGATGTGACCGCAAGTGATAAAAATTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175558 AGTCAAATAATTGGAGTCTGGAAGATGTGACCGCAAGTGATAAAAATTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTGGCGGGATTAATAGACTATGATTGGTGTGAAGATGATTTATCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175608 GTGGCGGGATTAATAGACTATGATTGGTGTGAAGATGATTTATCAACAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGCTGCTACTCCCCGAACATCACAG         TTTACCAAGTACTGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 175658 TGCTGCTACTCCCCGAACATCACAGGTT...CAGTTTACCAAGTACTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAGAATCAAATGGGGTGGAATCTAAATCATTAACTCCAGCCTTATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183685 CAGAATCAAATGGGGTGGAATCTAAATCATTAACTCCAGCCTTATGCAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACACCTGCAAATAAATTAAAGAACAAAGAAAATGTATATACTCCTAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183735 ACACCTGCAAATAAATTAAAGAACAAAGAAAATGTATATACTCCTAAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCTGTAAAGAATGAAGAGTACTTTATGTTTCCTGAGCCAAAGACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183785 TGCTGTAAAGAATGAAGAGTACTTTATGTTTCCTGAGCCAAAGACTCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTAATAAGAACCAGCATAAGAGAGAAATACTCACTACGCCAAATCGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183835 TTAATAAGAACCAGCATAAGAGAGAAATACTCACTACGCCAAATCGTTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACTACACCCTCAAAAG         CTAGAAACCAGTGCCTGAAAGAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 183885 ACTACACCCTCAAAAGGTA...TAGCTAGAAACCAGTGCCTGAAAGAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCCAATTAAAATACCAGTAAATTCAACAGGAACAGACAAGTTAATGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187654 TCCAATTAAAATACCAGTAAATTCAACAGGAACAGACAAGTTAATGACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GTGTCATTAGCCCTGAGAGGCG         GTGCCGCTCAGTGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 187704 GTGTCATTAGCCCTGAGAGGCGGTA...CAGGTGCCGCTCAGTGGAATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GATCTCAACCAAGCACATATGGAGGAGACTCCAAAAAGAAAGGGAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189336 GATCTCAACCAAGCACATATGGAGGAGACTCCAAAAAGAAAGGGAGCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGTGTTTGGGAGCCTTGAAAGGGGGTTGGATAAGGTTATCACTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189386 AGTGTTTGGGAGCCTTGAAAGGGGGTTGGATAAGGTTATCACTGTGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CCAGGAGCAAAAGGAAGGGTTCTGCCAGAGACGGGCCCAGAAGACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189436 CCAGGAGCAAAAGGAAGGGTTCTGCCAGAGACGGGCCCAGAAGACTAAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675          CTTCACTATAATGTGACTACAACTAGATTAGTGAATCCAGA
        >>>...>>>||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 189486 GTA...TAGCTTCACTATAACGTGACTACAACTAGATTAGTGAATCCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TCAACTGTTGAATGAAATAATGTCTATTCTTCCAAAGAAGCATGTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193194 TCAACTGTTGAATGAAATAATGTCTATTCTTCCAAAGAAGCATGTTGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTGTACAAAAGGG         TTATACACTGAAGTGTCAAACACAGTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 193244 TTGTACAAAAGGGGTA...CAGTTATACACTGAAGTGTCAAACACAGTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATTTTGGGAAAGTGACAATGCAATTTGAATTAGAAGTGTGCCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195507 GATTTTGGGAAAGTGACAATGCAATTTGAATTAGAAGTGTGCCAGCTTCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAAACCCGATGTGGTGGGTATCAGGAGGCAGCGGCTTAAGGGCGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195557 AAAACCCGATGTGGTGGGTATCAGGAGGCAGCGGCTTAAGGGCGATGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1907 GGGTTTACAAAAGATTAGTGGAAGACATCCTATCTAGCTGCAAGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195607 GGGTTTACAAAAGATTAGTGGAAGACATCCTATCTAGCTGCAAGGTA