seq1 = pF1KA0160.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KA0160/gi568815581f_30632048.tfa (gi568815581f:30632048_32098985), 1466938 bp

>pF1KA0160 2217
>gi568815581f:30632048_32098985 (Chr17)

1-274  (1305200-1305473)   100% ->
275-321  (1308239-1308285)   100% ->
322-386  (1308375-1308439)   100% ->
387-455  (1315570-1315638)   100% ->
456-505  (1334100-1334149)   100% ->
506-591  (1341099-1341184)   100% ->
592-823  (1343435-1343666)   100% ->
824-917  (1344474-1344567)   100% ->
918-1023  (1350952-1351057)   100% ->
1024-1201  (1356273-1356450)   100% ->
1202-1293  (1361195-1361286)   100% ->
1294-1437  (1361818-1361961)   100% ->
1438-1595  (1362517-1362674)   100% ->
1596-1794  (1363517-1363715)   100% ->
1795-1874  (1364751-1364830)   100% ->
1875-2217  (1366611-1366953)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCTCAGAAGCACGGCGGTGGGGGAGGGGGCGGCTCGGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1305200 ATGGCGCCTCAGAAGCACGGCGGTGGGGGAGGGGGCGGCTCGGGGCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGGGTCCGGGGGAGGCGGCTTCGGGGGTTCGGCGGCGGTGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1305250 CGCGGGGTCCGGGGGAGGCGGCTTCGGGGGTTCGGCGGCGGTGGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACGGCTTCGGGCGGCAAATCCGGCGGCGGGAGCTGTGGAGGGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1305300 CGACGGCTTCGGGCGGCAAATCCGGCGGCGGGAGCTGTGGAGGGGGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTTACTCGGCCTCCTCCTCCTCCTCCGCGGCGGCAGCGGCGGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1305350 AGTTACTCGGCCTCCTCCTCCTCCTCCGCGGCGGCAGCGGCGGGGGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTTACCGGTGAAGAAGCCGAAAATGGAGCACGTCCAGGCTGACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1305400 GGTGTTACCGGTGAAGAAGCCGAAAATGGAGCACGTCCAGGCTGACCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTTTTCCTCCAGGCCTTTGAGA         AGCCAACACAGATCTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
1305450 AGCTTTTCCTCCAGGCCTTTGAGAGTG...TAGAGCCAACACAGATCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGATTTCTTCGAACTCGGAATCTCATAGCA         CCAATATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
1308256 AGATTTCTTCGAACTCGGAATCTCATAGCAGTA...TAGCCAATATTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCACAGAACTCTTACTTACATGTCTCATCGAAACTCCAGAACAAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1308386 GCACAGAACTCTTACTTACATGTCTCATCGAAACTCCAGAACAAACATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAG         GAAAACATTTAAAGTTGATGATATGTTATCAAAAGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1308436 AAAGGTA...CAGGAAAACATTTAAAGTTGATGATATGTTATCAAAAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAAAATGAAAGGAGAGCAAGAATCTCATAG         CTTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
1315607 GAGAAAATGAAAGGAGAGCAAGAATCTCATAGGTA...TAGCTTGTCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCATTTGCAGCTTACGTTTACTGGTTTCTTCCACAAAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
1334109 TCATTTGCAGCTTACGTTTACTGGTTTCTTCCACAAAAATGGTA...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAAGCCATCACCAAACTCAGAAAATGAACAAAATTCTGTTACCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1341099 ATAAGCCATCACCAAACTCAGAAAATGAACAAAATTCTGTTACCCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCCTGCTTGTGAAAGTTTGCCACAAAAAAAGAAAG         GATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
1341149 GTCCTGCTTGTGAAAGTTTGCCACAAAAAAAGAAAGGTA...CAGGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGTTGTCCAATAAGGCAAGTTCCCACAGGTAAAAAGCAGGTGCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1343440 AAGTTGTCCAATAAGGCAAGTTCCCACAGGTAAAAAGCAGGTGCCTTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCCTGACCTCAATCAAACAAAACCCGGAAATTTCCCGTCCCTTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1343490 ATCCTGACCTCAATCAAACAAAACCCGGAAATTTCCCGTCCCTTGCAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCAGTAATGAATTTGAACCTAGTAACAGCCATATGGTGAAGTCTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1343540 TCCAGTAATGAATTTGAACCTAGTAACAGCCATATGGTGAAGTCTTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGCTATTTAGAGTGACTCGTCCAGGAAGAAGAGAGTTTAATGGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1343590 GTTGCTATTTAGAGTGACTCGTCCAGGAAGAAGAGAGTTTAATGGAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTAATGGAGAAACCAATGAAAATATTG         ATGTCAATGAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
1343640 TTAATGGAGAAACCAATGAAAATATTGGTA...TAGATGTCAATGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTTCCAGCCAGAAGAAAACGAAATCGTGAGGATGGGGAAAAGACATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1344488 CTTCCAGCCAGAAGAAAACGAAATCGTGAGGATGGGGAAAAGACATTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCACAAATGACAGTATTTGATAAAAACAG         GCGCTTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
1344538 TGCACAAATGACAGTATTTGATAAAAACAGGTA...CAGGCGCTTACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTTTAGATGGGGAATATGAAGTAGCCATGCAGGAAATGGAAGAATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1350963 TTTTAGATGGGGAATATGAAGTAGCCATGCAGGAAATGGAAGAATGTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATAAGCAAGAAAAGAGCAACATGGGAGACTATTCTTGATGGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
1351013 ATAAGCAAGAAAAGAGCAACATGGGAGACTATTCTTGATGGGAAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024     AGGCTGCCTCCATTCGAAACATTTTCTCAGGGACCTACGTTGCAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1351063 .TAGAGGCTGCCTCCATTCGAAACATTTTCTCAGGGACCTACGTTGCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACTCTTCGTTGGACAGGAGAGACCAATGATAAATCTACGGCTCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1356319 TCACTCTTCGTTGGACAGGAGAGACCAATGATAAATCTACGGCTCCTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCAAACCTCTTGCCACTAGAAATTCAGAGAGTCTCCATCAGGAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1356369 GCCAAACCTCTTGCCACTAGAAATTCAGAGAGTCTCCATCAGGAAAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCCTGGTTCAGTTAAACCTACTCAAACTATTG         CTGTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
1356419 GCCTGGTTCAGTTAAACCTACTCAAACTATTGGTA...CAGCTGTTAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATCATTGACTACAGATCTACAAACAAGAAAAGAAAAGGATACTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1361204 AATCATTGACTACAGATCTACAAACAAGAAAAGAAAAGGATACTCCAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAAACCGACAAAAATTAAGAATATTTTATCAG         TTTCTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
1361254 GAAAACCGACAAAAATTAAGAATATTTTATCAGGTA...TAGTTTCTCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TAACAACAATACAAGGCAACAAACTGAAGCAAGAGATGACCTGCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1361826 TAACAACAATACAAGGCAACAAACTGAAGCAAGAGATGACCTGCATTGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTTGGTGTACTCTGAACTGCCGCAAACTTTATAGTTTACTCAAGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1361876 CTTGGTGTACTCTGAACTGCCGCAAACTTTATAGTTTACTCAAGCATCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAACTCTGCCATAGCAGATTTATCTTCAACTATGTT         TATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
1361926 AAACTCTGCCATAGCAGATTTATCTTCAACTATGTTGTG...CAGTATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCAAAAGGTGCTAGGATAGATGTTTCTATCAATGAGTGTTATGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1362522 TCCAAAAGGTGCTAGGATAGATGTTTCTATCAATGAGTGTTATGATGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCTATGCAGGAAATCCTCAGGATATTCATCGCCAACCTGGATTTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1362572 CCTATGCAGGAAATCCTCAGGATATTCATCGCCAACCTGGATTTGCTTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGTCGCAACGGACCAGTTAAGAGAACACCTATCACACATATTCTTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1362622 AGTCGCAACGGACCAGTTAAGAGAACACCTATCACACATATTCTTGTGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAG         GCCAAAACGAACAAAAGCAAGCATGTCTGAATTTCTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1362672 CAGGTA...TAGGCCAAAACGAACAAAAGCAAGCATGTCTGAATTTCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AATCTGAAGATGGGGAAGTAGAACAGCAAAGAACATATAGTAGTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1363555 AATCTGAAGATGGGGAAGTAGAACAGCAAAGAACATATAGTAGTGGCCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AATCGTCTGTATTTCCATAGTGATACCTGCTTACCTCTCCGTCCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1363605 AATCGTCTGTATTTCCATAGTGATACCTGCTTACCTCTCCGTCCACAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AATGGAAGTAGATAGTGAAGATGAAAAGGATCCTGAATGGCTAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1363655 AATGGAAGTAGATAGTGAAGATGAAAAGGATCCTGAATGGCTAAGAGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAACCATTACA         CAAATTGAAGAGTTTTCTGATGTTAATGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
1363705 AAACCATTACAGTA...CAGCAAATTGAAGAGTTTTCTGATGTTAATGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGAGAGAAAGAAGTGATGAAACTCTGGAATCTCCATGTCATGAAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1364781 GGAGAGAAAGAAGTGATGAAACTCTGGAATCTCCATGTCATGAAGCATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875          GTTTATTGCTGACAATCAAATGAATCATGCCTGTATGCTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1364831 GTA...TAGGTTTATTGCTGACAATCAAATGAATCATGCCTGTATGCTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TTGTAGAAAATTATGGACAGAAAATAATTAAGAAGAATTTATGTCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366652 TTGTAGAAAATTATGGACAGAAAATAATTAAGAAGAATTTATGTCGAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTCATGCTTCATCTAGTCAGCATGCATGACTTTAATCTTATTAGCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366702 TTCATGCTTCATCTAGTCAGCATGCATGACTTTAATCTTATTAGCATAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GTCAATAGATAAAGCTGTTACCAAGCTCCGTGAAATGCAGCAAAAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366752 GTCAATAGATAAAGCTGTTACCAAGCTCCGTGAAATGCAGCAAAAATTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AAAAGGGGGAATCTGCTTCCCCTGCAAACGAAGAAATAACTGAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366802 AAAAGGGGGAATCTGCTTCCCCTGCAAACGAAGAAATAACTGAAGAACAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 AATGGGACAGCAAATGGATTTAGTGAAATTAACTCAAAAGAGAAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366852 AATGGGACAGCAAATGGATTTAGTGAAATTAACTCAAAAGAGAAAGCTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGAAACAGATAGTGTCTCAGGGGTTTCAAAACAGAGCAAAAAACAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1366902 GGAAACAGATAGTGTCTCAGGGGTTTCAAAACAGAGCAAAAAACAAAAAC

   2350 
   2216 TC
        ||
1366952 TC