seq1 = pF1KA0151.tfa, 2148 bp
seq2 = pF1KA0151/gi568815597f_206373228.tfa (gi568815597f:206373228_206593992), 220765 bp

>pF1KA0151 2148
>gi568815597f:206373228_206593992 (Chr1)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-228  (101104-101244)   99% ->
229-358  (101638-101767)   100% ->
359-540  (102954-103135)   100% ->
541-701  (103451-103611)   100% ->
702-812  (104522-104632)   100% ->
813-992  (104933-105112)   100% ->
993-1183  (105716-105906)   100% ->
1184-1248  (106643-106707)   100% ->
1249-1340  (106795-106886)   100% ->
1341-1427  (107220-107306)   100% ->
1428-1503  (111770-111845)   100% ->
1504-1616  (111967-112079)   100% ->
1617-1693  (114687-114763)   100% ->
1694-1733  (117592-117631)   100% ->
1734-1835  (118421-118522)   100% ->
1836-1932  (119796-119892)   100% ->
1933-2045  (120039-120151)   100% ->
2046-2117  (120693-120764)   100% ->
2118-2148  (122885-122915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGCACAGCCAATTACCTGTGGCACACAGATGACCTGCTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGCACAGCCAATTACCTGTGGCACACAGATGACCTGCTGGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCCACTGCCAGTGTGTACAAGGCCCGCAACAAG         AAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGGGGCCACTGCCAGTGTGTACAAGGCCCGCAACAAGGTA...CAGAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGGAGAGCTGGTTGCTGTGAAGGTCTTCAACACTACCAGCTACCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101108 CCGGAGAGCTGGTTGCTGTGAAGGTCTTCAACACTACCAGCTACCTGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCGCGAGGTGCAGGTGAGGGAGTTTGAGGTCCTGCGGAAGCTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101158 CCCCGCGAGGTGCAGGTGAGGGAGTTTGAGGTCCTGCGGAAGCTGAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGAACATCGTCAAGCTCTTTGCGGTGGAGGAGACG         GGCG
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101208 CCAGAACATTGTCAAGCTCTTTGCGGTGGAGGAGACGGTA...TAGGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAGCCGGCAGAAGGTACTGGTGATGGAGTACTGCTCCAGTGGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101642 GAAGCCGGCAGAAGGTACTGGTGATGGAGTACTGCTCCAGTGGGAGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGAGTGTGCTGGAGAGCCCTGAGAATGCCTTTGGGCTGCCTGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101692 CTGAGTGTGCTGGAGAGCCCTGAGAATGCCTTTGGGCTGCCTGAGGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTCCTGGTGGTGCTGCGCTGTGTGG         TGGCCGGCATGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101742 GTTCCTGGTGGTGCTGCGCTGTGTGGGTG...CAGTGGCCGGCATGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGCGGGAGAACGGCATTGTGCATCGCGACATCAAGCCGGGGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102969 ACCTGCGGGAGAACGGCATTGTGCATCGCGACATCAAGCCGGGGAACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGCGCCTCGTAGGGGAGGAGGGGCAGAGCATCTACAAGCTGACAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 ATGCGCCTCGTAGGGGAGGAGGGGCAGAGCATCTACAAGCTGACAGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGCGCTGCCCGGGAGCTGGATGATGATGAGAAGTTCGTCTCGGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103069 CGGCGCTGCCCGGGAGCTGGATGATGATGAGAAGTTCGTCTCGGTCTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGACTGAGGAGTACCTG         CATCCCGACATGTATGAGCGGGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103119 GGACTGAGGAGTACCTGGTG...CAGCATCCCGACATGTATGAGCGGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGCTTCGAAAGCCCCAGCAAAAAGCGTTCGGGGTGACTGTGGATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103475 GTGCTTCGAAAGCCCCAGCAAAAAGCGTTCGGGGTGACTGTGGATCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCATTGGAGTGACCTTGTACCATGCAGCCACTGGCAGCCTGCCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103525 GAGCATTGGAGTGACCTTGTACCATGCAGCCACTGGCAGCCTGCCCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCCCTTTGGTGGGCCACGGCGGAACAAGGAGATCAT         GTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103575 TCCCCTTTGGTGGGCCACGGCGGAACAAGGAGATCATGTA...CAGGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGATCACCACGGAGAAGCCGGCTGGGGCCATTGCAGGTGCCCAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104526 CGGATCACCACGGAGAAGCCGGCTGGGGCCATTGCAGGTGCCCAGAGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAGAACGGGCCCCTGGAGTGGAGCTACACCCTCCCCATCACCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104576 GGAGAACGGGCCCCTGGAGTGGAGCTACACCCTCCCCATCACCTGCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTCACT         GGGGCTGCAGAGCCAGCTGGTGCCCATCCTGGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104626 TGTCACTGTG...CAGGGGGCTGCAGAGCCAGCTGGTGCCCATCCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACATCCTGGAGGTGGAGCAGGCCAAGTGCTGGGGCTTCGACCAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104967 AACATCCTGGAGGTGGAGCAGGCCAAGTGCTGGGGCTTCGACCAGTTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCGGAGACCAGTGACATCCTGCAGCGAGTTGTCGTCCATGTCTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 TGCGGAGACCAGTGACATCCTGCAGCGAGTTGTCGTCCATGTCTTCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGTCCCAGGCAGTCCTGCACCACATCTATATCCATGCCCACAACAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105067 TGTCCCAGGCAGTCCTGCACCACATCTATATCCATGCCCACAACACGTA.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993      GATAGCCATTTTCCAGGAGGCCGTGCACAAGCAGACCAGTGTGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105117 ..TAGGATAGCCATTTTCCAGGAGGCCGTGCACAAGCAGACCAGTGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCCCGACACCAGGAGTACCTCTTTGAGGGTCACCTCTGTGTCCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105761 CCCCCGACACCAGGAGTACCTCTTTGAGGGTCACCTCTGTGTCCTCGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAGCGTCTCAGCACAGCACATCGCCCACACGACGGCAAGCAGCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105811 CCAGCGTCTCAGCACAGCACATCGCCCACACGACGGCAAGCAGCCCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACCCTCTTCAGCACAGCCATCCCTAAGGGGCTGGCCTTCAGGGACC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105861 ACCCTCTTCAGCACAGCCATCCCTAAGGGGCTGGCCTTCAGGGACCGTG.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184      CTGCTCTGGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105911 ..CAGCTGCTCTGGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGATTACAACACTGCCAAG         GGCGTGTTGGGCGCCGGCTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106688 CGGATTACAACACTGCCAAGGTG...CAGGGCGTGTTGGGCGCCGGCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGGCCCTGCGGCTGGCACGGGCCCTGCTGGATGGGCAGGAGCTAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106816 CAGGCCCTGCGGCTGGCACGGGCCCTGCTGGATGGGCAGGAGCTAATGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCGGGGGCTGCACTGGGTCAT         GGAGGTGCTCCAGGCCACAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106866 TCGGGGGCTGCACTGGGTCATGTG...CAGGGAGGTGCTCCAGGCCACAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCAGACGGACTCTGGAAGTGGCAAGGACATCCCTCCTCTACCTCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107240 GCAGACGGACTCTGGAAGTGGCAAGGACATCCCTCCTCTACCTCAGCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGCCTGGGAACTGAGAG         GTTCAGCAGCGTGGCTGGAACGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107290 AGCCTGGGAACTGAGAGGTG...AAGGTTCAGCAGCGTGGCTGGAACGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGAGATCCAGGAACTGAAGGCGGCTGCAGAACTGAGGTCCAGGCTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111794 TGAGATCCAGGAACTGAAGGCGGCTGCAGAACTGAGGTCCAGGCTGCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CT         CTAGCGGAGGTCCTCTCCAGATGCTCCCAAAATATCACG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111844 CTGTG...CAGCTAGCGGAGGTCCTCTCCAGATGCTCCCAAAATATCACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGACCCAGGAGAGCCTGAGCAGCCTGAACCGGGAGCTGGTGAAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112006 GAGACCCAGGAGAGCCTGAGCAGCCTGAACCGGGAGCTGGTGAAGAGCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGATCAGGTACATGAGGACAGAAG         CATCCAGCAGATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112056 GGATCAGGTACATGAGGACAGAAGGTC...CAGCATCCAGCAGATTCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCTGTTTGGACAAGATGAACTTCATCTACAAACAGTTCAAGAAGTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114704 GCTGTTTGGACAAGATGAACTTCATCTACAAACAGTTCAAGAAGTCTAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATGAGGCCAG         GGCTTGGCTACAACGAGGAGCAGATTCACAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114754 ATGAGGCCAGGTG...CAGGGCTTGGCTACAACGAGGAGCAGATTCACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GCTGGATAA         GGTGAATTTCAGTCATTTAGCCAAAAGACTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117623 GCTGGATAAGTG...TAGGGTGAATTTCAGTCATTTAGCCAAAAGACTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGCAGGTGTTCCAGGAGGAGTGCGTGCAGAAGTATCAAGCGTCCTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118453 TGCAGGTGTTCCAGGAGGAGTGCGTGCAGAAGTATCAAGCGTCCTTAGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACACACGGCAAGAGGATGAG         GGTGGTGCACGAGACCAGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118503 ACACACGGCAAGAGGATGAGGTA...GAGGGTGGTGCACGAGACCAGGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CCACCTGCGCCTGGTTGGCTGTTCTGTGGCTGCCTGTAACACAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119817 CCACCTGCGCCTGGTTGGCTGTTCTGTGGCTGCCTGTAACACAGAAGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AGGGGGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAG         CTCCTGGAAGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119867 AGGGGGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAGGTG...CAGCTCCTGGAAGAGCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 TCTCACCAGCTCCTTCAGGACCGAGCAAAGGGGGCTCAGGCCTCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120054 TCTCACCAGCTCCTTCAGGACCGAGCAAAGGGGGCTCAGGCCTCGCCGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TCCCATAGCTCCTTACCCCAGCCCTACACGAAAGGACCTGCTTCTCCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 120104 TCCCATAGCTCCTTACCCCAGCCCTACACGAAAGGACCTGCTTCTCCAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2046        CATGCAAGAGCTCTGCGAGGGGATGAAGCTGCTGGCATCTGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120154 A...CAGCATGCAAGAGCTCTGCGAGGGGATGAAGCTGCTGGCATCTGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CTCCTGGACAACAACCGCATCATCGAACG         GCTAAATAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120736 CTCCTGGACAACAACCGCATCATCGAACGGTA...TAGGCTAAATAGAGT

   2300     .    :    .
   2130 CCCAGCACCTCCTGATGTC
        |||||||||||||||||||
 122897 CCCAGCACCTCCTGATGTC