seq1 = pF1KA0144.tfa, 2949 bp
seq2 = pF1KA0144/gi568815597f_154125124.tfa (gi568815597f:154125124_154363149), 238026 bp

>pF1KA0144 2949
>gi568815597f:154125124_154363149 (Chr1)

1-90  (100001-100090)   100% ->
91-168  (102159-102236)   100% ->
169-279  (103492-103602)   100% ->
280-448  (109468-109636)   100% ->
449-544  (110073-110168)   100% ->
545-590  (111443-111488)   100% ->
591-703  (111901-112013)   100% ->
704-756  (116390-116442)   100% ->
757-842  (118094-118179)   100% ->
843-1014  (121081-121252)   100% ->
1015-1213  (124116-124314)   100% ->
1214-1491  (125918-126195)   100% ->
1492-1664  (126358-126530)   100% ->
1665-1854  (128777-128966)   100% ->
1855-1909  (129713-129767)   100% ->
1910-2084  (130029-130203)   100% ->
2085-2157  (130560-130632)   100% ->
2158-2353  (131940-132135)   100% ->
2354-2442  (132223-132311)   100% ->
2443-2496  (133854-133907)   100% ->
2497-2578  (134825-134906)   100% ->
2579-2796  (135769-135986)   100% ->
2797-2902  (136469-136574)   100% ->
2903-2949  (137980-138026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGACATCGGTGGGCACTAACCGAGCCCGGGGAAACTGGGAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGACATCGGTGGGCACTAACCGAGCCCGGGGAAACTGGGAACAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAAACCAAAACCAGACACAGCACAAGCAGCGGCCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100051 TCAAAACCAAAACCAGACACAGCACAAGCAGCGGCCACAGGTA...TAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACTGCAGAACAAATTAGACTTGCACAGATGATTTCGGACCATAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102160 CCACTGCAGAACAAATTAGACTTGCACAGATGATTTCGGACCATAATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGACTTTGAGGAGAAGGTGAAACAA         TTGATTGATATTAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102210 GCTGACTTTGAGGAGAAGGTGAAACAAGTG...CAGTTGATTGATATTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCAAGAACCAGGATGAATGTGTGATTGCTTTGCATGACTGCAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103506 AGGCAAGAACCAGGATGAATGTGTGATTGCTTTGCATGACTGCAATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTCAACAGAGCTATCAATGTTCTTCTGGAAGGAAACCCAGACACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103556 ATGTCAACAGAGCTATCAATGTTCTTCTGGAAGGAAACCCAGACACGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       CATTCCTGGGAGATGGTCGGGAAGAAGAAGGGAGTCTCAGGCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103606 ...TAGCATTCCTGGGAGATGGTCGGGAAGAAGAAGGGAGTCTCAGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGGATGGTGGCCAGACGGAATCCAATGAGGAAGGCAAAGAAAATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109512 GAAGGATGGTGGCCAGACGGAATCCAATGAGGAAGGCAAAGAAAATCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGGGACAGAGACTATAGTCGGCGACGTGGTGGGCCACCAAGACGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109562 ACCGGGACAGAGACTATAGTCGGCGACGTGGTGGGCCACCAAGACGGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAGGTGCCAGCCGTGGACGAGAGT         TTCGAGGTCAGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109612 AGAGGTGCCAGCCGTGGACGAGAGTGTA...CAGTTCGAGGTCAGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGATTGGATGGCACCAAGAGTGGAGGGCCTTCTGGAAGAGGAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110089 TGGATTGGATGGCACCAAGAGTGGAGGGCCTTCTGGAAGAGGAACAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGGCAGAAGGGGCCGTGGCCGAGGCAGAG         GTGGCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110139 GAGGCAGAAGGGGCCGTGGCCGAGGCAGAGGTG...TAGGTGGCTCTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGGCGAGGAGGAAGGTTTTCTGCTCAAGGAATGGG         AACCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111454 AGGCGAGGAGGAAGGTTTTCTGCTCAAGGAATGGGGTA...CAGAACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TAACCCAGCTGATTATGCAGAGCCAGCCAATACTGATGATAACTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111907 TAACCCAGCTGATTATGCAGAGCCAGCCAATACTGATGATAACTATGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATAGCAGCGGCAATACGTGGAACAACACTGGCCACTTTGAACCAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111957 ATAGCAGCGGCAATACGTGGAACAACACTGGCCACTTTGAACCAGATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGACGA         GTGCATGGAGGACTGCAACAGAGGAGTGGGGGAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112007 GGGACGAGTG...CAGGTGCATGGAGGACTGCAACAGAGGAGTGGGGGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGAAGATTGGAATGAAGAT         CTTTCTGAGACCAAGATCTTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116424 TGAAGATTGGAATGAAGATGTA...CAGCTTTCTGAGACCAAGATCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CTGCCTCTAATGTGTCTTCAGTGCCTCTGCCTGCGGAGAATGTGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118116 CTGCCTCTAATGTGTCTTCAGTGCCTCTGCCTGCGGAGAATGTGACAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACTGCTGGTCAGAG         AATTGACCTTGCTGTTCTGCTGGGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118166 ACTGCTGGTCAGAGGCA...TAGAATTGACCTTGCTGTTCTGCTGGGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GACACCATCTACAATGGAGAATGATTCATCTAATCTGGATCCGTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121108 GACACCATCTACAATGGAGAATGATTCATCTAATCTGGATCCGTCTCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTCCTTCTCTGGCCCAGCCTCTGGTGTTCAGTAATTCGAAGCAGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121158 CTCCTTCTCTGGCCCAGCCTCTGGTGTTCAGTAATTCGAAGCAGACTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATATCACAGCCTGCTTCAGGGAACACATTTTCTCATCACAGTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121208 ATATCACAGCCTGCTTCAGGGAACACATTTTCTCATCACAGTATGGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015     GTGAGCATGTTAGGGAAAGGATTTGGTGATGTCGGTGAAGCTAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121258 .CAGGTGAGCATGTTAGGGAAAGGATTTGGTGATGTCGGTGAAGCTAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCGGCAGTACTACAGGCTCCCAGTTCTTGGAGCAATTCAAGACTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124162 GCGGCAGTACTACAGGCTCCCAGTTCTTGGAGCAATTCAAGACTGCCCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCCTGGCTCAGTTGGCAGCTCAGCATTCTCAGTCTGGAAGCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124212 GCCCTGGCTCAGTTGGCAGCTCAGCATTCTCAGTCTGGAAGCACCACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTCCTCTTGGGACATGGGCTCGACGACACAATCCCCATCACTGGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124262 CTCCTCTTGGGACATGGGCTCGACGACACAATCCCCATCACTGGTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATG         ATTTGAAGAACCCAAGTGATTCAGCAGTGCACAGCCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124312 ATGGTG...CAGATTTGAAGAACCCAAGTGATTCAGCAGTGCACAGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTTACAAAGCGCCAGGCTTTTACCCCATCTTCAACCATGATGGAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125956 TTTACAAAGCGCCAGGCTTTTACCCCATCTTCAACCATGATGGAGGTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTTCAGGAGAAGTCACCTGCAGTGGCTACCTCCACAGCTGCACCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126006 CCTTCAGGAGAAGTCACCTGCAGTGGCTACCTCCACAGCTGCACCTCCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTCCGTCTTCTCCTCTGCCAAGCAAATCCACATCGGCTCCACAGATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126056 CTCCGTCTTCTCCTCTGCCAAGCAAATCCACATCGGCTCCACAGATGTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCTGGATCTTCAGACAACCAGTCCTCTAGCCCTCAGCCGGCTCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126106 CCTGGATCTTCAGACAACCAGTCCTCTAGCCCTCAGCCGGCTCAGCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ACTGAAACAGCAGAAGAAAAAAGCCTCCTTGACTTCTAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 126156 ACTGAAACAGCAGAAGAAAAAAGCCTCCTTGACTTCTAAGGTA...TAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTCCTGCTCTGGCTGTGGAGATGCCTGGCTCAGCAGATATCTCAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126359 TTCCTGCTCTGGCTGTGGAGATGCCTGGCTCAGCAGATATCTCAGGGCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AACCTGCAGTTTGGGGCATTGCAGTTTGGGTCAGAGCCTGTCCTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126409 AACCTGCAGTTTGGGGCATTGCAGTTTGGGTCAGAGCCTGTCCTTTCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTATGAGTCCACCCCCACCACGAGCGCCTCTTCAAGCCAGGCTCCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126459 TTATGAGTCCACCCCCACCACGAGCGCCTCTTCAAGCCAGGCTCCAAGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCCTGTATACCAGCACGGCCAG         TGAATCATCCTCTACAATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126509 GCCTGTATACCAGCACGGCCAGGTA...CAGTGAATCATCCTCTACAATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TCATCTAACCAGAGTCAGGAGTCTGGTTATCAGAGCGGCCCAATTCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128796 TCATCTAACCAGAGTCAGGAGTCTGGTTATCAGAGCGGCCCAATTCAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GACAACCTATACCTCCCAAAATAATGCTCAGGGCCCTCTTTATGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128846 GACAACCTATACCTCCCAAAATAATGCTCAGGGCCCTCTTTATGAACAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GATCCACACAGACTCGGCGGTACCCCAGCTCCATCTCTTCATCACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128896 GATCCACACAGACTCGGCGGTACCCCAGCTCCATCTCTTCATCACCCCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGGACCTGACTCAGGCAAAG         AATGGCTTCAGTTCTGTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 128946 AAGGACCTGACTCAGGCAAAGGTA...CAGAATGGCTTCAGTTCTGTGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGCCACGCAGTTACAGACCACACAATCTGTTGAAG         GTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 129733 GGCCACGCAGTTACAGACCACACAATCTGTTGAAGGTG...TAGGTGCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CAGGCTCTGCAGTGAAATCTGATTCACCTTCCACTTCTAGCATCCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130035 CAGGCTCTGCAGTGAAATCTGATTCACCTTCCACTTCTAGCATCCCCCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTCAATGAAACGGTATCTGCAGCTTCCTTACTGACGACAACCAATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130085 CTCAATGAAACGGTATCTGCAGCTTCCTTACTGACGACAACCAATCAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TTCATCCTCCTTGGGTGGCTTGAGCCACAGTGAGGAGATTCCAAATACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130135 TTCATCCTCCTTGGGTGGCTTGAGCCACAGTGAGGAGATTCCAAATACTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCACCACACAACACAGCAG         CACGTTATCTACGCAGCAGAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130185 CCACCACACAACACAGCAGGTG...CAGCACGTTATCTACGCAGCAGAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 ACCCTTTCATCATCAACATCTTCTGGGCGCACTTCGACATCCACTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130582 ACCCTTTCATCATCAACATCTTCTGGGCGCACTTCGACATCCACTCTTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 G         CACACAAGTGTGGAGAGTGAGGCGAATCTCCATTCTTCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130632 GGTA...AAGCACACAAGTGTGGAGAGTGAGGCGAATCTCCATTCTTCCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CCAGCACTTTTTCCACCACATCCAGCACAGTCTCTGCACCTCCCCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131980 CCAGCACTTTTTCCACCACATCCAGCACAGTCTCTGCACCTCCCCCAGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GTCAGTGTCTCCTCCAGTCTCAATAGTGGCAGTAGCCTGGGCCTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132030 GTCAGTGTCTCCTCCAGTCTCAATAGTGGCAGTAGCCTGGGCCTCAGCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AGGCAGCAACTCCACTGTCACAGCCTCGACTCGAAGCTCAGTTGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132080 AGGCAGCAACTCCACTGTCACAGCCTCGACTCGAAGCTCAGTTGCTACGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CTTCAG         GAAAAGCTCCTCCCAACCTCCCTCCTGGGGTCCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132130 CTTCAGGTA...TAGGAAAAGCTCCTCCCAACCTCCCTCCTGGGGTCCCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CCGTTGTTGCCTAATCCGTATATTATGGCTCCAGGGCTGTTACATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132258 CCGTTGTTGCCTAATCCGTATATTATGGCTCCAGGGCTGTTACATGCCTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CCCG         CCACAAGTATATGGTTATGATGACTTGCAGATGCTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132308 CCCGGTA...CAGCCACAAGTATATGGTTATGATGACTTGCAGATGCTTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AGACAAGATTTCCATTG         GATTACTACAGCATCCCATTTCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 133891 AGACAAGATTTCCATTGGTG...TAGGATTACTACAGCATCCCATTTCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 ACACCCACTACTCCGCTGACTGGGAGGGATGGTAGCCTGGCCAGCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134849 ACACCCACTACTCCGCTGACTGGGAGGGATGGTAGCCTGGCCAGCAACCC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 TTATTCTG         GTGACCTCACAAAGTTCGGCCGTGGGGATGCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134899 TTATTCTGGTA...CAGGTGACCTCACAAAGTTCGGCCGTGGGGATGCCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 CCTCCCCAGCCCCGGCCACAACCTTGGCCCAACCCCAACAGAACCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135802 CCTCCCCAGCCCCGGCCACAACCTTGGCCCAACCCCAACAGAACCAGACG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 CAGACTCACCATACCACGCAGCAGACATTCCTGAACCCGGCGCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135852 CAGACTCACCATACCACGCAGCAGACATTCCTGAACCCGGCGCTGCCTCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 TGGCTACAGTTACACCAGCCTGCCATACTATACAGGGGTCCCGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135902 TGGCTACAGTTACACCAGCCTGCCATACTATACAGGGGTCCCGGGCCTCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 CCAGCACCTTCCAGTATGGGCCTGCTGTGTTCCCT         GTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135952 CCAGCACCTTCCAGTATGGGCCTGCTGTGTTCCCTGTG...TAGGTGGCT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 CCTACCTCTTCCAAGCAGCATGGTGTGAATGTCAGTGTGAATGCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136475 CCTACCTCTTCCAAGCAGCATGGTGTGAATGTCAGTGTGAATGCATCGGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 CACCCCTTTCCAACAGCCGAGTGGATATGGGTCTCATGGATACAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136525 CACCCCTTTCCAACAGCCGAGTGGATATGGGTCTCATGGATACAACACTG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2903          GAAGAAAATATCCACCCCCTTACAAGCATTTCTGGACGGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136575 GTA...TAGGAAGAAAATATCCACCCCCTTACAAGCATTTCTGGACGGCT

   3150     .
   2944 GAGAGC
        ||||||
 138021 GAGAGC