seq1 = pF1KA0143.tfa, 2463 bp
seq2 = pF1KA0143/gi568815590f_131840499.tfa (gi568815590f:131840499_132110892), 270394 bp

>pF1KA0143 2463
>gi568815590f:131840499_132110892 (Chr8)

7-87  (99997-100077)   97% ->
88-215  (104247-104374)   100% ->
216-366  (105985-106135)   100% ->
367-488  (109471-109592)   100% ->
489-638  (113320-113469)   100% ->
639-776  (115270-115407)   100% ->
777-855  (119087-119165)   100% ->
856-991  (127797-127932)   100% ->
992-1159  (129978-130145)   100% ->
1160-1274  (135529-135643)   100% ->
1275-1326  (136543-136594)   100% ->
1327-1499  (138349-138521)   100% ->
1500-1575  (138848-138923)   100% ->
1576-1737  (143641-143802)   100% ->
1738-1869  (144431-144562)   100% ->
1870-1937  (145696-145763)   100% ->
1938-2065  (147077-147204)   100% ->
2066-2157  (155908-155999)   100% ->
2158-2206  (161261-161309)   100% ->
2207-2310  (162105-162208)   100% ->
2311-2360  (162738-162787)   100% ->
2361-2463  (170292-170394)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 ACCCGAGTATGCTGCTGCTGTTCCGCTTTGCGTCCTCGCTACAAACGCCT
        ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 ACAGGAGTATGCTGCTGCTGTTCCGCTTTGCGTCCTCGCTACAAACGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCAAAA         GATGGCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100047 GGTGGACAACATATTCCCTGAAGATCCAAAAGTA...TAGGATGGCCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98 TGAAAACTGATATGGAGAAATTGACATTTTATGCAGTATCTGCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104257 TGAAAACTGATATGGAGAAATTGACATTTTATGCAGTATCTGCTCCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 AAACTGGATCGAATTGGTTCTTACCTGGCAGAAAGGTTGAGCAGGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104307 AAACTGGATCGAATTGGTTCTTACCTGGCAGAAAGGTTGAGCAGGGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 TGTCAGACATCGTTCTGG         GTATGTTTTGATTGCTATGGAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104357 TGTCAGACATCGTTCTGGGTA...TAGGTATGTTTTGATTGCTATGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 CACTGGACCAACTTCTCATGGCTTGCCATTCTCAAAGCATTAAGCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106008 CACTGGACCAACTTCTCATGGCTTGCCATTCTCAAAGCATTAAGCCATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 GTAGAAAGCTTTCTTCATATGGTGGCAAAGCTGCTGGAATCGGGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106058 GTAGAAAGCTTTCTTCATATGGTGGCAAAGCTGCTGGAATCGGGGGAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 AAAGCTTCAAGTTCTTGGAACAAATTCT         TTTGTCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106108 AAAGCTTCAAGTTCTTGGAACAAATTCTGTG...TAGTTTGTCAAATTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 CAAATATTGAAGAAGACACACCATCCTATCACAGACGTTATGACTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109484 CAAATATTGAAGAAGACACACCATCCTATCACAGACGTTATGACTTTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 GTGTCTCGATTCAGTGCCATGTGCCATTCCTGTCATAGTGATCCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109534 GTGTCTCGATTCAGTGCCATGTGCCATTCCTGTCATAGTGATCCAGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 ACGAACAGA         GATACGAATTGCTGGAATTAGAGGTATTCAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109584 ACGAACAGAGTA...TAGGATACGAATTGCTGGAATTAGAGGTATTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521 GTGTGGTTCGCAAAACAGTCAACGATGAACTTCGGGCCACCATTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113352 GTGTGGTTCGCAAAACAGTCAACGATGAACTTCGGGCCACCATTTGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 CCTCAGCATATGGATAAGATTGTTCCATCCCTCCTGTTTAACATGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113402 CCTCAGCATATGGATAAGATTGTTCCATCCCTCCTGTTTAACATGCAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621 GATAGAAGAAGTTGACAG         TCGCATAGGCCCTCCTTCTTCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113452 GATAGAAGAAGTTGACAGGTA...TAGTCGCATAGGCCCTCCTTCTTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 CTTCTGCAACTGACAAAGAAGAGAATCCTGCTGTGCTGGCTGAAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115293 CTTCTGCAACTGACAAAGAAGAGAATCCTGCTGTGCTGGCTGAAAACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 TTCAGAGAACTGCTGGGTCGAGCAACTTTTGGGAATATGAATAATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115343 TTCAGAGAACTGCTGGGTCGAGCAACTTTTGGGAATATGAATAATGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 TAGACCAGTTTTTGC         GCATTTAGATCATCACAAACTGTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115393 TAGACCAGTTTTTGCGTA...CAGGCATTTAGATCATCACAAACTGTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 ATCCCAATGAATTTGCAGTTCACTGCTTTAAAATTATAATGTATTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119113 ATCCCAATGAATTTGCAGTTCACTGCTTTAAAATTATAATGTATTCCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853 CAG         GCTCAGTATTCTCACCATGTGATCCAGGAGATTCTAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119163 CAGGTA...CAGGCTCAGTATTCTCACCATGTGATCCAGGAGATTCTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    894 ACACCTTGATGCTCGTAAAAAAGATGCTCCCCGGGTTCGAGCAGGTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127835 ACACCTTGATGCTCGTAAAAAAGATGCTCCCCGGGTTCGAGCAGGTATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944 TTCAGGTTCTGTTAGAGGCTGTTGCCATTGCTGCTAAAGGTTCCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127885 TTCAGGTTCTGTTAGAGGCTGTTGCCATTGCTGCTAAAGGTTCCATAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992        GTCCGACAGTGCTGGAAGTCTTCAATACCCTTTTGAAACATCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127935 G...TAGGTCCGACAGTGCTGGAAGTCTTCAATACCCTTTTGAAACATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 GCGTCTCAGCGTTGAATTCGAAGCAAATGATTTACAGGGGGGATCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130021 GCGTCTCAGCGTTGAATTCGAAGCAAATGATTTACAGGGGGGATCTGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 GCAGTGTCAACTTAAATACAAGTTCCAAAGACAATGATGAGAAGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130071 GCAGTGTCAACTTAAATACAAGTTCCAAAGACAATGATGAGAAGATTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135 CAGAATGCTATCATCCAAACAATAG         GATTTTTTGGAAGTAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130121 CAGAATGCTATCATCCAAACAATAGGTG...TAGGATTTTTTGGAAGTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176 CCTACCAGATTATCAGAGGTCAGAAATCATGATGTTCATTATGGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135545 CCTACCAGATTATCAGAGGTCAGAAATCATGATGTTCATTATGGGGAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1226 TACCTGTCTTTGGAACATCTACCCATACTTTGGATATCAGTCAACTAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135595 TACCTGTCTTTGGAACATCTACCCATACTTTGGATATCAGTCAACTAGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275         GGATTTGGGAACCAGGAGAATTCAGATAATGTTGCTGAGATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135645 TA...TAGGGATTTGGGAACCAGGAGAATTCAGATAATGTTGCTGAGATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1317 TTTGCTTATG         GTGACCTCTGGATATAAAGCGAAGACGATTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136585 TTTGCTTATGGTA...CAGGTGACCTCTGGATATAAAGCGAAGACGATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1358 TTACTGCACTGCCAGGGTCTTTCCTGGATCCTTTGTTATCACCATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138380 TTACTGCACTGCCAGGGTCTTTCCTGGATCCTTTGTTATCACCATCTCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408 ATGGAGGACTACGAACTGAGACAGTTGGTCTTGGAAGTAATGCATAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138430 ATGGAGGACTACGAACTGAGACAGTTGGTCTTGGAAGTAATGCATAATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1458 CATGGATCGTCATGACAATAGGGCAAAGCTTCGAGGGATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 138480 CATGGATCGTCATGACAATAGGGCAAAGCTTCGAGGGATCAGGTA...TA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500  AATAATACCGGATGTAGCTGACCTAAAGATAAAAAGAGAAAAAATTTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138847 GAATAATACCGGATGTAGCTGACCTAAAGATAAAAAGAGAAAAAATTTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1549 AGACAAGACACAAGTTTCATGAAAAAG         AATGGGCAACAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138897 AGACAAGACACAAGTTTCATGAAAAAGGTA...CAGAATGGGCAACAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590 GTATCGGCACATATATTTGGGTTGTAAAGAGGAAGACAACGTTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143655 GTATCGGCACATATATTTGGGTTGTAAAGAGGAAGACAACGTTCAGAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1640 ACTATGAACTACTTTATACTTCTCTTGCTCTTATAACTATTGAACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143705 ACTATGAACTACTTTATACTTCTCTTGCTCTTATAACTATTGAACTGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1690 AATGAAGAAGTAGTTATTGATCTCATTCGACTGGCCATTGCTTTACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 143755 AATGAAGAAGTAGTTATTGATCTCATTCGACTGGCCATTGCTTTACAGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738        GACAGTGCAATTATCAATGAGGATAATTTGCCAATGTTCCATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143805 A...AAGGACAGTGCAATTATCAATGAGGATAATTTGCCAATGTTCCATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1781 GTTGTGGAATCATGGCACTGGTTGCAGCATACCTCAACTTTGTAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144474 GTTGTGGAATCATGGCACTGGTTGCAGCATACCTCAACTTTGTAAGTCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1831 ATGATAGCTGTCCCTGCATTTTGCCAGCATGTTAGCAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 144524 ATGATAGCTGTCCCTGCATTTTGCCAGCATGTTAGCAAGGTA...TAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1872 TATTGAAATTCGAACTATGGAAGCCCCTTATTTTCTACCAGAGCATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145698 TATTGAAATTCGAACTATGGAAGCCCCTTATTTTCTACCAGAGCATATCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1922 TCAGAGATAAGTGCAT         GCTTCCAAAATCTTTAGAGAAGCAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 145748 TCAGAGATAAGTGCATGTA...CAGGCTTCCAAAATCTTTAGAGAAGCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1963 GAAAAAGATTTGTACTTTCTGACCAACAAGATTGCAGAGTCGCTAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147102 GAAAAAGATTTGTACTTTCTGACCAACAAGATTGCAGAGTCGCTAGGTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2013 AAGTGGATATAGTGTTGAGAGATTGTCAGTTCCGTATGTACCACAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147152 AAGTGGATATAGTGTTGAGAGATTGTCAGTTCCGTATGTACCACAAGTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2063 CAG         ATGAAGATCGACTTTCTAGAAGAAAAAGCATTGTGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147202 CAGGTA...TAGATGAAGATCGACTTTCTAGAAGAAAAAGCATTGTGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2104 ACCGTATCCATTCAGGTGGATATTTTATCCAACAATGTTCCTTCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155946 ACCGTATCCATTCAGGTGGATATTTTATCCAACAATGTTCCTTCTGATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2154 TGTG         GTTAGTAACACTGAAGAAATCACTTTTGAAGCATTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155996 TGTGGTA...TAGGTTAGTAACACTGAAGAAATCACTTTTGAAGCATTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2195 AGAAAGCAATTG         ATACCAGTGGAATGGAAGAACAGGAAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 161298 AGAAAGCAATTGGTG...TAGATACCAGTGGAATGGAAGAACAGGAAAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2236 GAAAAGAGGCGTCTTGTGATAGAGAAATTTCAGAAAGCACCTTTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162134 GAAAAGAGGCGTCTTGTGATAGAGAAATTTCAGAAAGCACCTTTTGAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2286 AATAGCAGCACAGTGTGAATCCAAA         GCAAATTTGCTTCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 162184 AATAGCAGCACAGTGTGAATCCAAAGTA...CAGGCAAATTTGCTTCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2327 ATAGACTTGCCCAAATATTGGAACTCACCATACG         TCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 162754 ATAGACTTGCCCAAATATTGGAACTCACCATACGGTA...TAGTCCTCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2368 CCCAGTCCATCAGGAACACTGACCATTACTTCTGGGCATGCCCAATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170299 CCCAGTCCATCAGGAACACTGACCATTACTTCTGGGCATGCCCAATACCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2418 ATCTGTCCCAGTCTATGAGATGAAGTTTCCAGATCTGTGTGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170349 ATCTGTCCCAGTCTATGAGATGAAGTTTCCAGATCTGTGTGTGTAC