seq1 = pF1KA0136.tfa, 2817 bp
seq2 = pF1KA0136/gi568815577f_36220265.tfa (gi568815577f:36220265_36475293), 255029 bp

>pF1KA0136 2817
>gi568815577f:36220265_36475293 (Chr21)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-112  (113382-113454)   100% ->
113-245  (116610-116742)   100% ->
246-465  (117468-117687)   98% ->
466-608  (118515-118657)   100% ->
609-756  (121135-121282)   100% ->
757-885  (124315-124443)   100% ->
886-1005  (124648-124767)   100% ->
1006-1103  (129047-129144)   100% ->
1104-1208  (136356-136460)   100% ->
1209-1331  (139691-139813)   100% ->
1332-1406  (139920-139994)   100% ->
1407-1452  (141919-141964)   100% ->
1453-1619  (143829-143995)   100% ->
1620-2508  (148724-149612)   100% ->
2509-2666  (152110-152267)   100% ->
2667-2817  (154879-155029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCAGCCACCCCGCGGGATACGCCTCAGCGCG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGCGGCGCAGCCACCCCGCGGGATACGCCTCAGCGCGGTG...CAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTGCCCGAAGTTTTTACATACAAATTCTACTAGTCACACCTGGCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113384 TTGCCCGAAGTTTTTACATACAAATTCTACTAGTCACACCTGGCCATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCAGTTGCTGAATTAATAG         ATAATGCTTATGATCCTGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113434 GTGCAGTTGCTGAATTAATAGGTA...CAGATAATGCTTATGATCCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGAACGCTAAACAAATATGGATTGACAAAACAGTGATAAATGACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116630 GTGAACGCTAAACAAATATGGATTGACAAAACAGTGATAAATGACCATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGCTTGACATTCACCGACAATGGGAATGGTATGACTTCTGATAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116680 ATGCTTGACATTCACCGACAATGGGAATGGTATGACTTCTGATAAATTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAAAATGCTAAG         CTTTGGCTTCAGTGACAAAGTCACCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116730 ATAAAATGCTAAGGTA...TAGCTTTGGCTTCAGTGACAAAGTCACCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATGGTCATGTCCCAGTTGGATTATATGGGAATGGCTTCAAGTCGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117496 AATGGTCATGTCCCAGTTGGATTATATGGGAATGGCTTCAAGTCGGGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TATGCGTCTGGGTAAAGACGCAATCGTTTTTACCAAAAATGGAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117546 TATGCGTCTGGGTAAAGACGCAATCGTTTTTACCAAAAATGGAGAAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAGCGTGGGCCTTTTGTCTCAGACCTACTTGGAAGTCATAAAAGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117596 TGAGCGTGGGCCTTTTGTCTCAGACCTACTTGGAAGTCATAAAAGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATGTTGTTGTTCCAATAGTGGCATTCAACAAGCACCGACA G       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| |- >>>...>
 117646 CATGTTGTTGTTCCAATAGTGGCATTCAACAAGCACC ATATCCTT...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466   ATGATTAATTTAGCAGAATCAAAAGCCAGCCTTGCTGCAATTCTGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118513 AGATGATTAATTTAGCAGAATCAAAAGCCAGCCTTGCTGCAATTCTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CATTCTCTGTTTTCCACGGAACAGAAGTTACTGGCAGAACTTGATGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118563 CATTCTCTGTTTTCCACGGAACAGAAGTTACTGGCAGAACTTGATGCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 TATAGGCAAGAAGGGGACGAGGATCATCATTTGGAATCTTAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118613 TATAGGCAAGAAGGGGACGAGGATCATCATTTGGAATCTTAGAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609     CTACAAAAATGCAACAGAGTTCGATTTTGAAAAGGATAAATATGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118663 .CAGCTACAAAAATGCAACAGAGTTCGATTTTGAAAAGGATAAATATGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 ATCAGAATTCCCGAGGATTTAGATGAGATAACAGGGAAGAAGGGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121181 ATCAGAATTCCCGAGGATTTAGATGAGATAACAGGGAAGAAGGGGTACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GAAGCAGGAAAGGATGGACCAGATTGCCCCTGAGAGTGACTATTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121231 GAAGCAGGAAAGGATGGACCAGATTGCCCCTGAGAGTGACTATTCCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 GG         GCTTATTGCAGTATATTATATCTAAAGCCAAGAATGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121281 GGGTA...CAGGCTTATTGCAGTATATTATATCTAAAGCCAAGAATGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 ATCATCCTACGTGGACAGAAAGTGAAGACACAGCTGGTTTCGAAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124354 ATCATCCTACGTGGACAGAAAGTGAAGACACAGCTGGTTTCGAAGAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 TGCCTACATCGAACGTGATGTTTATCGACCAAAATTTTTA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124404 TGCCTACATCGAACGTGATGTTTATCGACCAAAATTTTTAGTA...AAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 CTAAAACAGTGAGAATTACCTTTGGATTCAACTGCAGAAATAAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124649 CTAAAACAGTGAGAATTACCTTTGGATTCAACTGCAGAAATAAAGATCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 TATGGGATAATGATGTATCACAGAAATAGACTCATCAAAGCTTATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124699 TATGGGATAATGATGTATCACAGAAATAGACTCATCAAAGCTTATGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 AGTTGGATGTCAGTTAAGG         GCAAACAACATGGGTGTTGGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 124749 AGTTGGATGTCAGTTAAGGGTA...CAGGCAAACAACATGGGTGTTGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028 TGGTTGGAATTATAGAGTGTAATTTCCTTAAGCCAACTCATAATAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129069 TGGTTGGAATTATAGAGTGTAATTTCCTTAAGCCAACTCATAATAAACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1078 GATTTCGACTATACTAATGAGTACAG         ACTTACAATAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129119 GATTTCGACTATACTAATGAGTACAGGTA...AAGACTTACAATAACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119 ACTAGGAGAAAAGCTGAATGATTACTGGAATGAAATGAAAGTGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136371 ACTAGGAGAAAAGCTGAATGATTACTGGAATGAAATGAAAGTGAAGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169 ATACAGAATATCCTCTAAATTTGCCAGTTGAAGATATACA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 136421 ATACAGAATATCCTCTAAATTTGCCAGTTGAAGATATACAGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 AAGCGTCCTGATCAGACATGGGTTCAGTGTGATGCCTGTCTAAAGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139692 AAGCGTCCTGATCAGACATGGGTTCAGTGTGATGCCTGTCTAAAGTGGCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 GAAATTACCTGATGGGATGGATCAACTTCCTGAAAAATGGTATTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139742 GAAATTACCTGATGGGATGGATCAACTTCCTGAAAAATGGTATTGCTCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 ATAACCCTGACCCACAGTTCAG         AAATTGTGAGGTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139792 ATAACCCTGACCCACAGTTCAGGTA...TAGAAATTGTGAGGTTCCAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAACCTGAAGATGAGGATTTGGTACATCCCACTTATGAAAAAACCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139939 GAACCTGAAGATGAGGATTTGGTACATCCCACTTATGAAAAAACCTACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AAAGAC         CAACAAGGAAAAATTCAGGATCAGACAACCGGAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139989 AAAGACGTG...AAGCAACAAGGAAAAATTCAGGATCAGACAACCGGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TGATCCCTCGG         ATTAATGCTGAACTGTTGTTTCGGCCAACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 141954 TGATCCCTCGGGTA...CAGATTAATGCTGAACTGTTGTTTCGGCCAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GCTCTTTCAACTCCAAGCTTTTCTTCTCCTAAGGAAAGTGTTCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143859 GCTCTTTCAACTCCAAGCTTTTCTTCTCCTAAGGAAAGTGTTCCAAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 ACATCTTTCAGAAGGAACAAATTCTTATGCGACAAGACTTCTAAATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143909 ACATCTTTCAGAAGGAACAAATTCTTATGCGACAAGACTTCTAAATAATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATCAAGTTCCACCTCAGTCTGAACCTGAGAGCAACAG         CTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143959 ATCAAGTTCCACCTCAGTCTGAACCTGAGAGCAACAGGTC...CAGCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AAACGGAGACTTTCTACTCGTTCCTCAATTTTGAATGCAAAGAATCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148728 AAACGGAGACTTTCTACTCGTTCCTCAATTTTGAATGCAAAGAATCGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 ATTGAGTAGTCAGTTTGAAAATTCAGTTTATAAAGGTGATGATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148778 ATTGAGTAGTCAGTTTGAAAATTCAGTTTATAAAGGTGATGATGATGATG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AAGATGTCATCATCTTAGAAGAAAACAGTACCCCCAAACCTGCAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148828 AAGATGTCATCATCTTAGAAGAAAACAGTACCCCCAAACCTGCAGTAGAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CATGATATTGACATGAAATCAGAACAGAGTCACGTTGAGCAAGGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148878 CATGATATTGACATGAAATCAGAACAGAGTCACGTTGAGCAAGGTGGTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TCAGGTTGAGTTTGTGGGTGACAGTGAACCTTGTGGCCAGACTGGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148928 TCAGGTTGAGTTTGTGGGTGACAGTGAACCTTGTGGCCAGACTGGTTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 CAAGCACCTCATCATCCCGATGCGACCAGGGAAATACTGCAGCTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148978 CAAGCACCTCATCATCCCGATGCGACCAGGGAAATACTGCAGCTACCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 ACTGAAGTACCAAGTTTAGTTGTTAAAAAAGAAGAAACTGTTGAAGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149028 ACTGAAGTACCAAGTTTAGTTGTTAAAAAAGAAGAAACTGTTGAAGACGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GATAGACGTAAGAAATGATGCAGTGATTCTGCCCTCCTGTGTAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149078 GATAGACGTAAGAAATGATGCAGTGATTCTGCCCTCCTGTGTAGAAGCTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 AAGCAAAGATACATGAAACCCAGGAAACCACCGATAAATCTGCAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149128 AAGCAAAGATACATGAAACCCAGGAAACCACCGATAAATCTGCAGATGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 GCAGGCTGCCAATTACAAGAACTGAGAAACCAGCTACTCCTTGTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149178 GCAGGCTGCCAATTACAAGAACTGAGAAACCAGCTACTCCTTGTCACTGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 GGAAAAAGAGAATTATAAAAGACAGTGTCATATGTTTACTGATCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149228 GGAAAAAGAGAATTATAAAAGACAGTGTCATATGTTTACTGATCAAATCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 AAGTGTTACAACAGAGGATACTAGAAATGAATGACAAGTATGTTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149278 AAGTGTTACAACAGAGGATACTAGAAATGAATGACAAGTATGTTAAGAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 GAAACTTGCCATCAGTCCACTGAAACCGATGCTGTATTTTTACTTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149328 GAAACTTGCCATCAGTCCACTGAAACCGATGCTGTATTTTTACTTGAAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 TATTAATGGCAAATCTGAAAGTCCAGACCATATGGTATCTCAGTATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149378 TATTAATGGCAAATCTGAAAGTCCAGACCATATGGTATCTCAGTATCAGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 AAGCTTTGGAAGAAATAGAAAGGCTGAAAAAACAATGTAGTGCTTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149428 AAGCTTTGGAAGAAATAGAAAGGCTGAAAAAACAATGTAGTGCTTTGCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 CATGTAAAGGCTGAATGCAGCCAGTGTTCCAATAATGAGAGTAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149478 CATGTAAAGGCTGAATGCAGCCAGTGTTCCAATAATGAGAGTAAAAGTGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2424 AATGGATGAGATGGCTGTGCAGCTTGACGATGTGTTTAGACAACTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149528 AATGGATGAGATGGCTGTGCAGCTTGACGATGTGTTTAGACAACTGGACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2474 AATGCAGTATTGAGAGGGACCAGTATAAAAGTGAG         GTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 149578 AATGCAGTATTGAGAGGGACCAGTATAAAAGTGAGGTG...TAGGTTGAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2515 TTGCTGGAAATGGAAAAGTCACAAATCCGTTCACAGTGTGAAGAACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152116 TTGCTGGAAATGGAAAAGTCACAAATCCGTTCACAGTGTGAAGAACTCAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2565 AACTGAAGTAGAACAGTTAAAATCTACAAATCAACAGACGGCAACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152166 AACTGAAGTAGAACAGTTAAAATCTACAAATCAACAGACGGCAACAGATG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2615 TTTCAACATCAAGTAACATTGAGGAGTCTGTAAATCATATGGATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152216 TTTCAACATCAAGTAACATTGAGGAGTCTGTAAATCATATGGATGGAGAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2665 AG         CCTCAAACTCCGATCTCTTCGAGTTAACGTAGGACAACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152266 AGGTA...CAGCCTCAAACTCCGATCTCTTCGAGTTAACGTAGGACAACT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2706 GCTGGCTATGATTGTGCCTGATCTTGATCTTCAGCAAGTGAATTACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154918 GCTGGCTATGATTGTGCCTGATCTTGATCTTCAGCAAGTGAATTACGATG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2756 TTGATGTAGTTGATGAGATTTTAGGACAAGTTGTTGAACAAATGAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154968 TTGATGTAGTTGATGAGATTTTAGGACAAGTTGTTGAACAAATGAGTGAA

   2950     .    :
   2806 ATCAGTAGTACT
        ||||||||||||
 155018 ATCAGTAGTACT