seq1 = pF1KA0121.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KA0121/gi568815595r_11458559.tfa (gi568815595r:11458559_11803034), 344476 bp

>pF1KA0121 870
>gi568815595r:11458559_11803034 (Chr3)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-254  (201013-201202)   99% ->
255-477  (238016-238238)   100% ->
478-601  (243580-243703)   100% ->
602-870  (244208-244476)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACGCCATTGGATGTTTTGTCCAGGGCAGCATCTCTGGTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACGCCATTGGATGTTTTGTCCAGGGCAGCATCTCTGGTGCATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGACGAAAAAC         GCGAAGCTGCTCTCAGGGGAGAACCCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGATGACGAAAAACGTA...TAGGCGAAGCTGCTCTCAGGGGAGAACCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAATGCAGACCCTGCCGGTGGCCTCTGCCCTCAGCAGTCACCGCACCGGC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201040 GAATACAGACCCTGCCGGTGGCCTCTGCCCTCAGCAGTCACCGCACCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTCCCCCAATCAGCCCCAGCAAGAGGAAGTTCAGCATGGAGCCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201090 CCTCCCCCAATCAGCCCCAGCAAGAGGAAGTTCAGCATGGAGCCAGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGACCTAGACTGTGACAACGACCACGTCTCCAAAATGAGTCGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201140 CGAGGACCTAGACTGTGACAACGACCACGTCTCCAAAATGAGTCGCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACCCCCATCT         GAACAAGACTGCCAATGGAGACTGCCGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 201190 TCAACCCCCATCTGTG...CAGGAACAAGACTGCCAATGGAGACTGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGAGACCCCCGGGAGCGGAGCCGCAGCCCCATCGAGCGCGCTGTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238044 AGAGACCCCCGGGAGCGGAGCCGCAGCCCCATCGAGCGCGCTGTGGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCATGAGCCTGCACGGCAGCCACCTGTACACCTCCCTCCCCAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238094 CACCATGAGCCTGCACGGCAGCCACCTGTACACCTCCCTCCCCAGCCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCTGGAGCAGCCCCTCGCACTGACCAAGAACAGCCTGGACGCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238144 GCCTGGAGCAGCCCCTCGCACTGACCAAGAACAGCCTGGACGCCAGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGCCGGCCTCTCGCCCACACTGACCCCGGGGGAGCGGCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 238194 CCAGCCGGCCTCTCGCCCACACTGACCCCGGGGGAGCGGCAGCAGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     AACCGGCCCTCCGTGATCACCTGTGCCTCGGCTGGCGCCCGCAACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238244 .CAGAACCGGCCCTCCGTGATCACCTGTGCCTCGGCTGGCGCCCGCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAACCTCTCGCACTGCCCCATCGCGCACAGCGGCTGTGCCGCGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243626 GCAACCTCTCGCACTGCCCCATCGCGCACAGCGGCTGTGCCGCGCCCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTGCCAGCTACCGGAGGCCACCGAGCG         CTGCCACCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 243676 CCTGCCAGCTACCGGAGGCCACCGAGCGGTG...CAGCTGCCACCACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGACCCCGTGGTGGAGGAGCATTTCCGCAGGAGCCTGGGCAAGAATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244221 TGACCCCGTGGTGGAGGAGCATTTCCGCAGGAGCCTGGGCAAGAATTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGAGCCCGAGCCGGCACCCAACTCCGTGTCCATCACGGGCTCCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244271 AGGAGCCCGAGCCGGCACCCAACTCCGTGTCCATCACGGGCTCCGTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACCACTTTGCCAAAGCTCTGGGTGACACGTGGCTCCAGATCAAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244321 GACCACTTTGCCAAAGCTCTGGGTGACACGTGGCTCCAGATCAAAGCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAGGACGGAGCATCCAGCAGCCCTGAGTCCGCCTCTCGCAGGGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244371 CAAGGACGGAGCATCCAGCAGCCCTGAGTCCGCCTCTCGCAGGGGCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCGCCAGCCCCTCTGCCCACATGGTCAGCCACAGTCACTCCCCCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244421 CCGCCAGCCCCTCTGCCCACATGGTCAGCCACAGTCACTCCCCCTCTGTG

    900     .
    865 GTCTCC
        ||||||
 244471 GTCTCC