seq1 = pF1KA0113.tfa, 1908 bp
seq2 = pF1KA0113/gi568815593r_150932287.tfa (gi568815593r:150932287_151165095), 232809 bp

>pF1KA0113 1908
>gi568815593r:150932287_151165095 (Chr5)

(complement)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-271  (101349-101483)   100% ->
272-357  (102884-102969)   100% ->
358-435  (104701-104778)   100% ->
436-627  (108139-108330)   100% ->
628-722  (112837-112931)   100% ->
723-846  (115149-115272)   100% ->
847-936  (119146-119235)   100% ->
937-1002  (122135-122200)   100% ->
1003-1134  (122425-122556)   100% ->
1135-1263  (125871-125999)   100% ->
1264-1395  (128175-128306)   100% ->
1396-1521  (129389-129514)   100% ->
1522-1587  (130029-130094)   100% ->
1588-1779  (131297-131488)   100% ->
1780-1876  (132713-132809)   100% ->
1877-1908  (134349-134380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGAGAGGACCGTACCGGATCTACGACCCTGGGGGCAGCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGAGAGGACCGTACCGGATCTACGACCCTGGGGGCAGCGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGGAGAGGCATCCGCAGCTTTTGAGCGCCTAGTGAAGGAGAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGGAGAGGCATCCGCAGCTTTTGAGCGCCTAGTGAAGGAGAATTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGAAGGAAAAAATGCAAGGGATAAAGATGTTAG         GGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 GGCTGAAGGAAAAAATGCAAGGGATAAAGATGTTAGGTA...TAGGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTTTGGAAGAGTCCCAGATGGAAGCGACCAGGCTCCGGCAGAAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101354 CTTTTGGAAGAGTCCCAGATGGAAGCGACCAGGCTCCGGCAGAAGGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCTAGTGAAGGACAACGAGCTGCTCCCACCACCTTCTCCCTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 GGAGCTAGTGAAGGACAACGAGCTGCTCCCACCACCTTCTCCCTCCTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTCCTTCGACCCCCTGGCTGAGCTCACAG         GAAAGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101454 GCTCCTTCGACCCCCTGGCTGAGCTCACAGGTA...CAGGAAAGGACTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGTCACAGCATCTCCCACAGCCCCTGCATGCCCCAGTGACAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102895 AATGTCACAGCATCTCCCACAGCCCCTGCATGCCCCAGTGACAAGCCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCAGTCCAGAAGCCTCCATCCAGT         GGCACCTCCTCTGAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102945 ACCAGTCCAGAAGCCTCCATCCAGTGTA...CAGGGCACCTCCTCTGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAAGTGGTCACTCCTGAGGAGCAGAATTCACCAGAGAGCAGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104717 TTGAAGTGGTCACTCCTGAGGAGCAGAATTCACCAGAGAGCAGCAGCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAATGCGATG         GCGCTGGGCCCCCTGCCCCGTGAGGACGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104767 GCCAATGCGATGGTG...CAGGCGCTGGGCCCCCTGCCCCGTGAGGACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACCTGATGCTGCACCTGCAGCGCCTGGAGACCACGCTGAGTGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108168 CAACCTGATGCTGCACCTGCAGCGCCTGGAGACCACGCTGAGTGTGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGAGGAGCCGGACCACGGCCAGCTCTTCACCCACCTGGGCCGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108218 CCGAGGAGCCGGACCACGGCCAGCTCTTCACCCACCTGGGCCGCATGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGAGTTCAACCGACTGGCATCCAAGGTGCACAAGAATGAGCAGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108268 CTGGAGTTCAACCGACTGGCATCCAAGGTGCACAAGAATGAGCAGCGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCATTCTGCAG         ACCCTGTGTGAGCAGCTTCGGAAGGAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108318 CTCCATTCTGCAGGTG...CAGACCCTGTGTGAGCAGCTTCGGAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGAGGCTCTGAAGGCCAAGTTGGATAAGGGCCTGGAACAGCGGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112865 ACGAGGCTCTGAAGGCCAAGTTGGATAAGGGCCTGGAACAGCGGGATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGCCGAGAGGCTGCG         GGAGGAAAATTTGGAGCTCAAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112915 GCTGCCGAGAGGCTGCGGTA...CAGGGAGGAAAATTTGGAGCTCAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTGTTGATGAGCAATGGCAACAAAGAGGGTGCGTCTGGGCGGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115173 GTTGTTGATGAGCAATGGCAACAAAGAGGGTGCGTCTGGGCGGCCAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCGAAGATGGAAGGGACAGGCAAGAAGGCAGTGGCTGGACAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115223 CACCGAAGATGGAAGGGACAGGCAAGAAGGCAGTGGCTGGACAGCAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GCTAGTGTGACGGCAGGTAAGGTCCCAGAGGTGGTGGCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115273 GTA...CAGGCTAGTGTGACGGCAGGTAAGGTCCCAGAGGTGGTGGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGCGCAGCCGAGAAGAAGGTGAAGATGCTGGAGCAGCAGCGCAGTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119187 GGGCGCAGCCGAGAAGAAGGTGAAGATGCTGGAGCAGCAGCGCAGTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         CTGCTGGAAGTGAACAAGCAGTGGGACCAGCATTTCCGGTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119237 TA...CAGCTGCTGGAAGTGAACAAGCAGTGGGACCAGCATTTCCGGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGAAGCAGCAGTATGAGCAGAAG         ATCACTGAGCTGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122177 ATGAAGCAGCAGTATGAGCAGAAGGTA...CAGATCACTGAGCTGCGTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAGCTGGCTGATTTGCAGAAGCAGGTGACTGACCTGGAGGCCGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122442 GAAGCTGGCTGATTTGCAGAAGCAGGTGACTGACCTGGAGGCCGAGCGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCAGAAGCAGCGTGACTTTGACCGCAAGCTCCTCCTGGCCAAGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122492 AGCAGAAGCAGCGTGACTTTGACCGCAAGCTCCTCCTGGCCAAGTCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATTGAAATGGAGGAG         ACCGACAAGGAGCAGCTGACAGCAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122542 ATTGAAATGGAGGAGGCA...CAGACCGACAAGGAGCAGCTGACAGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCAAGGAGCTGCGCCAAAAGGTCAAGTACCTGCAGGATCAGCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125897 GGCCAAGGAGCTGCGCCAAAAGGTCAAGTACCTGCAGGATCAGCTGAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACTCACCCGACAGCGTGAGTACCAGGAAAAGGAGATCCAGCGGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125947 CACTCACCCGACAGCGTGAGTACCAGGAAAAGGAGATCCAGCGGCTCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAG         GCCCTGGAGGAAGCACTGAGCATCCAAACCCCGCCATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125997 AAGGTG...CAGGCCCTGGAGGAAGCACTGAGCATCCAAACCCCGCCATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATCTCCACCAACAGCATTTGGGAGCCCAGAAGGAGCAGGGGCCCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128213 ATCTCCACCAACAGCATTTGGGAGCCCAGAAGGAGCAGGGGCCCTCCTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GGAAACAGGAGCTGGTCACGCAGAATGAGTTGCTGAAACAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 128263 GGAAACAGGAGCTGGTCACGCAGAATGAGTTGCTGAAACAGCAGGTG...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1396    GTGAAGATCTTCGAGGAGGACTTCCAGAGGGAGCGCAGTGATCGTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129386 CAGGTGAAGATCTTCGAGGAGGACTTCCAGAGGGAGCGCAGTGATCGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCGCATGAATGAGGAGAAGGAAGAGCTGAAGAAGCAAGTGGAGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129436 GCGCATGAATGAGGAGAAGGAAGAGCTGAAGAAGCAAGTGGAGAAGCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGGCCCAGGTCACCCTGTCAAATGCCCAG         CTAAAAGCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129486 AGGCCCAGGTCACCCTGTCAAATGCCCAGGTA...CAGCTAAAAGCATTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAAGATGAGGAGAAGGCAAGAGAAGCCCTCAGACAGCAGAAGAGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130041 AAAGATGAGGAGAAGGCAAGAGAAGCCCTCAGACAGCAGAAGAGGAAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AAAG         GCCTCAGGAGAGCGTTACCATGTGGAGCCCCACCCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130091 AAAGGTG...CAGGCCTCAGGAGAGCGTTACCATGTGGAGCCCCACCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AACATCTCTGCGGGGCCTACCCCTACGCCTACCCGCCCATGCCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131334 AACATCTCTGCGGGGCCTACCCCTACGCCTACCCGCCCATGCCAGCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTGCCACACCATGGCTTCGAGGACTGGTCCCAGATCCGCTACCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131384 GTGCCACACCATGGCTTCGAGGACTGGTCCCAGATCCGCTACCCCCCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCCCATGGCCATGGAGCACCCGCCCCCACTCCCCAACTCGCGCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131434 CCCCATGGCCATGGAGCACCCGCCCCCACTCCCCAACTCGCGCCTCTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATCTG         CCGGAATACACCTGGCGTCTACCCTGTGGAGGGGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131484 ATCTGGTG...CAGCCGGAATACACCTGGCGTCTACCCTGTGGAGGGGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CGAAATCCAAATCAGAGCTCCCAAGTGATGGACCCTCCCACAGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132749 CGAAATCCAAATCAGAGCTCCCAAGTGATGGACCCTCCCACAGCCAGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TACAGAACCAG         AGTCTCCAAAAAATGACCGTGAGGGGCCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 132799 TACAGAACCAGGTG...TAGAGTCTCCAAAAAATGACCGTGAGGGGCCTC

   2050 
   1907 AG
        ||
 134379 AG