seq1 = pF1KA0110.tfa, 822 bp
seq2 = pF1KA0110/gi568815592f_43535876.tfa (gi568815592f:43535876_43740530), 204655 bp

>pF1KA0110 822
>gi568815592f:43535876_43740530 (Chr6)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-312  (100506-100771)   100% ->
313-822  (104146-104655)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCCGGAGGCGGAGGTTCTGTCCTCAGCCGCAGTCCCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGCGGCGCCGGAGGCGGAGGTTCTGTCCTCAGCCGCAGTCCCTGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      ATTTGGAGTGGTATGAGAAGTCCGAAGAAACTCACGCCTCCCAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGATTTGGAGTGGTATGAGAAGTCCGAAGAAACTCACGCCTCCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGAACTACTTGAGACAAGCTCTACGCAGGAACCTCTCAACGCTTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAGAACTACTTGAGACAAGCTCTACGCAGGAACCTCTCAACGCTTCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCTTTTGCCCAAGAGACTGCATGGTACCAGTGGTGTTTCCTGGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTTTGCCCAAGAGACTGCATGGTACCAGTGGTGTTTCCTGGGCCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCCAGGAAGGCTGCTGTCAGTTTACTTGTGAACTTCTAAAGCATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGCCAGGAAGGCTGCTGTCAGTTTACTTGTGAACTTCTAAAGCATATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTATCAACGCCAGCAGCTCCCTCTGCCCTATGAACAGCTTAAGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGTATCAACGCCAGCAGCTCCCTCTGCCCTATGAACAGCTTAAGCACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACCGAAAACCTTCTCCCCAG         GCAGAGGAGATGCTGAAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100751 TACCGAAAACCTTCTCCCCAGGTA...CAGGCAGAGGAGATGCTGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAACCTCGGGCCACCACTGAGGTGAGCAGCAGGAAATGCCAACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104166 GAAACCTCGGGCCACCACTGAGGTGAGCAGCAGGAAATGCCAACAAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCAGAACTGGAGAGTGTCCTCAGCCACCTGGAGGACTTCTTTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104216 TGGCAGAACTGGAGAGTGTCCTCAGCCACCTGGAGGACTTCTTTGCACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACACTAGTACCGCGAGTGCTGATTCTCCTTGGGGGCAATGCCCTAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104266 ACACTAGTACCGCGAGTGCTGATTCTCCTTGGGGGCAATGCCCTAAGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGGAGTTCTATGAACTCGACTTGTCTCTGCTGGCCCCCTACAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104316 CAAGGAGTTCTATGAACTCGACTTGTCTCTGCTGGCCCCCTACAGCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCAGAGCCTGAGCACAGCAGCTTGTTTGCGCCGTCTCTTCCGAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104366 ACCAGAGCCTGAGCACAGCAGCTTGTTTGCGCCGTCTCTTCCGAGCCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCATGGCTGATGCCTTTAGCGAGCTTCAGGCTCCTCCACTCATGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104416 TTCATGGCTGATGCCTTTAGCGAGCTTCAGGCTCCTCCACTCATGGGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGTCGTCATGGCACAGGGACACCGCAACTGTGGAGAAGATTGGTTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104466 CGTCGTCATGGCACAGGGACACCGCAACTGTGGAGAAGATTGGTTTCGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAAGCTCAACTATCGAGTGCCCAGCCGGGGCCATAAACTGACTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 CCAAGCTCAACTATCGAGTGCCCAGCCGGGGCCATAAACTGACTGTGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGTCATGTGGCAGACCTTCCATCCGAACCACGGCTTGGGAAGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 CTGTCATGTGGCAGACCTTCCATCCGAACCACGGCTTGGGAAGACTACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTGGTTCCAGGCACCAGTGACATTTAAAGGCTTCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104616 TTGGTTCCAGGCACCAGTGACATTTAAAGGCTTCCGCGAG