seq1 = pF1KA0107.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KA0107/gi568815595r_63910671.tfa (gi568815595r:63910671_64123419), 212749 bp

>pF1KA0107 1167
>gi568815595r:63910671_64123419 (Chr3)

(complement)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-351  (100897-101102)   100% ->
352-497  (103979-104124)   100% ->
498-717  (104383-104602)   100% ->
718-826  (104713-104821)   100% ->
827-995  (109813-109981)   100% ->
996-1073  (112465-112542)   100% ->
1074-1167  (112656-112749)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGGAGAACCTGGAGGAGGAGGGTCTGCCCAAGAACCCCGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGGAGAACCTGGAGGAGGAGGGTCTGCCCAAGAACCCCGACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGTATCGCGCAGCTGCGCTTCCTGCTCAGCCTGCCCGAGCACCGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGTATCGCGCAGCTGCGCTTCCTGCTCAGCCTGCCCGAGCACCGCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCTGCCGTGCGCGACGAGCTGATGGCGGCCGTCCGCGATAACA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 ACGCTGCCGTGCGCGACGAGCTGATGGCGGCCGTCCGCGATAACAGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     ACATGGCTCCTTACTATGAAGCCTTGTGCAAATCCCTCGACTGGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .TAGACATGGCTCCTTACTATGAAGCCTTGTGCAAATCCCTCGACTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATAGACGTGGACCTACTCAATAAAATGAAGAAGGCAAATGAAGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 GATAGACGTGGACCTACTCAATAAAATGAAGAAGGCAAATGAAGATGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGCGTTTGGATGAGGAGCTGGAAGATGCAGAGAAGAATCTAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 TGAAGCGTTTGGATGAGGAGCTGGAAGATGCAGAGAAGAATCTAGGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCGAAATTCGCGATGCAATGATGGCAAAGGCCGAGTACCTCTGCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 AGCGAAATTCGCGATGCAATGATGGCAAAGGCCGAGTACCTCTGCCGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGTGACAAA         GAGGGAGCTCTGACAGCCTTTCGCAAGACAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 AGGTGACAAAGTG...CAGGAGGGAGCTCTGACAGCCTTTCGCAAGACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGACAAAACTGTGGCCCTGGGTCACCGATTGGATATTGTATTCTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104010 ATGACAAAACTGTGGCCCTGGGTCACCGATTGGATATTGTATTCTATCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTAGGATTGGCTTATTTTATATGGATAATGATCTCATCACACGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 CTTAGGATTGGCTTATTTTATATGGATAATGATCTCATCACACGAAACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAAAAGGCCAAAAG         CTTAATAGAAGAAGGAGGAGACTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104110 AGAAAAGGCCAAAAGGTA...TAGCTTAATAGAAGAAGGAGGAGACTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAGGAGAAACCGCCTAAAAGTGTATCAGGGTCTTTATTGTGTGGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 ACAGGAGAAACCGCCTAAAAGTGTATCAGGGTCTTTATTGTGTGGCTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGTGATTTCAAACAGGCAGCTGAACTCTTCCTTGACACTGTTTCAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104459 CGTGATTTCAAACAGGCAGCTGAACTCTTCCTTGACACTGTTTCAACATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TACATCCTATGAACTCATGGATTATAAAACATTTGTGACTTATACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 TACATCCTATGAACTCATGGATTATAAAACATTTGTGACTTATACTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGTCAGTATGATTGCCTTAGAAAGACCAGATCTCAGGGAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104559 ATGTCAGTATGATTGCCTTAGAAAGACCAGATCTCAGGGAAAAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718    GTCATTAAAGGAGCAGAGATTCTTGAAGTGTTGCACAGTCTTCCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104710 TAGGTCATTAAAGGAGCAGAGATTCTTGAAGTGTTGCACAGTCTTCCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGTTCGGCAGTATCTGTTTTCACTCTATGAATGCCGTTACTCTGTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104760 AGTTCGGCAGTATCTGTTTTCACTCTATGAATGCCGTTACTCTGTTTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAATCATTAG         CGGTTGTGGAACAGGAAATGAAAAAGGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104810 TCCAATCATTAGGTA...CAGCGGTTGTGGAACAGGAAATGAAAAAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGCTTTTTGCCCCTCATTATCGATACTATGTAAGAGAAATGAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109842 TGGCTTTTTGCCCCTCATTATCGATACTATGTAAGAGAAATGAGAATTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCATACAGTCAGCTGCTGGAATCATATAGGTCATTAACCCTTGGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109892 TGCATACAGTCAGCTGCTGGAATCATATAGGTCATTAACCCTTGGCTATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGCAGAAGCGTTTGGTGTTGGTGTGGAATTCATTGATCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109942 TGGCAGAAGCGTTTGGTGTTGGTGTGGAATTCATTGATCAGTA...TAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAACTGTCCAGGTTTATTGCTGCCGGGAGACTACACTGCAAAATAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112466 GAACTGTCCAGGTTTATTGCTGCCGGGAGACTACACTGCAAAATAGATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGTGAATGAAATAGTAGAAACCAACAG         ACCTGATAGCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112516 AGTGAATGAAATAGTAGAAACCAACAGGTA...TAGACCTGATAGCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTGGCAGTACCAAGAAACTATCAAGAAAGGAGATCTGCTACTAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112670 ACTGGCAGTACCAAGAAACTATCAAGAAAGGAGATCTGCTACTAAACAGA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1138 GTTCAAAAACTTTCCAGAGTAATTAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 112720 GTTCAAAAACTTTCCAGAGTAATTAATATG