seq1 = pF1KA0103.tfa, 891 bp
seq2 = pF1KA0103/gi568815590f_108343659.tfa (gi568815590f:108343659_108586595), 242937 bp

>pF1KA0103 891
>gi568815590f:108343659_108586595 (Chr8)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-154  (106165-106278)   100% ->
155-219  (106770-106834)   100% ->
220-305  (109404-109489)   100% ->
306-363  (112215-112272)   100% ->
364-449  (126168-126253)   100% ->
450-509  (126404-126463)   100% ->
510-591  (132224-132305)   100% ->
592-702  (133124-133234)   100% ->
703-807  (135348-135452)   100% ->
808-891  (142854-142937)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGGTCTCAGAGCTTTACGATGTCACTTGGGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCGAAGGTCTCAGAGCTTTACGATGTCACTTGGGAAGGTA...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATGAGAGATAAAATGAGAAAATGGAGAGAAGAAAACTCAAGAAATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 AATGAGAGATAAAATGAGAAAATGGAGAGAAGAAAACTCAAGAAATAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAAATTGTGGAAGTTGGAGAAGAATTAATTAATGAATATGCTTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106216 AGCAAATTGTGGAAGTTGGAGAAGAATTAATTAATGAATATGCTTCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGAGATGATA         TTTGGATCATATATGAACAGGTGATGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106266 CTGGGAGATGATAGTA...TAGTTTGGATCATATATGAACAGGTGATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCAGCACTAGACTATGGTCGGGATGACTTGGCATTG         TTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106798 TGCAGCACTAGACTATGGTCGGGATGACTTGGCATTGGTA...CAGTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTCTTCAAGAGCTGAGAAGACAGTTCCCTGGCAGTCACAGAGTCAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109408 GTCTTCAAGAGCTGAGAAGACAGTTCCCTGGCAGTCACAGAGTCAAGCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTAACAGGCATGAGATTTGAAGCCATGGAAAG         ATATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109458 TTAACAGGCATGAGATTTGAAGCCATGGAAAGGTA...TAGATATGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCTATACAGCTATATGATAGGATTTTACAAGAAGATCCAACTAACACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112224 TGCTATACAGCTATATGATAGGATTTTACAAGAAGATCCAACTAACACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364         GCTGCAAGAAAGCGTAAGATTGCCATTCGAAAAGCCCAGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112274 TA...CAGGCTGCAAGAAAGCGTAAGATTGCCATTCGAAAAGCCCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AAAAATGTGGAGGCCATTCGGGAGCTGAATGAGTATCTGGAACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 126210 AAAAATGTGGAGGCCATTCGGGAGCTGAATGAGTATCTGGAACAGTG...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450    ATTTGTTGGAGACCAAGAAGCCTGGCATGAACTTGCAGAACTTTACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126401 CAGATTTGTTGGAGACCAAGAAGCCTGGCATGAACTTGCAGAACTTTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCAATGAACATGA         CTATGCAAAAGCAGCCTTTTGTTTAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126451 TCAATGAACATGAGTA...TAGCTATGCAAAAGCAGCCTTTTGTTTAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GAACTAATGATGACTAATCCACACAACCACTTATACTGTCAGCAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132252 GAACTAATGATGACTAATCCACACAACCACTTATACTGTCAGCAGTATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGAA         GTTAAGTATACCCAAGGTGGACTTGAAAACCTCGAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132302 TGAAGTA...CAGGTTAAGTATACCCAAGGTGGACTTGAAAACCTCGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTTCAAGAAAGTATTTTGCACAGGCATTGAAACTGAACAACAGAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133161 TTTCAAGAAAGTATTTTGCACAGGCATTGAAACTGAACAACAGAAATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AGAGCTTTGTTTGGACTTTATATG         TCGGCAAGTCATATTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 133211 AGAGCTTTGTTTGGACTTTATATGGTG...TAGTCGGCAAGTCATATTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TTCTAATCCAAAAGCAAGTGCAAAAACGAAAAAGGACAACATGAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135365 TTCTAATCCAAAAGCAAGTGCAAAAACGAAAAAGGACAACATGAAATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CTAGTTGGGCAGCTAGTCAAATAAACAGAGCTTATCAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135415 CTAGTTGGGCAGCTAGTCAAATAAACAGAGCTTATCAGGTT...TAGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCAGGTCGAAGTAAGAAGGAAACCAAATATTCTCTTAAGGCTGTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142857 GCAGGTCGAAGTAAGAAGGAAACCAAATATTCTCTTAAGGCTGTCGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :
    861 CATGTTGGAAACATTGCAGATCACCCAGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 142907 CATGTTGGAAACATTGCAGATCACCCAGTCT