seq1 = pF1KA0102.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KA0102/gi568815597r_27995745.tfa (gi568815597r:27995745_28196422), 200678 bp

>pF1KA0102 678
>gi568815597r:27995745_28196422 (Chr1)

(complement)

1-678  (100001-100678)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCAGCTGTACAGGGCGGGAGAAGCGGTGGTAGCGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCAGCTGTACAGGGCGAGAGAAGCGGTGGTAGCGGAGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTGGGGCTGGTGGTGCTTCCAACTGCGGGACAGGAAGTGGCCGTAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100051 TAGTGGGGCTGGTGGTGCTTCCAACTGCGGGACAGGGAGTGGCCGTAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTGTTGGATAAGTGGAAGATAGATGATAAGCCTGTAAAAATTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTGTTGGATAAGTGGAAGATAGATGATAAGCCTGTAAAAATTGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGATGGATCAGCTGTGAAAAACTCTTTGGATGATTCTGCCAAAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGATGGATCAGCTGTGAAAAACTCTTTGGATGATTCTGCCAAAAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTTCTGGAAAAATACAAATATGTGGAGAATTTTGGTCTAATTGATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTTCTGGAAAAATACAAATATGTGGAGAATTTTGGTCTAATTGATGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTCACCATCTGTACAATCTCCTGTTTCTTTGCCATAGTGGCTTTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTCACCATCTGTACAATCTCCTGTTTCTTTGCCATAGTGGCTTTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGATTATATGCACCCCTTTCCAGAGTCCAAACCCGTTTTGGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGATTATATGCACCCCTTTCCAGAGTCCAAACCCGTTTTGGCTTTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCATATCCTATTTTGTGATGATGGGGATTCTGACCATTTATACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCATATCCTATTTTGTGATGATGGGGATTCTGACCATTTATACCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATAAGGAGAAGAGCATCTTTCTCGTGGCCCACAGGAAAGATCCTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATAAGGAGAAGAGCATCTTTCTCGTGGCCCACAGGAAAGATCCTACAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGGATCCTGATGATATTTGGCAGCTGTCCTCCAGTCTTAAAAGGTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100451 ATGGATCCTGATGATATTTGGCAGCTGTCCTCCAGTCTTAAAGGGTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACAAATACACCTTGAAGCTGACCTTCATCAGTGGGAGAACAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACAAATACACCTTGAAGCTGACCTTCATCAGTGGGAGAACAAAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCGGGAAGCCGAGTTCACAAAGTCCATTGCTAAGTTTTTTGACCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCGGGAAGCCGAGTTCACAAAGTCCATTGCTAAGTTTTTTGACCACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGACACTGGTCATGGATGCATATGAGCCTGAAATATCCAGGCTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGACACTGGTCATGGATGCATATGAGCCTGAAATATCCAGGCTCCATGA

    650     .    :    .    :    .
    651 CAGTCTTGCCATAGAAAGAAAAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGTCTTGCCATAGAAAGAAAAATAAAG