seq1 = pF1KA0102.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KA0102/gi568815587f_74849286.tfa (gi568815587f:74849286_75077040), 227755 bp

>pF1KA0102 678
>gi568815587f:74849286_75077040 (Chr11)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-198  (115749-115832)   100% ->
199-359  (116478-116638)   100% ->
360-494  (120280-120414)   100% ->
495-678  (127572-127755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCAGCTGTACAGGGCGGGAGAAGCGGTGGTAGCGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCAGCTGTACAGGGCGGGAGAAGCGGTGGTAGCGGAGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTGGGGCTGGTGGTGCTTCCAACTGCGGGACAGGAAGTGGCCGTAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGTGGGGCTGGTGGTGCTTCCAACTGCGGGACAGGAAGTGGCCGTAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTGTTGGATAAG         TGGAAGATAGATGATAAGCCTGTAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTGTTGGATAAGGTG...CAGTGGAAGATAGATGATAAGCCTGTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGACAAGTGGGATGGATCAGCTGTGAAAAACTCTTTGGATGATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115776 ATTGACAAGTGGGATGGATCAGCTGTGAAAAACTCTTTGGATGATTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAAAG         GTACTTCTGGAAAAATACAAATATGTGGAGAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115826 CAAAAAGGTA...CAGGTACTTCTGGAAAAATACAAATATGTGGAGAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGTCTAATTGATGGTCGCCTCACCATCTGTACAATCTCCTGTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116512 TTGGTCTAATTGATGGTCGCCTCACCATCTGTACAATCTCCTGTTTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATAGTGGCTTTGATTTGGGATTATATGCACCCCTTTCCAGAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116562 GCCATAGTGGCTTTGATTTGGGATTATATGCACCCCTTTCCAGAGTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCCGTTTTGGCTTTGTGTGTCATATC         CTATTTTGTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116612 ACCCGTTTTGGCTTTGTGTGTCATATCATA...AACCTATTTTGTGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGATTCTGACCATTTATACCTCATATAAGGAGAAGAGCATCTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120294 TGGGGATTCTGACCATTTATACCTCATATAAGGAGAAGAGCATCTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGCCCACAGGAAAGATCCTACAGGAATGGATCCTGATGATATTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120344 GTGGCCCACAGGAAAGATCCTACAGGAATGGATCCTGATGATATTTGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGTCCTCCAGTCTTAAAAG         GTTTGATGACAAATACACCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120394 GCTGTCCTCCAGTCTTAAAAGGTA...TAGGTTTGATGACAAATACACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAGCTGACCTTCATCAGTGGGAGAACAAAGCAGCAGCGGGAAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127592 TGAAGCTGACCTTCATCAGTGGGAGAACAAAGCAGCAGCGGGAAGCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCACAAAGTCCATTGCTAAGTTTTTTGACCACAGTGGGACACTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127642 TTCACAAAGTCCATTGCTAAGTTTTTTGACCACAGTGGGACACTGGTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATGCATATGAGCCTGAAATATCCAGGCTCCATGACAGTCTTGCCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127692 GGATGCATATGAGCCTGAAATATCCAGGCTCCATGACAGTCTTGCCATAG

    700     .    :
    665 AAAGAAAAATAAAG
        ||||||||||||||
 127742 AAAGAAAAATAAAG