seq1 = pF1KA0101.tfa, 333 bp
seq2 = pF1KA0101/gi568815583r_64266033.tfa (gi568815583r:64266033_64481371), 215339 bp

>pF1KA0101 333
>gi568815583r:64266033_64481371 (Chr15)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-127  (100334-100414)   100% ->
128-290  (104467-104629)   100% ->
291-333  (115297-115339)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCGGACTAAAGCAGACAGTGTTCCAGGCACTTACAGAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGTGCGGACTAAAGCAGACAGTGTTCCAGGCACTTACAGAAAAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      TGGTGGCTGCTCGAGCCCCCAGAAAGGTGCTTGGTTCTTCCACCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGTGGTGGCTGCTCGAGCCCCCAGAAAGGTGCTTGGTTCTTCCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCCACTAATTCGACATCAGTTTCATCGAGGAAAG         CTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100379 CTGCCACTAATTCGACATCAGTTTCATCGAGGAAAGGTA...CAGCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATAAATATGCAGGAGGGAACCCCGTTTGCGTGCGCCCAACTCCCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104472 AATAAATATGCAGGAGGGAACCCCGTTTGCGTGCGCCCAACTCCCAAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAAAAAGGAATTGGAGAATTCTTTAGGTTGTCCCCTAAAGATTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104522 GCAAAAAGGAATTGGAGAATTCTTTAGGTTGTCCCCTAAAGATTCTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAGAATCAGATTCCTGAAGAGGCAGGAAGCAGTGGCTTAGGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 AAGAGAATCAGATTCCTGAAGAGGCAGGAAGCAGTGGCTTAGGAAAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAGAAA         AGCATGTCCTTTGCAACCTGATCACACAAATGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 AAGAGAAAGTA...CAGAGCATGTCCTTTGCAACCTGATCACACAAATGA

    350     .    :
    324 TGAAAAAGAA
        ||||||||||
 115330 TGAAAAAGAA