seq1 = pF1KA0092.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KA0092/gi568815587f_95690699.tfa (gi568815587f:95690699_95931253), 240555 bp

>pF1KA0092 1422
>gi568815587f:95690699_95931253 (Chr11)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-202  (108534-108690)   100% ->
203-382  (122234-122413)   100% ->
383-504  (122770-122891)   100% ->
505-621  (127089-127205)   100% ->
622-699  (128129-128206)   100% ->
700-807  (131173-131280)   100% ->
808-1049  (137088-137329)   100% ->
1050-1194  (138489-138633)   100% ->
1195-1422  (140328-140555)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGTCTGTCTCTGCGGCTTCTGGTTCTCACTTGTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGCGGCGGCGTCTGTCTCTGCGGCTTCTGGTTCTCACTTGTCGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AACAGCTTTGCTGAGCCATCAAGGTCTAATGGAAGCATGGTTCGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGAACAGCTTTGCTGAGCCATCAAGGTCTAATGGAAGCATGGTTCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTCTTCATCTCCATATGTAGTATATCCTTCGGATAAGCCTTTCCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 ATTCTTCATCTCCATATGTAGTATATCCTTCGGATAAGCCTTTCCTTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGATCTACGACGCTCCCCAAGTAAGCCTACACTTGCCTATCCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 AGTGATCTACGACGCTCCCCAAGTAAGCCTACACTTGCCTATCCAGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAGCAGAG         CCATATTTTCTGCTCTTAAGAATCTTCAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 CAACAGCAGAGGTA...CAGCCATATTTTCTGCTCTTAAGAATCTTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAAGATTCGACGCTTGGAACTTGAGAGGATTCAGGCAGAAGAAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122264 ATAAGATTCGACGCTTGGAACTTGAGAGGATTCAGGCAGAAGAAAGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAACCTTGTCTAGAGAAACAATTGAATATAAGAAAGTACTGGATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122314 AAAACCTTGTCTAGAGAAACAATTGAATATAAGAAAGTACTGGATGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATACAAGAAAGGGAGAATTCAAAGAATGAGGAATCAAAGCACAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122364 GATACAAGAAAGGGAGAATTCAAAGAATGAGGAATCAAAGCACAATCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          AACTGACATCTCAGTTGTTAGCTGCAGAAAATAAATGCAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122414 GTT...TAGAACTGACATCTCAGTTGTTAGCTGCAGAAAATAAATGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTATTAGAAAAACAATTGGAATACATGCGAAATATGATAAAGCATGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122811 CTATTAGAAAAACAATTGGAATACATGCGAAATATGATAAAGCATGCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATGGAGAGGACATCTGTCTTAGAGAAACAA         GTTTCCCTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122861 AATGGAGAGGACATCTGTCTTAGAGAAACAAGTA...CAGGTTTCCCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAGAGAACGACAACATGATCAAACACATGTTCAGAGCCAACTTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127099 AAAGAGAACGACAACATGATCAAACACATGTTCAGAGCCAACTTGAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGGATCTTCTTGAACAGGAGTATAACAAACTTACCACAATGCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127149 TTGGATCTTCTTGAACAGGAGTATAACAAACTTACCACAATGCAGGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCAGAA         AAAAAAATGCAAGAGTTGGAAGCAAAACTCCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127199 TGCAGAAGTC...TAGAAAAAAATGCAAGAGTTGGAAGCAAAACTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAAGAACAGGAAAGGAAACGCATGCAAGCTAAGGCAGCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 128163 AAGAAGAACAGGAAAGGAAACGCATGCAAGCTAAGGCAGCTGAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    TTGCAGACTGGTCTAGAAACAAATAGACTTATCTTTGAAGATAAGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131170 TAGTTGCAGACTGGTCTAGAAACAAATAGACTTATCTTTGAAGATAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACTCCGTGTGTTCCCAATGCAAGAAGAATTAAAAAAAAGAAGTCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131220 AACTCCGTGTGTTCCCAATGCAAGAAGAATTAAAAAAAAGAAGTCAAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCAGAAAAG         TCCACAAGCCCTAGCCATGCCGTGGTAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 131270 CACCAGAAAAGGTG...TAGTCCACAAGCCCTAGCCATGCCGTGGTAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATGTTCAGCTTGTCTTGCATCTAATGAAGCAACACAGTAAAGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137118 AATGTTCAGCTTGTCTTGCATCTAATGAAGCAACACAGTAAAGCTTTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATGATCGAGTCATCAACAGTATTCCTTTGGCAAAGCAAGTATCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137168 CAATGATCGAGTCATCAACAGTATTCCTTTGGCAAAGCAAGTATCTTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAGGTGGTAAAAGTAAGAAGTTGTCAGTAACACCTCCCTCCTCCAACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137218 GAGGTGGTAAAAGTAAGAAGTTGTCAGTAACACCTCCCTCCTCCAACGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATTAATGAGGAGTTGTCAGAAGTCTTACAGACTTTACAGGATGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137268 ATTAATGAGGAGTTGTCAGAAGTCTTACAGACTTTACAGGATGAATTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAAATGAGCTT         TGATCACCAGCAGCTTGCAAAACTTATCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 137318 GCAAATGAGCTTGTG...TAGTGATCACCAGCAGCTTGCAAAACTTATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGTCGCCAACCGTTGAACTGAAAGACAAGTTGGAGTGTGAATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138518 AGGAGTCGCCAACCGTTGAACTGAAAGACAAGTTGGAGTGTGAATTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCATTAGTGGGAAGGATGGAAGCAAAAGCCAACCAAATAACTAAAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138568 GCATTAGTGGGAAGGATGGAAGCAAAAGCCAACCAAATAACTAAAGTTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAATACCAAGCCCAG         CTGGAGAAACAGAAGTTAGAGAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138618 AAAATACCAAGCCCAGGTA...TAGCTGGAGAAACAGAAGTTAGAGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAAGAAGGAATTAAAAGCTACCAAAAAGACTCTTGATGAAGAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140353 AGAAGAAGGAATTAAAAGCTACCAAAAAGACTCTTGATGAAGAAAGAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGCAGCAGCCGTTCTGGAATCACAGGGACCACAAATAAGAAAGATTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140403 AGCAGCAGCCGTTCTGGAATCACAGGGACCACAAATAAGAAAGATTTTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAAACAGAGACCTGGAGAAAAAAGGAGAAAAAATCTTCAGTTATTGAAGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140453 GAAACTGAGACCTGGAGAAAAAAGGAGAAAAAATCTTCAGTTATTGAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACATGCAAAGCATACAGAATTCATTACAAAGCAGTAGTTTGTGTTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140503 ACATGCAAAGCATACAGAATTCATTACAAAGCAGTAGTTTGTGTTGGGAT

   1500 
   1420 TAC
        |||
 140553 TAC