seq1 = pF1KA0090.tfa, 2976 bp
seq2 = pF1KA0090/gi568815597r_19119306.tfa (gi568815597r:19119306_19351509), 232204 bp

>pF1KA0090 2976
>gi568815597r:19119306_19351509 (Chr1)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-220  (106480-106604)   100% ->
221-286  (107495-107560)   100% ->
287-380  (107803-107896)   100% ->
381-509  (109037-109165)   100% ->
510-636  (110368-110494)   100% ->
637-786  (111064-111213)   100% ->
787-954  (111525-111692)   100% ->
955-1026  (112208-112279)   100% ->
1027-1086  (112656-112715)   100% ->
1087-1209  (113371-113493)   100% ->
1210-1306  (114272-114368)   100% ->
1307-1429  (116258-116380)   100% ->
1430-1629  (118375-118574)   100% ->
1630-1779  (118737-118886)   100% ->
1780-1941  (120088-120249)   100% ->
1942-2061  (120547-120666)   100% ->
2062-2199  (124060-124197)   100% ->
2200-2373  (127941-128114)   100% ->
2374-2584  (128676-128886)   100% ->
2585-2669  (130662-130746)   100% ->
2670-2799  (131812-131941)   100% ->
2800-2976  (132028-132204)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGAGTGGGCTTCTCGTTTCTGGCTTTGGGCTACGCTGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGAGTGGGCTTCTCGTTTCTGGCTTTGGGCTACGCTGCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGCGGCCGCGGTCTACGAAGACCAAGTGGGCAAGTTTGATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TCCTGCGGCCGCGGTCTACGAAGACCAAGTGGGCAAGTTTGATTGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GAGACAGCAATATGTTGGGAAGGTCAAGTTTGCCTCCTTGGAATTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGGAGACAGCAATATGTTGGGAAGGTCAAGTTTGCCTCCTTGGAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCCTGGATCCAAGAAGTTGGTTGTAGCCACAGAGAAGAATGTGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106526 TCCCCTGGATCCAAGAAGTTGGTTGTAGCCACAGAGAAGAATGTGATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCATTAAATTCCCGAACTGGGGAGATCT         TGTGGCGCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106576 AGCATTAAATTCCCGAACTGGGGAGATCTGTG...CAGTGTGGCGCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGACAAGGGCACGGCAGAAGGGGCTGTGGATGCCATGCTGCTGCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107507 TTGACAAGGGCACGGCAGAAGGGGCTGTGGATGCCATGCTGCTGCACGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGG         ATGTGATCACTGTGTCCAATGGAGGCCGAATCATGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107557 CAGGGTA...CAGATGTGATCACTGTGTCCAATGGAGGCCGAATCATGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCCTGGGAGACTAACATCGGGGGCCTGAACTGGGAGATAACCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107840 TTCCTGGGAGACTAACATCGGGGGCCTGAACTGGGAGATAACCCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGCAG         TTTCCAGGCACTTGGGCTGGTTGGCCTGCAGGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107890 GTGGCAGGTA...CAGTTTCCAGGCACTTGGGCTGGTTGGCCTGCAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGTAAGGTACATCGCAGTCCTGAAGAAGACTACACTTGCCCTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 TCTGTAAGGTACATCGCAGTCCTGAAGAAGACTACACTTGCCCTCCATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCTCCAGTGGGCACCTCAAGTGGGTGGAACATCTCCCAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109121 CCTCTCCAGTGGGCACCTCAAGTGGGTGGAACATCTCCCAGAAAGGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    510     TGACAGCATCCACTACCAGATGGTGTATTCTTACGGCTCTGGGGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 .TAGTGACAGCATCCACTACCAGATGGTGTATTCTTACGGCTCTGGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGTGGGCCCTCGGAGTTGTTCCCTTCAGCCATGTGAACATTGTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110414 GTGTGGGCCCTCGGAGTTGTTCCCTTCAGCCATGTGAACATTGTCAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAATGTGGAAGATGGAGAGATTGTTCAGCAG         GTTAGGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110464 TAATGTGGAAGATGGAGAGATTGTTCAGCAGGTA...TAGGTTAGGGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAACTCCGTGGCTGCAGCACCTGTCTGGAGCCTGTGGTGTGGTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111074 CAACTCCGTGGCTGCAGCACCTGTCTGGAGCCTGTGGTGTGGTGGATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTGTCCTGGTGTGTCCTGACCCGAGCTCACGTTCCCTCCAAACTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111124 GCTGTCCTGGTGTGTCCTGACCCGAGCTCACGTTCCCTCCAAACTTTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGGAGACGGAATGGGAGTTGAGACAGATCCCACTGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111174 TCTGGAGACGGAATGGGAGTTGAGACAGATCCCACTGCAGGTG...CAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCTCGACTTAGAATTTGGAAGTGGATTCCAACCCCGGGTCCTGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111526 CTCTCGACTTAGAATTTGGAAGTGGATTCCAACCCCGGGTCCTGCCTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGCCCAACCCAGTGGACGCTTCCCGGGCCCAGTTCTTCCTGCACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111576 CAGCCCAACCCAGTGGACGCTTCCCGGGCCCAGTTCTTCCTGCACTTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCAAGCCACTATGCTCTGCTGCAGTACCATTATGGAACGCTGAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111626 CCCAAGCCACTATGCTCTGCTGCAGTACCATTATGGAACGCTGAGTTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAAAAACTTCCCACAG         ACTGCCCTAGTGAGCTTTGCCACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111676 TTAAAAACTTCCCACAGGTA...CAGACTGCCCTAGTGAGCTTTGCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTGGGGAGAAGACGGTGGCTGCAGTCATGGCCTGTCGGAATGAAGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112232 ACTGGGGAGAAGACGGTGGCTGCAGTCATGGCCTGTCGGAATGAAGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        AAAAGTAGCAGTTCTGAAGATGGGTCAATGGGGAGCTTTTCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112282 G...CAGAAAAGTAGCAGTTCTGAAGATGGGTCAATGGGGAGCTTTTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGAAGTCTAGTTCAAAG         GACTCTCTGGCTTGCTTCAATCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112699 AGAAGTCTAGTTCAAAGGTA...TAGGACTCTCTGGCTTGCTTCAATCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACCTACACCATTAACCTATACCTCGTGGAGACAGGTCGGCGGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113395 ACCTACACCATTAACCTATACCTCGTGGAGACAGGTCGGCGGCTGCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CACCACGATAACATTTAGCCTGGAACAGAGCGGCACTCGGCCTGAGCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113445 CACCACGATAACATTTAGCCTGGAACAGAGCGGCACTCGGCCTGAGCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210         CTGTATATCCAGGTGTTCTTGAAGAAGGATGACTCAGTGGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113495 TA...TAGCTGTATATCCAGGTGTTCTTGAAGAAGGATGACTCAGTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TACCGGGCTTTGGTGCAGACAGAGGATCATCTGCTACTTTTCCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114314 TACCGGGCTTTGGTGCAGACAGAGGATCATCTGCTACTTTTCCTGCAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTTGG         CAGGGAAGGTGGTGCTGTGGAGCCGTGAGGAGTCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114364 GTTGGGTA...TAGCAGGGAAGGTGGTGCTGTGGAGCCGTGAGGAGTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGCAGAAGTGGTGTGCCTAGAGATGGTGGACCTCCCCCTGACTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116294 TGGCAGAAGTGGTGTGCCTAGAGATGGTGGACCTCCCCCTGACTGGGGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGGCCGAGCTGGAAGGAGAATTTGGCAAAAAGGCAG         ATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116344 CAGGCCGAGCTGGAAGGAGAATTTGGCAAAAAGGCAGGTA...CAGATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTTGCTGGGGATGTTCCTGAAACGCCTCTCGTCTCAGCTTATCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118379 CTTGCTGGGGATGTTCCTGAAACGCCTCTCGTCTCAGCTTATCCTGCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAGCATGGACTTCCCACCTCTGGAAAATGTTTTATGATGCTCGGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118429 AAGCATGGACTTCCCACCTCTGGAAAATGTTTTATGATGCTCGGAAGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CGGAGTCAGATTAAGAATGAGATCAACATTGACACCCTGGCCAGAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118479 CGGAGTCAGATTAAGAATGAGATCAACATTGACACCCTGGCCAGAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ATTCAACCTCCAGAAGATGATGGTGATGGTAACAGCCTCAGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118529 ATTCAACCTCCAGAAGATGATGGTGATGGTAACAGCCTCAGGCAAGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630      CTTTTTGGCATTGAGAGCAGCTCTGGCACCATCCTGTGGAAACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118579 ..CAGCTTTTTGGCATTGAGAGCAGCTCTGGCACCATCCTGTGGAAACAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TATCTACCCAATGTCAAGCCAGACTCCTCCTTTAAACTGATGGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118782 TATCTACCCAATGTCAAGCCAGACTCCTCCTTTAAACTGATGGTCCAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AACTACTGCTCATTTCCCCCATCCCCCACAGTGCACCCTGCTGGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118832 AACTACTGCTCATTTCCCCCATCCCCCACAGTGCACCCTGCTGGTGAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACAAG         GAGTCGGGAATGAGTTCTCTGTATGTCTTCAATCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118882 ACAAGGTG...TAGGAGTCGGGAATGAGTTCTCTGTATGTCTTCAATCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATTTTTGGGAAGTGGAGTCAGGTAGCTCCCCCAGTGCTGAAGCGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120124 ATTTTTGGGAAGTGGAGTCAGGTAGCTCCCCCAGTGCTGAAGCGCCCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CTTGCAGTCCTTGCTTCTCCCAGTCATGGATCAAGACTACGCCAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120174 CTTGCAGTCCTTGCTTCTCCCAGTCATGGATCAAGACTACGCCAAGGTGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TGCTGTTGATAGATGATGAATACAAG         GTCACAGCTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120224 TGCTGTTGATAGATGATGAATACAAGGTA...AAGGTCACAGCTTTTCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GCCACTCGGAATGTCTTGCGACAGCTACATGAGCTTGCCCCTTCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120562 GCCACTCGGAATGTCTTGCGACAGCTACATGAGCTTGCCCCTTCCATCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CTTCTATTTGGTGGATGCAGAGCAGGGACGGCTGTGTGGATATCGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120612 CTTCTATTTGGTGGATGCAGAGCAGGGACGGCTGTGTGGATATCGGCTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GAAAG         GATCTCACCACTGAGCTGAGTTGGGAGCTGACCATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120662 GAAAGGTA...TAGGATCTCACCACTGAGCTGAGTTGGGAGCTGACCATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CCCCCAGAAGTACAGCGGATCGTCAAGGTGAAGGGGAAACGCAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124096 CCCCCAGAAGTACAGCGGATCGTCAAGGTGAAGGGGAAACGCAGCAGTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GCACGTTCATTCCCAGGGCCGTGTGATGGGGGACCGCAGTGTGCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124146 GCACGTTCATTCCCAGGGCCGTGTGATGGGGGACCGCAGTGTGCTCTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AG         AGCCTGAACCCCAACCTGCTGGCCGTGGTGACAGAGAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124196 AGGTA...CAGAGCCTGAACCCCAACCTGCTGGCCGTGGTGACAGAGAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ACAGACGCGCACCATGAGCGCACCTTTATTGGCATCTTCCTCATTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127980 ACAGACGCGCACCATGAGCGCACCTTTATTGGCATCTTCCTCATTGATGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CGTCACTGGGCGTATCATTCACTCCTCTGTGCAGAAGAAAGCCAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128030 CGTCACTGGGCGTATCATTCACTCCTCTGTGCAGAAGAAAGCCAAAGGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CTGTCCATATCGTGCATTCAGAGAACTGGGTGGTG         TACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128080 CTGTCCATATCGTGCATTCAGAGAACTGGGTGGTGGTA...CAGTACCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 TACTGGAACACCAAGGCTCGGCGCAACGAGTTTACCGTACTGGAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128682 TACTGGAACACCAAGGCTCGGCGCAACGAGTTTACCGTACTGGAGCTCTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TGAGGGCACTGAGCAATACAACGCCACCGCCTTCAGCTCCCTGGACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128732 TGAGGGCACTGAGCAATACAACGCCACCGCCTTCAGCTCCCTGGACCGCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 CCCAGCTGCCCCAGGTCCTCCAGCAGTCCTATATCTTCCCGTCCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128782 CCCAGCTGCCCCAGGTCCTCCAGCAGTCCTATATCTTCCCGTCCTCCATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 AGTGCCATGGAGGCCACCATCACCGAACGGGGCATCACCAGCCGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128832 AGTGCCATGGAGGCCACCATCACCGAACGGGGCATCACCAGCCGACACCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 GCTGA         TTGGACTACCTTCTGGAGCAATTCTTTCCCTTCCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128882 GCTGAGTG...TAGTTGGACTACCTTCTGGAGCAATTCTTTCCCTTCCTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 AGGCTTTGCTGGATCCCCGCCGCCCCGAGATCCCAACAGAACAAAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130698 AGGCTTTGCTGGATCCCCGCCGCCCCGAGATCCCAACAGAACAAAGCAGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2670         AGAGGAGAACTTAATCCCGTATTCTCCAGATGTACAGATACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130748 TG...CAGAGAGGAGAACTTAATCCCGTATTCTCCAGATGTACAGATACA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 CGCAGAGCGATTCATCAACTATAACCAGACAGTTTCTCGAATGCGAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131854 CGCAGAGCGATTCATCAACTATAACCAGACAGTTTCTCGAATGCGAGGTA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 TCTACACAGCTCCCTCGGGTCTGGAGTCCACTTGTTTG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131904 TCTACACAGCTCCCTCGGGTCTGGAGTCCACTTGTTTGGTG...CAGGTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 GTGGCCTATGGTTTGGACATTTACCAAACTCGAGTCTACCCATCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132031 GTGGCCTATGGTTTGGACATTTACCAAACTCGAGTCTACCCATCCAAGCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GTTTGACGTTCTGAAGGATGACTATGACTACGTGTTAATCAGCAGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132081 GTTTGACGTTCTGAAGGATGACTATGACTACGTGTTAATCAGCAGCGTCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2903 TCTTTGGCCTGGTTTTTGCCACCATGATCACTAAGAGACTGGCACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132131 TCTTTGGCCTGGTTTTTGCCACCATGATCACTAAGAGACTGGCACAGGTG

   3150     .    :    .    :
   2953 AAGCTCCTGAATCGGGCCTGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||
 132181 AAGCTCCTGAATCGGGCCTGGCGA