seq1 = pF1KA0082.tfa, 2505 bp
seq2 = pF1KA0082/gi568815592f_37335630.tfa (gi568815592f:37335630_37580142), 244513 bp

>pF1KA0082 2505
>gi568815592f:37335630_37580142 (Chr6)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-285  (108370-108521)   100% ->
286-444  (110662-110820)   100% ->
445-537  (114622-114714)   100% ->
538-609  (116177-116248)   100% ->
610-704  (117418-117512)   100% ->
705-777  (117611-117683)   100% ->
778-976  (122983-123181)   100% ->
977-1095  (123937-124055)   100% ->
1096-1192  (125920-126016)   100% ->
1193-1325  (126341-126473)   100% ->
1326-1505  (127200-127379)   100% ->
1506-1562  (135392-135448)   100% ->
1563-1620  (136218-136275)   100% ->
1621-1689  (136790-136858)   100% ->
1690-1821  (137841-137972)   100% ->
1822-1944  (138895-139017)   100% ->
1945-2036  (139692-139783)   100% ->
2037-2105  (140497-140565)   100% ->
2106-2153  (141963-142010)   100% ->
2154-2266  (142780-142892)   100% ->
2267-2375  (143518-143626)   100% ->
2376-2505  (144384-144513)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGGAGAACTGACCCAGAATGCACTGCCCCCATCAAGAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGGAGAACTGACCCAGAATGCACTGCCCCCATCAAGAAACAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAAGAGTTGCAGAGCTTGCCCTGAGCCTCAGCTCCACGTCCGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAAGAGTTGCAGAGCTTGCCCTGAGCCTCAGCTCCACGTCCGATGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCTCCCTCCTCTGTCAGTCATGGAGCAAAAG         CATCTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 AACCTCCCTCCTCTGTCAGTCATGGAGCAAAAGGTA...CAGCATCTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAAGCCTTAGTGGGTCTGATAGTGAGACCGAGGGGAAACAACACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108378 ACAAGCCTTAGTGGGTCTGATAGTGAGACCGAGGGGAAACAACACAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACTCTTTTGACGATGCATTCAAAGCAGACTCTCTTGTGGAAGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108428 TGACTCTTTTGACGATGCATTCAAAGCAGACTCTCTTGTGGAAGGAACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTCTCGCTATTCCATGTATAATAGCGTCTCCCAGAAGCTTATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108478 CTTCTCGCTATTCCATGTATAATAGCGTCTCCCAGAAGCTTATGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    GCCAAGATGGGCTTCAGGGAAGGTGAAGGATTGGGTAAATACAGCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110659 CAGGCCAAGATGGGCTTCAGGGAAGGTGAAGGATTGGGTAAATACAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGTCGGAAGGACATCGTTGAGGCTTCCAGTCAGAAAGGTCGAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110709 GGGTCGGAAGGACATCGTTGAGGCTTCCAGTCAGAAAGGTCGAAGAGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGGTCTGACACTCCGGGGCTTTGACCAGGAGCTGAACGTGGACTGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110759 TGGGTCTGACACTCCGGGGCTTTGACCAGGAGCTGAACGTGGACTGGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGAGCCAGAG         CCCAGTGCTTGTGAGCAGGTGTCATGGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110809 GATGAGCCAGAGGTA...CAGCCCAGTGCTTGTGAGCAGGTGTCATGGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCAGAATGTACCACTGAAATTCCTGACACTCAGGAAATGAGCGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114651 TCCAGAATGTACCACTGAAATTCCTGACACTCAGGAAATGAGCGATTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTGGTGGGAAAG         AGAAAGATGATTATTGAAGATGAAACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114701 TGGTGGTGGGAAAGGTA...TAGAGAAAGATGATTATTGAAGATGAAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTTTTGTGGGGAAGAGCTGCTTCACAGTGTGTTGCAGTGTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116204 GAGTTTTGTGGGGAAGAGCTGCTTCACAGTGTGTTGCAGTGTAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     AGCGTGTTTGATGTCTTGGATGGGGAAGAGATGCGGCGAGCTCGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116254 .CAGAGCGTGTTTGATGTCTTGGATGGGGAAGAGATGCGGCGAGCTCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCGGGCCAATCCCTATGAGATGATCCGAGGAGTCTTCTTTCTAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117464 CTCGGGCCAATCCCTATGAGATGATCCGAGGAGTCTTCTTTCTAAACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         GGCAGCAATGAAGATGGCTAACATGGATTTTGTATTTGATCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117514 TT...CAGGGCAGCAATGAAGATGGCTAACATGGATTTTGTATTTGATCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATGTTCACAAATCCGCGGGACTCTTATGGG         AAGCCACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117653 CATGTTCACAAATCCGCGGGACTCTTATGGGGTG...CAGAAGCCACTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGAAGGACCGGGAAGCTGAGCTTCTGTACTTTGCTGATGTCTGCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122993 TGAAGGACCGGGAAGCTGAGCTTCTGTACTTTGCTGATGTCTGCGCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAGGTGGCTTCTCAGAGTATGTGCTGTGGAGGAAGAAGTGGCATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123043 CCAGGTGGCTTCTCAGAGTATGTGCTGTGGAGGAAGAAGTGGCATGCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGGCTTTGGAATGACTTTGAAGGGCCCTAATGACTTCAAGCTGGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123093 GGGCTTTGGAATGACTTTGAAGGGCCCTAATGACTTCAAGCTGGAGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTACTCTGCTTCCAGTGAACTCTTCGAACCCTACTATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 123143 TCTACTCTGCTTCCAGTGAACTCTTCGAACCCTACTATGGTA...CAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGGTGGGATTGATGGAGATGGAGATATCACCCGCCCAGAGAACATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123939 GAGGGTGGGATTGATGGAGATGGAGATATCACCCGCCCAGAGAACATCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCTTTTCGGAATTTTGTCCTGGATAACACAGATCGCAAGGGTGTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123989 TGCTTTTCGGAATTTTGTCCTGGATAACACAGATCGCAAGGGTGTCCATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCTGATGGCTGATGGG         GGTTTCTCGGTGGAGGGGCAGGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 124039 TTCTGATGGCTGATGGGGTA...CAGGGTTTCTCGGTGGAGGGGCAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACCTGCAGGAGATCCTCAGCAAGCAGCTGCTTCTGTGTCAGTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125944 AACCTGCAGGAGATCCTCAGCAAGCAGCTGCTTCTGTGTCAGTTCCTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCGCTGTCCATTGTCCGGACAG         GAGGCCACTTCATCTGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125994 GGCGCTGTCCATTGTCCGGACAGGTG...TAGGAGGCCACTTCATCTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAACCTTTGACCTGTTCACACCGTTTAGTGTGGGGCTTGTCTACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126359 AAACCTTTGACCTGTTCACACCGTTTAGTGTGGGGCTTGTCTACCTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TACTGCTGCTTTGAACGAGTTTGTCTCTTCAAGCCTATTACCAGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126409 TACTGCTGCTTTGAACGAGTTTGTCTCTTCAAGCCTATTACCAGCCGTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCAACTCAGAGAG         GTATGTGGTGTGCAAGGGCCTGAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126459 TGCCAACTCAGAGAGGTG...CAGGTATGTGGTGTGCAAGGGCCTGAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGGCATAGATGATGTTCGGGATTACCTCTTCGCAGTGAATATTAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127226 TGGGCATAGATGATGTTCGGGATTACCTCTTCGCAGTGAATATTAAACTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AATCAGCTGCGGAACACGGATTCCGACGTCAACTTGGTGGTCCCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127276 AATCAGCTGCGGAACACGGATTCCGACGTCAACTTGGTGGTCCCCCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGTGATCAAGGGAGACCATGAATTTACTGACTACATGATACGGTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127326 GGTGATCAAGGGAGACCATGAATTTACTGACTACATGATACGGTCCAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGAG         CCACTGTAGTCTGCAGATCAAAGCTCTGGCGAAAATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127376 AGAGGTA...TAGCCACTGTAGTCTGCAGATCAAAGCTCTGGCGAAAATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CATGCCTTTGTTCAAGACAC         GACACTGAGTGAGCCTCGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135429 CATGCCTTTGTTCAAGACACGTG...CAGGACACTGAGTGAGCCTCGACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGCAGAGATACGGAAGGAGTGCCTCCGACTCTGGGGG         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136239 GGCAGAGATACGGAAGGAGTGCCTCCGACTCTGGGGGGTG...CAGATCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAGACCAGGCTCGTGTGGCTCCTTCTTCCTCCGACCCTAAATCGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136794 CAGACCAGGCTCGTGTGGCTCCTTCTTCCTCCGACCCTAAATCGAAGTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TTTGAGCTAATCCAG         GGCACTGAGATTGACATCTTCAGCTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136844 TTTGAGCTAATCCAGGTA...CAGGGCACTGAGATTGACATCTTCAGCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAAGCCCACACTGCTCACCTCTAAAACCCTGGAGAAGATCCGCCCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137867 CAAGCCCACACTGCTCACCTCTAAAACCCTGGAGAAGATCCGCCCTGTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TTGACTACCGCTGCATGGTATCTGGCAGTGAGCAGAAGTTCCTCATCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137917 TTGACTACCGCTGCATGGTATCTGGCAGTGAGCAGAAGTTCCTCATCGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTGGGG         AAATCCCAGATCTACACATGGGATGGCCGCCAGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137967 CTGGGGGTA...TAGAAATCCCAGATCTACACATGGGATGGCCGCCAGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AGACCGCTGGATCAAGCTAGACCTGAAGACAGAGCTGCCCCGGGACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138930 AGACCGCTGGATCAAGCTAGACCTGAAGACAGAGCTGCCCCGGGACACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TGCTATCTGTGGAAATTGTGCATGAGCTGAAAGGGGAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138980 TGCTATCTGTGGAAATTGTGCATGAGCTGAAAGGGGAGGTC...TAGGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AAGGCCCAGAGGAAGATCAGTGCCATCCACATCCTCGATGTCCTTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139695 AAGGCCCAGAGGAAGATCAGTGCCATCCACATCCTCGATGTCCTTGTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GAATGGCACCGACGTTCGGGAGCAGCACTTTAACCAGCG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139745 GAATGGCACCGACGTTCGGGAGCAGCACTTTAACCAGCGGTC...TAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TTCAGCTTGCCGAGAAATTTGTGAAAGCCGTTTCCAAGCCTAGTCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140499 TTCAGCTTGCCGAGAAATTTGTGAAAGCCGTTTCCAAGCCTAGTCGGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GACATGAATCCCATCAG         GGTGAAGGAGGTGTACAGACTGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 140549 GACATGAATCCCATCAGGTG...CAGGGTGAAGGAGGTGTACAGACTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AGAGATGGAGAAGATTTTTGTCAG         GTTGGAGATGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 141987 AGAGATGGAGAAGATTTTTGTCAGGTG...CAGGTTGGAGATGAAGATCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TCAAGGGCTCCAGTGGCACCCCAAAGCTCAGCTACACAGGGCGTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142797 TCAAGGGCTCCAGTGGCACCCCAAAGCTCAGCTACACAGGGCGTGATGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CGGCACTTTGTACCCATGGGCCTCTACATCGTCAGGACAGTGAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142847 CGGCACTTTGTACCCATGGGCCTCTACATCGTCAGGACAGTGAATGGTG.

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2267      AGCCCTGGACTATGGGATTCAGCAAAAGCTTCAAGAAGAAGTTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142897 ..CAGAGCCCTGGACTATGGGATTCAGCAAAAGCTTCAAGAAGAAGTTCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 TCTACAACAAGAAAACCAAGGACTCTACTTTTGACCTCCCTGCAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143563 TCTACAACAAGAAAACCAAGGACTCTACTTTTGACCTCCCTGCAGACTCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 ATTGCCCCATTTCA         CATTTGCTACTATGGCCGGCTCTTCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 143613 ATTGCCCCATTTCAGTA...CAGCATTTGCTACTATGGCCGGCTCTTCTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GGAGTGGGGGGATGGCATTCGTGTGCATGACTCCCAGAAGCCCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144411 GGAGTGGGGGGATGGCATTCGTGTGCATGACTCCCAGAAGCCCCAGGACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 AGGACAAGCTGTCCAAGGAGGACGTCCTCTCCTTCATCCAGATGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144461 AGGACAAGCTGTCCAAGGAGGACGTCCTCTCCTTCATCCAGATGCACAGG

   2700 
   2503 GCC
        |||
 144511 GCC