seq1 = pF1KA0073.tfa, 1938 bp
seq2 = pF1KA0073/gi568815593f_65463311.tfa (gi568815593f:65463311_65687393), 224083 bp

>pF1KA0073 1938
>gi568815593f:65463311_65687393 (Chr5)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-299  (104203-104305)   100% ->
300-400  (106322-106422)   100% ->
401-521  (106568-106688)   100% ->
522-969  (108529-108976)   100% ->
970-1160  (113569-113759)   100% ->
1161-1350  (116114-116303)   100% ->
1351-1532  (119728-119909)   100% ->
1533-1614  (121704-121785)   100% ->
1615-1797  (122689-122871)   100% ->
1798-1938  (123943-124083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAAAGTGGTAGCGATTTTCAGCAGAGACGTAGAAGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGAAAGTGGTAGCGATTTTCAGCAGAGACGTAGAAGGCGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCCGGAGGAACCGGAAAAAACAGAACTCAGCGAAAGAGAGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCCGGAGGAACCGGAAAAAACAGAACTCAGCGAAAGAGAGCTGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGCAGTGGCGGTGTCCCAGGAGAACGATGAGGAGAACGAAGAGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGCAGTGGCGGTGTCCCAGGAGAACGATGAGGAGAACGAAGAGCGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTGGACCTTTACCTGTGGAGGCAACACTGGCCAAGAAGAGGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 GTTGGACCTTTACCTGTGGAGGCAACACTGGCCAAGAAGAGGAAAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      TCTTAGAGTTTGAAAGAGTCTATCTTGATAATCTCCCCAGTGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGTCTTAGAGTTTGAAAGAGTCTATCTTGATAATCTCCCCAGTGCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATGTATGAGCGCAGTTACATGCATAGAGATGTTATCACCCATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104248 CCATGTATGAGCGCAGTTACATGCATAGAGATGTTATCACCCATGTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCACCAA         AACAGATTTTATTATTACTGCCAGTCATGATGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104298 TGCACCAAGTA...CAGAACAGATTTTATTATTACTGCCAGTCATGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACATGTCAAGTTCTGGAAAAAAATAGAAGAGGGAATTGAATTTGTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106355 ACATGTCAAGTTCTGGAAAAAAATAGAAGAGGGAATTGAATTTGTTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTTCGTAGTCACCTGG         GAGTTATTGAGAGTATTGCAGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106405 ATTTTCGTAGTCACCTGGGTA...TAGGAGTTATTGAGAGTATTGCAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTCTGAGGGAGCATTGTTCTGTTCTGTGGGTGATGATAAAGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106591 AGCTCTGAGGGAGCATTGTTCTGTTCTGTGGGTGATGATAAAGCAATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGTTTGATGTAGTGAACTTTGACATGATCAACATGCTGAAACTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106641 GGTGTTTGATGTAGTGAACTTTGACATGATCAACATGCTGAAACTTGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        CTATTTTCCTGGACAGTGTGAGTGGATCTATTGCCCAGGGGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106691 G...TAGCTATTTTCCTGGACAGTGTGAGTGGATCTATTGCCCAGGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAATTTCTTCAGTTGCTGCTTCCGAAAAGAGTACAGGAAAAATTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108572 GCAATTTCTTCAGTTGCTGCTTCCGAAAAGAGTACAGGAAAAATTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTATGATGGCCGAGGAGATAACCAGCCACTTCATATTTTTGACAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 TTATGATGGCCGAGGAGATAACCAGCCACTTCATATTTTTGACAAACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATACATCACCTCTTACTCAGATACGGCTAAACCCAGTTTACAAAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 ATACATCACCTCTTACTCAGATACGGCTAAACCCAGTTTACAAAGCAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGTCTTCTGACAAATCTGGGATGATTGAATACTGGACTGGGCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108722 GTGTCTTCTGACAAATCTGGGATGATTGAATACTGGACTGGGCCTCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGAATATAAATTCCCCAAAAATGTGAACTGGGAATATAAAACTGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108772 TGAATATAAATTCCCCAAAAATGTGAACTGGGAATATAAAACTGACACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATTTATATGAATTTGCCAAGTGTAAGGCTTATCCAACCAGCGTATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108822 ATTTATATGAATTTGCCAAGTGTAAGGCTTATCCAACCAGCGTATGTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCACCAGATGGGAAGAAAATAGCTACTATTGGTTCTGATAGAAAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108872 TCACCAGATGGGAAGAAAATAGCTACTATTGGTTCTGATAGAAAAGTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AATTTTCAGATTTGTAACTGGAAAACTCATGAGAGTCTTTGATGAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108922 AATTTTCAGATTTGTAACTGGAAAACTCATGAGAGTCTTTGATGAATCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TAAGC         ATGTTTACTGAACTGCAACAGATGAGGCAACAGTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108972 TAAGCGTA...TAGATGTTTACTGAACTGCAACAGATGAGGCAACAGTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCAGACATGGAATTTGGCCGACGAATGGCTGTAGAACGTGAGTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113605 CCAGACATGGAATTTGGCCGACGAATGGCTGTAGAACGTGAGTTGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTTGATGCTGTAAGATTAATTAATATAGTTTTTGATGAAACTGGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113655 GGTTGATGCTGTAAGATTAATTAATATAGTTTTTGATGAAACTGGACACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCGTGCTGTATGGAACAATGCTGGGCATTAAAGTTATAAATGTAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113705 TCGTGCTGTATGGAACAATGCTGGGCATTAAAGTTATAAATGTAGAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AACCG         GTGTGTGCGGATTTTAGGCAAACAAGAAAATATTAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113755 AACCGGTA...TAGGTGTGTGCGGATTTTAGGCAAACAAGAAAATATTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGTGATGCAATTGGCTTTGTTCCAGGGGATAGCCAAAAAGCATCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116150 AGTGATGCAATTGGCTTTGTTCCAGGGGATAGCCAAAAAGCATCGTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAACTACTATAGAAATGAAAGCTTCTGAAAATCCTGTTCTTCAGAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116200 CAACTACTATAGAAATGAAAGCTTCTGAAAATCCTGTTCTTCAGAATATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAAGCTGACCCAACAATAGTCTGTACATCATTCAAAAAGAATAGATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116250 CAAGCTGACCCAACAATAGTCTGTACATCATTCAAAAAGAATAGATTTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TATG         TTTACCAAACGAGAACCAGAAGATACGAAAAGTGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116300 TATGGTA...GAGTTTACCAAACGAGAACCAGAAGATACGAAAAGTGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATTCTGATCGAGATGTTTTTAATGAGAAACCTTCTAAAGAAGAAGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119765 ATTCTGATCGAGATGTTTTTAATGAGAAACCTTCTAAAGAAGAAGTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCAGCTACTCAAGCTGAAGGACCTAAACGAGTTTCGGACAGTGCCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119815 GCAGCTACTCAAGCTGAAGGACCTAAACGAGTTTCGGACAGTGCCATTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCACACCAGCATGGGAGACATTCACACCAAACTTTTTCCTGTTGA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119865 CCACACCAGCATGGGAGACATTCACACCAAACTTTTTCCTGTTGAGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533     GTGCCCTAAGACAGTGGAAAACTTCTGTGTTCACAGCAGAAATGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119915 .TAGGTGCCCTAAGACAGTGGAAAACTTCTGTGTTCACAGCAGAAATGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TATTATAATGGGCATACATTTCACCGTATAATTAAG         GGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121750 TATTATAATGGGCATACATTTCACCGTATAATTAAGGTA...AAGGGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TATGATTCAGACTGGAGATCCAACAGGTACTGGTATGGGAGGAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122694 TATGATTCAGACTGGAGATCCAACAGGTACTGGTATGGGAGGAGAAAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TATGGGGAGGAGAATTTGAAGATGAATTTCATTCAACATTACGACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122744 TATGGGGAGGAGAATTTGAAGATGAATTTCATTCAACATTACGACATGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGGCCATACACACTCAGCATGGCTAACGCGGGATCAAATACTAATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122794 AGGCCATACACACTCAGCATGGCTAACGCGGGATCAAATACTAATGGATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCAGTTTTTCATAACGGTAGTACCAACG         CCTTGGCTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122844 CCAGTTTTTCATAACGGTAGTACCAACGGTA...CAGCCTTGGCTTGATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ATAAGCATACAGTATTTGGACGAGTGACTAAAGGAATGGAAGTTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123956 ATAAGCATACAGTATTTGGACGAGTGACTAAAGGAATGGAAGTTGTACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 AGGATCTCCAACGTCAAAGTCAATCCCAAAACAGATAAGCCCTATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124006 AGGATCTCCAACGTCAAAGTCAATCCCAAAACAGATAAGCCCTATGAGGA

   2000     .    :    .    :    .
   1911 TGTCAGCATCATAAATATTACTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 124056 TGTCAGCATCATAAATATTACTGTCAAG