seq1 = pF1KA0066.tfa, 2943 bp
seq2 = pF1KA0066/gi568815596f_134952428.tfa (gi568815596f:134952428_135268778), 316351 bp

>pF1KA0066 2943
>gi568815596f:134952428_135268778 (Chr2)

1-18  (99881-99898)   100% ->
19-74  (100003-100058)   100% ->
75-150  (105584-105659)   100% ->
151-283  (138571-138703)   100% ->
284-362  (141188-141266)   100% ->
363-482  (160724-160843)   100% ->
483-648  (162789-162954)   100% ->
649-748  (168392-168491)   100% ->
749-830  (171738-171819)   100% ->
831-899  (173754-173822)   100% ->
900-973  (174156-174229)   100% ->
974-1066  (177568-177660)   100% ->
1067-1236  (178125-178294)   100% ->
1237-1326  (180468-180557)   100% ->
1327-1499  (181434-181606)   100% ->
1500-1554  (182838-182892)   100% ->
1555-1923  (183137-183505)   100% ->
1924-2061  (197942-198079)   100% ->
2062-2289  (201222-201449)   100% ->
2290-2386  (210128-210224)   100% ->
2387-2490  (210321-210424)   100% ->
2491-2606  (210559-210674)   100% ->
2607-2709  (212167-212269)   100% ->
2710-2943  (216118-216351)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCGACAGTGAG         CCCGAATCCGAGGTATTTGAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  99881 ATGGCTGCCGACAGTGAGGTG...CAGCCCGAATCCGAGGTATTTGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACGGACTTCACCACTGCCTCGGAATGGGAAAG         GTTTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100026 CACGGACTTCACCACTGCCTCGGAATGGGAAAGGTG...TAGGTTTATTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CCAAAGTTGAAGAAGTCTTGAATGACTGGAAACTGATTGGAAACTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 CCAAAGTTGAAGAAGTCTTGAATGACTGGAAACTGATTGGAAACTCTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGAAAGCCACTCGAAAAG         GGTATATTTACTTCTGGCACATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105642 GGAAAGCCACTCGAAAAGGTC...TAGGGTATATTTACTTCTGGCACATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GGAAGAGAAATCAGATGAAATTTCCTTTGCTGACTTCAAGTTCTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138594 GGAAGAGAAATCAGATGAAATTTCCTTTGCTGACTTCAAGTTCTCAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTCATCATTATCTTGTACAAGAGTCCACTGATAAAGAAGGAAAGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138644 CTCATCATTATCTTGTACAAGAGTCCACTGATAAAGAAGGAAAGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTATTAGAGG         ATGTTGTTCCACAATCTATGCAAGATTTGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 138694 TTATTAGAGGGTA...TAGATGTTGTTCCACAATCTATGCAAGATTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGGTATGAATAATGACTTTCCTCCAAGAGCACATTGCCTGGTAAGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 141219 GGGTATGAATAATGACTTTCCTCCAAGAGCACATTGCCTGGTAAGATGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        GTATGGGCTACGTGAGTTCGTGGTGATTGCCCCTGCTGCACAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141269 A...AAGGTATGGGCTACGTGAGTTCGTGGTGATTGCCCCTGCTGCACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 AGTGACGCTGTTCTCAGCGAATCTAAGTGCAACCTTCTTCTGAGTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160767 AGTGACGCTGTTCTCAGCGAATCTAAGTGCAACCTTCTTCTGAGTTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCTATTGCCTTGGGAAACACTGGCTG         TCAGGTGCCACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 160817 TTCTATTGCCTTGGGAAACACTGGCTGGTG...CAGTCAGGTGCCACTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGTGCAAATTCACCACAAATGGCGAAGAATGTATGTAGGAGAATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162803 TTGTGCAAATTCACCACAAATGGCGAAGAATGTATGTAGGAGAATGTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGTCCTGGTGTACGAACTGATTTCGAAATGGTTCATCTTAGAAAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162853 GGTCCTGGTGTACGAACTGATTTCGAAATGGTTCATCTTAGAAAAGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAATCAGTACACTCACTTATCAGGTCTGCTGGATATCTTCAAATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162903 AAATCAGTACACTCACTTATCAGGTCTGCTGGATATCTTCAAATCAAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TT         GGATGTCCTTTAACTCCATTGCCTCCAGTTAGTATTGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162953 TTGTG...TAGGGATGTCCTTTAACTCCATTGCCTCCAGTTAGTATTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTCGATTTACCTATGTACTTCAAGATTGGCAGCAGTATTTTTGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168431 ATTCGATTTACCTATGTACTTCAAGATTGGCAGCAGTATTTTTGGCCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCAACCTCCAG         ACATAGATGCCCTTGTAGGAGGAGAAGTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 168481 GCAACCTCCAGGTG...TAGACATAGATGCCCTTGTAGGAGGAGAAGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GAGGCTTGGAGTTTGGCAAGTTACCATTTGGTGCCTGCGAAGATCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171768 GAGGCTTGGAGTTTGGCAAGTTACCATTTGGTGCCTGCGAAGATCCTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AG         TGAACTCCATTTAGCTACTACATGGCCTCATCTGACCGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171818 AGGTG...TAGTGAACTCCATTTAGCTACTACATGGCCTCATCTGACCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGGGATCATTGTGGATAATGATGTTTATTC         TGATTTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 173793 AGGGATCATTGTGGATAATGATGTTTATTCGTA...TAGTGATTTGGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTATTCAAGCTCCACATTGGTCTGTTAGAGTTCGAAAAGCTGAGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174167 CTATTCAAGCTCCACATTGGTCTGTTAGAGTTCGAAAAGCTGAGAATCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAGTGTTTGCTAG         GTGATTTTGTCACTGAATTTTTTAAAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 174217 CAGTGTTTGCTAGGTA...TAGGTGATTTTGTCACTGAATTTTTTAAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TTGCCGTCGAAAGGAGTCAACTGATGAGATTCTTGGACGATCTGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177596 TTGCCGTCGAAAGGAGTCAACTGATGAGATTCTTGGACGATCTGCATTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGGAAGAAGGCAAAG         AAACTGCTGATATAACTCATGCTTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 177646 AGGAAGAAGGCAAAGGTA...TAGAAACTGCTGATATAACTCATGCTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TCAAAATTGACAGAGCCGGCATCAGTTCCAATTCATAAATTATCAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178151 TCAAAATTGACAGAGCCGGCATCAGTTCCAATTCATAAATTATCAGTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AAATATGGTACACACTGCAAAGAAGAAAATCCGAAAACACAGAGGTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178201 AAATATGGTACACACTGCAAAGAAGAAAATCCGAAAACACAGAGGTGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGAGTCACCGCTAAATAATGATGTTCTTAATACTATTCTCCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 178251 AGGAGTCACCGCTAAATAATGATGTTCTTAATACTATTCTCCTGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237    TTCTTATTCCCTGATGCTGTTTCTGAGAAACCATTAGATGGAACTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180465 AAGTTCTTATTCCCTGATGCTGTTTCTGAGAAACCATTAGATGGAACTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TTCAACAGATAATAATAATCCTCCATCAGAGAGTGAAGACTAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 180515 TTCAACAGATAATAATAATCCTCCATCAGAGAGTGAAGACTATGTA...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327   AATCTCTACAATCAGTTCAAGTCTGCACCATCTGACAGTTTAACATAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181432 AGAATCTCTACAATCAGTTCAAGTCTGCACCATCTGACAGTTTAACATAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AAACTGGCTTTGTGTCTCTGTATGATCAATTTTTACCATGGAGGGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181482 AAACTGGCTTTGTGTCTCTGTATGATCAATTTTTACCATGGAGGGTTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGGAGTGGCACACCTCTGGCAGGAATTTGTTCTTGAAATGCGTTTCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181532 AGGAGTGGCACACCTCTGGCAGGAATTTGTTCTTGAAATGCGTTTCCGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GGGAAAACAACTTTCTGATTCCAGG         ATTAGCAAGTGGACCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 181582 GGGAAAACAACTTTCTGATTCCAGGGTA...TAGATTAGCAAGTGGACCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CCAGATCTGAGGTGTTGTTTACTGCATCAGAAACTACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 182854 CCAGATCTGAGGTGTTGTTTACTGCATCAGAAACTACAGGTA...AAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GTTAAATTGTTGTATTGAAAGAAAGAAGGCACGTGATGAGGGGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183139 GTTAAATTGTTGTATTGAAAGAAAGAAGGCACGTGATGAGGGGAAAAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CAAGTGCTTCAGATGTCACTAATATATATCCAGGGGATGCTGGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183189 CAAGTGCTTCAGATGTCACTAATATATATCCAGGGGATGCTGGAAAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GGAGACCAGTTGGTGCCAGATAATCTAAAAGAAACAGATAAGGAAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183239 GGAGACCAGTTGGTGCCAGATAATCTAAAAGAAACAGATAAGGAAAAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 AGAGGTAGGAAAATCTTGGGATTCCTGGAGTGACAGCGAAGAAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183289 AGAGGTAGGAAAATCTTGGGATTCCTGGAGTGACAGCGAAGAAGAATTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TTGAATGCCTAAGTGATACTGAAGAACTTAAAGGAAATGGACAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183339 TTGAATGCCTAAGTGATACTGAAGAACTTAAAGGAAATGGACAAGAGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GGCAAGAAAGGAGGACCTAAGGAGATGGCAAATTTAAGGCCGGAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183389 GGCAAGAAAGGAGGACCTAAGGAGATGGCAAATTTAAGGCCGGAAGGACG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GCTCTATCAGCATGGGAAACTTACACTGCTGCATAATGGAGAACCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183439 GCTCTATCAGCATGGGAAACTTACACTGCTGCATAATGGAGAACCTCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ACATTCCAGTAACCCAG         GAACCAGCACCTATGACAGAAGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 183489 ACATTCCAGTAACCCAGGTA...CAGGAACCAGCACCTATGACAGAAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CTGCTAGAAGAGCAGTCTGAAGTTTTAGCTAAATTAGGTACATCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197966 CTGCTAGAAGAGCAGTCTGAAGTTTTAGCTAAATTAGGTACATCGGCAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GGGGGCTCACCTTCGAGCACGCATGCAGAGTGCCTGTCTGCTCTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198016 GGGGGCTCACCTTCGAGCACGCATGCAGAGTGCCTGTCTGCTCTCAGATA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGGAGTCTTTTAAG         GCAGCTAATCCAGGTTGCTCCCTGGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 198066 TGGAGTCTTTTAAGGTG...TAGGCAGCTAATCCAGGTTGCTCCCTGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GATTTTGTGAGGTGGTATTCACCCCGGGATTATATTGAAGAGGAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201249 GATTTTGTGAGGTGGTATTCACCCCGGGATTATATTGAAGAGGAGGTGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TGATGAAAAGGGCAATGTGGTGCTGAAAGGAGAACTGAGTGCCCGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201299 TGATGAAAAGGGCAATGTGGTGCTGAAAGGAGAACTGAGTGCCCGGATGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGATTCCAAGCAATATGTGGGTAGAAGCCTGGGAAACAGCTAAGCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201349 AGATTCCAAGCAATATGTGGGTAGAAGCCTGGGAAACAGCTAAGCCAATT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CCTGCTAGAAGGCAAAGGAGACTCTTTGATGATACACGGGAAGCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201399 CCTGCTAGAAGGCAAAGGAGACTCTTTGATGATACACGGGAAGCAGAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 G         GTGCTGCACTATCTGGCAATCCAGAAACCTGCAGACCTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201449 GGTA...CAGGTGCTGCACTATCTGGCAATCCAGAAACCTGCAGACCTTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CTCGGCACCTGTTACCTTGTGTGATTCATGCAGCTGTACTCAAGGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210168 CTCGGCACCTGTTACCTTGTGTGATTCATGCAGCTGTACTCAAGGTAAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GAAGAAG         AAAGTCTCGAAAACATTTCTTCAGTTAAGAAGAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210218 GAAGAAGGTA...TAGAAAGTCTCGAAAACATTTCTTCAGTTAAGAAGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 CATAAAGCAGATAATATCCCATTCCAGTAAAGTTTTGCACTTCCCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210355 CATAAAGCAGATAATATCCCATTCCAGTAAAGTTTTGCACTTCCCCAATC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 CAGAAGACAAGAAATTGGAA         GAAATCATTCACCAGATTACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 210405 CAGAAGACAAGAAATTGGAAGTA...CAGGAAATCATTCACCAGATTACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 AATGTGGAAGCTCTCATTGCCAGAGCTCGGTCACTAAAAGCCAAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210580 AATGTGGAAGCTCTCATTGCCAGAGCTCGGTCACTAAAAGCCAAGTTTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 AACTGAGAAATGTGAACAGGAGGAGGAAAAGGAAGATCTTGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 210630 AACTGAGAAATGTGAACAGGAGGAGGAAAAGGAAGATCTTGAAAGGTA..

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607     GTTTGTGAGTTGCCTGCTGGAGCAGCCTGAAGTGTTAGTCACCGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210680 .TAGGTTTGTGAGTTGCCTGCTGGAGCAGCCTGAAGTGTTAGTCACCGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 GCAGGAAGAGGACATGCTGGCAGGATCATTCACAAGCTGTTTGTGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212213 GCAGGAAGAGGACATGCTGGCAGGATCATTCACAAGCTGTTTGTGAATGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 CCAGAGG         GCTGCAGCTATGACTCCACCAGAGGAGGAATTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212263 CCAGAGGGTA...CAGGCTGCAGCTATGACTCCACCAGAGGAGGAATTGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 AGAGAATGGGCTCCCCAGAGGAAAGAAGGCAGAACTCCGTGTCAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216152 AGAGAATGGGCTCCCCAGAGGAAAGAAGGCAGAACTCCGTGTCAGACTTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 CCACCCCCTGCTGGCCGGGAATTCATTTTGCGCACCACTGTGCCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216202 CCACCCCCTGCTGGCCGGGAATTCATTTTGCGCACCACTGTGCCGCGCCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 TGCTCCCTACTCCAAAGCTCTGCCTCAGCGGATGTACAGTGTTCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216252 TGCTCCCTACTCCAAAGCTCTGCCTCAGCGGATGTACAGTGTTCTCACCA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2894 AAGAGGACTTTAGACTTGCAGGTGCCTTTTCATCAGATACTTCCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216302 AAGAGGACTTTAGACTTGCAGGTGCCTTTTCATCAGATACTTCCTTCTTC