seq1 = pF1KA0060.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KA0060/gi568815593r_141902032.tfa (gi568815593r:141902032_142112035), 210004 bp

>pF1KA0060 867
>gi568815593r:141902032_142112035 (Chr5)

(complement)

1-124  (100001-100124)   99% ->
125-226  (104136-104237)   100% ->
227-409  (105710-105892)   100% ->
410-594  (106920-107104)   100% ->
595-769  (108774-108948)   100% ->
770-867  (109907-110004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCATCATCCTGGAGCACTATTCTCAGGCGAGCGAGTGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCATCATCCTGGAGCACTATTCTCAGGCGAGCGAGTGGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAATACATCAGGAACCGTATCATCCAGTTTAACCCAGGGCCAGAGAAGT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAATACATCAGGAACCGCATCATCCAGTTTAACCCAGGGCCAGAGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCACCCTGGGGCTCCCCACTG         GGAGTACCCCACTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 ACTTCACCCTGGGGCTCCCCACTGGTG...CAGGGAGTACCCCACTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCTACAAGAAGCTGATTGAATACTATAAGAATGGGGACCTGTCCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 TGCTACAAGAAGCTGATTGAATACTATAAGAATGGGGACCTGTCCTTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATGTGAAGACCTTCAACATGGATGAGTACGTGG         GCCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104203 ATATGTGAAGACCTTCAACATGGATGAGTACGTGGGTG...CAGGCCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCGAGACCACCCGGAGAGTTACCACTCCTTCATGTGGAACAACTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 CTCGAGACCACCCGGAGAGTTACCACTCCTTCATGTGGAACAACTTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCACATTGACATCCACCCAGAAAACACCCACATTCTGGATGGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 AAGCACATTGACATCCACCCAGAAAACACCCACATTCTGGATGGGAATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTCGACCTACAGGCAGAATGTGATGCCTTTGAAGAGAAGATCAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105816 AGTCGACCTACAGGCAGAATGTGATGCCTTTGAAGAGAAGATCAAGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGGTGGGATCGAGCTATTTGTTGGAG         GCATCGGCCCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105866 CAGGTGGGATCGAGCTATTTGTTGGAGGTG...TAGGCATCGGCCCTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGACACATTGCCTTCAACGAGCCAGGCTCCAGTCTGGTGTCCAGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 GGACACATTGCCTTCAACGAGCCAGGCTCCAGTCTGGTGTCCAGGACCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTGAAGACGCTGGCCATGGATACCATCCTGGCCAATGCTAGGTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106984 TGTGAAGACGCTGGCCATGGATACCATCCTGGCCAATGCTAGGTTCTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGAGAACTCACCAAGGTGCCCACCATGGCCTTGACGGTGGGGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107034 ATGGAGAACTCACCAAGGTGCCCACCATGGCCTTGACGGTGGGGGTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTGTCATGGATGCTAGAGAG         GTGATGATCCTTATCACAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107084 ACTGTCATGGATGCTAGAGAGGTA...CAGGTGATGATCCTTATCACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTCACAAGGCATTTGCTCTGTACAAGGCCATCGAGGAGGGAGTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108794 TGCTCACAAGGCATTTGCTCTGTACAAGGCCATCGAGGAGGGAGTGAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATGTGGACCGTGTCTGCCTTCCAGCAGCATCCCCGCACCGTGTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108844 ACATGTGGACCGTGTCTGCCTTCCAGCAGCATCCCCGCACCGTGTTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTGACGAGGATGCCACCTTGGAGCTGAAAGTGAAGACTGTCAAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 TGTGACGAGGATGCCACCTTGGAGCTGAAAGTGAAGACTGTCAAGTATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAAG         GTTTAATGCTTGTTCATAACAAGTTGGTGGACCCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 CAAAGGTG...TAGGTTTAATGCTTGTTCATAACAAGTTGGTGGACCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTACAGTATCAAAGAGAAAGAAACTGAGAAAAGCCAATCTTCGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109943 TGTACAGTATCAAAGAGAAAGAAACTGAGAAAAGCCAATCTTCGAAGAAA

    900     .    :
    856 CCATACAGCGAT
        ||||||||||||
 109993 CCATACAGCGAT