seq1 = pF1KA0058.tfa, 504 bp
seq2 = pF1KA0058/gi568815586f_51140341.tfa (gi568815586f:51140341_51342455), 202115 bp

>pF1KA0058 504
>gi568815586f:51140341_51342455 (Chr12)

12-132  (100001-100121)   100% ->
133-378  (100531-100776)   100% ->
379-504  (101990-102115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 AGGTCAATATCCAACACAGCCAACCTACCCTGTGCAGCCTCCTGGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTCAATATCCAACACAGCCAACCTACCCTGTGCAGCCTCCTGGGAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 CAGTATACCCTCAGACCTTGCATCTTCCTCAGGCTCCACCCTATACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTATACCCTCAGACCTTGCATCTTCCTCAGGCTCCACCCTATACCGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 GCTCCACCTGCCTACTCAGAG         CTCTATCGTCCGAGCTTTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCACCTGCCTACTCAGAGGTG...TAGCTCTATCGTCCGAGCTTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    153 GCACCCAGGGGCTGCCACAGTCCCCACCATGTCAGCCGCATTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCACCCAGGGGCTGCCACAGTCCCCACCATGTCAGCCGCATTTCCTGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 CCTCTCTGTATCTTCCCATGGCCCAGTCTGTGGCTGTTGGGCCTTTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCTCTCTGTATCTTCCCATGGCCCAGTCTGTGGCTGTTGGGCCTTTAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 TCCACAATCCCCATGGCTTATTATCCAGTCGGTCCCATCTATCCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCACAATCCCCATGGCTTATTATCCAGTCGGTCCCATCTATCCACCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    303 CTCCACAGTGCTGGTGGAAGGAGGGTATGATGCAGGTGCCAGATTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCCACAGTGCTGGTGGAAGGAGGGTATGATGCAGGTGCCAGATTTGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    353 CTGGGGCTACTGCTGGCAACATTCCT         CCTCCACCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100751 CTGGGGCTACTGCTGGCAACATTCCTGTG...CAGCCTCCACCTCCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 TGCCCTCCCAATGCTGCTCAGCTTGCAGTCATGCAGGGAGCCAACGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 TGCCCTCCCAATGCTGCTCAGCTTGCAGTCATGCAGGGAGCCAACGTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    444 CGTAACTCAGCGGAAGGGGAACTTCTTCATGGGTGGTTCAGATGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 CGTAACTCAGCGGAAGGGGAACTTCTTCATGGGTGGTTCAGATGGTGGCT

    500     .    :
    494 ACACCATCTGG
        |||||||||||
 102105 ACACCATCTGG