seq1 = pF1KA0040.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KA0040/gi568815597r_175060172.tfa (gi568815597r:175060172_175260630), 200459 bp

>pF1KA0040 459
>gi568815597r:175060172_175260630 (Chr1)

(complement)

1-459  (100001-100459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACTATGTCCATGTCCACAGAGTAACTACTCAACCAAGGAACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACTATGTCCATGTCCACAGAGTAACTACTCAACCAAGGAACAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGACTAAGTGTCCCAGTGGAGGGCAGTCCCAGGGACCACGTGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGACTAAGTGTCCCAGTGGAGGGCAGTCCCAGGGACCACGTGGACAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGGATACTGTCTTGGCAGCTATGTGTCCAATAGCAATGCTCCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGGATACTGTCTTGGCAGCTATGTGTCCAATAGCAATGCTCCTTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGACCCAGGCATGCCTCCCACCTGTCTCTGGCATACCCCACATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGACCCAGGCATGCCTCCCACCTGTCTCTGGCATACCCCACATGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACAAAGAACATTTATCCATACATCTCAATATGGTTCCCAAGTGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACAAAGAACATTTATCCATACATCTCAATATGGTTCCCAAGTGTGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGCACGTAACACACACACACACAAATTCAGGTAGCAGGTACGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATGCACGTAACACACACACACACAAATTCAGGTAGCAGGTACGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTATATTCTGCTCATCAAATGGTCATTGGCTATGTACTTTGTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGTATATTCTGCTCATCAAATGGTCATTGGCTATGTACTTTGTGCAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGTACATTATCTACAGTCACAAAAATGTCTCATGGGAAAGCCTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAGTACATTATCTACAGTCACAAAAATGTCTCATGGGAAAGCCTTGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATTCAGACACATATATACAATTTCCTAACCAGCAAGGCCCCCATACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATTCAGACACATATATACAATTTCCTAACCAGCAAGGCCCCCATACACCA

    450     .
    451 TCTATTCCA
        |||||||||
 100451 TCTATTCCA