seq1 = pF1KA0038.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KA0038/gi568815591f_74074384.tfa (gi568815591f:74074384_74295305), 220922 bp

>pF1KA0038 684
>gi568815591f:74074384_74295305 (Chr7)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-247  (113228-113415)   100% ->
248-312  (115290-115354)   100% ->
313-409  (115439-115535)   100% ->
410-547  (120358-120495)   100% ->
548-684  (120786-120922)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACTTCGACACCTACGACGATCGGGCCTACAGCAGCTTCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACTTCGACACCTACGACGATCGGGCCTACAGCAGCTTCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAGAGG         GTCCCGCGGCAGTGCTGGTGGCCATGGTTCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAGAGGGTG...TAGGTCCCGCGGCAGTGCTGGTGGCCATGGTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAGCCAGAAGGAGTTGCCCACAGAGCCCCCCTACACAGCATACGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113260 GTAGCCAGAAGGAGTTGCCCACAGAGCCCCCCTACACAGCATACGTAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCTACCTTTCAATACGGTTCAGGGCGACATAGATGCTATCTTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113310 AATCTACCTTTCAATACGGTTCAGGGCGACATAGATGCTATCTTTAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCAGCATAAGGAGTGTACGGCTAGTCAGAGACAAAGACACAGATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113360 TCTCAGCATAAGGAGTGTACGGCTAGTCAGAGACAAAGACACAGATAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTAAAG         GATTCTGCTATGTAGAATTCGATGAAGTGGATTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113410 TTAAAGGTG...CAGGATTCTGCTATGTAGAATTCGATGAAGTGGATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTAAGGAAGCCTTGACATACGATGGTGCA         CTGTTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115325 CTTAAGGAAGCCTTGACATACGATGGTGCAGTA...TAGCTGTTGGGCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGTCACTTCGTGTGGACATTGCAGAAGGCAGAAAACAAGATAAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115450 TCGGTCACTTCGTGTGGACATTGCAGAAGGCAGAAAACAAGATAAAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTTGGATTCAGAAAAGGTGGACCAGATGACAGAG         GCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115500 GCTTTGGATTCAGAAAAGGTGGACCAGATGACAGAGGTG...CAGGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGGGATGACTTCTTAGGGGGCAGGGGAGGTAGTCGCCCAGGCGACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120363 AGGGATGACTTCTTAGGGGGCAGGGGAGGTAGTCGCCCAGGCGACCGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACAGGCCCCCCCATGGGCAGCCGCTTCAGAGATGGCCCTCCCCTCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120413 AACAGGCCCCCCCATGGGCAGCCGCTTCAGAGATGGCCCTCCCCTCCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATCCAACATGGATTTCAGAGAACCCACAGAAG         AGGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120463 GATCCAACATGGATTTCAGAGAACCCACAGAAGGTA...CAGAGGAAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCACAGAGACCACGACTCCAGCTTAAACCTCGAACAGTCGCGACGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120794 GCACAGAGACCACGACTCCAGCTTAAACCTCGAACAGTCGCGACGCCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAATCAAGTAGCCAATCCCAACTCTGCTATCTTCGGGGGTGCCAGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120844 CAATCAAGTAGCCAATCCCAACTCTGCTATCTTCGGGGGTGCCAGGCCTA

    700     .    :    .    :    .
    656 GAGAGGAAGTCGTTCAAAAGGAGCAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 120894 GAGAGGAAGTCGTTCAAAAGGAGCAAGAA