seq1 = pF1KA0018.tfa, 1548 bp
seq2 = pF1KA0018/gi568815597r_54752236.tfa (gi568815597r:54752236_54987119), 234884 bp

>pF1KA0018 1548
>gi568815597r:54752236_54987119 (Chr1)

(complement)

1-231  (100001-100231)   100% ->
232-387  (103347-103502)   100% ->
388-493  (111073-111178)   100% ->
494-612  (111909-112027)   100% ->
613-876  (115507-115770)   100% ->
877-1020  (121674-121817)   100% ->
1021-1218  (132886-133083)   99% ->
1219-1397  (133508-133686)   100% ->
1398-1548  (134734-134884)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGCCGTGTCGCTGGCCGTGTGCGCGCTGCTCTTCCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCGCCGTGTCGCTGGCCGTGTGCGCGCTGCTCTTCCTGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCGCCTGAAGGGGCTGGAGTTCGTGCTCATCCACCAGCGCTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCGCCTGAAGGGGCTGGAGTTCGTGCTCATCCACCAGCGCTGGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGTGCCTCTTCCTCCTGCCGCTCTCGCTTATCTTCGATATCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGTGCCTCTTCCTCCTGCCGCTCTCGCTTATCTTCGATATCTACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGTGCGCGCCTGGGTGGTGTTCAAGCTCAGCAGCGCTCCGCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACGTGCGCGCCTGGGTGGTGTTCAAGCTCAGCAGCGCTCCGCGCCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGCAGCGCGTGCGGGACATCCAGAAGCAG         GTGCGGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100201 CGAGCAGCGCGTGCGGGACATCCAGAAGCAGGTG...CAGGTGCGGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAAGGAGCAGGGTAGCAAGACCTTCATGTGCACGGGGCGCCCTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 GGAAGGAGCAGGGTAGCAAGACCTTCATGTGCACGGGGCGCCCTGGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCACTGTCTCACTACGTGTCGGGAAGTACAAGAAGACACACAAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 CTCACTGTCTCACTACGTGTCGGGAAGTACAAGAAGACACACAAAAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGATCAACCTGATGGACATTCTGGAAGTGGACACCAAGAAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103457 CATGATCAACCTGATGGACATTCTGGAAGTGGACACCAAGAAACAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      ATTGTCCGTGTGGAGCCCTTGGTGACCATGGGCCAGGTGACTGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 ..CAGATTGTCCGTGTGGAGCCCTTGGTGACCATGGGCCAGGTGACTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCTGACCTCCATTGGCTGGACTCTCCCCGTGTTGCCTGAGCTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111118 CTGCTGACCTCCATTGGCTGGACTCTCCCCGTGTTGCCTGAGCTTGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTCACAGTGG         GGGGCTTGATCATGGGCACAGGCATCGAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111168 CCTCACAGTGGGTG...CAGGGGGCTTGATCATGGGCACAGGCATCGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CATCATCCCACAAGTACGGCCTGTTCCAACACATCTGCACTGCTTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111939 CATCATCCCACAAGTACGGCCTGTTCCAACACATCTGCACTGCTTACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGTCCTGGCTGATGGCAGCTTTGTGCGATGCACTCCG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111989 CTGGTCCTGGCTGATGGCAGCTTTGTGCGATGCACTCCGGTG...CAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGAAAACTCAGACCTGTTCTATGCCGTACCCTGGTCCTGTGGGACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115509 CGAAAACTCAGACCTGTTCTATGCCGTACCCTGGTCCTGTGGGACGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTTTCCTGGTGGCCGCTGAGATCCGCATCATCCCTGCCAAGAAGTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115559 GTTTCCTGGTGGCCGCTGAGATCCGCATCATCCCTGCCAAGAAGTACGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCTGCGTTTCGAGCCAGTGCGGGGCCTGGAGGCTATCTGTGCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115609 AAGCTGCGTTTCGAGCCAGTGCGGGGCCTGGAGGCTATCTGTGCCAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACCCACGAGTCCCAGCGGCAGGAGAACCACTTCGTGGAAGGGCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115659 CACCCACGAGTCCCAGCGGCAGGAGAACCACTTCGTGGAAGGGCTGCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTCCCTGGATGAGGCTGTCATTATGACAGGGGTCATGACAGATGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115709 ACTCCCTGGATGAGGCTGTCATTATGACAGGGGTCATGACAGATGAGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGCCCAGCAAG         CTGAATAGCATTGGCAATTACTACAAGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115759 GAGCCCAGCAAGGTA...CAGCTGAATAGCATTGGCAATTACTACAAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTGGTTCTTTAAGCATGTGGAGAACTATCTGAAGACAAACCGAGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121703 GTGGTTCTTTAAGCATGTGGAGAACTATCTGAAGACAAACCGAGAGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGAGTACATTCCCTTGAGACACTACTACCACCGCCACACGCGCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121753 TGGAGTACATTCCCTTGAGACACTACTACCACCGCCACACGCGCAGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCTGGGAGCTCCAG         GACATCATCCCCTTTGGCAACAACCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||
 121803 TTCTGGGAGCTCCAGGTG...CAGGACATTATCCCCTTTGGCAACAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATCTTCCGCTACCTCTTTGGCTGGATGGTGCCTCCCAAGATCTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132912 CATCTTCCGCTACCTCTTTGGCTGGATGGTGCCTCCCAAGATCTCCCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGAAGCTGACCCAGGGTGAGACCCTGCGCAAGCTGTACGAGCAGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132962 TGAAGCTGACCCAGGGTGAGACCCTGCGCAAGCTGTACGAGCAGCACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTGGTGCAGGACATGCTGGTGCCCATGAAGTGCCTGCAGCAGGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133012 GTGGTGCAGGACATGCTGGTGCCCATGAAGTGCCTGCAGCAGGCCCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACCTTCCAAAACGACATCCAC         GTCTACCCCATCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 133062 CACCTTCCAAAACGACATCCACGTG...CAGGTCTACCCCATCTGGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GTCCGTTCATCCTGCCCAGCCAGCCAGGCCTAGTGCACCCCAAAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133527 GTCCGTTCATCCTGCCCAGCCAGCCAGGCCTAGTGCACCCCAAAGGAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGGCAGAGCTCTACATCGACATTGGAGCATATGGGGAGCCGCGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133577 GAGGCAGAGCTCTACATCGACATTGGAGCATATGGGGAGCCGCGTGTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACACTTTGAAGCCAGGTCCTGCATGAGGCAGCTGGAGAAGTTTGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133627 ACACTTTGAAGCCAGGTCCTGCATGAGGCAGCTGGAGAAGTTTGTCCGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GCGTGCATGG         CTTCCAGATGCTGTATGCCGACTGCTACATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 133677 GCGTGCATGGGTG...CAGCTTCCAGATGCTGTATGCCGACTGCTACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AACCGGGAGGAGTTCTGGGAGATGTTTGATGGCTCCTTGTACCACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134765 AACCGGGAGGAGTTCTGGGAGATGTTTGATGGCTCCTTGTACCACAAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCGAGAGAAGCTGGGTTGCCAGGACGCCTTCCCCGAGGTGTACGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134815 GCGAGAGAAGCTGGGTTGCCAGGACGCCTTCCCCGAGGTGTACGACAAGA

   1600     .    :    .    :
   1529 TCTGCAAGGCCGCCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||
 134865 TCTGCAAGGCCGCCAGGCAC