seq1 = pF1KA0012.tfa, 2358 bp
seq2 = pF1KA0012/gi568815594r_38696474.tfa (gi568815594r:38696474_38898831), 202358 bp

>pF1KA0012 2358
>gi568815594r:38696474_38898831 (Chr4)

(complement)

1-2358  (100001-102358)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTAGCATCTTCCATTTTGCCATTATCTTCATGTTAATACTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTAGCATCTTCCATTTTGCCATTATCTTCATGTTAATACTTCAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGAATACAATTATCTGAAGAAAGTGAATTTTTAGTTGATAGGTCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGAATACAATTATCTGAAGAAAGTGAATTTTTAGTTGATAGGTCAAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGGTCTCATCCACGTTCCTAAAGACCTATCCCAGAAAACAACAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGGTCTCATCCACGTTCCTAAAGACCTATCCCAGAAAACAACAATCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATATATCGCAAAATTATATATCTGAGCTTTGGACTTCTGACATCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATATATCGCAAAATTATATATCTGAGCTTTGGACTTCTGACATCTTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGTCAAAACTGAGGATTTTGATAATTTCTCATAATACAATCCAGTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100201 ACTGTCAAAACTGAGGATTTTGATAATTTCTCATAATAGAATCCAGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGATATCAGTGTTTTCAAATTCAACCAGGAATTGGAATACTTGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGATATCAGTGTTTTCAAATTCAACCAGGAATTGGAATACTTGGATTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCCACAACAAGTTGGTGAAGATTTCTTGCCACCCTACTGTGAACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCCACAACAAGTTGGTGAAGATTTCTTGCCACCCTACTGTGAACCTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACTTGGACCTGTCATTTAATGCATTTGATGCCCTGCCTATATGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACTTGGACCTGTCATTTAATGCATTTGATGCCCTGCCTATATGCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTTTGGCAATATGTCTCAACTAAAATTTCTGGGGTTGAGCACCACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGTTTGGCAATATGTCTCAACTAAAATTTCTGGGGTTGAGCACCACACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTAGAAAAATCTAGTGTGCTGCCAATTGCTCATTTGAATATCAGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTAGAAAAATCTAGTGTGCTGCCAATTGCTCATTTGAATATCAGCAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTGCTGGTCTTAGGAGAGACTTATGGGGAAAAAGAAGACCCTGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTGCTGGTCTTAGGAGAGACTTATGGGGAAAAAGAAGACCCTGAGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCAAGACTTTAACACTGAGAGTCTGCACATTGTGTTCCCCACAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCAAGACTTTAACACTGAGAGTCTGCACATTGTGTTCCCCACAAACAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAATTCCATTTTATTTTGGATGTGTCAGTCAAGACTGTAGCAAATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAATTCCATTTTATTTTGGATGTGTCAGTCAAGACTGTAGCAAATCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACTATCTAATATCAAATGTGTGCTAGAAGATAACAAATGTTCTTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACTATCTAATATCAAATGTGTGCTAGAAGATAACAAATGTTCTTACTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAAGTATTCTGGCGAAACTTCAAACAAATCCAAAGTTATCAAATCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAAGTATTCTGGCGAAACTTCAAACAAATCCAAAGTTATCAAATCTTACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTAAACAACATTGAAACAACTTGGAATTCTTTCATTAGGATCCTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTAAACAACATTGAAACAACTTGGAATTCTTTCATTAGGATCCTCCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTTTGGCATACAACTGTATGGTATTTCTCAATTTCAAACGTGAAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTTTGGCATACAACTGTATGGTATTTCTCAATTTCAAACGTGAAGCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGGTCAGCTGGACTTCAGAGATTTTGATTATTCTGGCACTTCCTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGGTCAGCTGGACTTCAGAGATTTTGATTATTCTGGCACTTCCTTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTTGTCTATACACCAAGTTGTCAGCGATGTGTTCGGTTTTCCGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTTGTCTATACACCAAGTTGTCAGCGATGTGTTCGGTTTTCCGCAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTATATCTATGAAATCTTTTCGAATATGAACATCAAAAATTTCACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTATATCTATGAAATCTTTTCGAATATGAACATCAAAAATTTCACAGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGGTACACGCATGGTCCACATGCTTTGCCCATCCAAAATTAGCCCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTGGTACACGCATGGTCCACATGCTTTGCCCATCCAAAATTAGCCCGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGCATTTGGATTTTTCCAATAATCTCTTAACAGACACGGTTTTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGCATTTGGATTTTTCCAATAATCTCTTAACAGACACGGTTTTTGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTGTGGGCACCTTACTGAGTTGGAGACACTTATTTTACAAATGAATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TTGTGGGCACCTTACTGAGTTGGAGACACTTATTTTACAAATGAATCAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TAAAAGAACTTTCAAAAATAGCTGAAATGACTACACAGATGAAGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TAAAAGAACTTTCAAAAATAGCTGAAATGACTACACAGATGAAGTCTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAACAATTGGATATTAGCCAGAATTCTGTAAGCTATGATGAAAAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAACAATTGGATATTAGCCAGAATTCTGTAAGCTATGATGAAAAGAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGACTGTTCTTGGACTAAAAGTTTATTAAGTTTAAATATGTCTTCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGACTGTTCTTGGACTAAAAGTTTATTAAGTTTAAATATGTCTTCAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TACTTACTGACACTATTTTCAGATGTTTACCTCCCAGGATCAAGGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TACTTACTGACACTATTTTCAGATGTTTACCTCCCAGGATCAAGGTACTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GATCTTCACAGCAATAAAATAAAGAGCATTCCTAAACAAGTCGTAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GATCTTCACAGCAATAAAATAAAGAGCATTCCTAAACAAGTCGTAAAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGAAGCTTTGCAAGAACTCAATGTTGCTTTCAATTCTTTAACTGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GGAAGCTTTGCAAGAACTCAATGTTGCTTTCAATTCTTTAACTGACCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CTGGATGTGGCAGCTTTAGCAGCCTTTCTGTATTGATCATTGATCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CTGGATGTGGCAGCTTTAGCAGCCTTTCTGTATTGATCATTGATCACAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCAGTTTCCCACCCATCGGCTGATTTCTTCCAGAGCTGCCAGAAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCAGTTTCCCACCCATCGGCTGATTTCTTCCAGAGCTGCCAGAAGATGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GTCAATAAAAGCAGGGGACAATCCATTCCAATGTACCTGTGAGCTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GTCAATAAAAGCAGGGGACAATCCATTCCAATGTACCTGTGAGCTAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AATTTGTCAAAAATATAGACCAAGTATCAAGTGAAGTGTTAGAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AATTTGTCAAAAATATAGACCAAGTATCAAGTGAAGTGTTAGAGGGCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CCTGATTCTTATAAGTGTGACTACCCGGAAAGTTATAGAGGAACCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CCTGATTCTTATAAGTGTGACTACCCGGAAAGTTATAGAGGAACCCTACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AAAGGACTTTCACATGTCTGAATTATCCTGCAACATAACTCTGCTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AAAGGACTTTCACATGTCTGAATTATCCTGCAACATAACTCTGCTGATCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TCACCATCGTTGCCACCATGCTGGTGTTGGCTGTGACTGTGACCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TCACCATCGTTGCCACCATGCTGGTGTTGGCTGTGACTGTGACCTCCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TGCAGCTACTTGGATCTGCCCTGGTATCTCAGGATGGTGTGCCAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TGCAGCTACTTGGATCTGCCCTGGTATCTCAGGATGGTGTGCCAGTGGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 CCAGACCCGGCGCAGGGCCAGGAACATACCCTTAGAAGAACTCCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CCAGACCCGGCGCAGGGCCAGGAACATACCCTTAGAAGAACTCCAAAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 ATCTCCAGTTTCATGCATTTATTTCATATAGTGGGCACGATTCTTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 ATCTCCAGTTTCATGCATTTATTTCATATAGTGGGCACGATTCTTTCTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GTGAAGAATGAATTATTGCCAAACCTAGAGAAAGAAGGTATGCAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GTGAAGAATGAATTATTGCCAAACCTAGAGAAAGAAGGTATGCAGATTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CCTTCATGAGAGAAACTTTGTTCCTGGCAAGAGCATTGTGGAAAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CCTTCATGAGAGAAACTTTGTTCCTGGCAAGAGCATTGTGGAAAATATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TCACCTGCATTGAGAAGAGTTACAAGTCCATCTTTGTTTTGTCTCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TCACCTGCATTGAGAAGAGTTACAAGTCCATCTTTGTTTTGTCTCCCAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTTGTCCAGAGTGAATGGTGCCATTATGAACTCTACTTTGCCCATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TTTGTCCAGAGTGAATGGTGCCATTATGAACTCTACTTTGCCCATCACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 TCTCTTTCATGAAGGATCTAATAGCTTAATCCTGATCTTGCTGGAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 TCTCTTTCATGAAGGATCTAATAGCTTAATCCTGATCTTGCTGGAACCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TTCCGCAGTACTCCATTCCTAGCAGTTATCACAAGCTCAAAAGTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TTCCGCAGTACTCCATTCCTAGCAGTTATCACAAGCTCAAAAGTCTCATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 GCCAGGAGGACTTATTTGGAATGGCCCAAGGAAAAGAGCAAACGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 GCCAGGAGGACTTATTTGGAATGGCCCAAGGAAAAGAGCAAACGTGGCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 TTTTTGGGCTAACTTAAGGGCAGCCATTAATATTAAGCTGACAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 TTTTTGGGCTAACTTAAGGGCAGCCATTAATATTAAGCTGACAGAGCAAG

   2350     .
   2351 CAAAGAAA
        ||||||||
 102351 CAAAGAAA