seq1 = pF1KA0011.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KA0011/gi568815596r_27226678.tfa (gi568815596r:27226678_27443554), 216877 bp

>pF1KA0011 2733
>gi568815596r:27226678_27443554 (Chr2)

(complement)

1-247  (100001-100247)   100% ->
248-569  (100408-100729)   100% ->
570-855  (101322-101607)   100% ->
856-950  (105535-105629)   100% ->
951-1028  (105997-106074)   100% ->
1029-1127  (106213-106311)   100% ->
1128-1355  (107130-107357)   100% ->
1356-1467  (107527-107638)   100% ->
1468-1576  (107849-107957)   100% ->
1577-1602  (109556-109581)   100% ->
1603-1732  (109771-109900)   100% ->
1733-1877  (114032-114176)   100% ->
1878-2039  (114273-114434)   100% ->
2040-2127  (114624-114711)   100% ->
2128-2256  (114959-115087)   100% ->
2257-2409  (115366-115518)   99% ->
2410-2517  (116271-116378)   100% ->
2518-2733  (116662-116877)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACCTGCGGGGTCGGCTATGTTGCCCTGGGGGAGGCCGGCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACCTGCGGGGTCGGCTATGTTGCCCTGGGGGAGGCCGGCCCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGAACATGACTGTGGTAGACTCTCCTGGACAAGAGGTGCTAAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGAACATGACTGTGGTAGACTCTCCTGGACAAGAGGTGCTAAATCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGATGTCAAGACCTCTTCAGAAATGACCAGTGCAGAGGCTTCCGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGATGTCAAGACCTCTTCAGAAATGACCAGTGCAGAGGCTTCCGTAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTCATTACCTACCCCTTTGCCTGGATTTGAGGATTCTCCTGATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTCATTACCTACCCCTTTGCCTGGATTTGAGGATTCTCCTGATCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGGCTCCCTCCAGAGCAGGAAAGCCTCTCCAGACTGGAACAGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100201 GAGGCTCCCTCCAGAGCAGGAAAGCCTCTCCAGACTGGAACAGCCAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248       ATCTTTCTTCAGAGATGTCAAAGGTCTCAAAGCCTAGGGCCTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ...CAGATCTTTCTTCAGAGATGTCAAAGGTCTCAAAGCCTAGGGCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCCTGGCCGGAAGAGAGGTGGTAGGACACGAAAAGGCCCCAAAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100452 AAGCCTGGCCGGAAGAGAGGTGGTAGGACACGAAAAGGCCCCAAAAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAACAGCCTAATCCTCCATCAGCCCCACTGGTTCCTGGTCTCTTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100502 CCAACAGCCTAATCCTCCATCAGCCCCACTGGTTCCTGGTCTCTTAGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATCCAACCCTCTGTCCACCCCCATGCCTAAGAAACGAGGTCGAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100552 AATCCAACCCTCTGTCCACCCCCATGCCTAAGAAACGAGGTCGAAAGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGCAGAGCTGCTGCTGCTGAAGTTGTCAAAAGACCTAGATCGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100602 AAGGCAGAGCTGCTGCTGCTGAAGTTGTCAAAAGACCTAGATCGGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATCTCAATCTCCAAAGAGGCCCCCTGAGGACTTTGAGACCCCTTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100652 ATCTCAATCTCCAAAGAGGCCCCCTGAGGACTTTGAGACCCCTTCTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AACGACCCCGCCGAAGGGCTGCCCAAGT         GGCACTTCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100702 AACGACCCCGCCGAAGGGCTGCCCAAGTGTA...CAGGGCACTTCTGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTTCAGGAACTGGCTGAAGAGCTCTCAACAGCCCTGCCTGCCCCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101335 CTTCAGGAACTGGCTGAAGAGCTCTCAACAGCCCTGCCTGCCCCTGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTGTCCTGAGGGCCCCAAGGTGAGCAGCCCCACCAAACCGAAGAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 CTGTCCTGAGGGCCCCAAGGTGAGCAGCCCCACCAAACCGAAGAAGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGCAGCCAGCAGCCTGTCCAGGTGGAGAAGAGGTGGATGGTGCTCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 GGCAGCCAGCAGCCTGTCCAGGTGGAGAAGAGGTGGATGGTGCTCCACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GATGAAGACTTTTTTCTCCAGGTTGAGGCTGAAGATGTGGAAGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101485 GATGAAGACTTTTTTCTCCAGGTTGAGGCTGAAGATGTGGAAGAAAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGGCCCAAGTGAGAGCTCATCTGAACCTGAGCCTGTAGTGCCCCGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101535 GGGCCCAAGTGAGAGCTCATCTGAACCTGAGCCTGTAGTGCCCCGAAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCCCACGAGGATCTACTTCAGGG         AAACAGAAACCACACTGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101585 CCCCACGAGGATCTACTTCAGGGGTA...CAGAAACAGAAACCACACTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGAGGAATGGCTCCCAATGGCTTACCAAATCATATCATGGCTCCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105553 CGAGGAATGGCTCCCAATGGCTTACCAAATCATATCATGGCTCCTGTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAAGTGCCTCCATCTCACCAAGGACTT         CCGAGAGCAGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105603 GAAGTGCCTCCATCTCACCAAGGACTTGTG...CAGCCGAGAGCAGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATTCATACTGGGAGTTTGCTGAGTGGATTCCTTTAGCCTGGAAGTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106011 ATTCATACTGGGAGTTTGCTGAGTGGATTCCTTTAGCCTGGAAGTGGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGTTATCTGAGCT         TGAGGCCGCTCCCTACCTGCCCCAGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106061 TTGTTATCTGAGCTGTA...CAGTGAGGCCGCTCCCTACCTGCCCCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAGAAGTCTCCATTGTTTTCTGTACAACGTGAAGGGCTACCTGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106240 GGAGAAGTCTCCATTGTTTTCTGTACAACGTGAAGGGCTACCTGAAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCACCCTCTACCGAATAAACAG         ATTTAGCTCGATCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106290 GCACCCTCTACCGAATAAACAGGTG...TAGATTTAGCTCGATCACAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CATCCAGAGCGCTGGGATGTGTCCTTCTTCACGGGGGGACCGCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107149 CATCCAGAGCGCTGGGATGTGTCCTTCTTCACGGGGGGACCGCTCTGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTGGACTGGTGCCCAGTGCCAGAGGGGGCAGGAGCCTCGCAATATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107199 TCTGGACTGGTGCCCAGTGCCAGAGGGGGCAGGAGCCTCGCAATATGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTCTTTTCTCCAGCCCTGACATGAATGAGACACACCCACTGAGCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107249 CTCTTTTCTCCAGCCCTGACATGAATGAGACACACCCACTGAGCCAGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CATTCGGGTCCTGGGCTGCTCCAGCTCTGGGGCCTTGGGACCTTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107299 CATTCGGGTCCTGGGCTGCTCCAGCTCTGGGGCCTTGGGACCTTGCAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGAAAGCTG         TCCTGGCAACAGGGCCCACTTTGTCTATGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107349 AGAAAGCTGGTG...CAGTCCTGGCAACAGGGCCCACTTTGTCTATGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTGCTTGTGACAACGGCTGCATCTGGGACCTCAAGTTCTGCCCCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 TTGCTTGTGACAACGGCTGCATCTGGGACCTCAAGTTCTGCCCCAGTGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCATGGGAACTTCCAGGCACCCCTCGGAAG         GCTCCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107609 GCATGGGAACTTCCAGGCACCCCTCGGAAGGTA...TAGGCTCCTCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCCCCGGTTGGGTCTCTTGGCTCTGGCCTGCTCAGACGGGAAAGTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107860 GCCCCGGTTGGGTCTCTTGGCTCTGGCCTGCTCAGACGGGAAAGTACTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TATTCAGTCTACCCCATCCGGAGGCCCTGCTGGCTCAGCAACCCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107910 TATTCAGTCTACCCCATCCGGAGGCCCTGCTGGCTCAGCAACCCCCAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1577        ATGCAGTGAAGCCTGCCATATATAAG         GTACAATG
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107960 G...CAGATGCAGTGAAGCCTGCCATATATAAGGTG...CAGGTACAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGTGGCAACTCTGCAGGTGGGGTCTATGCAAGCTACAGACCCCTCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109779 TGTGGCAACTCTGCAGGTGGGGTCTATGCAAGCTACAGACCCCTCTGAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTGGTCAGTGCCTTAGCCTGGCCTGGATGCCTACCAGGCCCCACCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109829 GTGGTCAGTGCCTTAGCCTGGCCTGGATGCCTACCAGGCCCCACCAACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTAGCTGCTGGATATTATAATG         GCATGGTGGTTTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109879 CTAGCTGCTGGATATTATAATGGTA...CAGGCATGGTGGTTTTCTGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCTTCCCACTAACTCACCCCTGCAGCGGATACGGCTCTCTGATGGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114051 CCTTCCCACTAACTCACCCCTGCAGCGGATACGGCTCTCTGATGGCTCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TAAAGCTCTACCCCTTCCAGTGTTTCCTAGCCCATGACCAGGCTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114101 TAAAGCTCTACCCCTTCCAGTGTTTCCTAGCCCATGACCAGGCTGTGCGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACCCTTCAATGGTGCAAAGCTAACAG         CCATTTCCTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114151 ACCCTTCAATGGTGCAAAGCTAACAGGTA...CAGCCATTTCCTTGTCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TGCGGGGAGTGACCGGAAAATCAAATTCTGGGACCTTCGACGTCCTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114288 TGCGGGGAGTGACCGGAAAATCAAATTCTGGGACCTTCGACGTCCTTACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AACCCATAAACTCTATCAAGCGCTTCTTGAGTACAGAACTGGCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114338 AACCCATAAACTCTATCAAGCGCTTCTTGAGTACAGAACTGGCCTGGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CTTCCCTACAATGGTGTCACTGTGGCTCAGGACAACTGCTATGCCTC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114388 CTTCCCTACAATGGTGTCACTGTGGCTCAGGACAACTGCTATGCCTCGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2040       TTATGGACTCTGTGGGATTCATTATATTGACGCTGGTTACCTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114438 ...CAGTTATGGACTCTGTGGGATTCATTATATTGACGCTGGTTACCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GTTTCAAGGCCTACTTCACTGCTCCTCGAAAAGGCACCGTTTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114668 GTTTCAAGGCCTACTTCACTGCTCCTCGAAAAGGCACCGTTTGGGTG...

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2128    AGTCTTTCAGGATCCGACTGGCTTGGGACAATAGCTGCAGGAGATAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114956 TAGAGTCTTTCAGGATCCGACTGGCTTGGGACAATAGCTGCAGGAGATAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 ATCCGGGGAGCTCATTGCTGCTATATTACCAGATATGGCACTGAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115006 ATCCGGGGAGCTCATTGCTGCTATATTACCAGATATGGCACTGAATCCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TAAATGTCAAGCGACCTGTAGAGCGAAGATTT         CCTATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115056 TAAATGTCAAGCGACCTGTAGAGCGAAGATTTGTA...CAGCCTATATAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AAAGCAGATCTGATACCGTATCAGGACAGTCCTGAAGGTCCAGACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115375 AAAGCAGATCTGATACCGTATCAGGACAGTCCTGAAGGTCCAGACCATTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TTCTGCTTCATCTGGGGTCCCCAACCCTCCCAAGGCTCGAACTTACACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 115425 TTCTGCTTCATCTGGGGTCCCCAACCCTCCTAAGGCTCGAACTTACACTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AAACTGTCAACCATCACTACTTGCTCTTTCAAGACACAGATTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115475 AAACTGTCAACCATCACTACTTGCTCTTTCAAGACACAGATTTGGTA...

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2410    GGTTCATTCCATGATCTGCTCCGTAGAGAACCAATGCTGCGCATGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116268 CAGGGTTCATTCCATGATCTGCTCCGTAGAGAACCAATGCTGCGCATGCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGAGGGAGAGGGGCATTCTCAACTCTGCCTGGACAGGCTGCAGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116318 GGAGGGAGAGGGGCATTCTCAACTCTGCCTGGACAGGCTGCAGCTGGAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CTATTCATAAG         GTACGTTTCAGCCCAAACCTGGACTCCTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116368 CTATTCATAAGGTA...CAGGTACGTTTCAGCCCAAACCTGGACTCCTAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 GGATGGCTGGTATCTGGGGGGCAGTCAGGGCTGGTTCGAATCCATTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116692 GGATGGCTGGTATCTGGGGGGCAGTCAGGGCTGGTTCGAATCCATTTTGT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CCGTGGACTCGCCTCCCCACTGGGCCACCGTATGCAGCTTGAAAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116742 CCGTGGACTCGCCTCCCCACTGGGCCACCGTATGCAGCTTGAAAGCCGAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CCCACTTCAATGCTATGTTCCAACCATCCTCCCCCACTAGACGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116792 CCCACTTCAATGCTATGTTCCAACCATCCTCCCCCACTAGACGGCCTGGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .
   2698 TTCTCTCCAACCAGCCATCGCCTTCTGCCCACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116842 TTCTCTCCAACCAGCCATCGCCTTCTGCCCACTCCC