seq1 = pF1KA0006.tfa, 2328 bp
seq2 = pF1KA0006/gi568815575r_136568032.tfa (gi568815575r:136568032_136880882), 312851 bp

>pF1KA0006 2328
>gi568815575r:136568032_136880882 (ChrX)

(complement)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-249  (101386-101469)   100% ->
250-334  (133291-133375)   100% ->
335-459  (135536-135660)   100% ->
460-661  (137097-137298)   100% ->
662-732  (148711-148781)   100% ->
733-827  (167513-167607)   100% ->
828-923  (172113-172208)   100% ->
924-1046  (173853-173975)   100% ->
1047-1185  (190135-190273)   100% ->
1186-1245  (192892-192951)   100% ->
1246-1392  (195060-195206)   100% ->
1393-1479  (198039-198125)   100% ->
1480-1558  (198915-198993)   100% ->
1559-1704  (200007-200152)   100% ->
1705-1830  (201223-201348)   100% ->
1831-1851  (202927-202947)   100% ->
1852-1945  (204166-204259)   100% ->
1946-2035  (205787-205876)   100% ->
2036-2135  (208764-208863)   100% ->
2136-2190  (211347-211401)   100% ->
2191-2328  (212714-212851)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCAGAAGAACAAATCGTGACATGGCTTATATCTTTGGGAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCAGAAGAACAAATCGTGACATGGCTTATATCTTTGGGAGTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGTCCCCTAAAAAGACCATCTGTGATCCGGAGGAGTTTTTAAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGTCCCCTAAAAAGACCATCTGTGATCCGGAGGAGTTTTTAAAGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGAAAAATGGGGTAGTTCTGTGCAAACTGATCAACAGACTCATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGAAAAATGGGGTAGTTCTGTGCAAACTGATCAACAGACTCATGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTCTGTGGAAAAG         TTTTGTCTGGATCCCCAAACTGAAGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTCTGTGGAAAAGGTA...TAGTTTTGTCTGGATCCCCAAACTGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACTGCATCAACAACATCAATGACTTCCTGAAAGGATGTGCAACCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 TGACTGCATCAACAACATCAATGACTTCCTGAAAGGATGTGCAACCCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTGGAA         ATATTTGATCCTGATGACCTTTATTCAGGGGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101462 AAGTGGAAGTA...TAGATATTTGATCCTGATGACCTTTATTCAGGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATTTCTCCAAGGTACTGAGTACTCTTTTAGCTGTCAACAAAGCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133324 AATTTCTCCAAGGTACTGAGTACTCTTTTAGCTGTCAACAAAGCAACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         ATCAGCTATCAGAAAGACCATGTGGACGTTCCTCTTCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133374 AGGTA...CAGATCAGCTATCAGAAAGACCATGTGGACGTTCCTCTTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTAGTGCTGCTAATACTTCTCAGACAAACCCACAGGGAGCAGTTTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135575 TTAGTGCTGCTAATACTTCTCAGACAAACCCACAGGGAGCAGTTTCTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAGTTTCAGGGCTGCAAAGGCAGTCAAAGACAGTG         GAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 135625 ACAGTTTCAGGGCTGCAAAGGCAGTCAAAGACAGTGGTA...TAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACGGAAAATGGAAGTCATCAGTTGATAGTAAAAGCAAGATTCAACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137102 GACGGAAAATGGAAGTCATCAGTTGATAGTAAAAGCAAGATTCAACTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAGACTAATGAGGATGAACTGTCAGTTTGTAAGGGGGACATCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137152 AGCAGACTAATGAGGATGAACTGTCAGTTTGTAAGGGGGACATCATTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCACACGAGTTGAAGAAGGAGGCTGGTGGGAAGGCACATTAAATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137202 GTCACACGAGTTGAAGAAGGAGGCTGGTGGGAAGGCACATTAAATGGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AACAGGCTGGTTCCCCAGTAATTATGTCCGTGAAATTAAATCCAGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 137252 AACAGGCTGGTTCCCCAGTAATTATGTCCGTGAAATTAAATCCAGTGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       AGAGACCTCTCTCCCCAAAAGCCGTCAAAGGATTTGAAACTGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137302 ...CAGAGAGACCTCTCTCCCCAAAAGCCGTCAAAGGATTTGAAACTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCACTTACCAAGAATTATTATACTGTG         GTGTTACAGAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 148755 CCACTTACCAAGAATTATTATACTGTGGTA...TAGGTGTTACAGAACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGGACACTGAAAAAGAATATGCTAAAGAACTTCAGTCTCTTCTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167527 CCTGGACACTGAAAAAGAATATGCTAAAGAACTTCAGTCTCTTCTTGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTACTTAAGACCCCTGCAGTCCAATAACAA         TCTGAGTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 167577 CTTACTTAAGACCCCTGCAGTCCAATAACAAGTA...CAGTCTGAGTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGAGGTTACATCTTTACTGGGAAACTTCGAGGAAGTATGCACATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172123 GTGGAGGTTACATCTTTACTGGGAAACTTCGAGGAAGTATGCACATTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACAGACACTCTGCCAAGCCTTGGAAGAATGTTCAAA         GTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 172173 ACAGACACTCTGCCAAGCCTTGGAAGAATGTTCAAAGTA...CAGGTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGAAAACCAGCACAAAGTAGGAGGTTGTCTACTGAGTCTCATGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173858 CAGAAAACCAGCACAAAGTAGGAGGTTGTCTACTGAGTCTCATGCCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTAAATCTATGTATCTGGCTTACTGTGCAAACCATCCTTCAGCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173908 TTTAAATCTATGTATCTGGCTTACTGTGCAAACCATCCTTCAGCTGTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGCTCACTCAGCACAG         TGATGAGTTGGAACAATTCATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 173958 TGTGCTCACTCAGCACAGGTA...TAGTGATGAGTTGGAACAATTCATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAAATCAAGGTGCATCGAGCCCAGGTATCCTCATTTTAACAACAAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190158 AAAATCAAGGTGCATCGAGCCCAGGTATCCTCATTTTAACAACAAACCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCAAACCATTCATGCGACTGGAGAAATATGTTACTCTCTTGCAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190208 AGCAAACCATTCATGCGACTGGAGAAATATGTTACTCTCTTGCAAGAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAACGGCATATGGAG         GATACTCATCCAGATCATCAGGATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 190258 AGAACGGCATATGGAGGTA...TAGGATACTCATCCAGATCATCAGGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTCTGAAAGCAATCGTAGCATTCAAAACTCTCATG         GGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 192917 TTCTGAAAGCAATCGTAGCATTCAAAACTCTCATGGTA...TAGGGGCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGTCAAGATCTGAGGAAGAGAAAACAGCTGGAGTTACAGATACTGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195066 TGTCAAGATCTGAGGAAGAGAAAACAGCTGGAGTTACAGATACTGTCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACCTATTCAGGCATGGGAAGGAGAAGATATTAAAAACTTGGGAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195116 ACCTATTCAGGCATGGGAAGGAGAAGATATTAAAAACTTGGGAAATGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTTTTATGTCACAAGTAATGGTGCAGTATGGAGCATGTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 195166 TTTTTATGTCACAAGTAATGGTGCAGTATGGAGCATGTGAGGTA...CAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAAAAAGAGGAGCGGTACCTTATGTTATTTTCAAATGTCCTGATAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198039 GAAAAAGAGGAGCGGTACCTTATGTTATTTTCAAATGTCCTGATAATGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATCTGCAAGTCCTCGGATGAGTGGCTTTATCTATCAG         GGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 198089 ATCTGCAAGTCCTCGGATGAGTGGCTTTATCTATCAGGTT...TAGGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAATACCAATAGCAGGAACGGTGGTGACTAGATTAGATGAAATTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198919 AAATACCAATAGCAGGAACGGTGGTGACTAGATTAGATGAAATTGAAGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AATGACTGCACATTTGAAATCACTG         GTAACACAGTGGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 198969 AATGACTGCACATTTGAAATCACTGGTA...TAGGTAACACAGTGGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AATTGTGGTCCATTGTAACAACAACCAGGACTTCCAGGAATGGTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200023 AATTGTGGTCCATTGTAACAACAACCAGGACTTCCAGGAATGGTTGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGCTGAACAGACTGATCAGAGGACCTGCCTCTTGCAGTTCATTATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200073 AGCTGAACAGACTGATCAGAGGACCTGCCTCTTGCAGTTCATTATCCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACCTCATCGTCATCATGTAGTGCTCATTCT         TCTTTTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 200123 ACCTCATCGTCATCATGTAGTGCTCATTCTGTA...CAGTCTTTTAGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TACCGGACAGCCCCGAGGACCCTTGGAGCCTCCTCAAATTATAAAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201234 TACCGGACAGCCCCGAGGACCCTTGGAGCCTCCTCAAATTATAAAACCGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 GGAGTTTAAGTTGTCTACGACCTGCACCTCCACTTAGACCATCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201284 GGAGTTTAAGTTGTCTACGACCTGCACCTCCACTTAGACCATCAGCAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTAGGTTATAAAGAG         AGGATGTCTTATATCTTAAAG     
        |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>..
 201334 CTAGGTTATAAAGAGGTA...TAGAGGATGTCTTATATCTTAAAGGTA..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852     GAGTCTAGTAAAAGCCCTAAAACGATGAAGAAATTTCTTCATAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202953 .CAGGAGTCTAGTAAAAGCCCTAAAACGATGAAGAAATTTCTTCATAAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GGAAGACTGAGAGAAAACCATCGGAGGAGGAATATGTGATTAGGAAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 204212 GGAAGACTGAGAGAAAACCATCGGAGGAGGAATATGTGATTAGGAAAAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946        GTACAGCTGCTCTGGAAGAGGATGCTCAAATCCTTAAAGTGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204262 A...CAGGTACAGCTGCTCTGGAAGAGGATGCTCAAATCCTTAAAGTGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CGAAGCCTACTGCACCAGCGCAAATTTTCAACAAGGCCATGGCTCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 205830 CGAAGCCTACTGCACCAGCGCAAATTTTCAACAAGGCCATGGCTCAAGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2036       GTACTCGAAAAGATTCCATTCCACAAGTCCTACTCCCTGAGGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205880 ...TAGGTACTCGAAAAGATTCCATTCCACAAGTCCTACTCCCTGAGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 GAGAAACTCATCATTGAAGAAACCAGAAGCAACGGCCAGACCATCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208808 GAGAAACTCATCATTGAAGAAACCAGAAGCAACGGCCAGACCATCATGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AGAAAA         GAGCCTTGTTGATACTGTTTACGCCTTGAAGGACG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208858 AGAAAAGTG...TAGGAGCCTTGTTGATACTGTTTACGCCTTGAAGGACG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 AGGTCAGAGAACTGAAGCAG         GAAAATAAAAGAATGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 211382 AGGTCAGAGAACTGAAGCAGGTA...TAGGAAAATAAAAGAATGAAGCAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 TGCCTGGAAGAAGAACTGAAATCAAGAAGGGACCTAGAAAAGCTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212735 TGCCTGGAAGAAGAACTGAAATCAAGAAGGGACCTAGAAAAGCTGGTGCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GAGGCTTTTGAAGCAAACAGATGAGTGTATTCGAGGCGAGTCCAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212785 GAGGCTTTTGAAGCAAACAGATGAGTGTATTCGAGGCGAGTCCAGTAGCA

   2500     .    :    .
   2312 AGACCTCAATTCTTCCA
        |||||||||||||||||
 212835 AGACCTCAATTCTTCCA