seq1 = pF1KA0002.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KA0002/gi568815577r_28956478.tfa (gi568815577r:28956478_29173590), 217113 bp

>pF1KA0002 1644
>gi568815577r:28956478_29173590 (Chr21)

(complement)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-151  (103254-103344)   100% ->
152-231  (104089-104168)   100% ->
232-381  (105886-106035)   100% ->
382-562  (106520-106700)   100% ->
563-624  (106814-106875)   100% ->
625-762  (108486-108623)   100% ->
763-941  (110061-110239)   100% ->
942-1008  (111035-111101)   100% ->
1009-1096  (111176-111263)   100% ->
1097-1212  (111348-111463)   100% ->
1213-1284  (112024-112095)   100% ->
1285-1449  (112174-112338)   100% ->
1450-1569  (112931-113050)   100% ->
1570-1644  (117039-117113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTTCACGTTCCCAAGGCTCCGGGCTTTGCCCAGATGCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTTCACGTTCCCAAGGCTCCGGGCTTTGCCCAGATGCTCAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGCGAAA         CACTTTTCAGGATTAGAAGAGGCTGTGTATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGCGAAAGTA...CAGCACTTTTCAGGATTAGAAGAGGCTGTGTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAACATACAAGCTTGCAAGGAGCTTGCCCAAACCACTCGTACAGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103285 GAAACATACAAGCTTGCAAGGAGCTTGCCCAAACCACTCGTACAGCATAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACCAAATG         GAATGAACAAAATGGTTATCAACCACTTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103335 GGACCAAATGGTA...GAGGAATGAACAAAATGGTTATCAACCACTTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGTTGTTTGTGACAAACGATGCAGCAACTATTTTAAGAGAACTAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104120 GAAGTTGTTTGTGACAAACGATGCAGCAACTATTTTAAGAGAACTAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GTACAGCATCCTGCTGCAAAAATGATTGTAATGGCTTCTCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104170 TA...TAGGTACAGCATCCTGCTGCAAAAATGATTGTAATGGCTTCTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGCAAGAGCAAGAAGTTGGAGATGGCACAAACTTTGTTCTGGTATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105928 ATGCAAGAGCAAGAAGTTGGAGATGGCACAAACTTTGTTCTGGTATTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGAGCTCTCCTGGAATTAGCTGAAGAACTTCTGAGGATTGGCCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105978 TGGAGCTCTCCTGGAATTAGCTGAAGAACTTCTGAGGATTGGCCTGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTTCAGAG         GTCATAGAAGGTTATGAAATAGCCTGCAGAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106028 TTTCAGAGGCA...TAGGTCATAGAAGGTTATGAAATAGCCTGCAGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTCATGAGATTCTTCCTAATTTGGTATGTTGTTCTGCAAAAAACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106553 GCTCATGAGATTCTTCCTAATTTGGTATGTTGTTCTGCAAAAAACCTTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATATTGATGAAGTCTCATCTCTACTTCGTACCTCCATAATGAGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106603 AGATATTGATGAAGTCTCATCTCTACTTCGTACCTCCATAATGAGTAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATATGGTAATGAAGTATTTCTGGCCAAGCTTATTGCTCAGGCATGCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106653 AATATGGTAATGAAGTATTTCTGGCCAAGCTTATTGCTCAGGCATGCGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        TATCTATTTTTCCTGATTCCGGCCATTTCAATGTTGATAACAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106703 A...CAGTATCTATTTTTCCTGATTCCGGCCATTTCAATGTTGATAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGAGTTTGTAAAATTCTG         GGCTCTGGTATCAGTTCCTCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106857 CAGAGTTTGTAAAATTCTGGTA...TAGGGCTCTGGTATCAGTTCCTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGTATTGCATGGCATGGTTTTTAAGAAGGAAACCGAAGGTGATGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108508 CAGTATTGCATGGCATGGTTTTTAAGAAGGAAACCGAAGGTGATGTAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTGTCAAAGATGCAAAAATAGCAGTGTACTCTTGTCCTTTTGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108558 TCTGTCAAAGATGCAAAAATAGCAGTGTACTCTTGTCCTTTTGATGGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATAACAGAAACTAAG         GGAACAGTGTTGATAAAGACTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108608 GATAACAGAAACTAAGGTA...CAGGGAACAGTGTTGATAAAGACTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGAATTGATGAATTTTAGTAAGGGAGAAGAAAACCTCATGGATGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110086 AAGAATTGATGAATTTTAGTAAGGGAGAAGAAAACCTCATGGATGCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTCAAAGCTATTGCTGATACTGGTGCAAATGTCGTAGTAACAGGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110136 GTCAAAGCTATTGCTGATACTGGTGCAAATGTCGTAGTAACAGGTGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTGGCAGACATGGCTCTTCATTATGCAAATAAATATAATATCATGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110186 AGTGGCAGACATGGCTCTTCATTATGCAAATAAATATAATATCATGTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAG         GCTAAACTCAAAATGGGATCTCCGAAGACTTTGTAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110236 TGAGGTA...AAGGCTAAACTCAAAATGGGATCTCCGAAGACTTTGTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTGTTGGTGCTACAGCTCTTCCTAGATTG         ACACCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111072 ACTGTTGGTGCTACAGCTCTTCCTAGATTGGTA...CAGACACCTCCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTTGAAGAAATGGGACACTGTGACAGTGTTTACCTCTCAGAAGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111187 CCTTGAAGAAATGGGACACTGTGACAGTGTTTACCTCTCAGAAGTTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATACTCAGGTGGTGGTTTTTAAGCATG         AAAAGGAAGATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 111237 ATACTCAGGTGGTGGTTTTTAAGCATGGTA...TAGAAAAGGAAGATGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCATTTCTACCATAGTACTTCGAGGCTCTACAGACAATCTGATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111362 GCCATTTCTACCATAGTACTTCGAGGCTCTACAGACAATCTGATGGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATAGAAAGGGCAGTAGACGATGGTGTTAATACTTTCAAAGTTCTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111412 CATAGAAAGGGCAGTAGACGATGGTGTTAATACTTTCAAAGTTCTTACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GG         GATAAACGTCTTGTACCCGGAGGTGGAGCAACAGAAATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111462 GGGTC...CAGGATAAACGTCTTGTACCCGGAGGTGGAGCAACAGAAATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAATTAGCCAAACAGATCACATCATATGGAGAG         ACATGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112063 GAATTAGCCAAACAGATCACATCATATGGAGAGGTA...TAGACATGTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGGACTTGAACAGTATGCTATTAAGAAGTTTGCTGAGGCATTTGAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112182 TGGACTTGAACAGTATGCTATTAAGAAGTTTGCTGAGGCATTTGAAGCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTCCCCGCGCACTGGCAGAAAACTCTGGAGTTAAGGCCAATGAAGTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112232 TTCCCCGCGCACTGGCAGAAAACTCTGGAGTTAAGGCCAATGAAGTAATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCTAAACTTTATGCAGTACATCAAGAAGGAAATAAAAACGTTGGATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112282 TCTAAACTTTATGCAGTACATCAAGAAGGAAATAAAAACGTTGGATTAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TATTGAG         GCTGAAGTCCCTGCTGTAAAGGACATGCTGGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112332 TATTGAGGTA...CAGGCTGAAGTCCCTGCTGTAAAGGACATGCTGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTGGTATTCTAGATACTTACCTGGGAAAATATTGGGCTATCAAACTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112965 CTGGTATTCTAGATACTTACCTGGGAAAATATTGGGCTATCAAACTCGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTAATGCTGCAGTCACTGTACTTAGAGTGGATCAG         ATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113015 ACTAATGCTGCAGTCACTGTACTTAGAGTGGATCAGGTG...CAGATCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CATGGCAAAACCAGCTGGTGGGCCCAAGCCTCCAAGTGGGAAGAAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117044 CATGGCAAAACCAGCTGGTGGGCCCAAGCCTCCAAGTGGGAAGAAAGACT

   1750     .    :    .    :
   1625 GGGATGATGACCAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||
 117094 GGGATGATGACCAAAATGAT