seq1 = pF1KA0001.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KA0001/gi568815595r_151113303.tfa (gi568815595r:151113303_151314316), 201014 bp

>pF1KA0001 1014
>gi568815595r:151113303_151314316 (Chr3)

(complement)

1-1014  (100001-101014)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAATTCAACCTCCACACAGCCTCCAGATGAATCCTGCTCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCAATTCAACCTCCACACAGCCTCCAGATGAATCCTGCTCTCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCTGATCACTCAGCAGATCATTCCTGTGCTGTACTGTATGGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCCTGATCACTCAGCAGATCATTCCTGTGCTGTACTGTATGGTCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCAGGAATCCTACTCAATGGAGTGTCAGGATGGATATTCTTTTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCAGGAATCCTACTCAATGGAGTGTCAGGATGGATATTCTTTTACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAGCTCTAAGAGTTTCATCATCTATCTCAAGAACATTGTTATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAGCTCTAAGAGTTTCATCATCTATCTCAAGAACATTGTTATTGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTTGTGATGAGCCTGACTTTTCCTTTCAAGATCCTTGGTGACTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTTGTGATGAGCCTGACTTTTCCTTTCAAGATCCTTGGTGACTCAGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGTCCCTGGCAGCTGAACGTGTTTGTGTGCAGGGTCTCTGCCGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGTCCCTGGCAGCTGAACGTGTTTGTGTGCAGGGTCTCTGCCGTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCTACGTCAACATGTACGTCAGCATTGTGTTCTTTGGGCTCATCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCTACGTCAACATGTACGTCAGCATTGTGTTCTTTGGGCTCATCAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACAGATATTATAAAATTGTAAAGCCTCTTTGGACTTCTTTCATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGACAGATATTATAAAATTGTAAAGCCTCTTTGGACTTCTTTCATCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTGAGTTACAGCAAACTTCTGTCAGTGATAGTATGGATGCTCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTGAGTTACAGCAAACTTCTGTCAGTGATAGTATGGATGCTCATGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCCTTGCTGTTCCAAATATTATTCTCACCAACCAGAGTGTTAGGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCCTTGCTGTTCCAAATATTATTCTCACCAACCAGAGTGTTAGGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TACACAAATAAAATGTATAGAACTGAAAAGTGAACTGGGACGGAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TACACAAATAAAATGTATAGAACTGAAAAGTGAACTGGGACGGAAGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAAAGCATCAAACTACATCTTCGTGGCCATCTTCTGGATTGTGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAAAGCATCAAACTACATCTTCGTGGCCATCTTCTGGATTGTGTTTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTGTTAATCGTTTTCTATACTGCTATCACAAAGAAAATCTTTAAGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTGTTAATCGTTTTCTATACTGCTATCACAAAGAAAATCTTTAAGTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTTAAGTCAAGTCGGAATTCCACTTCGGTCAAAAAGAAATCTAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTTAAGTCAAGTCGGAATTCCACTTCGGTCAAAAAGAAATCTAGCCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACATATTCAGCATCGTGTTTGTGTTTTTTGTCTGTTTTGTACCTTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACATATTCAGCATCGTGTTTGTGTTTTTTGTCTGTTTTGTACCTTACCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATTGCCAGAATCCCCTACACAAAGAGTCAGACCGAAGCTCATTACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATTGCCAGAATCCCCTACACAAAGAGTCAGACCGAAGCTCATTACAGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGTCAAAAGAAATCTTGCGGTATATGAAAGAATTCACTCTGCTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGTCAAAAGAAATCTTGCGGTATATGAAAGAATTCACTCTGCTACTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGCTGCAAATGTATGCTTGGACCCTATTATTTATTTCTTTCTATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGCTGCAAATGTATGCTTGGACCCTATTATTTATTTCTTTCTATGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCGTTTAGGGAAATCTTATGTAAGAAATTGCACATTCCATTAAAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCGTTTAGGGAAATCTTATGTAAGAAATTGCACATTCCATTAAAAGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAATGACCTAGACATTTCCAGAATCAAAAGAGGAAATACAACACTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAATGACCTAGACATTTCCAGAATCAAAAGAGGAAATACAACACTTGAAA

   1000     .    :
   1001 GCACAGATACTTTG
        ||||||||||||||
 101001 GCACAGATACTTTG