# 0 Query: pF1KA0868, 1331 aa
# 1 CCDS5889.1 CNTNAP2 gene_id:26047|Hs108|chr7 (1331 aa)
# 2 CCDS46401.1 CNTNAP5 gene_id:129684|Hs108|chr2 (1306 aa)
# 3 CCDS73915.1 CNTNAP4 gene_id:85445|Hs108|chr16 (1308 aa)
# 4 CCDS6616.1 CNTNAP3 gene_id:79937|Hs108|chr9 (1288 aa)
# 5 CCDS75836.1 CNTNAP3B gene_id:728577|Hs108|chr9 (1288 aa)
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exp sw-scr id% from to
1 0 9171 100.0 1 1331
2 0 4586 50.8 25 1306
3 0 4411 48.4 6 1307
4 3.2e-217 4214 47.0 2 1287
5 1.2e-215 4174 46.9 2 1287
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0 ( 1) MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
1 ( 1) MQAAPRAGCGAALLLWIVSSCL----CRAWT--APSTSQKCDEPLVSGLPHVAFSSSSSI
2 ( 25) ...................................ATNYNCDDPLASLLSPMAFSSSSDL
3 ( 6) .........GAVLKTLLLLSTQ----NWNRV--EAGNSYDCDDPLVSALPQASFSSSSEL
4 ( 2) ...........ASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDAPLASALPRSSFSSSSEL
5 ( 2) ...........ASVAWAVLKVLLLLPTQTWSPVGAGNPPDCDSPLASALPRSSFSSSSEL
//
0 ( 55) SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
1 ( 55) SGSYSPGYAKINKRGGAGGWSPSDSDHYQWLQVDFGNRKQISAIATQGRYSSSDWVTQYR
2 ( 50) TGTHSP--AQLNWRVGTGGWSPADSNAQQWLQMDLGNRVEITAVATQGRYGSSDWVTSYS
3 ( 51) SSSHGPGFARLNRRDGAGGWSPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSNWVTSYL
4 ( 51) SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
5 ( 51) SSSHGPGFSRLNRRDGAGGWTPLVSNKYQWLQIDLGERMEVTAVATQGGYGSSDWVTSYL
//
0 ( 115) MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
1 ( 115) MLYSDTGRNWKPYHQDGNIWAFPGNINSDGVVRHELQHPIIARYVRIVPLDWNGEGRIGL
2 ( 108) LMFSDTGRNWKQYKQEDSIWTFAGNMNADSVVHHKLLHSVRARFVRFVPLEWNPSGKIGM
3 ( 111) LMFSDSGWNWKQYRQEDSIWGFSGNANADSVVYYRLQPSIKARFLRFIPLEWNPKGRIGM
4 ( 111) LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
5 ( 111) LMFSDGGRNWKQYRREESIWGFPGNTNADSVVHYRLQPPFEARFLRFLPLAWNPRGRIGM
//
0 ( 175) RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
1 ( 175) RIEVYGCSYWADVINFDGHVVLPYRFRNKKMKTLKDVIALNFKTSESEGVILHGEGQQGD
2 ( 168) RVEVYGCSYKSDVADFDGRSSLLYRFNQKLMSTLKDVISLKFKSMQGDGVLFHGEGQRGD
3 ( 171) RIEVFGCAYRSEVVDLDGKSSLLYRFDQKSLSPIKDIISLKFKTMQSDGILLHREGPNGD
4 ( 171) RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYRLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
5 ( 171) RIEVYGCAYKSEVVYFDGQSALLYTLDKKPLKPIRDVISLKFKAMQSNGILLHREGQHGN
//
0 ( 235) YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
1 ( 235) YITLELKKAKLVLSLNLGSNQLGPIYGHTSVMTGSLLDDHHWHSVVIERQGRSINLTLDR
2 ( 228) HITLELQKGRLALHLNLGDSKARLSSSLPSATLGSLLDDQHWHSVLIERVGKQVNFTVDK
3 ( 231) HITLQLRRARLFLLINSGEAKLPSTSTLVNLTLGSLLDDQHWHSVLIQRLGKQVNFTVDE
4 ( 231) HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
5 ( 231) HITLELIKGKLVFFLNSGNAKLPSTIAPVTLTLGSLLDDQHWHSVLIELLDTQVNFTVDK
//
0 ( 295) SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
1 ( 295) SMQHFRTNGEFDYLDLDYEITFGGIPFSGKPSSSSRKNFKGCMESINYNGVNITDLARRK
2 ( 288) HTQHFRTKGETDALDIDYELSFGGIPVPGKPGTFLKKNFHGCIENLYYNGVNIIDLAKRR
3 ( 291) HRHHFHARGEFNLMNLDYEISFGGIPAPGKSVSFPHRNFHGCLENLYYNGVDIIDLAKQQ
4 ( 291) HTHHFQAKGDSSYLDLNFEISFGGIPTPGRSRAFRRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
5 ( 291) HTHHFQAKGDSSNLDLNFEISFGGILSPGRSRAFTRKSFHGCLENLYYNGVDVTELAKKH
//
0 ( 355) KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVF
1 ( 355) KLEPSNVGNLSFSCVEPYTVPV-FFNAT-SYLEVPGRLNQDLFSVSFQFRTWNPNGLLVF
2 ( 348) KHQIYT-GNVTFSCSEPQIVPITFVNSSGSYLLLPGTPQIDGLSVSFQFRTWNKDGLLLS
3 ( 351) KPQIIAMGNVSFSCSQPQSMPVTFLSSR-SYLALPDFSGEEEVSATFQFRTWNKAGLLLF
4 ( 351) KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSR-SYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLF
5 ( 351) KPQILMMGNVSFSCPQPQTVPVTFLSSR-SYLALPGNSGEDKVSVTFQFRTWNRAGHLLF
//
0 ( 413) SHFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQ--IDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFA
1 ( 413) SHFADNLGNVEIDLTESKVGVHINITQTKMSQ--IDISSGSGLNDGQWHEVRFLAKENFA
2 ( 407) TELSEGSGTLLLSL---EGGI-LRLVIQKMTERVAEILTGSNLNDGLWHSVSINARRNRI
3 ( 410) SELQLISGGILLFLSDGKL--KSNLYQPGKLP--SDITAGVELNDGQWHSVSLSAKKNHL
4 ( 410) GELRRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQPGQSP--RNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHM
5 ( 410) GELQRGSGSFVLFLKDGK--LKLSLFQAGQSP--RNVTAGAGLNDGQWHSVSFSAKWSHM
//
0 ( 471) ILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQP--SFQGCMQLIQVDD
1 ( 471) ILTIDGDEASAVRTNSPLQVKTGEKYFFGGFLNQMNNSSHSVLQP--SFQGCMQLIQVDD
2 ( 463) TLTLDDEAAPPAPDSTWVQIYSGNSYYFGGCPDNLTDSQ--CLNPIKAFQGCMRLIFIDN
3 ( 466) SVAVDGQMASAAPLLGPEQIYSGGTYYFGGCPDKSFGSKCKSPLG--GFQGCMRLISISG
4 ( 466) NVVVDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLDNSSGSGCKSPLG--GFQGCLRLITIGD
5 ( 466) NVVVDDD--TAVQPLVAVLIDSGDTYYFGGCLGNSSGSGCKSPLG--GFQGCLRLITIGD
//
0 ( 529) QLVNLYEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGA
1 ( 529) QLVNLYEVAQRKPGSFANVSIDMCAIIDRCVPNHCEHGGKCSQTWDSFKCTCDETGYSGA
2 ( 521) QPKDLISVQQGSLGNFSDLHIDLCSIKDRCLPNYCEHGGSCSQSWTTFYCNCSDTSYTGA
3 ( 524) KVVDLISVQQGSLGNFSDLQIDSCGISDRCLPNYCEHGGECSQSWSTFHCNCTNTGYRGA
4 ( 522) KAVDPILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGE
5 ( 522) KAVDPILVQQGALGSFRDLQIDSCGITDRCLPSYCEHGGECSQSWDTFSCDCLGTGYTGE
//
0 ( 589) TCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQT
1 ( 589) TCHNSIYEPSCEAYKHLGQTSNYYWIDPDGSGPLGPLKVYCNMTEDKVWTIVSHDLQMQT
2 ( 581) TCHNSIYEQSCEVYRHQGNTAGFFYIDSDGSGPLGPLQVYCNITEDKIWTSVQHNNTELT
3 ( 584) TCHNSIYEQSCEAYKHRGNTSGFYYIDSDGSGPLEPFLLYCNMTET-AWTIIQHNGSDLT
4 ( 582) TCHSSLYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADAAWTVVQHGGPDAV
5 ( 582) TCHSSLYEQSCEAHKHRGNPSGLYYIDADGSGPLGPFLVYCNMTADSAWTVVRHGGPDAV
//
0 ( 649) PVVGY-NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWW
1 ( 649) PVVGY-NPEKYSVTQLVYSASMDQISAITDSAEYCEQYVSYFCKMSRLLNTPDGSPYTWW
2 ( 641) RVRGA-NPEKPYAMALDYGGSMEQLEAVIDGSEHCEQEVAYHCRRSRLLNTPDGTPFTWW
3 ( 643) RVRNT-NPENPYAGFFEYVASMEQLQATINRAEHCEQEFTYYCKKSRLVNKQDGTPLSWW
4 ( 642) TLRGAPSGHPRSAVSFAYAAGAGQLRSAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWW
5 ( 642) TLRGAPSGHPLSAVSFAYAAGAGQLRAAVNLAERCEQRLALRCGTARRPDSRDGTPLSWW
//
0 ( 708) VGKANEKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPV
1 ( 708) VGKANEKHYYWGGSGPGIQKCACGIERNCTDPKYYCNCDADYKQWRKDAGFLSYKDHLPV
2 ( 700) IGRSNERHPYWGGSPPGVQQCECGLDESCLDIQHFCNCDADKDEWTNDTGFLSFKDHLPV
3 ( 702) VGRTNETQTYWGGSSPDLQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDADRNEWTNDTGLLAYKEHLPV
4 ( 702) VGRTNETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGRNEWTSDTIVLSQKEHLPV
5 ( 702) VGRTNETHTSWGGSLPDAQKCTCGLEGNCIDSQYYCNCDAGQNEWTSDTIVLSQKEHLPV
//
0 ( 768) SQVVVGDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYF
1 ( 768) SQVVVGDTDRQGSEAKLSVGPLRCQGDRNYWNAASFPNPSSYLHFSTFQGETSADISFYF
2 ( 760) TQIVITDTDRSNSEAAWRIGPLRCYGDRRFWNAVSFYTEASYLHFPTFHAEFSADISFFF
3 ( 762) TKIVITDTGRLHSEAAYKLGPLLCQGDRSFWNSASFDTEASYLHFPTFHGELSADVSFFF
4 ( 762) TQIVMTDAGRPHSEAAYTLGPLLCRGDQSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFF
5 ( 762) TQIVMTDTGQPHSEADYTLGPLLCRGDKSFWNSASFNTETSYLHFPAFHGELTADVCFFF
//
0 ( 828) KTLTPWGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTA
1 ( 828) KTLTPWGVFLENMGKEDFIKLELKSATEVSFSFDVGNGPVEIVVRSPTPLNDDQWHRVTA
2 ( 820) KTTALSGVFLENLGIKDFIRLEISSPSEITFAIDVGNGPVELVVQSPSLLNDNQWHYVRA
3 ( 822) KTTASSGVFLENLGIADFIRIELRSPTVVTFSFDVGNGPFEISVQSPTHFNDNQWHHVRV
4 ( 822) KTTVSSGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRA
5 ( 822) KTTVSSGVFMENLGITDFIRIELRAPTEVTFSFDVGNGPCEVTVQSPTPFNDNQWHHVRA
//
0 ( 888) ERNVKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGG-QQGFLGCIRSLRMNGV
1 ( 888) ERNVKQASLQVDRLPQQIRKAPTEGHTRLELYSQLFVGG-AGG-QQGFLGCIRSLRMNGV
2 ( 880) ERNLKETSLQVDNLPRSTRETSEEGHFRLQLNSQLFVGG-TSSRQKGFLGCIRSLHLNGQ
3 ( 882) ERNMKEASLQVDQLTPKTQPAPADGHVLLQLNSQLFVGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGM
4 ( 882) ERNVKGASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGV
5 ( 882) ERNVKGASLQVDQLPQKMQPAPADGHVRLQLNSQLFIGGTATR-QRGFLGCIRSLQLNGV
//
0 ( 946) TLDLEERAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDV
1 ( 946) TLDLEERAKVTSGFISGCSGHCTSYGTNCENGGKCLERYHGYSCDCSNTAYDGTFCNKDV
2 ( 939) KMDLEERAKVTSGVRPGCPGHCSSYGSICHNGGKCVEKHNGYLCDCTNSPYEGPFCKKEV
3 ( 941) TLDLEERAQVTPEVQPGCRGHCSSYGKLCRNGGKCRERPIGFFCDCTFSAYTGPFCSNEI
4 ( 941) ALDLEERATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEI
5 ( 941) ALDLEERATVTPGVEPGCAGHCSTYGHLCRNGGRCREKRRGVTCDCAFSAYDGPFCSNEI
//
0 ( 1006) GAFFEEGMWLRYNFQAP---ATNARDSSSRV--DNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTT
1 ( 1006) GAFFEEGMWLRYNFQAP---ATNARDSSSRV--DNAPDQQNSHPD--LAQEEIRFSFSTT
2 ( 999) SAVFEAGTSVTYMFQEPYPVTKNISLSSSAIYTDSAPSKEN-----------IALSFVTT
3 ( 1001) SAYFGSGSSVIYNFQEN---YLLSKNSSSHA--------ASFHGDMKLSREMIKFSFRTT
4 ( 1001) SAYFATGSSMTYHFQEH---YTLSENSSSLV--SSL------HRDVTLTREMITLSFRTT
5 ( 1001) SAYFATGSSMTYHFQEH---YTLSENSSSLV--SSL------HRDVTLTREMITLSFRTT
//
0 ( 1059) KAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNIT
1 ( 1059) KAPCILLYISSFTTDFLAVLVKPTGSLQIRYNLGGTREPYNIDVDHRNMANGQPHSVNIT
2 ( 1048) QAPSLLLFINSSSQDFVVVLLCKNGSLQVRYHLN-KEETHVFTIDADNFANRRMHHLKIN
3 ( 1050) RTPSLLLFVSSFYKEYLSVIIAKNGSLQIRYKLNKYQEPDVVNFDFKNMADGQLHHIMIN
4 ( 1050) RTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKIN
5 ( 1050) RTPSLLLYVSSFYEEYLSVILANNGSLQIRYKLDRHQNPDAFTFDFKNMADGQLHQVKIN
//
0 ( 1119) RHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGC
1 ( 1119) RHEKTIFLKLDHYPSVSYHLPSSSDTLFNSPKSLFLGKVIETGKIDQEIHKYNTPGFTGC
2 ( 1107) REGRELTIQMDQQLRLSYNF--SPEVEFRVIRSLTLGKVTENLGLDSEVAKANAMGFAGC
3 ( 1110) REEGVVFIEIDDNRRRQVHL--SSGTEFSAVKSLVLGRILEHSDVDQDTALAGAQGFTGC
4 ( 1110) REEAVVMVEVNQ--STKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGC
5 ( 1110) REEAVVMVEVNQ--SAKKQVILSSGTEFNAVKSLILGKVLEAAGADPDTRRAATSGFTGC
//
0 ( 1179) LSRVQFNQIAPLKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLD
1 ( 1179) LSRVQFNQIAPLKAALRQTNASAHVHIQGELVE-SNCGASPLTLSPMSSATDPWHLDHLD
2 ( 1165) MSSVQYNHIAPLKAALRHATV-APVTVHGTLTE-SSCGF--MVDSDVNAVTT------VH
3 ( 1168) LSAVQLSHVAPLKAALHPSHPDP-VTVTGHVTE-SSCMAQPGTDATSRERTHSFA-DH--
4 ( 1168) LSAVRFGRAAPLKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSPARELAPRLAGGAGR
5 ( 1168) LSAVRFGCAAPLKAALRPSGPS-RVTVRGHVAPMARCAAGAASGSP-ARELAP-RLA--G
//
0 ( 1238) SASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNE
1 ( 1238) SASADFPYNPGQGQAIRNGVNRNSAIIGGVIAVVIFTILCTLVFLIRYMFRHKGTYHTNE
2 ( 1215) SSSDPFG-KTDEREPLTNAVRSDSAVIGGVIAVVIFIIFCIIGIMTRFLYQHKQSHRTSQ
3 ( 1223) SGTID-DREP-----LANAIKSDSAVIGGLIAVVIFILLCITAIAVR-IYQQKRLYKRSE
4 ( 1227) SGPAD------EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVVIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENE
5 ( 1223) GAGRSGPVD--EGEPLVNADRRDSAVIGGVIAVEIFILLCITAIAIR-IYQQRKLRKENE
//
0 ( 1298) AKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI
1 ( 1298) AKGAESAESADAAIMNNDPNFTETIDESKKEWLI
2 ( 1274) MKEKEYPENLDSSF-RNEIDLQNTVSECKREYFI
3 ( 1276) AKRSENVDSAEA-VLKSELNIQNAVNENQKEYF.
4 ( 1280) SKVSKKEE..........................
5 ( 1280) SKVSKKEE..........................
//