# 0 Query: pF1KE2770, 1218 aa
# 1 CCDS54775.1 AFF1 gene_id:4299|Hs109|chr4 (1218 aa)
# 2 CCDS3616.1 AFF1 gene_id:4299|Hs109|chr4 (1210 aa)
# 3 CCDS4164.1 AFF4 gene_id:27125|Hs109|chr5 (1163 aa)
# 4 CCDS33258.1 AFF3 gene_id:3899|Hs109|chr2 (1251 aa)
# 5 CCDS42723.1 AFF3 gene_id:3899|Hs109|chr2 (1226 aa)
//
exp sw-scr id% from to
1 4.6e-193 8104 100.0 1 1218
2 8.7e-191 8011 99.8 5 1210
3 2.3e-33 2476 39.7 4 1160
4 6.7e-27 1945 35.0 43 1245
5 8.8e-27 1940 35.0 19 1220
//
0 ( 1) MAFTERVNSSGNSLYNDDRNLLRIREKERRNQEAHQEKEAFPEKIPLFGEPYK-TAKGDE
1 ( 1) MAFTERVNSSGNSLYNDDRNLLRIREKERRNQEAHQEKEAFPEKIPLFGEPYK-TAKGDE
2 ( 5) ...........SSLYNDDRNLLRIREKERRNQEAHQEKEAFPEKIPLFGEPYK-TAKGDE
3 ( 4) ................EDRNVLRMKERERRNQEIQQGEDAFPPSSPLFAEPYKVTSKEDK
4 ( 43) ............SVYEPDRNALRRKERERRNQETQQDDGTFNSSYSLFSEPYK-TNKGDE
5 ( 19) .............VYEPDRNALRRKERERRNQETQQDDGTFNSSYSLFSEPYK-TNKGDE
//
0 ( 60) LSSRIQNMLGNYEEVKEFLSTKSHTHRLDASENRLGKPKYPLIPDKGSSIPS--SSFHTS
1 ( 60) LSSRIQNMLGNYEEVKEFLSTKSHTHRLDASENRLGKPKYPLIPDKGSSIPS--SSFHTS
2 ( 53) LSSRIQNMLGNYEEVKEFLSTKSHTHRLDASENRLGKPKYPLIPDKGSSIPS--SSFHTS
3 ( 48) LSSRIQSMLGNYDEMKDFIGDRS-IPKLVA----IPKPTVPPSADEKSN-PNFFEQRHGG
4 ( 90) LSNRIQNTLGNYDEMKDFLTDRSNQSHL------VGVPK-PGVP----------------
5 ( 65) LSNRIQNTLGNYDEMKDFLTDRSNQSHL------VGVPK-PGVP----------------
//
0 ( 118) VHHQSIHTPASGPLSVGNISHNPKMAQPRTEPMPS-LH------AKSCGPPDSQHLTQDR
1 ( 118) VHHQSIHTPASGPLSVGNISHNPKMAQPRTEPMPS-LH------AKSCGPPDSQHLTQDR
2 ( 111) VHHQSIHTPASGPLSVGNISHNPKMAQPRTEPMPS-LH------AKSCGPPDSQHLTQDR
3 ( 102) SHQSSKWTPV-GP------APSTSQSQKRSSGLQS-GHSSQRTSAGSSSGTNSSGQRHDR
4 ( 127) ------QTP------VNKIDEHF-VADSRAQNQPSSIC------STTTSTPAAVPVQQSK
5 ( 102) ------QTP------VNKIDEHF-VADSRAQNQPSSIC------STTTSTPAAVPVQQSK
//
0 ( 171) LGQEGFGSSHHKKGDRRADGDHCASVTDSAPERELSPLISLPSP-VPPLSPIHSNQQTLP
1 ( 171) LGQEGFGSSHHKKGDRRADGDHCASVTDSAPERELSPLISLPSP-VPPLSPIHSNQQTLP
2 ( 164) LGQEGFGSSHHKKGDRRADGDHCASVTDSAPERELSPLISLPSP-VPPLSPIHSNQQTLP
3 ( 154) ESYNNSGSSSRKKGQH---GSEHSKSRSSSPGK--------PQA-VSSLNSSHS------
4 ( 168) RGTMGW----QKAGHPPSDGQQRATQQGSL-RTLLGDGVGRQQPRAKQVCNVEVGLQTQE
5 ( 143) RGTMGW----QKAGHPPSDGQQRATQQGSL-RTLLGDGVGRQQPRAKQVCNVEVGLQTQE
//
0 ( 230) RTQGSSKVHGSSNNSKGYCPAKSPKDLAVKVHDKETPQDSLVAPAQPPSQTFPPPSLPSK
1 ( 230) RTQGSSKVHGSSNNSKGYCPAKSPKDLAVKVHDKETPQDSLVAPAQPPSQTFPPPSLPSK
2 ( 223) RTQGSSKVHGSSNNSKGYCPAKSPKDLAVKVHDKETPQDSLVAPAQPPSQTFPPPSLPSK
3 ( 196) ------RSHGNDHHSKEHQRSKSPRDPDA---NWDSPSRVPFSSGQHSTQSFPP-SLMSK
4 ( 223) RPPAMAAKHSSS----GHC-----------------------------VQNFPP-SLASK
5 ( 198) RPPAMAAKHSSS----GHC-----------------------------VQNFPP-SLASK
//
0 ( 290) SVAMQQKPTAYVRPMDGQDQAPSESPELKPLPE------DYRQQTFEK--TDLKVPAKAK
1 ( 290) SVAMQQKPTAYVRPMDGQDQAPSESPELKPLPE------DYRQQTFEK--TDLKVPAKAK
2 ( 283) SVAMQQKPTAYVRPMDGQDQAPSESPELKPLPE------DYRQQTFEK--TDLKVPAKAK
3 ( 246) SNSMLQKPTAYVRPMDGQE---SMEPKLS--SE------HYSSQSHGNSMTELKPSSKAH
4 ( 249) PSLVQQKPTAYVRPMDGQDQAPDESPKLKSSSETSVHCTSYRGVPASK--PE-PARAKAK
5 ( 224) PSLVQQKPTAYVRPMDGQDQAPDESPKLKSSSETSVHCTSYRGVPASK--PE-PARAKAK
//
0 ( 342) LTKLKMPSQSVEQTYSNEVH-CVEEILKEMTHSWPPPLTAIHTPSTAEPSKFPFPTKDSQ
1 ( 342) LTKLKMPSQSVEQTYSNEVH-CVEEILKEMTHSWPPPLTAIHTPSTAEPSKFPFPTKDSQ
2 ( 335) LTKLKMPSQSVEQTYSNEVH-CVEEILKEMTHSWPPPLTAIHTPSTAEPSKFPFPTKDSQ
3 ( 295) LTKLKIPSQPLDASASGDVS-CVDEILKEMTHSWPPPLTAIHTPCKTEPSKFPFPTKESQ
4 ( 306) LSKFSIPKQG-EESRSGETNSCVEEIIREMT--WLPPLSAIQAPGKVEPTKFPFPNKDSQ
5 ( 281) LSKFSIPKQG-EESRSGETNSCVEEIIREMT--WLPPLSAIQAPGKVEPTKFPFPNKDSQ
//
0 ( 401) HVSSVTQNQKQYDTSSKTHSNSQQGTSSMLEDDLQLSDSEDSDSEQT-----PEKPP---
1 ( 401) HVSSVTQNQKQYDTSSKTHSNSQQGTSSMLEDDLQLSDSEDSDSEQT-----PEKPP---
2 ( 394) HVSSVTQNQKQYDTSSKTHSNSQQGTSSMLEDDLQLSDSEDSDSEQT-----PEKPP---
3 ( 354) QSNFGTGEQKRYNPS-KT-SNGHQ-SKSMLKDDLKLSSSEDSDGEQDCDKTMPRSTP---
4 ( 363) LVSSGHNNPKKGDAEPESPDNGTSNTS-MLEDDLKLSSDEEENEQQA-----AQRTALRA
5 ( 338) LVSSGHNNPKKGDAEPESPDNGTSNTS-MLEDDLKLSSDEEENEQQA-----AQRTALRA
//
0 ( 453) -SSSA---PPSAPQSLPEPVASAHSSSA-ESESTSDSDSSS--DSESESSSSDSEENEPL
1 ( 453) -SSSA---PPSAPQSLPEPVASAHSSSA-ESESTSDSDSSS--DSESESSSSDSEENEPL
2 ( 446) -SSSA---PPSAPQSLPEPVASAHSSSA-ESESTSDSDSSS--DSESESSSSDSEENEPL
3 ( 408) -GSNS---EPSHHNS--EGADNSRDDSS--SHSGSESSSGS--DSESESSSSDSEANEPS
4 ( 417) LSDSAVVQQPNCRTSVPSSKGSSSSSSSGSSSSSSDSESSSGSDSETESSSSESEGSKPP
5 ( 392) LSDSAVVQQPNCRTSVPSSKGSSSSSSSGSSSSSSDSESSSGSDSETESSSSESEGSKPP
//
0 ( 506) ETPAPEPEPPTTNKWQLDNWLTKVSQPAAPP-------EGPRSTE---PPRRHPESKGS-
1 ( 506) ETPAPEPEPPTTNKWQLDNWLTKVSQPAAPP-------EGPRSTE---PPRRHPESKGS-
2 ( 499) ETPAPEPEPPTTNKWQLDNWLTKVSQPAAPP-------EGPRSTE---PPRRHPESKGS-
3 ( 458) QSASPEPEPPPTNKWQLDNWLNKVNPHKVSP-------ASSVDSN---IPSSQGYKKEG-
4 ( 477) HFSSPEAEPASSNKWQLDKWLNKVN-PHKPPILIQNESHGSESNQYYNPVKEDVQDCGKV
5 ( 452) HFSSPEAEPASSNKWQLDKWLNKVN-PHKPPILIQNESHGSESNQYYNPVKEDVQDCGKV
//
0 ( 555) ----SDSATSQE-HSESKDPP-PKSSSKAP-------RAPPEA--------PHPGK---R
1 ( 555) ----SDSATSQE-HSESKDPP-PKSSSKAP-------RAPPEA--------PHPGK---R
2 ( 548) ----SDSATSQE-HSESKDPP-PKSSSKAP-------RAPPEA--------PHPGK---R
3 ( 507) ----REQGTGNS-YTDTSGPK--ETSSATP-------GRDSKT--------IQKGSESGR
4 ( 536) PDVCQPSLREKEIKSTCKEEQRPRTANKAPGSKGVKQKSPPAAVAVAVSAAAPPPA---V
5 ( 511) PDVCQPSLREKEIKSTCKEEQRPRTANKAPGSKGVKQKSPPAAVAVAVSAAAPPPA---V
//
0 ( 591) SCQKSPAQQEP-P-QRQTVGTKQPKKPVKASAR--AGSRTSLQGEREPGLLP-YGSRDQT
1 ( 591) SCQKSPAQQEP-P-QRQTVGTKQPKKPVKASAR--AGSRTSLQGEREPGLLP-YGSRDQT
2 ( 584) SCQKSPAQQEP-P-QRQTVGTKQPKKPVKASAR--AGSRTSLQGEREPGLLP-YGSRDQT
3 ( 545) GRQKSPAQSDS-TTQRRTVGKKQPKKAEKAAAE--E-PRGGLKIESET---P-VDLASSM
4 ( 593) PC--APAENAPAP-ARRSAG----KKPTRRTERTSAGDGANCHRPEEPAAADALGTSVVV
5 ( 568) PC--APAENAPAP-ARRSAG----KKPTRRTERTSAGDGANCHRPEEPAAADALGTSVVV
//
0 ( 646) SKDKPKVKTKGRPRAAASNEPKPAVPPSSEKKKHKSSLPAPSKAL-----SGPEPAKDNV
1 ( 646) SKDKPKVKTKGRPRAAASNEPKPAVPPSSEKKKHKSSLPAPSKAL-----SGPEPAKDNV
2 ( 639) SKDKPKVKTKGRPRAAASNEPKPAVPPSSEKKKHKSSLPAPSKAL-----SGPEPAKDNV
3 ( 597) PSSRHKAATKGSRKPNIKKESKSSPRPTAEKKKYKSTSKSSQKSR-----EIIET--DTS
4 ( 646) PPEPTKTRPCGNNRASHRKELRSSVTCEKRRTRGLSRIVPKSKEFIETESSSSSSSSDSD
5 ( 621) PPEPTKTRPCGNNRASHRKELRSSVTCEKRRTRGLSRIVPKSKEFIETESSSSSSSSDSD
//
0 ( 701) EDRTPEHFAL-----VPLTESQG--------PPHSGSGSRTS-GCRQAV----VVQEDSR
1 ( 701) EDRTPEHFAL-----VPLTESQG--------PPHSGSGSRTS-GCRQAV----VVQEDSR
2 ( 694) EDRTPEHFAL-----VPLTESQG--------PPHSGSGSRTS-GCRQAV----VVQEDSR
3 ( 650) SSDSDESESL-----PPSSQTPK--------YPES---NRTP--VKPSS----VEEEDSF
4 ( 706) LESEQEEYPLSKAQTVAASASSGNDQRLKEAAANGGSGPRAPVGSINARTTSDIAKELEE
5 ( 681) LESEQEEYPLSKAQTVAASASSGNDQRLKEAAANGGSGPRAPVGSINARTTSDIAKELEE
//
0 ( 743) -KDRLPLPLRDTKLLSPLRDTPPPQSLMVKITLDLLSRIP----QPPGKGSRQ-RKAEDK
1 ( 743) -KDRLPLPLRDTKLLSPLRDTPPPQSLMVKITLDLLSRIP----QPPGKGSRQ-RKAEDK
2 ( 736) -KDRLPLPLRDTKLLSPLRDTPPPQSLMVKITLDLLSRIP----QPPGKGSRQ-RKAEDK
3 ( 688) FRQRMFSPMEEKELLSPLSEPDDRYPLIVKIDLNLLTRIP----GKPYKETEP-PKGEKK
4 ( 766) -QFYTLVPFGRNELLSPLKDSDEIRSLWVKIDLTLLSRIPEHLPQEPGVLSAPATKDSES
5 ( 741) -QFYTLVPFGRNELLSPLKDSDEIRSLWVKIDLTLLSRIPEHLPQEPGVLSAPATKDSES
//
0 ( 797) QPPAGKKHSSEKRSSDSSSKLAKKRKGEAERDC-DNKKIRLEKEIKSQSSSSSSS-----
1 ( 797) QPPAGKKHSSEKRSSDSSSKLAKKRKGEAERDC-DNKKIRLEKEIKSQSSSSSSS-----
2 ( 790) QPPAGKKHSSEKRSSDSSSKLAKKRKGEAERDC-DNKKIRLEKEIKSQSSSSSSS-----
3 ( 743) NVP--EKHTREAQKQ-ASEKVSNKGK-RKHKNE-DDNRASESKKPKTEDKNSAG------
4 ( 825) APPS---HTSDTPAEKALPKSKRKRKCDNEDDYREIKKSQGEKDSSSRLATSTSNTLSAN
5 ( 800) APPS---HTSDTPAEKALPKSKRKRKCDNEDDYREIKKSQGEKDSSSRLATSTSNTLSAN
//
0 ( 851) HKESSKTKPSRPSSQSSKKEMLPPP--PVSSSSQ-KPAKPALKRSRREADTCGQDPPKSA
1 ( 851) HKESSKTKPSRPSSQSSKKEMLPPP--PVSSSSQ-KPAKPALKRSRREADTCGQDPPKSA
2 ( 844) HKESSKTKPSRPSSQSSKKEMLPPP--PVSSSSQ-KPAKPALKRSRREADTCGQDPPKSA
3 ( 792) HKPSSNRESSKQSA-AKEKDLLPSPAGPVPSKDP-KTEHGSRKRTISQSSSLKSSSNSNK
4 ( 882) HCNMNINSVAIPINKNEKMLRSPIS--PLSDASKHKYTSEDLTSSSRPN---GNSLFTSA
5 ( 857) HCNMNINSVAIPINKNEKMLRSPIS--PLSDASKHKYTSEDLTSSSRPN---GNSLFTSA
//
0 ( 908) SSTKSNHKDSSIPKQRRVEGKGSRSSSEHKGSSGDTANPFPVPSLPN-GNSKPGKPQVKF
1 ( 908) SSTKSNHKDSSIPKQRRVEGKGSRSSSEHKGSSGDTANPFPVPSLPN-GNSKPGKPQVKF
2 ( 901) SSTKSNHKDSSIPKQRRVEGKGSRSSSEHKGSSGDTANPFPVPSLPN-GNSKPGKPQVKF
3 ( 850) ETSGSSKNSSSTSKQKKTEGKTSSSSKEVKEKAPSSSSNCP-PSAPTLDSSKPRRTKLVF
4 ( 937) SSSKKPKADSQLQPHGGDLTKAAHNNSENIPLHKSRPQTKPWSPGSN-GHRDCKRQKLVF
5 ( 912) SSSKKPKADSQLQPHGGDLTKAAHNNSENIPLHKSRPQTKPWSPGSN-GHRDCKRQKLVF
//
0 ( 967) DK--QQ--ADLHMREAKKMKQKAELMTDRVGKAFKYLEAVLSFIECGIATESESQSSKSA
1 ( 967) DK--QQ--ADLHMREAKKMKQKAELMTDRVGKAFKYLEAVLSFIECGIATESESQSSKSA
2 ( 960) DK--QQ--ADLHMREAKKMKQKAELMTDRVGKAFKYLEAVLSFIECGIATESESQSSKSA
3 ( 909) DD--RNYSADHYLQEAKKLKHNADALSDRFEKAVYYLDAVVSFIECGNALEKNAQESKSP
4 ( 996) DDMPRS--ADYFMQEAKRMKHKADAMVEKFGKALNYAEAALSFIECGNAMEQGPMESKSP
5 ( 971) DDMPRS--ADYFMQEAKRMKHKADAMVEKFGKALNYAEAALSFIECGNAMEQGPMESKSP
//
0 ( 1023) YSVYSETVDLIKFIMSLKSFSDATAPTQEKIFAVLCMRCQSILNMAMFRCKKDIAIKYSR
1 ( 1023) YSVYSETVDLIKFIMSLKSFSDATAPTQEKIFAVLCMRCQSILNMAMFRCKKDIAIKYSR
2 ( 1016) YSVYSETVDLIKFIMSLKSFSDATAPTQEKIFAVLCMRCQSILNMAMFRCKKDIAIKYSR
3 ( 967) FPMYSETVDLIKYTMKLKNYLAPDATAADKRLTVLCLRCESLLYLRLFKLKKENALKYSK
4 ( 1054) YTMYSETVELIRYAMRLKTHSGPNATPEDKQLAALCYRCLALLYWRMFRLKRDHAVKYSK
5 ( 1029) YTMYSETVELIRYAMRLKTHSGPNATPEDKQLAALCYRCLALLYWRMFRLKRDHAVKYSK
//
0 ( 1083) TLNKHFESSSKVAQAPSPCI-A--RSTGTPSPLSPMPSPASSVGSQSSAGSVGSSGVAAT
1 ( 1083) TLNKHFESSSKVAQAPSPCI-A--RSTGTPSPLSPMPSPASSVGSQSSAGSVGSSGVAAT
2 ( 1076) TLNKHFESSSKVAQAPSPCI-A---STGTPSPLSPMPSPASSVGSQSSAGSVGSSGVAAT
3 ( 1027) TLTEHLKNSYNNSQAPSPGLGS--KAVGMPSPVSPKLSPGNSGNYSSGASSASASGSSVT
4 ( 1114) ALIDYFKNSSKAAQAPSPWG-ASGKSTGTPSPMSPNPSPASSVGSQGSLSNASALSPSTI
5 ( 1089) ALIDYFKNSSKAAQAPSPWG-ASGKSTGTPSPMSPNPSPASSVGSQGSLSNASALSPSTI
//
0 ( 1140) ISTPVTIQNMTSSYVTITSHVLTAFDLWEQAEALTRKNKEFFARLSTNVCTLALNSSLV-
1 ( 1140) ISTPVTIQNMTSSYVTITSHVLTAFDLWEQAEALTRKNKEFFARLSTNVCTLALNSSLV-
2 ( 1132) ISTPVTIQNMTSSYVTITSHVLTAFDLWEQAEALTRKNKEFFARLSTNVCTLALNSSLV-
3 ( 1085) I--PQKIHQMAASYVQVTSNFLYATEIWDQAEQLSKEQKEFFAELDKVMGPLIFNASIMT
4 ( 1173) VSIPQRIHQMAANHVSITNSILHSYDYWEMADNLAKENREFFNDLDLLMGPVTLHSSME-
5 ( 1148) VSIPQRIHQMAANHVSITNSILHSYDYWEMADNLAKENREFFNDLDLLMGPVTLHSSME-
//
0 ( 1199) DLVHYTRQGFQQLQELTKTP
1 ( 1199) DLVHYTRQGFQQLQELTKTP
2 ( 1191) DLVHYTRQGFQQLQELTKTP
3 ( 1143) DLVRYTRQGLHWLRQDAK..
4 ( 1232) HLVQYSQQGLHWLR......
5 ( 1207) HLVQYSQQGLHWLR......
//
