Manual PowerGet PowerMatch DataPreparation

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データの準備

PowerMatchでの解析には、PowerFTでステップ４：Peak Assigmentまで解析したデータを使用します。

PowerFTで解析したデータファイルは、以下のようなフォルダ構成になっています。

  /ホームディレクトリ
      |- SAMPLE01_(FTMS_+_c_ESI_Full_ms_[100.00-1500.00]).txt （フルマススキャンデータの例）
      |- SAMPLE01_(ITMS_+_c_ESI_d_Full_ms2).txt               （MS/MSスキャンデータの例）
      |-/Analysis
            |-/ NewAnalysis            ※                     （解析フォルダの例）
            |       |- _files
            |       |- _setting.txt
            |       |- ...
            |
            |-/ Analysis2              ※                     （複数の解析フォルダを作成した場合の例）

図１　PowerFTホームディレクトリとPowerFT解析フォルダの構成

　

PowerMatchでは、解析するPowerFTデータを設定する際に、上記※で示した解析フォルダを指定します。

データのバックアップ

PowerMatchでは、PowerFTの解析フォルダを直接利用して解析を行うことができます。ただし、PowerFTデータのアノテーション情報を編集するなど、PowerMatch上でPowerFTに変更を加えた場合、解析フォルダ中のデータが直接上書きされてしまいます。

通常はこれで問題がありませんが、ごく稀に、もとのデータが書き換わったことによって、PowerMatchからもPowerFTからも、解析データが開けない状況になる例が報告されています。このような状況を防ぐために、PowerMatchで解析を始める際は、必ずPowerFTデータのバックアップ（コピー）を作成し、PowerMatchで使用するものとは別に保管してください。

またPowerMatchの解析中でも、できるだけ定期的に、PowerMatchとPowerFT双方のホームディレクトリをバックアップすることをお勧めします。

サンプルセットの作成

PowerGetを起動した後、PowerMatchボタンを押すと、PowerMatchのメイン画面が表示されます。

FileメニューからNew Sample Set...を選択します。

ディレクトリを選択するダイアログが表示されるので、適当なディレクトリを選択した後開くボタンを押します。このディレクトリが、PowerMatchのホームディレクトリとなります。

右図のようなSample Settingウィンドウが現れます。

Title欄（必須）に、適当なセット名を記入します。（Descriptionは空欄で構いません。）

その後以下の要領で、ひとつずつPowerFT解析データを登録してゆきます。

１）Analysis Dir欄のフォルダアイコンをクリックして、PowerFT解析ディレクトリ（上述の※）を選択します。

２）Title Label欄に、このデータにつける名前を入力します。この名前は、解析テーブルの列名や、出力データのファイル名などとしても使用されるので、比較するデータを判別しやすい名前にしてください。

３）MS/MS Group Index欄に、「0」を記入します。

４） Addボタンを押します。

上記の操作を行うと、Samples欄の各行に、使いしたデータが表示されます。

１）～４）の要領で必要なデータを追加してください。

データの追加が終わったら、OKボタンを押してウィンドウを閉じます。メイン画面にサンプルセットの情報が表示されます。

指定するPowerFT解析ディレクトリについて

PowerFT解析ディレクトリはPowerFTのホームディレクトリの配下にあります（図１）。 通常PowerMatchのサンプルセットを作成する際は、PowerFTのホームディレクトリごとバックアップ（コピー）をとって、その中の解析ディレクトリを指定します。

一方、下記の機能制限はありますが、PowerFTホームディレクトリのコピーは作らず、PowerFTの解析ディレクトリだけコピーを作り、それを使用することも可能です。

Powerホームディレクトリには、PowerFTで解析したマスクロマトグラムの巨大なデータが存在するため（図１）、多数のサンプルをアラインメントする場合には、比較的容量の少ない解析ディレクトリだけをコピーした方が、扱いやすいかも知れません。

機能制限

PowerMatchにはPowerFTで検出したピークの周辺のマスクロマトグラムを表示する機能があります。PowerFT解析ディレクトリがPowerFTホームディレクトリの配下に存在しない場合、この機能が無効になります。

サンプルセットの再編集

Sample Setが選択された状態で、EditメニューSample Settings...を選択すると、Sample Settingウィンドウが開きます。途中でサンプルデータを追加したい場合などは、必要に応じて以下のように編集を行ってください。

サンプルデータの追加

サンプルセットを新規に作成したときと同様に、PowerFT解析ディレクトリの選択、ラベルの記入、MS/MS Group Indexに0を記入し、Addボタンを押してください。

既存サンプルデータの編集

１）編集したいサンプルデータの行を選択し、PowerFT解析ディレクトリの選択や、ラベル等を変更します。

２）Updateボタンを押して確定します。

Updateボタンを押さないと、編集内容が保存されませんので、ご注意ください。

既存サンプルデータの編集

１）編集したいサンプルデータの行を選択します。

２）Deleteボタンを押します。

その他

アラインメントに使用しないデータ

サンプルセットには登録したけれども、アラインメントに使用しないサンプルデータは、Samples欄のValidの列をクリックしてチェックを外すことにより、その後のアラインメントから一時的に除外することができます。

MS/MS Group Indexについて

PowerMatchではピークのアラインメントを行う際、MS/MSのフラグメントパターンが一致してるかどうかを考慮することができます。この評価は、MS/MS Group Indexに同一の数字が記入されているサンプルデータ間で行われます。

たとえば、ポジティブモードで取得したデータ群とネガティブモードで取得したデータ群では、MS/MSのパターンも異なってくる可能性があります。このような場合、ポジティブモードのデータには0、ネガティブモードのデータには1を設定することで、ポジティブとネガティブの間でのMS/MSパターンの一致は評価せず、ポジティブデータ内、ネガティブデータ内だけでそれぞれ評価が行われます。

MS/MS Group Indexを変更するには、以下のいずれかの操作を行ってください。

• 個々のデータ行を選択してMS/MS Group Index欄に数値を記入し、Updateボタンを押す。

あるいは、

• Ctrlボタンを押しながらSamples欄の複数の行を選択し、Set MS/MS Group Index for selected samples as:の欄に数値を入力した後、Setボタンを押す。