Manual PowerGet PowerFT Menu Main
メニューの詳細 - メイン画面
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File
Open Home Directory
解析データがあるトップ階層のフォルダ（ホームディレクトリ）を選択して、新たな解析をスタートしたり、既存の解析データを開きます。
Exit
PowerFTを終了します。
Recently Opened Directory
最近使ったホームディレクトリを選択できます。
Analysis
PowerFTの解析の中心となる機能が、順番に沿って並べてられています。
MS Correction by IS
ポストカラムインジェクションにより導入された内部標準（IS）のピークを用いて、スキャンポイントごとにm/zの補正を行います。補正の必要がないデータは、この処理をする必要はありません。
ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。
MSMS Preparation
Full MSファイルとMS/MSファイルを用いて、親イオンと娘イオンとの対応関係のデータを作成します。MS/MSファイルが存在しないデータでは実行する必要はありません。
ここで作成したデータは、Peak Assignment機能で使用します。
Full MSファイルとして、必ず内標補正をしていないファイルを使用してください。
Peak Detection
独自のピーク形状評価アルゴリズムを用いてピークを検出します。
Full MSファイルとして、必ず内標補正をしていないファイルを使用してください。
Peak Selection
ピークの形状や強度をもとに、有効ピークを選別します。
Peak Characterization
溶出時間が近くピーク形状が似ているピークを探し、デコンボリューションを行います。その後、13Cアイソトープピークの検出、イオン付加体の推定、多価体ピークやゴーストピークの推定などを行います。
Peak Assignment
全ピークについて、精密質量の算出、13C/12C比の算出、代表MS/MSデータの付加を行います。また、全ピークに対し、組成式演算やデータベース検索を行いながら、ピークのアノテーション作業を行うことができます。
TIPS 繰り返し分析やコントロールとの比較データが存在する場合は、ここで単独の分析データごとにアノテーションをするよりも、PowerMatchでアラインメントをした後にアノテーションすることをお勧めします。ピークの再現性などをみることで、どのピークに注目したら良いかがわかりやすく、作業がしやすいためです。
Setting
13Cアイソトープピークやイオン付加体の種類を判別するための設定を行います。
注意！ このSettingメニューで設定した内容は、新規解析データに使用されるデフォルトの設定として、PowerGet起動ファイルと同フォルダにある「config」フォルダ中の「ionizationMode.ini」に保存されます。 PowerFTで解析を開始すると、このデフォルト設定ファイルが、それぞれの解析ホームディレクトリ中にコピーされ、その解析独自の設定として使用されます。特定の解析データに対してだけ設定値を変更したい場合は、このSettingメニューからではなく、Peak Characterizationのステップでの設定画面から編集するようにしてください。また、一度設定値を用いてキャラクター付けを行った後には、設定値の変更は行わないようにしてください。設定変更した場合は、Peak Characterizationからやり直す必要があります。
Ionization Modes
イオン付加体の種類とその質量値を設定します。データベース検索に使用するマス値（Search mass, 正味のマス値）が、検出されたマス値からどのように算出されるかを定義します。
例えば[M + H]+イオンの場合、正味のマス値は検出されたm/zよりもHが一つ少なく、e（電子）が一つ多いものとして定義します。また右の図では[M + NH4]+の例を示しています。
設定を変更した場合は、必ずSaveボタンを押してください。また、この設定を用いてAdduct Ionsの設定を行う場合は、PowerFTを再起動してください。
Adduct Ions
13Cアイソトープピークの検出やイオン付加体の推定は、溶出時間が近くピーク形状が似ているピーク間での、m/zの差分から判断されます。この設定画面では、そのm/zの差分値と判断条件を設定します。
Detection conditions（判断条件）の欄では、ピーク強度やm/zの大小で、親（Base）となるピークと、子（Target）となるピークが一意に決まる条件を設定します。
Definition of the ionization modes（イオン化モードの定義）の欄では、BaseとTargetそれぞれで、そのイオン化モード（イオン付加体の種類）を設定します。 As Defaultは、Peak Assignmentの行程で設定するデフォルトのイオン化モードを指します。また、Never Searchは現在意味を持たず、As Defaultと同じ動作となります。
設定の変更を行った場合は必ずSaveボタンを押して設定を確定してください。またこの設定を用いて解析を行う際は、必ずPowerFTを再起動してください。
Tool
分析するデータファイルの前処理や、単独で使えるデータ閲覧ツール、計算ツールなどが収められています。
File Converter
ReAdWツールを使って、Xcaliburの.rawファイルから変換された.mzXML形式のファイルがあれば、これをPowerFT入力用のテキストファイルに変換することができます。
Crop Data
溶出時間の範囲やシグナルの最小値を設定して、データを足切りするツールです。
Remove Noise
ホワイトノイズ（ランダムに出現するシグナル）や、溶出時間中にずっと検出されるノイズ（IS like Noiseと呼んでいます）を除去するツールです。
View Chromat.
PowerGet入力ファイル（Full MSファイル）を開き、二次元のクロマトグラムを表示するツールです。出現ピークの全体像を見るときに使います。
Ion Distribution
PowerGet入力ファイルの全イオンを対象に、シグナル強度の頻度分布や平均値などを集計するツールです。どの程度の足切り値が妥当かを考える参考などに。
MF Searcher
質量値から組成式を高速に推定したり、各種化合物データベースに質量値での検索をしたりすることができるツールです。PowerFT、PowerMatchでのアノテーションの段階で使われますが、質量値を手で入力することで、単体ツールとしても使えます。
Centroidization
現在使えません。
UV Viewer
MSGetでテキスト出力したPDA（Photo Diode Array）のデータを閲覧するためのツールです。
Formula Calculator
組成式を入力して、各種イオン化状態の質量値を計算したり、同位体イオンの質量値と存在比を確認したりできます。
PowerGetでは、International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) (De Laeter et al., 2003)で公開されている質量値、同位体イオン存在比をもとに、全ての質量値計算を行っています。
Simple MS/MS Analyzer
MS/MSデータと、親イオンの検出質量、イオン付加体の種類を入力して、MS/MSフラグメントの差分やニュートラルロスの値から、フラグメントの由来を解析するための簡易ツールです。PowerMatchのアノテーションで使われるツールを、単体で動作するようにしたものです。
MS/MS Dif. Counter
MS/MSデータに含まれる指定した強度以上のフラグメントを対象にして、親マスからのニュートラルロスの差分の組み合わせを計算し、その頻度を集計するツールです。例えば配糖体の多い植物サンプルでは、162のニュートラルロスが多く出現することが分かります。
注意！ 3.3.5までの集計方法には誤りがありました。
Help
Host Setting
通常は「webs2 [selected]」の状態から変更しないでください。
また、この設定を変更しても、MFSearcherツールによるデータベース検索では、常にwebs2サーバーが参照されます。
PowerFT, PowerMatchのPeak Detailsを表示する際に、かずさDNA研究所のwebs2サーバー上のKomicMarketデータベースに接続し、そこに設定された化合物情報等を取得します（オフラインでは、ローカルPC上にキャッシュしたデータが代わりに使用されます）。
このデータ取得処理が一部の大学等でうまくいかないことがあり、その対策のため、参照先のサーバーを変更できる機能を設けたものです。
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