KEGG API のサービス構築とウェブサービスの普及に向けて片山俊明（東大HGC）
我々は 2003 年頃より KEGG を利用するためのウェブサービスである KEGG API の開発を行ってきた。KEGG API ではゲノムネットで提供されている 20 種以上の生物学関連データベースを検索できるほか、KEGG の PATHWAY データベースで提供されているパスウェイ情報、KEGG の GENES や GENOME で提供されているゲノムの決まった生物種の遺伝子アノテーション情報、LIGAND データベースで提供されている酵素・化合物・糖鎖・医薬品の情報、などを利用することができる。バイオインフォマティクスの分野では様々なデータベースやソフトウェアが利用されている。一方で、ゲノムプロジェクトなどの進展によりデータベースの規模は拡大の一途をたどっており、ユーザが様々なデータベースをダウンロードし定期的に更新を行うことは困難になってきた。さらに、多様なソフトウェアを利用する計算機ごとにインストールしセットアップするにはかなりの手間がかかる。また、多くのソフトウェアがデータベースの利用を前提にしているため、管理のためのコストまで考慮すると大規模なサーバで提供されているサービスを利用する方が現実的である。このため、高速なインターネットを利用しユーザの計算機からサーバのリソースを活用する仕組みとして、ウェブサービスの利用が考えられる。すでに、生物学関連のデータベースや解析サービスを提供するサーバは多様で分散しており、これらを一つのサーバに統合して提供することは困難である。多数の分散したサーバを組み合わせた解析が求められていることから、バイオインフォマティクスでは、他の分野と比較して、ウェブサービスによるワークフローの構築が向いていると考えられる。しかし、現在のところウェブサービスを提供するサイトはそれほど増えていない。今回は KEGG API のサービス構築の経験から、ウェブサービス提供のノウハウと、今後のウェブサービスの普及における課題などを検討したい。

KEGG API のサービス構築とウェブサービスの普及に向けて

片山俊明（東大HGC）

我々は 2003 年頃より KEGG を利用するためのウェブサービスである KEGG API の開発を行ってきた。KEGG API ではゲノムネットで提供されている 20 種以上の生物学関連データベースを検索できるほか、KEGG の PATHWAY データベースで提供されているパスウェイ情報、KEGG の GENES や GENOME で提供されているゲノムの決まった生物種の遺伝子アノテーション情報、LIGAND データベースで提供されている酵素・化合物・糖鎖・医薬品の情報、などを利用することができる。
バイオインフォマティクスの分野では様々なデータベースやソフトウェアが利用されている。一方で、ゲノムプロジェクトなどの進展によりデータベースの規模は拡大の一途をたどっており、ユーザが様々なデータベースをダウンロードし定期的に更新を行うことは困難になってきた。さらに、多様なソフトウェアを利用する計算機ごとにインストールしセットアップするにはかなりの手間がかかる。また、多くのソフトウェアがデータベースの利用を前提にしているため、管理のためのコストまで考慮すると大規模なサーバで提供されているサービスを利用する方が現実的である。
このため、高速なインターネットを利用しユーザの計算機からサーバのリソースを活用する仕組みとして、ウェブサービスの利用が考えられる。すでに、生物学関連のデータベースや解析サービスを提供するサーバは多様で分散しており、これらを一つのサーバに統合して提供することは困難である。多数の分散したサーバを組み合わせた解析が求められていることから、バイオインフォマティクスでは、他の分野と比較して、ウェブサービスによるワークフローの構築が向いていると考えられる。
しかし、現在のところウェブサービスを提供するサイトはそれほど増えていない。今回は KEGG API のサービス構築の経験から、ウェブサービス提供のノウハウと、今後のウェブサービスの普及における課題などを検討したい。