NITEにおけるアノテーションの実際藤澤貴智（製品評価技術基盤機構バイオテクノロジー本部ゲノム解析部門）
製品評価技術基盤機構（NITE）では生物遺伝資源の利活用を促進するため、分類上の基幹となるもの（系統分類上の基準となる株、潜在的な利用価値の高い分類群の標準株）を選定し、大学、企業等と協力しながら、微生物を中心にゲノム解析を行っている。アノテーションに関しては、独自に開発を行っているアノテーション解析支援システム上で遺伝子予測結果やUniprot、Interpro、HAMAPなどデータベース等の検索結果の生成の自動化の整備を行っている。個々の遺伝子機能のアノテーションは、作成された基準に沿って文献情報、活性部位などを確認し近縁種等のアノテーションを考慮し、機能解析された配列との相同性および機能ドメイン予測に基づき総合的に判断することでproduct nameを確定し、gene name、EC number等の情報の付与およびコード領域の確定を行っている。また、product nameに対する参照配列および参照文献情報等を残すことで、マニュアルアノテーション情報の付加価値化を進めている。 KEGG/APIなどのWebサービスの活用法とそれらを利用するうえでの問題点を含めてNITEアノテーションの実際を紹介する。

NITEにおけるアノテーションの実際

藤澤貴智（製品評価技術基盤機構バイオテクノロジー本部ゲノム解析部門）

製品評価技術基盤機構（NITE）では生物遺伝資源の利活用を促進するため、分類上の基幹となるもの（系統分類上の基準となる株、潜在的な利用価値の高い分類群の標準株）を選定し、大学、企業等と協力しながら、微生物を中心にゲノム解析を行っている。
アノテーションに関しては、独自に開発を行っているアノテーション解析支援システム上で遺伝子予測結果やUniprot、Interpro、HAMAPなどデータベース等の検索結果の生成の自動化の整備を行っている。
個々の遺伝子機能のアノテーションは、作成された基準に沿って文献情報、活性部位などを確認し近縁種等のアノテーションを考慮し、機能解析された配列との相同性および機能ドメイン予測に基づき総合的に判断することでproduct nameを確定し、gene name、EC number等の情報の付与およびコード領域の確定を行っている。また、product nameに対する参照配列および参照文献情報等を残すことで、マニュアルアノテーション情報の付加価値化を進めている。
KEGG/APIなどのWebサービスの活用法とそれらを利用するうえでの問題点を含めてNITEアノテーションの実際を紹介する。