KAASを用いた新規ゲノムにおける遺伝子機能の自動アノテーションとパスウェイの構築守屋勇樹（京都大学化学研究所バイオインフォマィクスセンター）
近年多くの生物種においてゲノム配列が決定されており、各生物にコードされている遺伝子の機能アノテーションが分子生物学における重要な目的の一つとなっている。KEGG Orthology (KO)はゲノム配列が完全に決定された生物種の大量の遺伝子を手作業で、パスウェイに基づいた機能分類をしたものである。それぞれのKOエントリは直接パスウェイマップに関連づけられており、KOアノテーションからパスウェイを構築することは容易である。現在、シークエンス技術の進歩により急速にゲノム配列の決定が進んでおり、そのすべての配列を手作業で機能同定することは事実上困難である。そこで我々はKOに含まれる遺伝子との配列類似性を用いて、新規に得られた遺伝子にKOをアサインする手法を実装したツール、 KAAS (KEGG Automatic Annotation Server)を開発した。この手法では、BLAST で計算した配列類似性スコアとベストヒットの関係をもとにオーソログ候補を集めており、候補に含まれるKOの中から尤度とヒューリスティクスに基づくスコアを用いて、ふさわしいKOを新規遺伝子にアサインしている。これにより新規に配列の決定した生物種の遺伝子に自動で機能推定を行い、その生物種の持つパスウェイを構築することが可能となった。

KAASを用いた新規ゲノムにおける遺伝子機能の自動アノテーションとパスウェイの構築

守屋勇樹（京都大学化学研究所バイオインフォマィクスセンター）

近年多くの生物種においてゲノム配列が決定されており、各生物にコードされている遺伝子の機能アノテーションが分子生物学における重要な目的の一つとなっている。KEGG Orthology (KO)はゲノム配列が完全に決定された生物種の大量の遺伝子を手作業で、パスウェイに基づいた機能分類をしたものである。
それぞれのKOエントリは直接パスウェイマップに関連づけられており、KOアノテーションからパスウェイを構築することは容易である。
現在、シークエンス技術の進歩により急速にゲノム配列の決定が進んでおり、そのすべての配列を手作業で機能同定することは事実上困難である。
そこで我々はKOに含まれる遺伝子との配列類似性を用いて、新規に得られた遺伝子にKOをアサインする手法を実装したツール、 KAAS (KEGG Automatic Annotation Server)を開発した。
この手法では、BLAST で計算した配列類似性スコアとベストヒットの関係をもとにオーソログ候補を集めており、候補に含まれるKOの中から尤度とヒューリスティクスに基づくスコアを用いて、ふさわしいKOを新規遺伝子にアサインしている。これにより新規に配列の決定した生物種の遺伝子に自動で機能推定を行い、その生物種の持つパスウェイを構築することが可能となった。